（四）有利於加強稅源控製功能
經過多年的發展，我國增值稅的稅控係統已十分嚴密，在防止企業偷稅漏稅方麵，起到重要的作用。而營業稅的防控則相對落後，涉稅行業偷逃稅款的大有人在，稅款流失嚴重。“營改增”後，借助增值稅嚴密的稅控係統和強大的反避稅功能，可以有效地防止企業偷稅漏稅，增加稅收總量。
國家稅務總局針對增值稅的稅源控製，除了嚴格數據信息采集製度外，還製定實施了《納稅評估管理辦法》、《納稅評估操作流程》等一係列製度和辦法。特別是推廣使用的“增值稅納稅評估分析軟件係統”，已形成“數據全麵采集錄入、信息全麵比對分析、結果自動預警提示、人工重點評估檢查”的增值稅納稅評估機製，有效地強化了增值稅的稅源監控，優化了增值稅的納稅服務，促進了增值稅的誠信納稅，降低了增值稅的稅收風險，減少了增值稅的稅收流失，對提高稅收征管質量和效率發揮著重要作用。
（五）有助於結構性減稅
結構性減稅的核心內容雖然是減稅，但有別於全麵的減稅，有別於大規模的減稅，主要是為了優化稅製結構、服務經濟增長和經濟發展，其目的是減輕企業和個人的稅收負擔。如全麵取消農業稅、出口退稅、統一內外資所得稅、多次提高個人所得稅起征標準、停征利息稅、降低部分進口產品關稅、提高個體企業增值稅起征點、各項稅收優惠政策等等。從整個社會看，“營改增”可以減少稅負，達到結構性減稅的目的。
二、“營改增”試行兩年中產生的負麵效應和潛在的風險
“十二五”期間內完成“營改增”，這是大勢所趨。為了平穩推進“營改增”，結合各個試點地區的反饋，一些客觀存在的問題必須要明確和引起重視。
（一）明顯地阻礙了小規模納稅人的業務擴展
“營改增”試點證明：如果確認為小規模納稅人，其增值稅稅率僅為3%，可以較多地減輕稅負。小規模納稅人也由此認定：為了減稅，必須“固守”小規模納稅人身份，年應稅服務銷售額不能超過500萬元，不能晉升為一般納稅人。而這樣帶來的後果是明顯地阻礙著小規模納稅人的業務擴展，給第三產業經濟的發展帶來負麵影響。這種想方設法保持小規模納稅人的身份以便享受低稅率優惠的行為，不但人為地阻礙小規模納稅人向一般納稅人過渡，也會由此而造成稅源的減少。
（二）明顯地加重了一般納稅人的稅負
“營改增”前，交通運輸業執行3%的營業稅稅率；“營改增”後，執行11%的增值稅稅率。進項增值稅的抵扣隻有達到8個百分點以上，才可能減負，交通運輸業尤其是陸路運輸業根本不可能做到。湘電集團物流公司自2013年8月1日稅改後的5個月，新增稅負129.98萬元。試點的交通運輸業和物流公司針對“營改增”前後形成的稅差大都在尋求得到財政補貼或稅收政策的優惠。“營改增”後，針對交通運輸業的稅負增加，雖然財稅〔2013〕37號文件規定：允許試點行業開增值稅發票，可用於進項稅抵扣；雖然國家采取了稅負增加多少，財政給予返還的過渡期政策，但進項稅抵扣發票難以確認、返還時間滯後，且沒有做製度上的長期設計。部分行業中的一般納稅人整體稅負僅在短期內有可能下降。金融、郵電、通信、鐵路運輸、建築安裝5個行業納入“營改增”試點行業後，中國建設會計學會對24家施工企業的調研結果顯示：24家施工企業實施“營改增”後稅負增加94.61%。為此，中國建設會計學會建議全國建築施工企業的一般納稅人統一按小規模納稅人征稅，先試行3—5年。這樣做既可以推進“營改增”進程，又不增加一般納稅人的稅負。
長沙暢通物流有限公司常務副總經理周宏提出一個現實問題：“營改增”實施之後，物流公司必須提前統一在某成品油銷售公司辦理一個主卡，充好值，再辦理副卡發給司機在沿途加油。這樣一來，導致還沒加油，油款就提前支付，增加了資金周轉的壓力。另外，占物流公司20%左右成本的通行費開不了增值稅抵扣發票，明顯增加稅負。
（三）明顯地增加了知識型現代服務業的稅負
“營改增”政策規定：現代服務業，是指圍繞製造業、文化產業、現代物流產業等提供技術性、知識性服務的行業。“營改增”後，技術性服務行業會得到稅收政策的優惠，而對於知識性服務的行業因得不到能抵扣進項增值稅的專用發票而導致增加稅負。以會計師事務所為例：一不需要購買機器設備；二不需要購買原材料；三不經常購買低值易耗品，得到能抵扣進項增值稅專用發票的可能性幾乎為零。成本費用方麵的人員工資薪金、水電費、燃油費、維修費、廣告費、谘詢費等，更是難以取得能抵扣進項增值稅的專用發票。
（四）可能會觸發“營改增”行業的消費價格全麵上漲
“營改增”試點期間，很多企業在“營改增”的背景下實施了漲價，明確提出多收的是“營改增”後所增加的稅錢。因為增值稅是價外稅，應包括在消費價格內。如：物流企業中，占營運成本比重最大的人工費、路橋費、保險費等支出均不屬抵扣範圍，會造成多數物流企業增加稅額，最終進入服務價格，引發消費價格上漲。“營改增”試點以來，凡有因“營改增”試點而增加稅負的交通運輸業和研發技術、信息技術、文化創意、物流輔助、有形動產租賃、鑒證谘詢等現代服務業，以及郵電、通信、鐵路運輸、建築安裝等行業，如果沒有得到政府補貼，其價格都會上漲。隨著“營改增”試點範圍的擴大，目前價格上行壓力在逐漸強化，潛在著巨大的物價上漲可能性。
長沙暢通物流有限公司常務副總經理周宏針對試行中的“營改增”提出了兩個問題：一是物流業的運輸、倉儲平均利潤率隻有2%～3%，若稅收負擔大幅增加，必然引起運價上漲，從而推高物價；二是湖南物流業現有的從業人員有135萬人以上，部分物流企業因稅收負擔難以為繼而被迫停業，會導致就業人員失去工作崗位。