這種方案正和格羅夫斯自己考慮過的一樣，因此他很高興發現有這樣一位科學家，不僅認識到保密問題的重要性而且還認真地考慮了實際解決問題的辦法。然而，就格羅夫斯而言，他之所以提出隻限於在一個實驗室內交流情報的這種主張，還有著他自己的偏見。
格羅夫斯認為，科學界高度推崇的這種學術交流，完全沒有必要，隻是浪費時間。他不希望在他領導下的科學家們參加什麼“大學裏的學術交流，討論各種新概念，彼此相互學習等。”
在他看來，最理想的是最好取消一切交流，但他也認識到這樣做是行不通的。因此格羅夫斯認為，奧本海默所提出的這種組織一個綜合性實驗室的想法，至少可以保證每位科學家隻限於做本計劃之內的工作，這可能是一個比較合理的折中方案。
格羅夫斯決定按奧本海默的建議采取行動，首先要為這個新的原子彈實驗室選址。這件事早已超出了他所接受任務的範圍，但格羅夫斯並不介意。他經常按照“與其猶豫不決，不如采取行動”的格言行事，而這也並非第一次。與此同時，他開始確定新實驗室的領導人。
格羅夫斯中意的第一個候選人是厄尼·勞倫斯。但由於格羅夫斯在電磁分離鈾同位素的方法上下了非常大的賭注，他不想冒險把勞倫斯從目前的崗位上調開，以免田納西的工廠有落空的危險。
格羅夫斯的第二個候選人是奧本海默，雖然他缺乏行政管理經驗，又不是諾貝爾獎獲得者，不像格羅夫斯所希望的那樣，在科學家中具有“原子彈研製任務領導人所應有的那種威信”。
但格羅夫斯還是決心支持奧本海默。他呈報軍事政策委員會，提名奧本海默擔任實驗室的領導人。可是隨之而來的是他意想不到的一次打擊。
美國聯邦調查局聽到奧本海默可能被考慮擔任這個重要職務的消息後，立即通過“曼哈頓計劃”內的保安機構與格羅夫斯接觸，警告他說，聯邦調查局認為根本不應該讓奧本海默參加這項計劃的任何一項活動。
但格羅夫斯說：“對於這類重要的保安問題，我向來有自己的做法。我親自閱讀了所有的原始材料，我不想依靠保安官員來代替我做出結論。”
格羅夫斯所閱讀的材料中包括奧本海默本人填寫的保安認可調查表，以及聯邦調查員的調查材料。這些證明材料主要涉及奧本海默過去與各種左翼組織的聯係以及與許多知名的共產黨人的關係。
由於美國聯邦調查局不斷擴大它的偵察活動範圍，奧本海默的檔案材料仍在不斷增加。格羅夫斯可能也閱讀過表明奧本海默具有“潛在危險”的那些材料，這是比戰前的那些曆史材料更有說服力的。
雖然當時蘇聯是美國對德作戰的盟國，而且斯大林格勒戰鬥還正處於高潮，但美國已經非常注意共產黨的活動，認為他們企圖取得各項秘密計劃的情報並傳遞給蘇聯。
根據最近生效的“情報自由法案”，公開了一大批美國聯邦調查局在戰時所調查的原始材料檔案，其中就包括當年格羅夫斯據以做出判斷的那些材料。
例如，有一份記載日期為1942年10月10日的技術監聽材料，其中記錄了某地共產黨總部內一次會議上的談話，據該報告記載，這些談話是采用電話麥克風技術裝置監聽而記錄下來的。
會議的參加者有史蒂夫·納爾遜，就是奧本海默夫婦的朋友，還有勞埃德·萊曼和一個無名的第三者。
在這份報告的總結中寫道：
在討論中，勞埃德告訴史蒂夫一則消息，這是與正在發展中的一種重要武器有關的。
史蒂夫談到一個人，並說此人現在極度緊張不安。此人過去一向很活躍，現在不活躍了。此人被美國政府看做是“赤色分子”，但被批準留在研究計劃內工作，因為他在科學界很有聲望。
史蒂夫又說此人曾經在教師聯合會的委員會以及西班牙委員會中工作過，而此人不可能掩蓋他過去的曆史。
技術監聽裝置的監聽員認為史蒂夫所講的“他”，指的就是羅伯特·奧本海默。
上述報告表明，共產黨人當時已經知道了原子彈研製計劃，即使他們不知道細節也知道了梗概，而且報告還表明奧本海默過去所接觸過的共產黨員對他仍然感興趣。
盡管格羅夫斯看到了這一類證明材料，他仍然認為奧本海默的能力非凡，足以抵消他可能成為保安危險分子的風險，因此格羅夫斯幾乎立即作出安排，讓奧本海默陪同他一起去選擇新實驗室的地址。
然而，“曼哈頓計劃”的保安小組不同意這樣的判斷，他們拒絕簽發奧本海默的保安許可證，至少是暫時扣住不發，同時繼續進行調查。
而軍事政策委員會的決定深受軍方情報人員的影響，在他們眼中，一個前任未婚妻、現在妻子、弟弟及弟媳曾經是或一直是共產黨員的人選，實在不適合這個國家最高軍事機密研究室領導人一職。
不過，格羅夫斯真正擔心的是研究的進度而不是奧本海默的個人身份問題。經過格羅夫斯反複遊說，10月中旬，他終於獲得批準，聘請奧本海默出任這個新實驗室的領導人。