事隔不久，有人重新塑了中軍塑像，當時臉上沒有加色，但過了一夜後，塑像的臉就變成紅色了，而且也是帶點憂愁。
這事傳開後，人們推想這個中軍就是姚啟聖的神像。於是，人們便在殿中右邊門前塑了一匹姚啟聖生前最喜愛的白馬，讓他來騎，以便他處理事務。
後來，在明末清初時候，靖海侯施琅又增建了梳妝樓、朝天閣和觀音殿等建築。
朝天閣位於正殿後麵的山坡上，是一座三層八角形、寶塔頂的樓閣式建築，它的建築結構奇特、嚴謹，顯得十分華美。閣內神龕上都供奉著媽祖神像。媽祖神像均為黑麵，人們稱她為“黑臉媽祖”。
這些黑臉媽祖像，是1683年，台灣鹿港天後宮從湄洲祖廟分靈過去的。由於台灣信眾非常虔誠，香火不斷，時間久了，媽祖的皮膚就漸漸被熏黑了。
梳妝樓位於寢殿下側，是兩層的單簷迥廊式建築，樓內供奉著媽祖像。這個梳妝樓表示了媽祖將一生奉獻給大海的堅定意誌。
相傳媽祖18歲時，父母開始為她的婚事操心，但是她卻矢誌不嫁。她隻想把自己所有的精力都花在幫助鄉親和拯救海難上。於是，媽祖便給自己精心設計了一個像船一樣的發型，表示已把身心都許給了大海。
媽祖升天後，島上的鄉親們為了紀念她，凡女孩子出嫁，都會梳這樣的發型。
頭頂發型呈船帆狀，發髻代表船帆，兩側的銀卡子代表船槳，中間的紅頭繩代表纜繩，頭頂上的簪子代表錨，這樣的發型代表著大家一個共同的願望，就是家人出海時，一路平安、一帆風順。
新娘的服裝的也特別有文化內涵。藍色上衣表示深深的大海，紅黑相間的褲子，紅色比為吉祥，黑色喻為思念。當丈夫出海時，妻子在家裏這樣穿著，表示對丈夫的忠貞、思念和祝福。
觀音殿中奉祀觀音菩薩，供廣大媽祖信眾及求子心切的天下父母頂禮膜拜。
據說觀音殿的建造是因為在老百姓心裏，媽祖的出生是觀音菩薩賜予的禮物，而且媽祖的慈悲濟世精神，與觀音一脈相承，所以清代以前的媽祖廟建築群中總有觀音殿作為主要配殿。
到了1735年，乾隆登基的時候，湄洲媽祖祖廟己頗具規模了，成為了—座有99間齋房，號稱“海上龍宮”的雄偉建築群。
湄洲媽祖祖廟一度遭到破壞，隻剩下聖父母祠和中軍殿，媽祖廟的文物也相繼被毀和遺失，唯有媽祖神像存留了下來。
後經過幾年努力，湄洲媽祖廟在原址上被稍加改動，建立了起來。重建的媽祖廟坐東北，麵西南，呈軸線分布，有牌坊、長廊、山門、香爐台、聖旨門、廣場、鍾鼓樓、正殿、寢殿、朝天閣、升天樓等，還有佛殿、觀音殿、五帝廟、中軍殿從及愛鄉亭、龍鳳亭、香客山莊和思鄉山莊等一係列建築物，形成規模龐大、雄偉壯觀、樓亭交錯，殿閣縱橫的祖廟建築群。
從山門至升天樓、從升天樓至媽祖石像的石級分別是323級和99級，象征著媽祖誕辰日是農曆三月二十三和升天日九月初九。
大牌坊是進入媽祖廟建築群的第一道關口。它是“三開重簷”形式構成，氣勢不凡，並且由我國書法大師林加國題寫廟名“湄洲媽祖祖廟”。
兩旁長廊，雕梁畫棟，依山逶迤，與大牌坊連成一體，沿軸線遞疊而上的建築群，錯落有致，布局精巧。駐足坊前，可以將祖廟的風采一覽無餘。
儀門也稱“聖旨門”。淩空而建、巍峨壯觀，正中懸掛“聖旨”豎匾，象征媽祖曾受曆代帝王褒封。
在當時，朝廷對媽祖的封賜皆用聖旨傳送，這裏就是頒發聖旨的地方，所以此門又名“聖旨門”。由於它的威嚴與神聖，所以當時凡經此門的文官下轎，武官下馬。在儀門的主柱上麵有兩副對聯，分別是：
商旅平安閩台和衷共濟；
春秋報賽群眾朝聖聯歡。
曆代褒封崇懿德；
寰球利涉賴慈航。
這兩副對聯概括了媽祖受曆代褒封及商旅群眾前來朝聖答謝媽祖的盛況。
朝廷的累累封賜，最終樹立了媽祖作為唯一海神的至高無上的地位，也使媽祖這一民間信仰的傳播日漸擴大，幾乎遍及全國。同時，她的名字又伴隨著漂洋過海的華僑、海員和外交使節，傳遍了天下。
[旁注]
姚啟聖 （1624年～1683年），字熙之、憂庵；是清代康熙年間的傑出政治家，收複台灣的決定性人物之一，曾擔任福建總督，當政期間以執法嚴明著稱，在收複台灣戰役中功勳卓著。
詔書 是皇帝布告天下臣民的文書。在周代，君臣上下都可以用詔字。秦王政統一六國，建立君主製的國家後，詔書便成為皇帝布告臣民的專用文書。漢承秦製，唐、宋曾廢止不用，元代又恢複使用。明代用詔書宣布重大政令或訓誡臣工。
太子太保 與太子太傅和太子太師並成為太子三師，都是東宮官職，西晉的時候設置的官職，均負責教習太子。太子太保保護其安全。
兵部尚書 別稱為大司馬，統管全國軍事的行政長官，明代正二品，清代從一品。明代兵部尚書稱本兵，既管軍政又管戰略，威權極大。
姚啟聖（1624年～1683年）字熙之、憂庵，是清代康熙年間的傑出政治家，曾擔任福建總督。他當政期間以執法嚴明著稱，也為湄洲祖廟的重修作出過重大貢獻。
分靈 又稱分香。在我國傳統宗教中，在某座寺廟求取神佛的香火，回去供奉的行為稱為分靈。分靈的神像每逢一段時間，就需要回到原廟宇，即祖廟參加祭典，以增添神明的法力，號稱進香。
發髻 將頭發歸攏在一起，於頭頂、頭側或腦後盤繞成形。我國曆代漢族婦女皆喜盤發成髻。發型與冠戴能增加女子儀容的俊美，又能體現出女子的年齡與身份特點。梳發髻不僅是中國女性的特色妝式，也是我國古代禮教對女性禮製。
牌坊 又名牌樓，是門洞式紀念性建築物，用來宣揚禮教、標榜功德或光宗耀祖而建的紀念性建築物，是封建社會為表彰功勳、科第、德政以及忠孝節義所立的建築物。也有一些宮觀寺廟以牌坊作為山門。
聖旨 是我國古代皇帝下的命令或發表的言論。聖旨是我國古代帝王權力的展示和象征，聖旨兩端則有翻飛的銀色巨龍作為標誌。聖作為曆代帝王下達的文書命令及封贈有功官員或賜給爵位名號頒發的誥命或敕命，聖旨顏色越豐富，說明接受封贈的官員官銜越高。
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在聖旨門的前麵是聖旨門廣場，寬66米，深66米，暗喻“六六”大順之意。據說，每次朝廷為媽祖封賞而下達的聖旨，都是在聖旨門宣讀的。
並且自從宋徽宗皇帝下詔賜媽祖廟“順濟”匾額，封媽祖為“順濟夫人”後。直到清代，朝廷先後36次為媽祖疊獎褒封。封號從“夫人”、“妃”、“天妃”、“天後”直至“天上聖母”，殊榮臻隆，無以複加。其中宋代14次、元代5次、明代2次、清代15次。