同年4月底，清軍進軍北京。當得知崇禎皇帝已縊的消息後，為了迅速穩定政局，安撫民心，範文程建議采取以下政舉和措施：
宣布為崇禎帝發喪3日；起草檄文，自稱為“義師”，打出為大明臣民“複君父仇”的旗號，把矛頭轉向李自成等農民軍，這不僅為清軍入京找到了堂皇的借口，又最大限度地減少大明軍民的抵抗；各衙門官員俱照錄用，在京內閣、六部、都察院等官員同滿官一體辦事等。
由於範文程采取了恰當的對策，為清政權在北京的建立奠定了基礎。同時，也越發顯出範文程在政治上和軍事上超乎群雄的顯赫地位和作用。
俗話說“樹大招風”。隨著範文程地位的上升，聲望過隆，引起了清統治集團內部一些貴族官員的忌妒和不滿。一向好獨秉大權的多爾袞也在許多政策及用人等問題上與範文程發生分歧。
1645年8月，多爾袞以國家事務各有專屬，範文程素有疾病，不宜過勞等借口，開始限製和削弱他的權力。隨後，又因甘肅巡撫黃圖安呈請終養問題，範文程被多爾袞以擅自輔政為由，下法司勘問。
雖然這次沒有罷他的官，但範文程已深知自己的處境和今後該怎樣處理與多爾袞的微妙關係了。他處處小心從事，既不使自己冒尖，更不幹出風頭、授人以柄之事，免遭不測。
1648年3月，獨斷專行的多爾袞由於貴族內部權力爭鬥的需要，並斃了肅清王豪格。
在此前後，多爾袞曾多次命其親信大學士剛林、祁充格同範文程一起刪改太祖實錄。範文程深知此事關係重大，處理不好將殃及安危，但他又不能違命不從。遂托詞養病，閉門不出，采取軟拖的辦法，以免遺患未來。
1650年，多爾袞病死。翌年初，多爾袞被指控生前有謀逆行為，依附多爾袞的剛林、祁充格等人，被控犯有“妄改太祖實錄”之罪而被殺。範文程雖也參與此事，但因既非多爾袞一黨，又未留下把柄，僅被處以革職留任，不久又官複原職。
就這樣，範文程不僅機智地避開了一場政治爭鬥，而且又很快地得到新主福臨帝的信任和重用。至1652年，範文程官升至議政大臣，這是此前所有漢人從未得到過的寵遇。
1653年5月，福臨為治理好國家，整頓朝綱，特請範文程研究治國安邦之道。範文程坦誠地說：“大凡行善合天者，必君明臣良，交相釋回，始克荷天休而濟國事。若人主愎諫自用，誰複進言？”
範文程的這番話，實際上是要福臨以過去多爾袞重獨專朝政而引發內部派鬥為教訓，要善納群言，能聽進不同意見，使君主的決策能順乎民心民意，合乎潮流。
在此之後，範文程又提出了興屯田，招撫流民；舉人才，不論滿漢新舊，不拘資格大小，不避親疏恩怨等重要建議，多被采納並實行。不僅如此，他還對朝中那些敢於直言不苟、秉公不阿的臣僚給以愛護。
1654年8月，範文程進升少保兼太子太保。但他此時已年老體衰，力不從心，多次上書請求修養。福臨不願失去這樣一位傑出謀士和得力助手，命他暫不到任，待病稍愈，立即前來就職。此外，福臨還特別加封範文程太傅兼太子太師。
然而，明智而又深謀遠慮的範文程，就此謝政隱退，安度晚年。1657年，福臨又給範文程加官一級，並將他的畫像收藏在皇宮之內。
1666年8月，範文程去世。後來，康熙帝玄燁親筆書寫的祠堂匾額說他有“元輔高風”。
[旁注]
滿洲八旗： 是清太祖努爾哈赤於1601年正式創立，初建時設四旗：黃旗、白旗、紅旗、藍旗。1614年因“歸服益廣”將四旗改為正黃、正白、正紅、正藍，並增設鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍四旗，合稱八旗，統率滿族、蒙古族和漢族軍隊。
洪承疇 （1593年～1665年），字彥演，號亨九。先仕於明，鬆山之敗後降清，既是明末叛臣之一，但他也是清朝定鼎中原的重臣。被清政府贈少師，諡“文襄”，賜葬京師，立禦碑。乾隆因洪承疇為叛明降清的人，列於貳臣甲等列入《清史·貳臣傳》。
福臨 （1638年～1661年），愛新覺羅氏。滿族。皇太極的第九子。在位18年。諡號“體天隆運定統建極英睿欽文顯武大德弘功至仁純孝章皇帝”，廟號世祖。葬於河北省遵化縣清東陵的孝陵。
努爾哈赤 （1559年～1626年），愛新覺羅氏。滿族。我國曆史上傑出的軍事家和政治家。清朝的奠基人和主要締造者。諡號“承天廣運聖德神功肇紀立極仁孝睿武端毅欽安弘文定業高皇帝”，其子皇太極改國號為“大清”並稱帝後，追尊努爾哈赤為太祖。
皇太極 （1592年～1643年），也稱皇太子、洪太極、黃台吉，愛新覺羅氏。滿族。清太祖努爾哈赤第八子。諡號“應天興國弘德彰武溫寬仁聖睿孝敬敏昭定隆道顯功文皇帝”，廟號太宗。他在位17年，其間整頓內政，對外開疆，是清朝實際上的開國皇帝。
崇禎皇帝 （1611年～1644年），即朱由檢。明朝第十六位皇帝。在位17年。諡號“守道敬儉寬文襄武體仁致孝莊烈湣皇帝”，廟號思宗。即位後大力鏟除閹黨，並六下罪己詔，但性格剛愎自用且多疑。1644年，李自成軍攻破北京後自縊於煤山，即景山。葬於十三陵思陵。
多爾袞 （1612年～1650年），愛新覺羅氏。努爾哈赤第十四子，皇太極之弟。清朝初期傑出的政治家和軍事家，完成大清一統基業的關鍵人物，清朝入關初期的實際統治者。先追尊為成宗義皇帝，後被順治帝追論謀逆罪削爵，後複睿親王封號。
康熙帝玄燁 （1654 年～1722年），愛新覺羅氏。滿族。清朝第四位皇帝、清定都北京後第二位皇帝。在位61年，是我國曆史上在位時間最長的皇帝。諡號“合天弘運文武睿哲恭儉寬裕孝敬誠信功德大成仁皇帝”。他奠下了清朝興盛的根基，開創出“康乾盛世”的大局麵。
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清軍進入北京時，多爾袞下令北京城內所有官員都搬出城，好讓滿洲貴族入住。
當時明朝官員中有個德國科學家叫湯若望，他一聽多爾袞讓搬出北京，就寫了一封信求人轉交給多爾袞，闡述了自己的苦衷。
多爾袞卻把這封信扔了，結果叫範文程揀到了。範文程是文人，一拿到信就找多爾袞，說湯若望是個人才，天文曆法方麵的學識和技能非常高，而大清正需要這種人。正是由於範文程重視人才，保護人才，湯若望才得以被重用。