法庭當庭宣讀張秀川1980年9月5日的證詞和王宏坤1980年10月3日的證詞，這兩個證詞都證明李作鵬和他們一起寫材料誣陷羅瑞卿。
宣讀後，李作鵬說：“我們幾個人在一起研究寫信是真實的……”
審判員又問李作鵬：“在羅瑞卿的問題上，林彪對你有過什麼樣的評價？”
李作鵬回答說：“他評價不光是對我，他的話是：李、王、張，3個人反羅瑞卿，是有功的。他講了好幾條，這是其中的一條。”
針對這條指控，審判員宣布，被告人李作鵬在林彪授意下，於1965年11月27日夥同王宏坤、張秀川寫信給林彪，誣陷羅瑞卿的事實，已經調查完畢。
接下來，法庭就起訴書第十六條指控被告人李作鵬誣陷、迫害中共中央政治局委員、中央書記處書記、中央軍委副主席葉劍英，以及夥同海軍第二政治委員王宏坤、海軍政治部主任張秀川在1968年4月3日向中央寫信，誣陷賀龍、葉劍英配合劉少奇、鄧小平、陶鑄企圖篡軍反黨的事實進行調查。
審判員問李作鵬：“1968年4月3日，你和王宏坤、張秀川寫過誣陷葉劍英副主席的信沒有？”
李作鵬回答說：“有過這個事，是他們寫好了，我在上麵簽了字，我同意了的。”
審判員問：“信的主要內容是什麼？”
李作鵬回答：“我記不起來了。”
法庭隨即宣讀1968年4月3日李作鵬、王宏坤、張秀川寫的誣陷葉劍英副主席的信的節錄，主要內容是：
一是勾結劉、鄧、陶，為羅瑞卿翻案。
二是和賀龍合作，在海軍大反林副主席。
三是1966年6月，夥同賀龍，背著林副主席，擅自向海軍派了一個龐大的黑工作組。
四是派黑工作組的目的是先把李作鵬、王宏坤、張秀川3人打倒，然後向我們敬愛的林副主席進攻。
五是夥同肖華、楊成武，拒不傳達林副主席對我們3人的評價和指示。
六是極力包庇蘇振華。
七是和陶勇關係極為密切。
八是包庇蘇振華的死黨，即方正平、盧仁燦。
書證宣讀完畢後，審判員問李作鵬：“你們信中說的那些，有什麼事實根據？”
李作鵬承認：“信中說的沒有事實根據，對葉劍英副主席是誣陷。”
接著，法庭又宣讀原李作鵬的秘書溫棟盛於1980年4月14日的證詞，證詞中說李作鵬、王宏坤、張秀川聯名向毛主席、林彪、周總理寫了兩份所謂揭發材料，一份是誣告楊成武的，另一份是誣告葉劍英副主席的。
兩份材料都是李作鵬、王宏坤、張秀川一起，在李作鵬宿舍共同口授，由他記錄整理，最後由李作鵬、王宏坤、張秀川分別審查修改後，打印上報的。
李作鵬聽後表示：“對於3人在一起研究寫這兩份報告的情況，記不清了。”
法庭出示、宣讀和投影李作鵬在3個誣告葉劍英的信的底稿上的批語：
同意，請王、張審閱。
李作鵬看了以後承認說：“對，是我批的。”
然後，法庭又宣讀中國人民解放軍總政治部保衛部1980年10月10日第二二九號鑒定書。
字跡鑒定結論：
李作鵬、王宏坤、張秀川關於葉劍英的問題，向毛主席並軍委辦事組報告上的批示和11處修改填寫的字跡是李作鵬所寫。
接著，審判員就這條指控宣布：
李作鵬在1968年4月3日和王宏坤、張秀川寫信誣告葉劍英，誣陷賀龍、葉劍英配合劉少奇、鄧小平、陶鑄企圖篡軍反黨的事實，已經調查完畢。
接著，法庭就起訴書第三十條指控的李作鵬參與誣陷迫害張學思的事實進行調查。
審判員問李作鵬是如何參與誣陷、迫害張學思的？李作鵬說：“1967年7月，和王宏坤、張秀川寫過誣陷張學思的材料，並將材料送給了林彪。在寫材料之前，葉群給我打電話說‘張學思在東北是反對林彪的’，叫我寫張學思的材料。後來，海司辦公室把張學思的材料整理好送給我看，我在材料上簽了字。大約在9月，我在上海，突然接到總理的電話，告訴我張學思出了問題，要我立即回北京。我回到北京，才知道張學思已經被關押。”
接著，法庭出示、宣讀和投影1967年7月24日李作鵬、王宏坤、張秀川寫給林彪、江青、關鋒誣陷張學思的材料和李作鵬的批語，以及王宏坤給黨中央的檢查報告。這些證據證明李作鵬、王宏坤、張秀川誣陷張學思“推行蘇聯修正主義路線，忠實執行了蘇振華為代表的資產階級軍事路線”。
李作鵬辨認了他的簽字和批語後，說：“是我的簽字。”
法庭就這項指控宣布：
被告人李作鵬，在1967年7月間按照林彪、葉群的授意，和王宏坤、張秀川一起，於7月24日寫了誣陷張學思的材料，報給林彪、江青、關鋒的事實已經調查完畢。
至此，李作鵬的法庭調查結束，審判長宣布把被告人李作鵬帶出法庭後，休庭。邱會作當庭下跪
1980年12月5日9時，最高人民法院特別法庭第二審判庭開始就起訴書中指控邱會作誣陷朱德、徐向前和參與林彪提出的“徹底砸爛總政閻王殿”陰謀活動的犯罪事實，進行法庭調查。
法庭調查證實：1968年12月1日，邱會作在總後勤部黨委三屆十次全體（擴大）會議上講話，誣蔑人大常委會委員長朱德“野心很大，想當領袖”。
當審判員吳茂蓀問邱會作，為什麼要誣陷朱德時，邱會作供認：“為了緊跟林彪，我誹謗了朱老總，我犯了罪。”
接著，法庭對邱會作被指控的誣陷中共中央政治局委員、中央軍委副主席徐向前的犯罪事實進行了調查。
1967年６月，邱會作指使總後勤部“文革辦公室”主任王希克等，編造誣陷徐向前的材料，並親自修改定稿印成傳單。在這份傳單中，邱會作誣陷徐向前是“埋藏在我們黨內軍內的一顆大定時炸彈，是個標準的個人野心家和陰謀家”，提出要“打倒徐向前”。
在押犯王希克到庭作證。法庭還出示和宣讀了有關的證據。
當審判員許宗祺問邱會作，他對徐向前的誹謗有什麼事實根據時，邱會作答：“沒有任何事實根據。”
法庭在調查邱會作參與“砸爛總政”陰謀活動問題時出示的大量證據證明，1967年７月25日，林彪提出要“徹底砸爛總政閻王殿”後，邱會作就揚言要把總政的“蓋子”“徹底揭開，要亂透”，並誣蔑總政“和國民黨的特務機關差不多”；他還指使設立批鬥小組，批鬥了總政各級幹部５９人。
邱會作還將批鬥、逼供出的材料彙集成冊，附上他修定的誹謗、誣陷內容的前言，印發全軍後勤係統，造成嚴重後果。
邱會作又指使總後“文革辦公室”的人偷取了總政大量機密文書檔案，其中有總政絕密、機密材料170多份，這些材料有的涉及黨和國家的核心機密。
最後，特別法庭副庭長黃玉昆問被告人對法庭上述調查有什麼話要說。
邱會作說：“所有調查都是實事求是的，公正的。
12月9日9時，第二法庭開始調查邱會作在林彪的指使下，對總後的一些領導幹部進行誣陷和殘酷迫害的罪行。
邱會作對總後勤部原政委李聚奎，副部長饒正錫、湯平，副政委李耀、彭嘉慶等，強加以“叛徒”、“階級異己分子”、“牛鬼蛇神”、“裏通外國分子”等莫須有的罪名，進行長期關押、刑訊逼供，致使這些領導幹部身心受到嚴重摧殘，其中湯平被迫害致死。
湯平的妻子劉伯音出庭作證，悲痛控訴邱會作私設監獄，將她丈夫湯平刑訊逼供致死。字字血淚的事實使旁聽席上一片哭泣。
在悲痛的哭聲中，邱會作把臉從審判員方向轉向證人劉伯音，說：“我現在人民法庭上嚴肅地承認，迫害湯平致死是我的罪行。我現在向過去同我一起工作過的老戰友湯平的妻子請罪。”
說著，邱會作“撲通”地一聲向劉伯音跪下，劉伯音幾乎哭得昏厥過去，整個法庭頓時陷入悲痛的沉寂中。
12月10日15時，第二審判庭繼續就起訴書指控的邱會作誣陷迫害總後勤部的廣大幹部和群眾這一事實進行調查。
在法庭調查中，邱會作供認，他不僅對總後勤部的5名領導幹部進行誣陷迫害；還對總後二機部以下的幹部和群眾強加罪名，有政治部主任盧南樵，副主任張敏生、新斧，司令部的參謀長楊恬，軍需部的副部長趙宗一，財務部的副部長宋西侯，衛生部的部長張汝光等。
法庭出示、宣讀、投影邱會作給總後457名軍職以下幹部和群眾強加罪名的77份證據和說明。
12月11日15時，法庭繼續對邱會作的罪行進行調查。
大量確鑿的材料證實，邱會作在總後勤部製造大量冤、假、錯案，在總後實行法西斯專政，殘酷迫害大批反對林彪和他的人，被邱會作直接誣陷、迫害的有462人，其中8人被迫害致死。
邱會作表示：“沒有什麼可說的，完全認罪。”
至此，邱會作在總後勤部製造冤案的事實調查清楚。邱會作一夥在後勤部製造了113個冤假案，株連大批幹部、群眾及家屬。僅在1968年10月，邱會作夥同原後勤部副部長陳龐在機關製造的“特務叛國外逃集團”冤案，就株連了26名軍職以上幹部和269名師職幹部。
邱會作對受害人強加以“叛徒”、“特務”、“反革命分子”、“叛國外逃分子”、“反動學術權威”．等等莫須有的罪名，進行誣陷；同時要“狠鬥”，“狠審”，“狠專”，“要學習打砸搶派的勁頭”，進行殘酷迫害。他煽動說：“不武鬥，我看四鬥、五鬥、六鬥都可以”。
審判長宣布，對邱會作的法庭調查結束，隨後將進行法庭辯論。
三、法庭辯論
●吳法憲感激地說：“這些年來，沒有人為我說好話，今天律師在法庭上的辯護發言，為我說了好話，我從內心裏表示感謝，不僅我感謝，而且我的家庭、我的兒女都會感謝。”
●在最後陳述過程中，李作鵬講了一半內容時，他的心髒病又發作了，在椅子上痛苦地抽搐。
●黃永勝調整了一下身體，擺了擺架子，說：“我先說明一下，我考慮了，我放棄這個叫做陳述也好，辯護也好，我放棄這個權利。”
● 法庭辯論吳法憲感謝律師
1980年12月18日15時，最高人民法院特別法庭第二審判庭，對吳法憲犯罪事實進行法庭辯論。
首先，公訴人孫樹峰發言，對吳法憲投靠林彪，參加林、江反革命集團及其在這個集團中的作用、地位和他應負的法律責任發表意見。
吳法憲死心塌地追隨林彪，積極參加了林彪集團篡國篡軍的反革命陰謀活動。多次誹謗，誣陷朱德、鄧小平等老一輩無產階級革命家；寫信誣陷軍委副主席賀龍，夥同葉群對賀龍夫人薛明進行迫害；誣陷迫害軍委秘書長、總參謀長羅瑞卿同誌；在空軍誣陷迫害一大批幹部群眾。
提升、重用林立果，提出“兩個一切”，把空軍的調動、指揮大權交給林立果，為他在空軍進行反革命活動創造了條件。
吳法憲成為林彪、江青反革命集團的主要成員不是偶然的。1965年５月，林彪為了篡黨奪權，控製、利用空軍，在空軍司令員逝世後，急忙策劃由空軍政委吳法憲改任司令員，對吳說，“空軍司令這個職務很重要，誰都想當，我考慮由你改任空軍司令員”，“不可傳出去……空軍司令是個實權，不能放棄。”吳法憲說：“我這個空軍司令是掛名的，真正的空軍司令是林副主席。”
1970年吳法憲更露骨地說，我在林立果的領導下，“將來空軍司令是林立果接班”。
孫樹峰指出，被告人吳法憲積極追隨林彪，長期進行篡黨篡國篡軍，禍國殃民，推翻中華人民共和國政權和社會主義製度的反革命犯罪活動，在林彪反革命集團中起著組織領導作用。
根據《中華人民共和國刑法》有關規定，認定吳法憲是林彪反革命集團的主犯，犯有組織領導反革命集團罪，陰謀顛覆政府罪。
為了維護社會主義法製，保衛社會主義製度，鞏固無產階級專政的政權，請法庭依法予以懲處。
公訴人發言後，法官根據法庭程序，讓吳法憲為自己辯護。
吳法憲的自我辯護更像是認罪，他說：“起訴書指控的有關我的罪行，都是事實，有真憑實據，人證物證都在，我確實犯了大罪……我為什麼犯了大罪？這是我死心塌地跟著林彪的結果，我對林彪、葉群、林立果言聽計從，對黨、國家、人民、軍隊造成了災難和損失，罪該萬死。我首先恨自己，我有反革命野心，一心想跟著林彪往上爬；其次我恨林彪，恨這個賣國賊，恨葉群。”
吳法憲說著說著哭了起來，他痛哭流涕地說：“我跟隨林彪，犯下了篡黨篡國，顛覆無產階級專政的大罪，我徹底認罪，徹底服法，希望能給我一條悔改自新之路。”
吳法憲發言後，他的兩位辯護律師馬克昌、周亨元聯合發言，為吳法憲做了辯護：
林彪、江青反革命集團案是集體性的共同犯罪。作為犯罪集團的主犯，對吳法憲參與預謀或者參與實質的犯罪活動，都應當負刑事責任。但是，對他自己沒有參與預謀也沒有參與實施的行為，就不應當負刑事責任。