（四）可能導致征管難度加大
為了使得“營改增”後，納稅主體不會因為稅率的改變而增加稅負，在試點過程中，都設定了較低的增值稅率或給予納稅主體財政補貼，如按照原營業稅稅負平移的原則，當前的改革試點新增6%和11%兩檔稅率，加上原來的13%和17%的稅率，使得增值稅的稅率檔次過多，與中性稅收的稅製設計初衷有衝突，一方麵由於增加了稅製複雜性，導致征管效率降低；另一方麵不符合簡易征收的稅法原則。
（五）可能導致部分企業稅負增加
“營改增”的擴圍，由於增值稅稅率高於營業稅，加之仍然在部分行業開展，擴圍後，少數由於專業化細分方麵的能力不足，可抵扣項目少，增值稅票據難以獲取，以及使用稅率增幅較大等因素，造成部分企業稅收負擔短期內會有所增加；稅收負擔有“不降反升”的趨勢。
三、如何引導“營改增”揚長避短
（一）進一步完善“營改增”相關政策
一是擴大現代服務業試點範圍。從發展趨勢看，應進一步擴大現代服務業試點行業範圍，力爭“十二五”期末實現增值稅對營業稅的全麵替代。二是適當降低一般納稅人認定門檻，擴大一般納稅人比重，以保障增值稅內在機製的有效運行；同時應加強對現有小規模企業的宣傳、引導、培訓和服務，盡快將其納入規範化的增值稅管理體係。三是簡化稅率檔次，促進公平稅負。多檔稅率是一種必要的過渡性安排，然而稅率檔次較多，必然影響增值稅“中性”作用的發揮，與“營改增”的初衷相悖，客觀上也容易誘發納稅人逃稅避稅、偷稅的動機，不利於稅收征管。
（二）進一步完善稅收征管製度，保證財政收入穩定增長
要進一步出台相關配套措施，保證整個改革過程的銜接與完整。增值稅目前已是我國最主要的稅種之一，其征收管理也較為規範，對一般納稅人采用的專用發票管理發揮了重要作用。但對小規模納稅人而言，尤其對於零散的個體經營者，他們的稅收往往成為灰色區域，難以有效管理。此次增值稅轉型，既是一次減稅活動，也是對增值稅製度的完善，而與之相對應的，無論是要保證財政收入的穩定增長，還是要保證增值稅製度的完善，稅收征管方麵都是一個不可忽視的因素。尤其是“營改增”稅收銜接工作，對涉及“營改增”試點改革範圍中的納稅戶實施營業稅改征增值稅擴圍政策後，管理增值稅專用發票的壓力將進一步加大，因此需進一步強化稅源調查，掌握稅源總量和結構變化，建立稅源台賬。通過加強稅收監管，以信息管稅、風險管理為著力點，有效控製稅源，充分挖掘增收潛力，確保收入穩定增長。
（三）“營改增”配套製度改革需要協調推進
目前營業稅仍是地方稅體係中的主要稅源，如果“營改增”在全國範圍內鋪開，地方稅稅收不可避免地會受到影響。目前許多地方財政已經捉襟見肘，不僅地方融資平台償債風險令人擔憂，啟動新一輪投資時對土地財政的依賴也越來越嚴重。營業稅被納入增值稅框架體係，將會動搖現行地方財政收支平衡的基礎，因而，重建地方主體稅種以及地方稅製體係，調整中央和地方之間的財政關係和行政關係，確定合理的增值稅分成比例和規範的轉移支付製度，以此調節“地區間縱向和橫向的不均衡”，使得中央、地方“兩個積極性”充分合理地發揮作用，將是當前亟待提上議事日程的一項重要工作。
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