傳說，在林潤猶豫不決之際，夜得一夢，夢見媽祖告之：“公信忠誠，彈劾嚴嵩，奏本一上，必得批準。”
林潤夢醒，覺得是媽祖神示，於是大膽上書，彈劾嚴嵩。果然得到了皇上的準奏，除滅了嚴嵩。林潤為民除害，天下稱慶！朝廷為媽祖建廟於涵江，四時祭祀，以謝媽祖懲惡除奸之恩。
傳說在明代，草寇頭子李魁奇，率眾作亂，出沒於東南沿海一帶，結夥入侵湄洲對岸的吉蓼寨城抄掠，為害州郡，殺戮百姓。後來船隊又開到湄洲島，企圖搶掠。
湄洲百姓擁神於海邊，告示此乃媽祖故鄉，不得侵擾，但是李魁奇不予理睬。後來媽祖托夢李魁奇：“你焚掠吉蓼城，為禍酷烈，今再欲擾我父母之邦，若不速退，將殲滅你們。”
李魁奇仍嘯聚滋擾，不久狂風巨浪，蕩散他的船隊，李魁奇才害怕起來，認罪乞求寬宥，風浪才平靜下來。為此，李魁奇再備牲禮香花，到湄洲媽祖祖廟拜伏神前，表示甘心悔過。
［旁注］
市舶司 我國古代官署名。負責對外貿易之事。唐時對外開放，外商來貨貿易，廣州等地就成了重要通商口岸，朝廷在此設市舶司，或特派，或由所在節度使兼任。始於唐，盛於宋，至明末逐漸消失。清時設海關而廢市舶司。
秀才 原本指稱才能秀異之士，是一種泛稱，並不限於飽讀經書。及至漢晉南北朝，秀才變成薦舉人才的科目之一。唐初科舉考試科目繁多，秀才隻是其中一科，不久即廢。宋代各府向朝廷貢舉人才應禮部會試，沿用唐代後期之法，凡應舉選拔考試，以爭取舉薦的，都稱為秀才。
欽差 我國明清時期地方軍政大員之一，又稱撫台。以“巡行天下，撫軍按民”而名。北周與唐初均有派官至各地巡撫之事，係臨時差遣。欽差一詞始出於宋元時期，但欽差作為一種代替皇帝巡守監察的臨時官吏，卻始於明時的鹽政巡查。
鄭和 （1371年～1433年）原名馬三保。出身雲南鹹陽世家，明朝偉大的航海家。任內官監太監，官至四品，地位僅次於司禮監。1405年至1433年，鄭和七下西洋，完成了人類曆史上偉大的壯舉。1431年欽封鄭和為三寶太監。
神位 宗教界神仙的排位順序，每一個神仙的順序位置，稱為一尊神位。在宗廟祠堂或獲祭祀時，都有為祭祀的神明設立牌位。神位的尋找以門的位向來確定伏位，即大門開在何方，就以該方位為神位。
祭海 漁民每泛出海之前的祭祀儀式。祭海時先要在船上祭祀神祇，燒化疏牒，俗稱“行文書”。然後由老大將杯中酒與盤中肉拋入大海，稱“酬遊魂”，以求出海打魚時平安無事。祭祀時要放一副“太平坊”，即棺材板，出海時，放在船上。
碑刻 指刻在碑上的文字或圖畫。一般理解為用書法體刻在碑石上的書法。是將書寫好的墨跡複寫於平整的石板、石壁或木板上，然後鐫刻而成。
太監 又稱宦官。通常是指中國古代被閹割後專供古代皇室役使的官員。宦官製度起源於先秦時期，《詩經》、《周禮》、《禮記》中都有關於宦官的記載。周王朝及各諸侯國大都設置了宦官。秦始皇統一六國後，宦官由少府管轄。在不同的曆史時期，宦官由內侍省、掖廷局、宮闈局、奚官局、內仆局、內府局管理。
詔書 是皇帝布告天下臣民的文書。在周代，君臣上下都可以用詔字。秦王政統一六國，建立君主製的國家後，詔書便成為皇帝布告臣民的專用文書。漢承秦製，唐、宋曾廢止不用，元代又恢複使用。明代用詔書宣布重大政令或訓誡臣工。
漕運 是我國曆史上一項重要的經濟製度。在我國古代曆代封建王朝，會將征自田賦的部分糧食運往京師。這種糧食稱漕糧，漕糧的運輸稱漕運，方式有河運、水陸遞運和海運三種。
祥雲瑞氣 舊時認為天上彩色的雲氣為吉祥的征兆，故稱祥雲瑞氣。在道教文化中，認為當神仙降臨的時候也會出現祥雲瑞氣，是吉祥的征兆。
禦史 我國古代一種官名。先秦時期，天子、諸侯、大夫、邑宰皆置，是負責記錄的史官、秘書官。國君置禦史，自秦朝開始，禦史專門為監察性質的官職，一直延續到清朝。
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明代小說家羅懋登的《西洋通俗演義》中就根據鄭和下西洋遇到媽祖幫助的事情描述了一個故事。
故事中說，鄭和率舟師在大海中航行遇到風浪，遭遇烏天黑地，浪滾濤翻。狂風刮地而來時，鄭和與王尚書跪道：“信士鄭某、王某，恭奉南贍部洲大明國朱皇帝欽差，前往西洋，撫夷取寶，不料海洋之上風狂浪大，寶船將危，望乞天神俯垂護信。回朝之日，永奉香燈。”
禱告已畢，隻見半空中劃喇一聲響，響聲裏吊下一個天神。天神手裏拿著一籠紅燈，明明白白聽見那個天神喝道：“什麼人作風哩？”，又喝聲道：“什麼人作浪哩？”
隻見那個天神喝聲風，風就不見了風，喝聲浪，就就不見了浪。在生死攸關的時刻，天氣突然變化，風平浪靜。
媽祖幫助施琅征台成功
到了清代，在1682年，清軍水師提督施琅奉旨率30000水軍駐紮在平海，準備乘風東渡台灣，收複台灣。
他們來到平海後，正好遇到幹旱，施琅找了很多地方，都沒有找到合適的水源，30000大軍的飲水成了一件非常緊急的問題。
施琅望著士兵們口渴唇裂，萎靡不振的樣子，隻感到心急如焚，夙夜憂歎。他深知，如果不盡快解決水源的問題，那麼，收複台灣的整個作戰計劃就會全部失敗！為此，施琅走訪了當地許多鄉紳和百姓，可是沒有一個人能為他指點迷津。
一天，施琅為了排遣心中的鬱悶，來到了海邊，站在一塊巨大的礁石上，舉目遠眺煙波迷茫的台灣島，大海的濤聲帶著他的心事飄向茫茫大海。
半夜，施琅回到了宿營地，躺在床上輾轉反側，難以入眠。到了天快亮的時候，施琅迷迷糊糊地睡著了，做了一個夢。在夢中，媽祖娘娘從天後宮的神龕上走下，微笑著對他說：“施將軍何必如此長籲短歎，水不就在宮門口嗎！”
媽祖娘娘說完，便飄然而去。施琅猛然驚醒，茅塞頓開。
第二天，施琅便帶領士兵來到平海天後宮，果然在宮門口找到一個已經被填了的古井。施琅下令開始挖井。用兩天時間，隻挖了6米多深，奇跡便出現了，泉水汩汩地從井底湧出。
施琅俯身捧著喝了一口，泉水清冽甘醇，非常清爽。為了感念媽祖“賜泉濟師”，施琅欣然命筆，寫下了“師泉”兩個遒勁有力的大字，還命人刻下他的《師泉井記》的碑文。相傳，井邊的那個狀如龜頭的石頭，幹旱時，隻要你在龜頭上連磕三下，那麼便會泉湧如潮，永不幹涸。
在平海天後宮宮門的左右各立一通大石碑，左邊便是《師泉井記》，而右邊的《平海天後廟重修碑記》也與施琅將軍有關的另外一個傳說。
在1683年，施琅將軍奉命第二次東渡澎湖，收複台灣。當施琅率領舟師經過澎湖列島的時候，卻遇到海盜竊踞要津，使大軍難以東渡。要收複台灣，首先就要收回澎湖。澎湖既是赴台的跳板，又是征服台灣的前哨。施琅對此早已有所準備，他整頓東征大軍，嚴陣以待。
施琅命令用大炮攻擊，敵人也用大炮返擊。一連打了三天三夜，船上的糧草和淡水快用完了，施琅心裏十分焦急，但想到他們是正義之師，於是斬釘截鐵地說：“正義之師，奉旨征台，合乎天意，順乎民心，不把海盜聚殲，決不收兵！”
這時，施琅將軍回想起去年，得到媽祖幫助尋到水源的事情，更加相信媽祖一定會再次保佑東征雄師。於是，施琅站在指揮船上，拈香朝拜：“祈求天妃顯靈，保佑王師克敵製勝。事成之後，自當厚謝！”
於是，將士們也在戰艦上朝拜媽祖，請求神助攻克澎湖。一時間，30000舟師軍心振奮，紛紛請求將軍下令：“嚴懲為非作歹的海盜，敢冒炮火，視死如歸！”
又打了三天三夜後，施琅和眾將士都已經筋疲力盡了。在這千鈞一發之際，施琅將軍再度請求天妃顯聖，並下令三軍將士奮勇殺敵，有進無退。
傳說，這時，將士們好像看見天妃從天而降幫助他們，還有紅麵、綠麵的將軍衝殺在前，勢不可擋。說也奇怪，從這時起，雖然海上煙霧彌漫，但戰艦一路順利，威風凜凜地開進了澎湖列島，並肅清了島上的敵人。占據台灣的鄭克驚聞澎湖失守後，隻好投降。
還有傳說，在未攻克澎湖之前，署左營千總劉春，夜夢天妃告之道：“二十二日必得澎湖，七月可得台灣。”
果然，施琅率領的大軍於二十二日攻克了澎湖。又有傳說，在清軍攻克澎湖那一天，莆田平海鄉人去朝拜媽祖，看見媽祖身上的衣袍都被水濕透了，而她的左右兩位神將，綠麵的千裏眼和紅麵的萬裏耳塗油漆的雙手都起了“泡”。
鄉人們都說奇怪，奔走相告。等到出海漁民回來報告施琅將軍攻打澎湖得到天妃幫助，取得勝利的消息後，人們才知道原來媽祖是率領部將去幫助施琅了。班師回朝後，施琅將軍奏請朝廷封賜媽祖，並且說明了“澎湖神助得捷。”的經過
康熙皇帝聞奏非常高興，加封媽祖為“護國庇民昭靈顯應仁慈天後”，特旨重修擴建平海天後宮，又立下了《平海天後廟重修碑記》。這次，媽祖的封號達到了頂峰，成為“天後”，“天後”稱號是我國古代對女子或女神的最高封號。
不僅如此，康熙皇帝還派遣禮部郎中雅虎等人，懷抱著禦香、禦帛到平海天後宮分靈的祖廟湄洲媽祖廟褒嘉致祭。從此，媽祖的海神位置變得牢固而不可動搖了。
收複台灣後，到了1683年，清朝閩浙總督姚啟聖奉旨赴台灣頒布第一道朝廷詔書，但是因為風不順，他估計無法按時到達台灣，可這樣就是欺君大罪了啊！
煩惱的姚啟聖親自來到湄洲媽祖廟祈禱，希望媽祖能夠幫助他順利到達台灣。果然，姚啟聖起航之後非常順利，按時到達了台灣。姚啟聖還朝複命後，為了答謝媽祖，就重修了湄洲媽祖廟，並把重修後的朝天閣改為正殿。
自從姚啟聖重建了湄洲媽祖廟以後，便屢建奇功，後來便晉升為太子太保和兵部尚書，人稱“太子公”。所以，後來人們又將姚啟聖重修的正殿稱為“太子殿”。
湄洲媽祖廟重修完成後，還剩下許多杉木和石料，於是姚姚啟聖又在山門旁蓋了一座廟宇，但一時又不知道這廟宇該叫什麼名字。
姚啟聖想，媽祖貴為天後，雖然手下有“千裏眼”和“順風耳”兩將軍，但還少個手下總指揮。這座新蓋的廟就叫中軍廟吧！可是這位中軍的像該怎麼塑呢？姚啟聖一時想不出，便先回去了，臨走時向媽祖禱告道：“殿已蓋好，少個中軍，媽祖有靈，請自選。”
沒想到姚啟聖回家後不久便病死了。這時中軍殿的塑像剛好完成，於是廟主便請姚夫人到殿祭祀。姚夫人來到祖廟燒香祭祀以後，就來到中軍殿。她對著塑像，想起當時跟丈夫一起來許願的事，一下子眼淚止不住地流。
在場的隨從看到這情景，也流下了眼淚。忽然，有個人抬起頭，看到泥雕像也是滿臉淚痕。大家都非常吃驚。這時，有個隨從昏倒了，口裏喃喃地說道：“我就是姚啟聖，因為去年在媽祖麵前說過中軍殿裏無中軍，所以被媽祖請來鎮殿了。今天見夫人哭得傷心，所以不覺得也流淚了。”
原來是姚啟聖的魂魄在隨從身上附體了。姚夫人聽後“啊”的一聲大叫，立即撲向塑像，想要自盡，想跟隨夫君而去。塑像趕忙往後退了一步，塑像的臉也變成了紅色，而且看上去是滿臉愁容。
事隔不久，有人重新塑了中軍塑像，當時臉上沒有加色，但過了一夜後，塑像的臉就變成紅色了，而且也是帶點憂愁。
這事傳開後，人們推想這個中軍就是姚啟聖的神像。於是，人們便在殿中右邊門前塑了一匹姚啟聖生前最喜愛的白馬，供他來騎，以便他處理事務。
［旁注］
提督 武職官名，全稱為提督軍務總兵官。負責統轄一省陸路或水路官兵。提督通常為清朝各省綠營最高主管官，稱得上封疆大吏。若以職能分，提督分為陸路提督與水師提督。清朝共在各地設置12名陸路提督，3名水師提督。
鄉紳 我國古代社會一種特有的階層。有一部分人是通過科舉及第未仕、退任或鄉村休閑的官員，還有一部分是宗族元老等，他們在鄉村社會上享有較高的文化地位在社會有影響地位，是儒家文化最可靠的信徒。鄉紳捍衛儒學的決心和勇氣更勝官吏一籌。
神龕 是放置神明塑像或祖宗靈牌的小閣。神佛龕座位依神佛主次，作前中後，左中右設位，神佛龕多為橫長方形。龕均木造，雕刻吉祥如意圖案和帝王將相、英雄人物、神仙故事圖像等。
施琅 （1621年～1696年）字尊候，號琢公，明末清初軍事家。原為鄭芝龍和鄭成功的部將，降清後被任命為清軍同安副將，不久又被提升為同安總兵，福建水師提督，先後率師駐守同安，海澄，廈門， 1683年率軍渡海統一台灣。
千總 我國古代官名。明代駐守京師的京營兵分為三大營，設千總、把總等領兵官，皆以功臣擔任。後來職權漸漸變輕，到了清代，屬於為武職中的下級，為正六品武官，地位次於守備。
禮部 我國古代官署。從南北朝的北周開始設置，隋唐時期為六部之一，曆代相沿。其中的長官為禮部尚書。管理全國學校事務及科舉考試及藩屬和外國之往來事。禮部下設四司，明清皆為：儀製清吏司、祠祭清吏司、主客清吏司和精膳清吏司。
太子太保 與太子太傅和太子太師並成為太子三師，都是東宮官職，西晉的時候設置的官職，均負責教習太子。太子太保保護其安全。
尚書 我國古代官名，六部主官稱尚書，比如刑部尚書、禮部尚書等。尚書令，始於秦，西漢沿置，本為少府的屬官，掌文書及群臣章奏。漢武帝時以宦官擔任，又稱中書令。東漢政務歸尚書，尚書令成為對君主負責總攬一切政令的道腦。魏晉以後，事實上即為宰相之任。明廢。
姚啟聖（1624年～1683年）字熙之、憂庵，是清代康熙年間的傑出政治家，曾擔任福建總督。他當政期間以執法嚴明著稱，也為湄洲祖廟的重修做出過重大貢獻。
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清康熙二十二年，即1683年，福建總督姚啟聖繼平台灣之後，派隨征同知林升率官兵巡邏澎湖列島，並委任為台灣巡撫。九月初五日，林升率兵由湄洲出洋，初六晚到台灣，於九月十六日啟程返航。十八日夜，林升夢見天妃來到兵船之上，有四個人頭戴紅帽跟從，林升問他們是從哪裏來的。他們說，你們船隻將會發生危險，特地來保護你們的。
林升醒後倍加小心。十九日早上，其船隊經過甘砧嶼時，因擱淺而船舵折斷，眾人懼驚萬分，一齊跪拜神壇之前，懇求天妃娘娘庇佑。眾人正在求神之際，忽見鳳冠霞帔的天妃現身，降靈保佑，林升船隊才得以平安返航。