3、內部控製製度不完善
一個內部控製健全的醫院其財務管理水平也較高。目前，大部分醫院內部控製形同虛設，形不成相互製約的內部控製體係，全方位的監督體係也不健全，事前監督、事中監督、事後監督不規範，內部控製環境有待加強，信息的有效傳遞得不到貫徹落實，會計信息係統較為落後，現代財務管理和分析係統不健全。當前，大部分醫院都能夠通過分析內外風險，建立符合本單位特點的內部控製點，但現有的識別風險方法及內部控製製度很難以在各個層麵上發揮管理控製作用。
4、資金管理不科學，投資不規範
醫院每天都會有大量現金和銀行存款入賬，目前部分醫院對現金的管理不規範，有的隻存在臨時賬戶上，有的直接墊支。對於投資行為，事業單位會計準則明確規定要謹慎投資，對於股票有價證券的投資也有限製，但是部分醫院仍存在違規購買有價證券，違規投資的行為。
5、預算管理和成本控製停留在形式上
預算管理是財務管理的主線，成本核算是醫院財務管理的底線，受事業單位的影響，大部分公立醫院都不進行財務預算和成本核算，部分單位雖采取財務預算管理，但是也隻停留在預算的形式上，在預算執行上則是想怎麼花就怎麼花，根本不受預算的製約。成本核算方法簡單，效率低下，無法滿足醫院正常財務管理的需要。
6、財務管理意識不強
在醫院的財務崗位，部分職員專業知識缺乏，單位領導對財務管理的重視程度也較低，主抓主治醫師的隊伍建設，將財務管理部門視為輔助科室，嚴重阻礙了財務管理的作用。在科研經費的管理和使用上，一般是見票報銷，審核依據不規範，部分發票和單據真實性值得懷疑，費用報銷不規範。新的會計製度出台，而部分醫院現在還在實行老的會計製度，造成了會計信息的不真實和核算方法的不規範。
三、醫院財務管理方法創新研究
1、加強財務管理製度建設
各單位應根據《中華人民共和國會計法》、《事業單位會計製度》和《事業單位會計準則》的相關規定，建立符合單位自身發展的財務管理製度。完善包括政府采購、內部控製、內部監督、費用報銷、資產管理、設備維護、現金管理、支票管理、支付方式在內的製度建設，形成用製度管理財務，用製度約束行為的財務管理製度。
2、建立科學的績效考核評價體係
醫院作為事業單位，必須執行事業單位的相關規定，又要調動醫院職工的積極性，要科學設置績效評價指標，規範績效評價指標體係，形成科學合理的考核標準。在核算過程中，會計人員要堅持公正、公開、公平的原則，績效獎金的發放要在陽關下進行，陽光公示。要逐步實現醫院績效會計核算機製，完善考核標準和等級層次，依據各單位自身特點建立健全績效會計核算的考核製度，通過考核實現績效會計工作質量和水平的提升，保證考核製度的落實。