由於多年的嬌生慣養和自身體質虛弱，趙昰終於病死於廣東的硇洲島上，享年10歲，葬於永福陵，廟號端宗。他死後，由弟弟7歲的衛王趙昺在碣州登基，年號“祥興”。
趙昺登基以後，左丞相陸秀夫和太傅張世傑護衛著趙昺逃到崖山，在當地成立據點，準備繼續抗元鬥爭。
不久，在現在的廣東和江西兩省交界處抗元的文天祥得不到流亡政府的支援，被南宋降元將領張弘範在五坡嶺生擒。文天祥作《過零丁洋》詩，最後慷慨就義。南宋在陸地的抗元勢力覆滅。
南宋流亡政府逃到海上，一場事關南宋生死存亡的海戰已是一觸即發。
1279年，張弘範大舉進攻以趙昺為首的南宋。攻占廣州的西夏後裔李恒也帶領援軍加入戰事。相傳起初宋軍兵力約有20萬人，戰船1000多艘；元軍隻有20000人，戰船50餘艘，北方人不習海戰，多暈眩不支。
這時，宋軍中有人建議，應該先占領海灣出口，保護向西方的撤退路線。張世傑為防止士兵逃亡，否決建議，並下令盡焚陸地上的宮殿、房屋、據點；又將下令將宋軍船隻以“連環船”的辦法用大繩索“一”字形連貫在海灣內，把趙昺的“龍舟”安排在軍隊中間，坐鎮指揮。
元軍以小船載茅草和膏脂，乘風縱火衝向宋船。但宋船皆塗泥，並在每條船上橫放一根長木，以抵禦元軍的火攻。元朝水師火攻不成，以水師封鎖海灣，又以陸軍斷絕宋軍汲水、砍柴的道路。
宋軍吃幹糧十餘日，口幹舌燥，許多士兵以海水解渴，臉部浮腫，大量嘔泄。張世傑率蘇劉義等大戰元軍，張弘範擒張世傑甥韓某，以其向張世傑3次招降不果。
元軍中有建議張弘範先用火炮，但他認為火炮一旦打亂宋軍的“一”字陣型，就會令其容易撤退。於是，他將軍隊分成四份，宋軍的東、南、北三麵皆駐一軍；張弘範自領一軍與宋軍相去裏餘，並以奏樂為以總攻訊號。元軍假裝奏樂，宋軍聽後以為元軍正在宴會，稍微鬆懈了。
正午時分，張弘範的水師於正麵進攻，接著用布遮蔽預先建成並埋下伏兵的船樓，以鳴金為進攻訊號。各伏兵負盾俯伏，在矢雨下駛近宋船。兩邊船艦接近，元軍擂鼓助威，一時間連破七艘宋船。宋師大敗，元軍一路打到宋軍中央。
趙昺的龍舟在軍隊中間，既豪華又龐大，44歲的陸秀夫見無法突圍，先將自己的妻子兒子趕下海，接著便對趙昺申明大義，趙昺被嚇得哭作一團。接著陸秀夫便背著8歲的趙昺毅然蹈海。不少後宮和大臣亦相繼跳海自殺。
張世傑希望奉楊太後的名義再找趙氏後人為主，以圖後舉，但楊太後在聽聞兒子的死訊後亦赴海自殺，張世傑將其葬在海邊。不久張世傑在大風雨下溺死於平章山下。
崖山海戰宣告了忽必烈最終滅掉南宋，元朝統一了全國。
[旁注]
陸秀夫 （1236年～1279年）字君實，一字宴翁，別號東江，楚州鹽城人。南宋左丞相，抗元名臣。和文天祥、張世傑並稱為“宋末三傑”。
張世傑 涿州範陽縣，今河北省涿州市人。南宋抗元名將，與陸秀夫、文天祥並稱“宋末三傑”。張世傑行伍出身，跟隨張柔戍河南杞縣。蒙古滅金之後，張世傑投奔南宋，成為南宋末年最重要的軍事統帥和抗元大將。
文天祥 （1236年～1283年），南宋末期吉州廬陵人。與陸秀夫、張世傑被稱為“宋末三傑”。1279年被俘，受俘期間，元世祖以高官厚祿勸降，文天祥寧死不屈，浩然正氣，“人生自古誰無死，留取丹心照汗青”名垂千古，光耀史冊。
伯顏 （1236年～1295年），蒙古八鄰部人。元大將。深得忽必烈賞識，留作侍臣，與謀國事。代兵攻宋，陷臨安，俘宋帝、謝太後等北還，取宋地37府、128州、700餘縣。追封淮安王、淮王。有《丞相淮安忠武王碑》以誌其功。
崖山 在廣東省岡州，即今新會,距新會城南約50多千米，銀洲湖水由此出海，也是潮汐漲退的出入口。東有崖山，西有瓶山，兩山之脈向南延伸入海，如門束住水口，故稱崖門。崖山海戰就在這發生。
張弘範 （1238年～1280年），字仲疇，祖籍河北省易州，元代著名的軍事家、統帥。曾參加過襄樊之戰，後跟隨元帥伯顏滅宋，俘獲5歲的宋恭帝和謝太後、全太後、眾官僚和太學生，押送到大都。又俘獲南宋丞相文天祥於五坡嶺。是宋元之際的重要人物之一。
蘇劉義 (1232年～1279年），字任忠，號複漢。崖山海戰後，蘇劉義突圍，扮裝相士輾轉潛返新會沙湧，秘密聯絡馬南寶，尋到一位姓趙名旦的宋室後裔，擁立為王, 以繼趙宋統治，又招集千餘軍民，繼續反抗元朝統治。後被元朝重軍複剿月餘，蘇劉義最終殉國。
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南宋末年著名的民族英雄文天祥少年時生活困苦，在好心人的幫助下才有機會讀書。
一次，文天祥被有錢的同學誤會是小偷，他據理力爭，不許別人踐踏自己的尊嚴，終於證明了自己的清白。通過這件事，更加樹立了文天祥金榜題名的誌向。
文天祥在抗元作戰中被俘，忽必烈許以高官厚祿進行誘惑，文天祥不為所動。
在元大都刑場，監斬官問他還有什麼話要說，文天祥喝道：“死就死，還有什麼可說的？”
說罷向南方跪拜，然後引頸就刑，從容就義。