若不再考取功名，以國子監生身份入仕，則多被用做縣丞，或教諭、訊導等學官，秩低而俸薄，權輕而利小，學生學習積極性不高。監生們除學習“四書五經”外，尚有曆代典禮賦役律令、邊防、天官、河渠、算法之類。
就在王懿榮任祭酒期間，我國爆發了“中日甲午戰爭”，任職半年中，他一麵在南書房行走，一麵兼署祭酒，還以憂慮的心情關注著戰爭的進展。1895年正月，他奏請回籍辦理團練獲準。
王懿榮由京起程赴登州府，大約4個月後，他接到上諭和議已定，停辦團練，回京供職。他向朝廷請假兩月獲準，後歸裏省親，一個月後再次奉上諭：
王懿榮著補授國子監祭酒。欽此。
王懿榮接到上諭之時，假期已滿，於是，他由煙台起程北上，回京複命。在朝廷上，他具疏謝恩，並奏請注銷欽命辦理山東登州團練木質關防。
王懿榮第二次任國子監祭酒的時間並不長，前後不過半年。在此期間，光緒皇帝曾經賞賜王懿榮和張百熙禦筆“福壽”、“榮慶”各一幅，二人具疏謝恩。
1896年2月18日，王懿榮的母親謝太夫人因年事已高，且南北往返，勞累過度，病逝於福山，享年74歲。王懿榮在京接到訃告之後，星夜匍匐奔喪。守製期滿後，他攜長媳張氏及孫兒福坤回到北京。
到了京城，王懿榮蒙諭召見，向光緒皇帝請聖安，並奉旨仍在南書房行走。
王懿榮在內廷當值，備受皇帝與兩宮太後信任與重用，鑒別書畫、恭代禦筆、進呈書籍等事經常要找他，有時一天之內要兩入宮廷。
1899年7月6日，王懿榮奉上諭：補授國子監祭酒。至此，他第三次擔任國子監祭酒之職。
在此期間，王懿榮為國子監鞠躬盡瘁，培養了許多經天緯地之才，深得後人尊敬。
王懿榮是皇家大學國子監的祭酒，又是北京城裏有名的金石學家、甲骨文的發現者和愛國人士，加之他人品好，在京師學界頗有口碑。
當時北京的不少名流學士都願意與王懿榮打交道，誰得了什麼寶物，都想請他給鑒定鑒定，每每會學到不少的知識。來到北京的古董商大都知道王懿榮的名氣，所以，有事沒事的，也來請教一二。
後來，王懿榮於1899年首先發現甲骨文，被稱為“甲骨之父”，是我國收藏鑒定甲骨文的第一人。但他還沒來得及對甲骨文進行深入研究，便遭遇了戰爭。
1900年，八國聯軍入侵北京，王懿榮受命於危難之時，任京師團練大臣，負責保衛京城。7月20日，侵略軍攻入東便門，他率團練奮勇抵抗，寡難敵眾，不願為亡國奴，遂書絕命詞：
主憂臣辱，主辱臣死。
於止知其所止，此為近之。
寫完後，偕家人從容投井殉國，時年55歲。
王懿榮家學深厚，不負先祖厚望，博學精進，三任國子監祭酒，為國家培養了大批人才，是無愧於太學生的尊長。他作為一位偉大的愛國主義者，麵對列強，奮力抗擊，誓死不做亡國奴，最終以身殉難，其學術貢獻與愛國節操將永世長存。