1380年，明太祖出於加強皇權的需要，下令改大都督府為中、左、右、前、後五軍都督府，分領在京和在外各都司衛所。
同時，又設立兵部，作為朝廷執政機構的六部之一。
五府隻管軍籍和軍旅之事，而人事、調遣和政令發布之權則移交兵部，“凡武職、世官、流官、士官襲替、優養、優給”，各府移文兵部請選，“都司衛所首領聽吏部選授”。
遇到戰爭，天子命將充總兵官，兵部簽發“出兵之令”，調衛所軍領之，“既旋則將上所佩印，官軍各回衛所”。
這樣，明代的軍事就由五軍都督府和兵部共同管轄，“兵部有出兵之令，而無統兵之權，五軍有統兵之權，而無出兵之令。”兩個機構“合之則呼吸相通，分之則犬牙相製”，便於皇帝的操縱和控製。
明代中後期，兵部尚書或侍郎有時可提督或協理京營戎政，直接掌握京營訓練，五府官實際上變成了一種虛銜。
在地方，起初在各省府設立都衛，1375年改為都指揮使司。各都司設都指揮使一人，作為地方的最高軍事長官，掌一方之軍政，各率其衛所隸於五府，同時聽命於兵部。
明初各省都指揮使與布政使、按察使“並稱三司，為封疆大吏”，而且品級、地位也比布、按官高，威權甚重。但在對內對外的戰爭中，朝廷照例派都督府官或公、侯、伯出為總兵官，事後還任。臨時派遣的總兵官變為定設的官員，形成了鎮戍製。
接著，在內地的軍事要害地區也派總兵官鎮守，獨任一方之軍務。都指揮使的地位因此日益下降，逐漸變成總兵官的下屬。朝廷為加強對武臣的管理，又派文臣於各總兵官處整理文書，商榷機密，以至逐漸變為定設的官員。
巡撫往往加有提督軍務或讚理軍務、參讚軍務的名義，總督更擁有總督文武、自總兵巡撫而下皆聽其節製的大權，不僅地方的都、布、按三司歸其管轄，連總兵官也必須聽其指揮了。
明代針對衛所製訂軍衛法。一郡者設所，連郡者設衛。百戶所下設兩個總旗，每個總旗下設5個小旗，每個小旗有軍士10人，大小聯比以成軍。全國的軍隊均按此製編入衛所，由百戶、總旗、小旗等逐級率領。
明代的軍餉，依靠“屯糧”、“鹽引”、“民運”和“京運”4個途徑來解決。
屯糧指由軍屯士卒交納的稅糧；鹽引指用鹽引換取的商屯糧；民運指從民田上征收的稅糧；京運指由戶部太倉庫撥付的存銀。明代前期的軍餉，基本上由屯糧和鹽引解決。
明代建立後，明朝廷曾大規模推行軍屯和商屯。開國之後，明太祖即“令軍士屯田自食”，要求衛所軍卒，一部分負責戍守，一部分從事屯墾。具體的戍守比例，開始沒有統一的規製。
明初各都司衛所屯田數額高達90萬頃。內地軍屯“實收子粒，足以充軍食之半”。屯糧不足的部分，由民運支付。
邊地衛所，屯田軍卒比例較少，屯糧缺欠較多，如由民運支付，路途遙遠，運費很高，於是明朝廷又大力提倡商屯。
商屯就是朝廷利用對食鹽的專賣權，招誘商人到邊境地區出資募民屯田，把收獲的糧食交給當地朝廷充作軍餉，然後向朝廷領取鹽引，到指定鹽場支取食鹽，販賣獲利。這就叫做“開中法”。
1371年定中鹽則例，規定商人按道裏遠近，交納三五石不等的糧食，可向朝廷換取100千克鹽引。由於商屯的發展，明朝廷便可坐得資糧，以佐軍用。
後來由於商品經濟的發展，加上其他原因，屯田逐漸遭到破壞。
清代最高軍權由皇帝掌握，皇帝年幼未親政前，暫由攝政王代理。協助皇帝執掌軍政機要的機構，雍正前是議政王大臣會議，後來是軍機處。兵部名為朝廷軍事領導機構，實權不大。
軍機處成立於1730年。自成立後，取代了議政王大臣會議的地位和作用，進一步削弱了內閣的職權。直至1911年4月實行責任內閣製時，執政長達180年之久的軍機處才被廢止。
兵部成立於天1631年，入關後為管理全國綠營兵籍和武職官員的機構。八旗則主要由八旗都統衙門管理。軍機要務由議政王大臣會議和軍機處負責。後來改為陸軍部。
清軍平時的訓練因時因地而異。清太宗天聰年間親率八旗演習行陣，是為清代皇帝舉行大閱之始。後來皇帝每年親巡塞外校獵行圍，3年舉行一次大閱典禮，在京師南苑、玉泉山、王家嶺等地檢閱京營八旗。
京營訓練各有定製。如正黃、鑲黃、正白三旗親軍，每月分期輪流訓練騎射兩次，步射4次。
八旗驍騎營每月習射6次。春秋兩季還披甲練步射和騎射。春月分操兩次，合操一次，秋月合操兩次，仲春孟秋還要登城操習鳴螺。漢軍每月練習鳥槍外，春秋月，每旗出炮手10位，在盧溝橋試炮五日。春秋兩季，四旗合操4次，八旗合操兩次，初冬，各旗演習步圍。
綠營訓練方法是沿自明代的舊法，以所謂連環法陣勢為主。
其法是，每年秋季霜降日，綠營將弁率兵入教場，設軍幕。中軍豎起大旗於場朝廷，士卒披甲列陣肅立，統兵大臣傳令合操，中軍便揚令旗指揮，發炮3響，鳴角擊鼓，步兵騎兵列隊行陣，施放火槍，連環無間。
同時也表演長矛、短刀、藤牌等武藝。平時也有小操、大操、合操、試炮、巡察、步圍、步行等製度。
分散駐防應差的綠營平時訓練最少，巡撫標兵也如此，隻得抽空訓練。綠營鳥槍兵照八旗火器營進步連環之法操練，統兵官習射，習槍以迅速命中目標為度。
清代通過戶部、兵部、工部的分工合作來解決軍隊的後勤供應。至於清軍官兵及其家屬的生活，主要靠其俸餉和旗地來維持，總的說來八旗待遇比綠營優越得多。
比如前鋒、親軍、護軍、領催、弓匠長月給銀4兩，驍騎、銅匠、弓匠月給銀3兩，皆歲支米48斛；步軍領催月給銀二兩，步軍1.5兩，皆歲支米24斛；炮手月給銀二兩，歲支米36斛；由覺羅補前鋒、親軍、護軍者，月加銀一兩。
再如綠旗兵餉之製，京師巡捕三營，馬兵月給銀二兩，步兵一兩，皆月給米5鬥；各省鎮標馬兵月餉銀3兩，步兵1.5兩，守兵一兩，皆月支米3鬥。
清代對武官的考核5年舉行一次，稱軍政。考核的目的在於整飭綱紀，黜陟將弁。凡遇軍政之年，武職官員都要進行全麵係統的考核，開列四欄，填注考語。
武官必須注有行止端方、弓馬嫻熟、管轄嚴肅、當差謹慎、不擾下屬、給餉無虛等考語。軍政考核後，提督、總兵賢者優敘，劣者罷黜，一切由皇帝決定。
清代的武官回避製度，是清朝廷為了防止官吏利用親族、同鄉、師生等關係，結黨營私，破壞法紀的一項重要製度，在維護朝廷集權方麵，曾發揮過積極的作用。
清代八旗兵和綠營兵的軍紀，大致可分為紮營、行軍、戰場三大類。
紮營紀律規定：兵丁在營內亂走，高聲說話，白天犯者，八旗兵鞭50下，綠營兵棍責40下；夜間犯者，若引起亂營，立即斬首。看守營門時，無故私放外人進入營地者，八旗兵鞭70下，綠營兵棍責60下。
兵丁在營，敢在該管官麵前妄行，或動作驕慢無禮者，罰以插箭遊營，以示警示。
行軍紀律規定：兵行各按隊伍依次而前，無論道路平坦窄狹，後隊不得越過前隊，違者，八旗兵鞭50下，綠營兵棍責40下，仍插箭遊營。官兵沿途欺壓民番，恃強買賣，掠財物，毀民房、淫汙婦女者斬。
兵行遇有草地方，當陸續行走，如有不顧隊伍混行，致踐踏草者，八旗兵鞭100下，綠營兵棍責80下。
戰場紀律規定：戰陣之際不遵號令者；歸陣時回顧畏縮交頭接額私語者；泄漏軍機、私改密件者；將軍、參讚大臣、領兵提督、總兵等官密議軍情時私行竊聽者；探信不實，貽誤軍機者；官兵殺良冒功者，以上所列當斬。
乾隆時又特定將帥軍紀3條：統兵將帥苟圖安逸，故意遷延，不將實在情形具奏，貽誤軍機者；將帥因私忿妒忌推諉牽製，以致徒勞兵力、空費軍餉，貽誤軍機者；身為主帥，不能克敵，轉布流言，蠱惑人心，傾陷他人，貽誤軍機者，以上所列擬斬立決。
清軍將帥戰功卓著者，由兵部複議奏請隨時酌定。其他有功官兵，由統兵將帥造冊報兵部後，兵部核實功績，進行軍功獎賞。
清朝廷視八旗為國家根本所在，實行一係列優撫政策，如增加兵額，恩賜餉米，官給馬匹、器械，贖回旗地，免其借貸，賞給婚喪銀兩，天災或大典皆賜銀米，年老告退之官優給俸祿等。對綠營兵也有優撫，但同是優撫，八旗比綠營的待遇優厚。
[旁注]
六部 從隋唐開始，朝廷行政機構中，吏、戶、禮、兵、刑、工各部的總稱。其職務在秦漢時本為九卿所分掌，魏晉以後，尚書分曹治事，曹漸變為部，隋唐始確定以六部為尚書省的組成部分。
鹽引 又稱“鹽鈔”。“引”是指有價證券，還可以作為“代幣”流通。明代鼓勵商人輸運糧食到邊塞換取鹽引，給予販鹽專利的製度。又稱開中。開中之製係沿襲宋、元製度，但明代多於邊地開中，以充實邊境軍糧儲備。到了清代，鹽引的地位變得更加重要。
黜陟 指人才的進退，官吏的升降。“黜陟使”這個名稱在唐代以前存在，後來改為其他名稱。雖然名稱不一，但功能都是巡視地方、考察幹部。根據其功能，它另外的名稱又叫巡察使、安撫使。
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努爾哈赤軍紀之嚴明，到了近乎殘酷的地步。
《滿文老檔》記載：1618年攻打撫順時，一個叫阿奇的士兵，偷著搶了一隻老百姓的雞燒著吃，另有4個士兵跟著吃開了。被發現後，5個人都被處以死刑。
努爾哈赤率軍戰鬥時，令每個兵士乘一匹馬，還要再帶上一匹馬，一起向敵陣發起衝擊。軍中設有督戰官，努爾哈赤手持紅箭，在後麵督戰，發現有誰違背軍令，就用紅箭頭射之，戰鬥結束，凡身中紅箭者，一律嚴懲。