樞密院是宋代主管軍機事務的最高機關。樞密院負責製訂戰略決策，處理國防事務，招募、檢閱、調遣軍隊。
樞密院的長官是樞密使、副使、或知院事和同知院事。樞密使、副使與參知政事合稱“執政”，與宰相共同負責軍國要政，是朝廷中地位僅次於宰相的最高行政長官之一。
在正副長官之下，還有簽書院事與同簽書院事，又設都承旨、副都承旨，負責內部事務；其下又有檢詳官、計議官、編修官，為樞密院的骨幹。
三衙是宋代分掌全國軍隊的最高指揮機關，其全名是殿前都指揮使司、侍衛親軍馬軍都指揮使司和侍衛親軍步軍都指揮使司。
三衙各設都指揮使、副都指揮使和都虞侯，但很少同時配齊。三衙的都指揮使簡稱為殿帥、馬帥、步帥，合稱三帥。三衙掌管全國軍隊的轄製訓練、番衛戍守、遷補賞罰。三衙互不統屬，直接隸屬於皇帝。
北宋軍隊的領導體製把調兵權、統兵權、握兵權一分為三。這種軍製對於消弭兵禍，保障社會的安定，維持正常的生產和生活秩序，起了良好作用。
南宋軍製大體上沿襲北宋製度，但國家主力軍是屯駐大軍，西北邊防的番兵也已不複存在。
宋元之際還有遼、西夏和金3個政權。遼代主管軍事的最高機關為樞密院，後為南、北兩樞密院。北樞密院統領契丹兵馬，南樞密院統領漢族兵馬。樞密院使是全國最高軍事首腦。
西夏的常備軍主要是部族軍。部落是軍事組織的基礎，部落首領即軍隊將領，享有很高的威望。西夏的軍隊有很強的組織性和紀律性。
金代設置的最高軍事機構是都元帥府，掌握全國的軍事大權，下設都元帥和左、右副元帥各一員，由諳班勃極烈和勃極烈擔任。各路設軍帥司或都統司，由都統統領本路軍隊，隸屬都元帥府。
至海陵王時，朝廷廢除了都元帥府，仿漢製設樞密院，由朝廷任命樞密使、副使掌握全國軍事。
元代統一全國後，元世祖忽必烈為加強朝廷集權，在朝廷設立樞密院，作為掌管全國軍政的最高機構，地方統軍機構幾經變化後也基本趨於穩定，形成了一套製度。
樞密院負責調發和管理全國軍隊、籌劃軍事部署、銓選武官及為軍隊提供後勤保障。軍隊的通信、馬政等，由中書省兵部負責，不歸樞密院掌管。
樞密院初設時隻置樞密使、副使、僉書樞密事等職，後來增置了同知樞密院事、知樞密院事、同僉書樞密院事等職。皇太子兼樞密使。知樞密院事是樞密院的實際最高長官。知院原設一員，後來增至7至10員。
樞密院向皇帝奏報軍情要務，一般情況下不經過中書省。重大的軍事決策，皇帝要召集中書省和禦史台等中樞機構官員與樞密院官員一同商議。
元世祖將全國劃分為12個一級行政區，包括一個中書省和11個行中書省。行中書省簡稱“行省”。
各行省設置平章兩員，兼管軍事，總督本省軍馬。行省中心的地區或少數民族聚居地區，設立宣慰司都元帥府掌軍政和民政，作為行省和郡縣的中介機構。
各行省的軍隊調發，需經樞密院批準傳旨。行省內務軍隊的鎮戍和屯田地點，也要由行省官員和樞密院協議確定。
元代實行軍官世襲製度。承襲者必須年滿20歲，按照規定要進行武藝和文化考核。承襲者可以是兒子，也可以是兄弟子侄。
元仁宗時特別作出規定，必須由嫡長子承襲，其次是嫡長孫。這是第一順序。如果沒嫡長子孫或嫡長子孫不夠承襲年齡，則改由第二順序，即庶子和兄弟、侄等承襲。嫡長子孫及齡後，第二順序承襲者要將職位交回他們手中。
掌管探馬赤軍的軍官升遷後，原來的職位由他們的“弟侄兒男”繼任，管漢軍的軍官升遷後，留下的職務由他人繼任。
元世祖又規定了軍官的品級、各軍府設軍官的人數以及軍官所持的符牌標準。萬戶府、千戶所分成上、中、下三等，侍衛親軍各衛指揮使司與上萬戶府等級相同；百戶所分為上、下兩等。
萬戶府設達魯花赤、萬戶、副萬戶、鎮撫；侍衛親軍各衛設都指揮使、副使；千戶所設達魯花赤、千戶、副千戶、彈壓；百戶所設百戶。草原上的蒙古軍，仍保持過去的千戶長、百戶長等職務。
元代軍官佩有符牌。分為虎頭金牌、平金牌、平銀牌三等，又稱為虎符、金符和銀符。大致上是萬戶佩虎符，千戶佩金符，百戶佩銀符。
虎符還有三珠、二珠、一珠的區別，三珠虎符最高，隻有上萬戶府達魯花赤、萬戶以上的掌軍者才能發給。符牌由朝廷頒發，軍官升遷或去職後，按規定要交回原持符牌。除符牌外，各級軍官還有印章。
元代十分重視軍事後勤建設，對武器裝備、軍需物資和軍事通信都有嚴格的規定。
元代設立軍器監，專門管理各種冷兵器和火器的生產、貯存和發放。
元代對武器的管理有很嚴格的規定。除了由朝廷組織的武器生產外，任何人都不許私造兵器。漢人、南人不得私藏武器，彈弓、鐵棒等都在禁用之列，違反者要治罪。
漢軍和新附軍人隻有在作戰或出戌時才許持有武器，使用之後就要交納倉庫，統一保管。蒙古軍和探馬赤軍人則不受此限製。
為了解決軍隊的糧食供應問題，元代侍衛親軍各衛和地方的鎮守軍隊都撥出部分士兵從事耕作。軍屯按照軍隊組織係統進行管理，設立屯田萬戶府、千戶所等機構，各級官員都是軍官。
每年年底，朝廷要對軍屯的耕田畝數、糧食收成和耕畜情況進行考核，獎優罰劣。被調充屯田軍人的主要是新附軍和漢軍。
元代重視騎兵建設，對馬匹的繁殖、管理和調撥，逐漸形成一套製度。此外，由朝廷設置、管理的牧場，主要分布在大都周圍和漠北、漠南的草原上，牧養的馬匹一部分供軍事上使用，一部分則用來滿足皇室的生活需要。
為了保證龐大的軍事機器運轉，隻靠軍戶自備武器裝備和提供封椿錢、調發軍人屯田等是遠遠不夠的。朝廷每年還要拿出大量錢鈔，支付軍官俸祿、怯薛歲幣、賞賜軍功以及戰爭費用。
為了保證軍隊的通信聯絡，元代朝廷建立了完善的站赤係統。驛站設置以大都為中心，通往全國各地。各站都備有馬匹和糧食、肉食，備來往的信使使用。此外，還有急遞鋪，用來往返遞送緊急軍情公文。
元代的軍事法規，既保存了相當多的蒙古傳統，又吸收了前代封建王朝的許多原則規定，形成一種混合的體製。軍人的服役辦法，軍官的職責和獎懲，軍隊的紀律，以及軍事法令的執行和監督，是軍事法規的主要內容。
軍官的考核標準是“治軍有法，守鎮無虞，甲仗完備，差役均平，軍無逃竄”；軍官不許擅自離職，違者治罪。軍隊紀律分為群眾紀律和戰場紀律，有很多具體規定，如不得隨意牧放牲畜踐踏農田，作戰時臨陣逃脫處死，同在一個作戰單位的人也要受罰等。
軍法的執行原來由軍隊自身負責。元世祖改革軍政後，從朝廷至地方的監察機構對軍官的不法行為也實行監督。士兵犯法，由所在軍府核實情況後向上級機構申報處理意見，批準後方可實施處罰；如果事關民間百姓，還要與地方官府合審。
[旁注]
都元帥府 官署名。金王朝在1125年始立都元帥府。有都元帥、左右副元帥、元帥左右監軍、左右都監等官。任都元帥者常秉大政。金海陵王時，都元帥府被樞密院所取代。
海陵王 （1122年～1161年）。為金太祖完顏阿骨打庶長孫，完顏宗幹次子，母大氏，史稱海陵王。金代第四位皇帝，諡號“海陵煬王”、“海陵庶人”。在位期間完善朝廷集權，進一步鞏固和奠定了金王朝的統治。
忽必烈 （1215～1294年），即孛兒隻斤·忽必烈。蒙古族。成吉思汗嫡孫。元朝的創建者，諡號“聖德神功文武皇帝”，蒙古尊號“薛禪汗”。蒙古族卓越的政治家、軍事家。他在位期間，建立行省製，加強朝廷集權，使得社會經濟逐漸恢複和發展。
中書省 古代官署名。封建政權執政中樞部門。中書省的組織曆代均有變化。漢始設中書令，晉以後稱中書省。為秉承君主意旨，掌管機要、發布政令的機構。沿至隋唐，遂成為全國政務中樞。宋元時中書省設中書令和中書丞相，明清時期廢置。
元仁宗 （1285年～1320年）。元朝第四位皇帝，蒙古帝國可汗。諡號“聖文欽孝皇帝”，汗號“普顏篤可汗”。在位期間，減裁冗員，整頓朝政，推行“以儒治國”政策。
站赤 管理驛站的人，兼指站官及站戶。成吉思汗時仿效中原驛傳製度，在其境內設立驛站。窩闊台時，增設了從蒙古本土通往察合台和拔都封地，及從和林通往中原漢地的驛站，並頒布了乘驛的規定。元朝建立以後，全國遍設站赤，構成以大都為中心的稠密的交通網。
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元代在全國設立了14個官馬道，專職馬政，所有水草豐美的地方都用來牧放馬群。元代牧場廣闊，西抵流沙，北際沙漠，東及遼海，凡屬地氣高寒，水甘草美，無非牧養之地。
當時，在大漠南北和西南地區優良牧場放牧的人，蓬帳而居，隨水草畜牧。江南、腹裏和遼東諸處也散滿了牧場，早已打破了國馬牧於北方，往年無飼於南者的界線。
元代眾多牧場中豐美的水草有利於畜牧業的發展，也為善於騎戰的元軍提供了數以萬計的優良戰馬。
明清時期軍事製度
明太祖朱元璋建立後，大力強化封建專製朝廷集權。因此，進一步加強皇權對軍權的控製，是明代軍事指揮係統的一個顯著特點。
清代達到了朝廷集權製度的頂峰，軍隊管理體係也日漸完備。清代在軍隊的訓練製度、後勤供應、武官考核、軍紀執行、軍功獎賞及優撫政策方麵，形成了完善的軍政製度。
明初仿照宋元的樞密院製度，在朝廷設大都督府作為最高軍事機構，節製內外諸軍。