一轉眼數年過去了，蕭孝子的父親一直都沒有回鄉，而且音訊全無。思親心切的他準備隨母親偷渡去台灣尋找父親。
當時朝廷為了防止人們偷渡前往台灣，在北港設置了水陸訊兵。蕭孝子母子隻好在外海沙汀下了船，涉水走上岸去。但是在上岸的過程中，他們突然遭到了激流分散了。
蕭孝子很幸運得到了漁夫的幫助，被救上了岸。上岸後，蕭孝子就跟著漁夫到北港尋找父母的下落。過了很多天，蕭孝子的父母依然沒有任何消息。
在蕭孝子幾乎絕望的時候，他突然聽說朝天宮的媽祖非常靈驗，於是就跑到朝天宮向媽祖奉香跪拜，虔誠禱告說：“聖母如肯庇佑尋得父母，鐵釘則能貫入石中。”
禱告完畢，蕭孝子就拿出一根釘子，想要釘入殿前的石階。說也奇怪，本來極易彎曲的鐵釘，竟然輕易地沒入了堅硬的青石之中。人們都覺得是他的孝心感動了媽祖，所以稱那顆釘子為孝子釘。
不久之後，當地的一個花生油行的主人聽說了蕭孝子釘的事，想要幫助蕭孝子尋找親人，於是就把雇傭蕭孝子來到油行當夥計。這樣蕭孝子不僅可以養活自己，還可以從買油的人那裏打聽親人的下落。
皇天不負苦心人，有一天，麥寮的一個商人來買油的時候，說到數月前在岸邊救了一個婦人，蕭孝子得知後，急忙隨該商人往麥寮探詢，果然是蕭孝子的母親。
母子重逢後，蕭孝子便將母親接到自己的住處，並且一同前往朝天宮答謝了媽祖。
後來一個偶然的機會，彰化的一個商人來到北港想要向媽祖進香。進香之後聽說了“孝子釘”的事，由於好奇，就前往探訪了蕭孝子母子。非常意外的是，蕭孝子與他竟然是表親，並且他知道蕭孝子父親的住所。
於是蕭孝子母子趕忙跟著表親前往蕭孝子父親的住處，父子三人重逢，恍然如夢，悲喜交加，終於達成了數十年來的親人團聚。後來，這枚孝子釘便一直在觀音殿外的石階上，被流傳了下來。
北港朝天宮的前殿，包括中央的三川殿及兩側的龍虎門。“三川殿”就是3個門並列成川字的意思。按古製，誥封王、妃或將軍級的神祇可以使用三川殿，若是帝後級則可以配5個門。
三川殿的建築一向被視為廟宇中雕琢最豐富的殿堂，整個建築群中最細膩的工夫都在此展現了出來，所以朝天宮三川殿長久以來都被建廟匠師視為最高典範。
朝天宮三川殿寬三開間，各間皆辟一門，進深也是三間，殿內采用的是九架桁和四柱法的建築形式，前後對稱，是一種非常嚴謹的建築棟架。在前步口有精致的花籃吊筒，共有兩對，並且兩吊筒連接在一起，塑造了入口的華麗氣氛。
中門上方的棟架稱為架內，朝天宮采用二支通梁及三顆瓜筒的形式，所用木材壯碩飽滿，瓜筒用金瓜形，瓜腳包住通梁肚，稱之為“趖瓜”，具有鞏固結構及加強裝飾的作用。
在趖瓜筒上雕有老鼠咬金瓜，意味上天仁民愛物，賞賜金瓜給老鼠。在瓜上並雕有磬牌，是取諧音為“慶”。
朝天宮三川殿棟架用料非常結實，連鬥拱也是用厚料組成。拱身多使用陳應彬擅長的“螭虎栱”，栱身作螭龍形。
在門楣上的“排樓鬥栱”，使用“米字形”的斜栱，亦兼具鞏固及裝飾作用，鬥頂以八仙人物裝飾。後步口出現螃蟹形之鬥座，其中一隻見到背甲，一隻見到腹甲，並暗藏三元及第文字，此為取自古代“科甲”與“及第”的寓意。
三川殿在後來毀於大火，存留下來的是由清代名匠陳應彬所建。
[旁注]
朝廷 我國曆代的中原王朝通常被認為是正統王朝，周邊被征服的民族、部落，絕大多數臣服於中原政權，被封為諸侯國。中原王朝的統治機構則被稱為朝廷。
誥封 誥命封賞。在我國古代，對文武官員及其先代妻室贈予爵位名號時，皇帝命令有誥命與敕命之分，五品以上授誥命，稱誥封。六品以下授敕命，稱敕封。
螭龍 前人分龍為四種，有鱗者稱蛟龍，有翼者稱為應龍，有角的叫虯龍，無角的叫螭龍。螭龍寓意美好，吉祥。同時也有傳說螭龍為水精，可以防火，所以在我國古代也用於建築。
及第 指科舉考試應試中選，因榜上題名有甲乙次第，故名及第。在隋唐時期隻用於考中進士，後來在明清時期，殿試的前三名稱進士及第，亦簡稱及第，另外也分別有狀元及第、榜眼及第、探花及第的稱謂。
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北港朝天宮三川殿的屋頂重簷歇山式，這是一種外觀上兩層屋簷，而內部實一層的特殊形式。我國古代建築求外觀壯麗，較重要且神聖的殿堂常作成重簷式。
朝天宮三川殿的中央明間升起，比左右次間高出近一尺，如此可突顯中央屋頂，使屋脊高低錯落的變化更多彩多姿。
當然，另外一個實際的作用可使室內不致太暗，且可將香火的煙氣從上下簷間的空擋自然地排出去，這是很成熟的屋頂形式。
重修後的朝天宮與媽祖香會
1852年，清朝著名將領王得祿的次子王朝綸和嘉義縣訓導蔡如璋對朝天宮進行了重修。此次重修擴建了拜亭與東西兩廂廊，形成了四進三院的建築格局。
1905年，台灣發生地震，朝天宮大殿破損，亭台倒塌，後經民眾募得巨資重修。重修後的北港朝天宮的建築具有相當大的傳統特色，為宮殿式建築群，四落八殿、一埕七院的規模，十分寬廣。