由於學科建設往往涉及人事處、科研處、國有資產管理處、研究生處、教務處、財務處等眾多學校職能管理部門，管理工作相當繁複。因此，重點學科建設按照國家要求，采取的是一種立項管理模式，以項目為管理對象，設立負責人，權責明確。
三、跨學科組織的建立是學科建設可持續性發展的有效生產力
跨學科組織的建立是學科交叉直接而有效的方式，為培養高度複合型的人才提供實實在在的教育資源，並且也是凝聚科研力量、生產科研成果的重要平台。從跨學科角度尋求新的學科增長點，是我國近年來高等教育的辦學趨勢，也是社會分工發展到高級階段的必然結果。要對某一領域有深入和精確的研究，不能僅限於一個學科，往往需要多學科、多角度的研究。過去學科壁壘分明，學科界限明確的辦學方式已逐漸向學科交叉、多學科研究、學科之間互相借鑒的方向轉型。要實現這樣的轉變，必須要有跨學科組織平台來實現真正意義上的學科交叉。
針對不同的高校具體情況主要體現為以下幾種途徑：打破學科和院係組織界限、以某一學科（群）為主、廣泛吸收社會參與的跨學科組織，主要包括：課題組、實驗室或基地、研究中心。
課題組：主要以科研形式凝聚多學科研究。以課題為中心凝聚不同學科方向的博士、碩士做研究。在具體的科研項目中，課題組成員的比例結構已經得以形成。
實驗室或基地：依據高校自身特點，凝聚不同學科帶頭人聯合申請研究基地，圍繞基地性質和發展目標，設置科研課題，亦可對外發布課題，吸引基地外有想法的科研人員。
研究中心：如音樂院校的音樂研究所就是一個很好的跨係跨學科研究中心，每年設立科研課題，在全國範圍內招募課題研究者。音樂研究所在其發展的過程中，可以積聚力量形成能夠申請研究基地的大平台。這樣的平台建設必須與學院的學科建設規劃相適應，以學校長遠學科規劃為發展目標，有的放矢，最大限度地凝聚有限的科研力量和科研資源。
軟科學項目：軟科學項目往往與政府經濟和社會發展的重大決策相關，對政府重大決策進行科學論證。一般情況下，藝術院校較少涉及這樣的科學研究，但是這樣的軟科學研究在音樂院校是有其發展前景的。主要體現在對音樂的應用上，如環境音樂、旅遊音樂、城市音樂文化以及音樂文化產業研究等都可以作為軟科學項目來研究。另外也可以從高校特色研究方麵出發，如漢唐音樂文化的研究與西安城市發展的關係研究，陝北民歌與陝西省紅色旅遊發展的研究等一係列軟科學研究。除此之外，音樂類的高校實際上還承擔著重要的社會音樂教育責任，如音樂培訓、音樂考級以及音樂教育類資格的認定考試等。因此，對有關社會音樂教育領域的研究也是軟科學研究中應該涉及到的課題。如果以上各方麵的研究能夠有所推進的話，科研成果就能夠得到有效的轉化，通過與經濟相結合創立音樂高校的文化品牌，在全國範圍內增強藝術院校的軟科學實力。
綜上所述，跨學科組織的建設隻是一個平台，學校能夠給予的僅是硬件設備上的建設，而真正的建設是內涵建設，而內涵建設往往需要思維活躍開放、有多元意識的學術隊伍來完成。
四、學術隊伍是學科建設的關鍵
高等學校的兩大職能包括：科學研究和人才培養，都要求學校擁有一支高素質的學術隊伍。
從學科建設的全局來看，有了高水平的學術隊伍，才能夠進一步談科學研究、人才培養和平台建設，進而推動學科建設的整體發展。而學術隊伍的建設水平，首先取決於學術帶頭人的綜合實力。也就是說，學術帶頭人是所在學科發展的總體規劃者，是學術隊伍的領頭羊。因此學科帶頭人對一個學科來說具有不可替代的重要性。所謂學科帶頭人的綜合實力主要體現為：是否在本學科內已有較為豐富的學術成果和教學經驗；學術成果是否對本學科的發展具有重要意義；對本學科是否有全麵的認識與把握；是否能夠帶領本學科向正確的方向發展。除此之外，最為重要的就是學術帶頭人在各自的領域應該是極具學術行動力的專家和學者。所謂學術行動力是與學術帶頭人對本學科的認識程度分不開的。學術行動力主要分為兩方麵：一方麵是在學術研究上的行動力，即學術研究的成果對本學科發展和建設是否具有推動意義和建設意義，在本學科學術界，應該具有一定的學術地位和學術知名度：另一方麵，則表現為對本學科的發展具有整體性把握的管理能力和決策力，這種管理能力在學科建設中與學術能力是同等重要的。隻有學術能力而對管理一無所知也是不行的。對本學科發展前景的正確認識和高效的行政管理能力是學科建設中學術帶頭人應該具備的能力，而決策力則表現為學術帶頭人學術改革的魄力和勇氣。
總之，學科建設並不是簡單的一個概念，它是我國高等教育學校管理和發展運轉的一種組織形態。高校的學科建設是建立在學校的長遠目標和決策基礎之上全局式的把握。具體到學科建設的操作層麵和運行層麵時，首先必須搭建合理的學科結構，這是高等教育能夠順利發展的基石；其次，在我國學科建設的具體操作層麵上，采用的是重點學科建設項目管理模式，它分為國家重點學科建設項目和省級重點學科管理項目，以此從政府角度對學校的學科建設進行資助和扶持；最後，在學校自身學科建設發展過程中，學術隊伍建設是學科建設的根本，人才培養是高校學科建設的主要任務，科學研究是發展知識生產力的基本方式，平台建設是保證科學研究和人才培養有效發展的組織平台。音樂院校雖然有其個性發展特點，但作為高等教育的實體，也必須結合自身特點在以上學科建設的基本原則基礎上進行管理，讓音樂高等教育走上科學發展的道路。