目前我國經濟責任審計的方法和手段單一，已不能滿足當前審計工作發展的需要。經濟責任審計手段多是就賬查賬，缺乏對領導幹部廉潔自律、經濟決策、權力運行等方麵的具體評價。而審計方法也隻是傳統的審查報表、查看賬目、翻閱憑證等，對於信息技術的借助力度也嚴重不足，使得審計效率較差，審計的深度、廣度不夠，這勢必會造成審計質量難以保證。
（四）審計評價指標體係不夠規範
當前我國審計有關法律法規從幾個大方麵對領導幹部經濟責任評價內容進行了規定，具體評價內容缺少細化，評價的量化指標和綜合標準也不統一。同時由於地域問題使得經濟責任範圍和內容差異很大，這會造成不同地方對領導幹部經濟責任評價的做法不統一，嚴重影響到評價指標體係的有效性和規範性。
二、黨政領導幹部經濟責任審計與績效審計的比較
（一）概念比較
經濟責任審計是審計機構和人員通過對被審計領導幹部所在單位的財政財務收支以及相關經濟活動進行審計，從而對領導幹部履職情況進行監督和評價。績效審計是審計機關對政府部門或項目的經濟活動進行審查，分析評價公共資源的使用效益、效果，以進一步改善政府部門的經濟管理工作，加強對政府部門績效的經濟監督。可見，經濟責任審計主要是財政財務收支的合法性、真實性審計。績效審計主要是對被審計單位相關經濟活動的經濟效果、經濟效率進行評價。
（二）審計目標比較
黨政領導幹部經濟責任審計的目的是掌握領導幹部任期內履行職責的情況，以促進領導幹部全麵履行職責，同時為部門考核、幹部任免提供一定的考察依據。而黨政領導幹部績效審計的目的是審計黨政領導幹部所在單位資源投入的效益、效果和效率，並在此基礎上進一步探索提高經濟效益的途徑，以提升政府績效管理水平。
（三）審計範圍和內容比較
經濟責任審計圍繞全部政府性資金開展，主要審計領導幹部經濟決策及管理能力、權力運行情況、個人廉潔自律情況等內容。具體包括：一是檢查財政財務收支是否合法、真實，如：預算執行情況、預算外資金的管理使用情況等；二是經濟指標的完成情況及其真實性，如：國內生產總值，農民及城鎮居民人均收入，支農、教育、科技、環保等專項資金的投入水平和效益等經濟指標；三是檢查是否利用職務的便利侵占國有資產、進行營利活動或非法活動等。而績效審計是圍繞各類政府性資金開展審計，審查、分析政府性資金配置與使用的效益、效率和效果性，其範圍比較廣泛，涵蓋財務領域和非財務領域。
（四）審計方法比較
黨政領導幹部經濟責任審計已形成一套相對固定的資料收集、分析和判斷方法。一般采用傳統的審計方法包括調查詢問、查閱憑證賬簿及相關資料、實地盤點查驗等，同時采用一些專門方法包括內部測評方法、抽樣審計方法和計算機輔助方法，審計黨政領導幹部所在單位資產、負債、所有者權益及損益的真實性、合法性，以及領導幹部本人遵紀守法的情況。而績效審計的方法靈活多樣，除了運用一般審計方法如審閱法、觀察法、訪談法外，還借鑒了其他學科的方法，如經濟活動分析方法（包括成本效益分析法、量本利分析法、因素分析法等）、計量經濟學分析方法（包括回歸分析、時間序列分析等）、對比評估方法（包括項目評估和最優實例複合等）、工程概算測評等等其他學科的一些方法。
三、黨政領導幹部經濟責任審計與績效審計的結合
傳統的經濟責任審計存在很多問題，以財政財務收支的合法真實為內容的審計已經不能滿足黨政領導幹部監督管理工作的需要。將績效審計與經濟責任審計相結合，是黨政領導幹部經濟責任審計的發展方向，是財務收支審計發展到一定階段後走向深化的必然要求，也是公共財政框架建立和市場經濟發展的需要。