民國時期，各派基督教會都極力攏絡控製著北京政府的軍閥官僚。袁世凱就任臨時大總統以後，許多傳教士都是他倒行逆施的謀士，他稱帝曾得到了北京基督教會的慶賀。
在爭取中國當局為傳教開辟道路的同時，各派基督教教會還開展了宗教事業的“中國化”運動。其中以美國基督教領袖穆德最有代表性。
中外宗教勢力的聯合推動了天主教的中國化運動。辛亥革命後，中國愛國天主教教徒反對外國傳教士繼續控製中國教會。他們認為西方侵略者是利用宗教妄圖侵略中國。
在五四運動中，許多中國天主教教徒投身愛國反帝鬥爭，表明中國天主教教徒民族意識的覺醒。
為順應形勢，天主教決定采取在華教會中國化的措施。1919年，羅馬教皇本篤十五下令要中國各教會盡量起用中國籍神職人員。因此，剛恒毅作為駐華專使來華，任命中國籍神甫擔任高級教職，培訓中國籍神甫、修女，繼續擴大教會勢力。
東正教，由俄國傳入中國後，一直以北京為傳教中心。他們陸續開辦了一些小學、工場及農場。十月革命後，大量白俄湧入中國，東正教徒激增。1924年，東正教駐北京傳道團改稱中國東正教會。總會設在北京，教徒多為俄國僑民。
基督教會各派勢力對20世紀20年代前後風起雲湧的愛國民主運動均采取壓製的態度。
1919年，“五四”學生運動爆發，許多教會學校的師生投入愛國洪流。在華天主教會下令嚴禁教徒參加學生運動，阻止教徒的愛國行動。一時間，基督教勢力的政治傾向，激起民眾的強烈反對。
1928年6月，蔣介石領導的南京政府成為統治全國的政權。同年，美國傳教士穆德來華，拜會蔣介石夫婦，第二年6月，剛恒毅主教以教皇特使身份參加孫中山的奉安大典，受到蔣介石的接見。
1930年10月，國民政府首腦蔣介石接受基督教（新）牧師江長川的洗禮入教，極大地影響了基督教的傳教事業。以致於30年代，基督教在華勢力不斷發展，尤其是美國教勢力增長最快。
30年代在華基督教各派勢力大力興辦教育、醫療、慈善等公益事業，積極推進社會改良運動。
在城市，基督教會組織開展社會服務活動，在農村設立訓練中心，舉辦農村服務實驗場。宣揚隻有信仰上帝，信奉宗教，才能步入正途。
20世紀30年代前後，基督教興辦的教育事業也有所發展。1928年，天主教會在北平成立中華公教教育聯合會，統一全國天主教教會教育，由教皇駐華代表直接監督，並用漢、拉丁、英、法四種文字出版《中華公教教育聯合會叢刊》。
後來，南京政府頒布了《外國人興資辦學條例》，規定外資興辦的學校必須由中國人擔任校長。教會學校由華人擔任校長後，對教會教育進行了改革，吸引了更多的中國青年接受“西方基督教文明”。
基督教各派還十分重視興辦醫療、慈善、救濟等方麵的事業。教會醫院的日常經費主要來源於中國。其中，一半來自醫藥收入，另一半由募捐得來。
教會醫院良好的醫療設備、醫術、藥物、護理等，得到了富裕居民的青睞。醫院對富戶收取費用較高，而對貧苦教徒則分文不取。其中最為著名的是北京協和醫學院。
在三、四十年代的抗日救亡運動中，大多數著名宗教領袖勇敢地站在鬥爭前列，主張抗擊侵略。
“九一八”事變發生後，在燕京大學學生舉行反日愛國大會上，司徒雷登痛斥日本帝國主義侵華罪行，親自帶領學生上街遊行。
天主教徒、北京輔仁大學教授馬相伯不顧年邁，積極投入救國運動，被譽為愛國老人。
輔仁大學秘書長英千裏在北平淪陷後，在校內組織炎社（取顧炎武不與敵人妥協之意），向師生宣傳抗日救國。英千裏和司徒雷登等還冒著危險，幫助愛國學生逃離敵占區或參加抗日武裝。
當時，北平學生為反對日本侵略者的奴化教育，紛紛湧入教會學校。校方領導人繼續從事秘密抗日活動。
抗日戰爭結束後，基督教各派教會又開始了在華的複興與擴張計劃。此時，基督教（新）的複興計劃是以扶蔣反共為立足點的。
1946年7月，被任命為美國駐華大使的司徒雷登一再表示積極支持國民政府，並指示基督教（新）教會公開支持蔣介石發布的“勘亂動員令”。
然而，在中國共產黨宗教自由和愛國一家的政策感召下，中國廣大愛國基督教徒逐步拋棄對西方教會的迷信。1948年底，基督教領袖吳耀宗抵達北平，作為宗教界代表當選為新政協常委。
【鏈接】慈禧與清真寺
清光緒二十六年（1900年）八國聯軍在北京城燒殺搶掠，北京城一片烏煙瘴氣。慈禧太後攜光緒帝倉皇出逃，前往西安避難。
她們逃難的第一站是昌平縣西貫市清真寺。本寺僧眾對太後和皇帝的食宿服侍很周到。其中有一位名叫白錫榮的“海裏凡”，即阿訇的繼承人，對慈禧服侍得更為周到，慈禧很欣賞他的年輕有為。
兩年之後（1902年）慈禧與光緒皇帝自西安回鑾後不久，便親自召見了白海裏凡並要封他為官，白錫婉言謝絕。
後來慈禧將一套紅翎冠帽及黃馬褂賜於白錫榮，並贈匾給貫市清真寺，慈禧題匾“靈感昭著”，並有光緒禦題“忠輸親上”四個字。
除此之外，慈禧還命人給寺內修建了兩個井亭，以使穆斯林淨身禮拜用的井水的潔淨衛生。
不僅如此，慈禧還命人專程赴門頭溝三家店琉璃渠禦窯特製了三套殿脊寶瓶和黃琉璃跑獸。
製成後，下旨差派官員手捧禮單，執旗護衛、鳴鑼開道，用駱駝馱送於貫市清真寺、牛街禮拜寺和白錫榮“海裏凡”的家鄉河北高頭清真寺，三寺各收藏一套表示紀念。
現牛街寺的黃琉璃獸已經不存在，隻見有黃琉璃瓦。而東四清真寺殿角上卻多了兩個不知從何而來的黃琉璃小獸。