漢口藥王廟的建築，宏偉壯觀，氣宇不凡，耗資巨大。由三部分組成，即前、後大殿和後花園。廟門坐北朝南，門前是藥幫二巷，西連鳳麟禪寺。“藥王廟”三字匾額懸掛於前大殿正門之上。
整個建築有：廟門前一對白磯石獅分在左右，每個石獅身上和腳爪旁雕有小石獅，生動活潑，形象逼真。石獅身高兩米餘，寬一米許。進山門，有鍾樓、鼓樓各一座。兩旁各有一碑亭，碑上記載著修廟的經過。
接著是戲樓，戲樓兩旁是看樓，樓上為女座，樓下是男座。卷棚分設兩邊，卷棚前的石台階中間是甬道，甬道兩邊有白磯石雕花欄杆，杆柱上坐臥著許多石獅子，形態各異，張牙舞爪，活龍活現。前麵有一水池，池中鯉魚鬧蓮。卷棚兩邊還建有兩個配殿。
正中是大殿，六角六個獅頭，栩栩如生。大殿和卷棚周圍掛有源願盞牛角宮燈，珠子、絲須掛滿周圍，金碧輝煌。大殿神龕內供奉藥王孫真人（孫思邈）的牌位。牆壁上掛有許多名人字畫。
大殿兩廂設有更衣室，為朝拜者提供方便。更衣室樓上堆放著祭祀之物。大殿後有大閣，大閣兩側為東西花園，東花園有火神殿、假山、魚池、涼亭。兩花園有各種奇花異草。再往後便是延壽橋。廟內廟外還修有很多藥商住房和存放藥材的處所。
會館建築雄偉，藝術價值較高。龍與獅造形之美、雕工之精細極為罕見，名人字畫十分珍貴，建築工藝獨具匠心，所用的建築材料多係河南產品，以示河南人的技藝和鄉土氣息。
在如今藥王廟殘存的建築物牆上，尚有清末補刻的《賣地文契》石碑兩塊。這兩塊碑文詳細地記載了藥王廟的確切範圍與修建時間，是考證藥王廟及其附近一帶曆史變遷的有力佐證。其中，一塊碑刻是吳來雨的賣地文契，其內容為：
吳來雨將自置荒地一大段，坐落循禮坊，坐北朝南，北至堤，南至街，東到大巷，西至杜家巷，賣於懷慶會館，修建覃懷幫藥王廟名下為業。
清康熙二十八年
這份賣地文契，不僅詳盡地說明了當時懷慶會館買地，是為了修建“覃懷藥王廟”，而且廟址北至長堤街，南至新安街，東到藥幫大巷，西至杜家巷，四周牆界，如今尚曆曆可考。
第二塊石碑是張本原的賣地文契。具體內容是：
張本原祖遺後湖荒地一段，因逐年淹沒，難於收獲。合家商議，情願賤售，另圖生理。先盡親族，均不承買。請憑中證說合，甘願賣於覃懷幫藥王廟名下為業。其地坐落循禮坊，水漲為瀕湖，水退為荒地。其界東抵新安書院，自新堂界；西抵西會館界；南抵某地並雷祖殿後界；北抵新安書院界。……時價大錢壹百串。
康熙二十八年
從兩塊石碑的碑文中可見當時漢口藥王廟規模之大、範圍之廣。
乾隆年間，漢口藥材業更為發達，成為漢口商業一大行幫，稱為“藥幫”，尤以藥王廟四周藥材行為多。漢口的懷藥商人每年四月二十八日（即藥王誕辰）和八月二十日均在武漢組織兩次藥材大會。藥王廟內大戲助興，大擺宴席，各地藥商雲集於此。懷藥商號“杜盛興”在龜山揚起朱砂放風箏，謂之紅風放風箏。
漢口懷商勢力雄厚，“杜盛興”的藥材堆放成一條巷子叫杜家巷，該商號資金達遠園 萬兩白銀。懷藥商號“協盛全”買了一條巷子叫全濟巷，藥材堆積如山，資金達員園園萬兩白銀。在新安街一帶，懷藥商人占據的地盤有：藥幫一巷、藥幫二巷、藥幫三巷、懷幫大巷、懷安裏、杜家巷、全濟巷等。懷幫在武漢獨占鼇頭。
§§第四章 懷藥天下走搖 濟世日月長