總之，17世紀是天文學和宇宙論廣泛應用的時期；18世紀是物理學和化學見諸應用的時期；19世紀是地質學和生物學見諸應用的時期。科學的飛速發展，為哲學的改造創造了必要的條件。這為認識自然的方法的變革產生了想象和希望的心境。科學引進了無限的可能，無窮的進展，自由的運動和不拘界限的均等的機會等。所有這些，對社會製度的改造、新道德觀念的形成、理想價值的確立、創造性的建設的哲學的形成，創造了必要的基礎和條件。
再次，現代科學突破性的進展所帶來的現代危機以及權威的衝突對哲學的改造產生的影響。所謂現代的危機，是指科學長足發展所形成的新的觀念與傳統的舊的觀念的衝突和對立。換句話說，就是科學的新觀念向哲學的舊觀念衝擊，造成一種對立和矛盾的狀態，從而使哲學陷入困境。
現代科學的發展向人們提出了許多重要問題，其中最大的問題是如何維護科學原理同時又要維護價值領域。這就造成了科學與宗教的公開衝突。哲學不是解決天文學發展與基督教創世說之間的矛盾，而是要填平自然的基本原理與人生價值之間的鴻溝。杜威認為，如果人們把價值觀念與實踐活動聯係起來，而不是與先前的實在聯係起來，就不會產生上麵的煩惱。如果把價值與人的實踐行動的後果聯係起來，那麼對科學產生的疑問就純屬人為的了。
與這兩者分歧相聯係的三種觀點：一種主張知識越揭示先有存在，知識便越有效；另一種觀點認為，有調節作用的目的或意向，隻有屬於存在或本質的特性時，方才有效；第三種認為，欲望、感情、愛好、需要、興趣均屬於人的經驗，屬經驗的特性，這就肯定了自然知識是存在的。但許多思想家否認第三種觀點，認為這種觀點隻關心眼前的問題，隻涉及特定時間、地點與環境中產生的感情、計劃或意向中的狀態，它不涉及最終實在，不涉及實有，不涉及不關心完整的關於實在的知識和一般原理。這樣，由於科學所造成的現代危機，就迫使人們麵對兩個體係，即知識對象的信仰體係與理想價值的信仰體係。如何使二者適應，成為哲學有待解決的問題。
近代哲學存在一個內在矛盾，這就是一方麵它要接受自古希臘以來所傳下來的關於知識本性的結論，古代希臘哲學最顯著的特點之一，就是對其本質是理想的至高的實在的思想是極其重要的。從柏拉圖、亞裏士多德、阿奎那、斯賓諾莎、黑格爾等，他們都認為終極實在的本性是完全理想和合理的，它是以絕對的理想性和合理性成為哲學的必然屬性，成為哲學上的至高至尊的理論權威。另一方麵，自17世紀以來，我們對自然界有了嶄新的看法，這就是自然科學經過係統地研究自然之後得出的結論。這種理論認為，古代傳下來的關於知識本性的見解是錯誤的，它的目標和方法也是錯誤的，它的形式是神秘的。近代哲學一方麵接受近代科學的結論，另一方麵又保留古代思想的三個要素：（1）隻有固定不變的東西中才能找到確定性、安全性；（2）知識是達到內在穩定確切的東西的惟一道路；（3）實踐的活動是一種低級事務，它所以有存在的必要，是因為人類具有獸性和求生的需要。這樣，人類就麵臨一個兩難的選擇，既要保留古代傳下來的權威觀點，又不能忽視並且必須接受自然科學所證實的新結論，而兩者又是針鋒相對的。古代哲學權威與近代自然科學的權威處於尖銳對立之中，這就是權威的衝突。
杜威指出，人們既然把自然與精神兩者對立起來，而同時又必須把二者聯係起來。近代哲學既不肯坦率地承認自己是自然主義的，也不能無視物理科學的結論而把自己完全看成精神主義的。人類一方麵是自然的一部分，另一方麵又是精神領域的成員，這樣，一切問題都集中在人類這雙重性上。杜威在研究的過程中，發現斯賓諾莎以一種獨特的方法，一方麵把新科學理解為一種徹底的自然主義，另一方麵又通過邏輯的技巧，同樣全麵地接受了從宗教傳統演化而來的見解，即最後實在是衡量完善的標準和人類活動的規範。他還把這兩個方麵結合起來，為近代哲學解決這個問題提供了一個模式。他強調人心與整個自然是一個整體，因此認識心靈與認識自然應當是一致的。斯賓諾莎則試圖把正確地指導人類行為、認識至高無上的實在和享受圓滿不變的價值或善這三者結合成一個無所不包的整體。
康德是調和自然性和道德權威的又一個典型，隻是他把信仰建立在理性的基礎之上。他劃分了兩個領域，一個是理智占統治的領域，另一個是意誌要求至上的領域，兩個領域不交界，不發生爭吵。科學局限在時空現象內，而高級本體的實在世界則為理想的和精神的價值所專有，每一個領域都有其裁判權和獨立主權，康德的這兩個領域既互相排斥，又互相需要，這兩個因素鑲嵌在一個完整的體係之中，這是一個調和的體係。
黑格爾則不同，他是從理智上和人格的實質上去把握已經體現在現實世界的意義和價值，而且從邏輯的必然性出發，它們不過是最終實在即絕對觀念的體現，從而證明這些意義和價值的有效性和絕對性。
通過對權威衝突的考查，可以看出，人們一方麵要麵對科學和實踐的新結論，同時又要固守傳統延續下來的兩個理論前提：（1）知識的對象是某種形式的最終實在；（2）這種先在的實在是決定一切的東西。哲學如果堅持這兩個理論前提，必然排斥和貶低實踐活動。杜威指出，現代哲學所麵臨的任務，就是從自然科學的研究或實踐活動在認知活動的實際過程和結果中去改造傳統。通過這種改造，人們將會發現，實效性的標準和驗證是在外部活動的後果中，並不存在於與認知活動相脫離的先在的實在中。所以，杜威認為，哲學與生活的隔絕是哲學的最大不幸，隻有哲學與生活密切結合，才會有哲學的新生。
最後，科學是引起推動變革的決定力量。科學發展曆史表明，隨著科學上每一個重大發現的出現，不僅極大地推動生產力的發展，而且總是要改變著人們的思維方式和行為方式。科學的變化推動科學觀的變化，而科學觀的變化又推動著哲學觀念的更新，推動著哲學的改造。
杜威認為，科學觀的變化主要體現在三個方麵：（1）人們對學術職業和工商業的不同看法，不僅影響了社會關係，也影響了哲學。過去人們一直把“工藝”和“科學”看做相等名詞，對“工藝”與“文藝”加以區分，工藝屬於低等，文藝則屬於高等，前者是關於事情的藝術，而後者則是關於人事的藝術。工商業也屬於低等的，學術職業則屬於高等的。由於對職業以及所從事的工作的不同看法，由此產生了腦力勞動與體力勞動的區別與對立，知與行的區別與對立。哲學因此成為少數賢人所從事的、研究高級領域“存在”的特殊工作。（2）古代科學和近代科學代表兩種不同的態度。古代科學把對象作為最終的實在。古代科學和哲學認為，隻有在固定不變的東西中，才能找到確定性和安全性，它們把追求形而上學作為自己的根本目標。近代科學實現了一個重大轉變，即把對象（object）變成了素材（data）。對象與素材的差別在於，對象代表著最後完成了的，人們隻需它界說、分類和逐漸證明，而素材則是需要進一步加工的東西，它隻是征兆、證據、標誌，是尚未達到的事物的線索，它是中間的，是手段，不是最終的結果。從對象向素材的轉變，就從根本上取消了哲學的形而上學的性質。因此，這個轉變是根本性的轉變，是從本體世界向生活世界的轉變。杜威關於經驗世界的理論就是關於生活世界的理論，他把哲學從天上請到地上，使哲學成為人的生活中的良師益友。（3）伽利略所倡導的科學革命改變了人們的科學觀和認識論。杜威認為，伽利略的重力實驗有力地駁斥和打擊了亞裏士多德的形而上學理論；愛因斯坦的相對論否定了牛頓力學理論的形而上學性質；非歐幾裏德幾何學的創立清除了歐幾裏德幾何學的本體論障礙。杜威指出，伽利略等人的工作不是科學上的演進，而是科學中的革命。這個變革，是從定性到定量，從差異到同一，從內在形式到關係，從美感和諧到數理公式，從靜觀鑒賞到積極操縱與控製，從靜止到變化，從永恒到時間變化等等。對於杜威這個新哲學的代表，與傳統哲學相比，不是一個演進，而是一個根本的轉變，是一場革命。恰如梯利指出：“對杜威這個進化論者來說，實在決不是一個完全已有的、現成的和固定的體係，而是處於變化、成長和發展中的事物。”（《西方哲學史》下卷，商務印書館1976年版，第343頁）