上世紀60年代以來，尤其是上世紀80年代以來，長江生態環境遭到破壞。當前長江的生態環境不能支撐白鰭豚和江豚的生存，長江水生生物資源嚴重衰退。保護長江生態環境和生物資源，對整個長江流域的生態平衡乃至國家生態安全都具有十分重要的意義。長江的生態環境惡化主要有以下三個原因：
一是捕撈強度過大和非法捕魚行為未得到有效禁止。在長江中下遊，不斷提高的捕撈技術使捕撈強度日益增大，加上許多不法之徒大量使用炸魚、毒魚、電打魚、迷魂陣等捕撈手段，給魚類布下了天羅地網。長江的魚類資源大大減少，從而使白鰭豚難以糊口度日，生命麵臨威脅。漁民的捕魚區魚類資源相對比較集中，也是白鰭豚捕食、休息和撫幼的好去處。長江漁民最常用的一種捕魚方式是滾溝，白鰭豚追吃滾鉤上的魚時，極容易被滾鉤纏繞窒息而死。如1990年3月，在長江下遊羅家橋發現的一隻死亡雌性成年白鰭豚身上竟纏有36個滾鉤。同時，電魚和炸魚也對白鰭豚的生命造成威脅。1978年至1985年間就有六隻白鰭豚死於炸魚。據不完全統計，由於捕撈作業誤傷的白鰭豚幾乎達到死亡總數的一半。
二是水域汙染日益嚴重，局部汙染事故頻發。長江中下遊是我國經濟發達的區域，人口密集、廠房林立，雖然有關部門三令五申禁止企業將工業廢水排入長江，但是還是有一些企業瞞天過海，將大量汙水注入長江。據長江水利委員會長江流域水資源保護局統計，江蘇、安徽、上海目前每日排放的工業廢水和生活汙水達121.9萬噸。一項研究表明，白鰭豚體內的有害物質含量比海豚要高得多，這大大影響了白鰭豚的健康和繁殖能力。
三是不斷增長的航運能力擠壓了長江豚類的生存空間。據統計，現在每天從宜昌到上海單程船隻記錄到有19829艘交通船和1059隻捕魚船。僅江西省湖口縣一帶的大型挖沙船每天就有1300多艘。這些大船不僅奪去了白鰭豚、江豚的生存空間，而且其噪聲完全覆蓋了豚類的聲呐傳遞係統，造成白鰭豚被船舶的螺旋槳打死的慘劇。2006年僅在湖北江段就有五尾中華鱘被打傷打死、三頭江豚被打死。在收集到的由此致死的白鰭豚標本中，有的被攔腰斬斷，內髒四溢而亡，真是慘不忍睹。航運業對白鰭豚另外的威脅是清理整治航道，爆破淤灘暗礁。前些年，有關部門在湖北洪湖燕窩實施爆破清理航道時，將一個四隻白鰭豚的群體全部炸死，其中還有兩隻懷孕的雌豚，其情景令人痛心。
此外，長江水域中路橋工程的修建和砂石的采挖，在一定程度上改變了河床的地形地貌，破壞了魚類產卵繁殖所需要的生態環境條件。
破解長江環境壓力困局
白鰭豚的失蹤、江豚數量的銳減，都在昭示長江生態環境出了問題，對於如何保護長江長江流域的生態，這是一個複雜的係統工程，需要多方麵的共同努力：
首先要遵循自然規律，有針對性地對長江流域的生態保護與建設進行總體布局、整體謀劃。要根據上下遊和不同區域的生態特征及麵臨的威脅因素，有針對性地實施不同的保護與治理措施。在青藏高原等源頭區域，重點加大高原湖泊和沼澤濕地的保護與恢複力度，加大土地沙化和水土流失的治理，著力解決超載過牧、牧民替代生計等根本問題；自藏東南和橫斷山脈到長江入海口各區域，全麵加強森林生態係統的保護與建設，增強流域內森林生態係統涵養水源的功能，減少水土流失。其中，三峽大壩以東各區域，要全麵加強流域內湖泊和河流濕地的保護與恢複，重點解決江湖阻隔、圍墾圍殖、過度捕撈、水質惡化等問題。