2.新三板融資渠道單一。雖然新三板市場已反映出良好的融資功能，但融資規模偏小，方式也單一。由於主要采用屬於私募股權融資性質的定向增資方式，且在刊登定向增資公告前確定融資價格、融資額和融資對象，因而無法公開招股，導致“新三板”市場的融資功能受限。此外，新三板的企業規模較小，發展具有高度的不確定性，麵臨眾多風險因素，無論是在新三板企業掛牌之前還是掛牌之後，其融資渠道主要是自由資本和短期借款，幾乎沒有長期負債。
（五）區域產權市場功能削弱
我國區域產權市場存在規模小、主體少的特點，受國家政策的製約，很多大型的機構投資者難以參與產權交易所交易，以致產權交易所的參與主體很少；從區域產權交易現狀來看，各部門涉及的產權品種有限，業務範圍狹窄。
目前我國尚未製定產權交易市場的專門法律製度，缺少對產權交易的信息披露製度、監管主體及範圍的明確規定，導致信息披露不足、交易機製不健全、監管力度不夠等問題的出現，投資者權益往往難以保障，產權市場的融資功能逐漸削弱。
（六）市場“轉板製度”缺失
“轉板製度”就是企業在不同層次的證券市場間流動的製度。目前我國多層次資本市場框架已初步建立，但不同層次的資本市場之間尚未搭建起鏈接的橋梁，缺乏相互之間有機的結合，亟須完善“轉板製度”。上交所和深交所上市企業退出證券交易所，直接進入代辦股份轉讓市場掛牌交易，中間沒有過渡層次，但三板掛牌企業和非三板企業，都需要通過首次公開發行的程序才能在場內資本市場的相關板塊上市，且場外交易市場無法發揮技術創新企業“孵化器”和作為主板後備市場的功能。
二、我國多層次資本市場完善的路徑
建立和完善我國多層次資本市場能夠充分滿足多樣化的市場需求。努力提高直接融資比例，能夠為我國經濟的健康持續發展提供創新源泉。而從國外成熟資本市場的發展曆程來看，多層次資本市場體係的發展與完善，首先要源於微觀市場基礎力量的推動，即不同類型企業的不同融資需求。其次，幾乎都要從場外交易發展起來，遵循著從分散到集中、從場外到場內、從低層次到高層次、高低層次相互聯係、相互影響的發展規律。再者，離不開健全的法律體係和完善的企業發展環境和製度環境。第四，要與國家經濟和社會的發展相匹配。
（一）主板市場重新洗牌
目前我國滬深證券市場功能定位應當明確。讓上海證券交易所承擔主板市場功能，要朝著全球新的國際金融中心發展，目標成為全球最具影響力的金融市場增長極[3]；深圳證券交易所因毗鄰香港，發展空間被擠壓，應去除主板市場的功能，著力發展中小板和創業板市場，采取更加靈活的政策，把深圳證券交易所建成創業板的“試驗田”，最大限度地解決中小企業融資難問題。
（二）強化中小板功能
深圳證券交易所如能建成創業板的“試驗田”，同時獨立出中小企業板市場，則應考慮強化中小企業板功能，讓其通過較高的上市標準、嚴格的退市製度和監管製度，著重服務於具有較強自主創新能力、業績良好、運作規範的成熟中小企業；讓創業板市場以相對寬鬆的上市標準，著重服務於具有一定自主創新能力但尚未成熟且具有高頻率、小額度融資需求特點的創新型中小企業。目標使創業板與中小企業板的差異性、共通性得到有機組合。
（三）大力發展創業板
創業板是在全球金融危機背景下誕生的，肩負著推動我國產業結構調整、促進自主創新型國家建設、進一步拓寬科技成長型企業融資重要助推器的曆史使命[3]。應當繼續推動發行體製改革，采取更加靈活的信息披露機製，提高創業板發行效率，擴大市場規模，盡快推出創業板再融資及退市製度，進一步加大市場監管力度，避免過度炒作，創業板要吸取教訓，查偏糾錯，確保又好又穩發展。