寢殿神龕正中奉祀的是“媽祖金身”。在媽祖金身的兩邊各有一尊執扇的侍女塑像，她們分別是掌管香花和侍候媽祖的玉女，叫司花和司香。
在殿堂的兩邊還塑有“五風十雨”塑像，也就是掌管風雨的神靈。還有“左右相”，就是掌管文武大事的官員。
兩邊廊廡供奉的則是“五湖”、“四海”和“九河”共18員部將，就是所謂的“水闕仙班”神像。站立門旁的神像是為媽祖服務的，而神座上跪著的小神像是媽祖生前收服的高裏鬼。
相傳媽祖在世時，有一個叫高裏的地方出了一個妖怪，當地百姓深受其害。於是百姓們前去求媽祖醫治，媽祖給求治者一符咒，叮囑百姓回去後，將符咒貼於病人床頭上。
妖怪知符咒法力巨大，提前變成一隻鳥逃跑了。媽祖心道：“怪物不能留此為患鄉裏。”於是去追尋它。到了一棵樹下，看到樹上有一隻小鳥，鳥嘴還噴出一團黑氣。
媽祖看出這便是那妖怪，用符水噴灑小鳥，小鳥落地變成一撮枯發，媽祖又用火燒枯發，小鬼才現出原相，叩頭請媽祖手下留情。於是媽祖將它收在了台下服役。
寢殿裏懸掛的匾額《神昭海表》，是清代雍正皇帝在1726年禦筆親書的，並命福建水師製作了3個匾額，分別掛在湄洲媽祖祖廟、台灣台南大天後宮及廈門的一個媽祖分靈廟。
[旁注]
路允迪 字公弼，宋朝官員。官至給事中，1123年奉詔出使高麗，搭船至東海，遇到狂風，八舟溺七，隻有允迪所乘之船安然以濟，船員李振說這是湄州女神顯靈。
顯靈 指在信仰中，神靈對個人願望和請求的應答，或神靈的短暫顯現。道教中，道士們會通過道場向特定的神靈傳達百姓的願望，對於願望的實現，也稱為顯靈。
宋徽宗 （1082年～1135年），名趙佶。神宗11子，哲宗弟，宋朝第八位皇帝。宋徽宗在位25年，國亡被俘受折磨而死，終年54歲，葬於永佑陵。 他自創一種書法字體被後人稱之為“瘦金書”，另外，他在書畫上的花押是一個類似拉長了的“天”字，據說象征“天下一人”。
洪希文 （1282年～1366年），字汝質，號去華山人，莆田人，洪岩虎之子。1312年，30歲的洪希文應友人之請，到興化縣縣治遊洋，設館收徒。他認真負責講學，講學之餘，傾心於詩文創作，著述頗豐。
漕運 是我國曆史上一項重要的經濟製度。在我國古代曆代封建王朝，會將征自田賦的部分糧食運往京師。這種糧食稱漕糧，漕糧的運輸稱漕運，方式有河運、水陸遞運和海運三種。
祥雲瑞氣 舊時認為天上彩色的雲氣為吉祥的征兆，故稱祥雲瑞氣。在道教文化中，認為當神仙降臨的時候也會出現祥雲瑞氣，是吉祥的征兆。
晨鍾暮鼓 指寺廟中早晚報時的鍾鼓聲。古人劃一晝夜為十二時辰，到一定時辰便擊鼓報時，以便讓民眾知曉。為了使鍾聲傳播更遠，除了銅鍾越鑄越大之外，還建較高的鍾樓，與鼓樓相對，朝來撞鍾，夜來擊鼓。
鄭和 （1371年～1433年），原名馬三保。出身雲南鹹陽世家，明朝偉大的航海家。任內官監太監，官至四品，地位僅次於司禮監。1405年至1433年，鄭和七下西洋，完成了人類曆史上偉大的壯舉。1431年欽封鄭和為三寶太監。
光明燈 供奉神明的一種燈具，體積小，數量多，給信徒使用，並盡可能地延長其燃燒時間，在廟宇中，經常都有光明燈，有時也叫平安燈。
對聯 又稱楹聯或對子，是寫在紙、布上或刻在竹子、木頭、柱子上的對偶語句言，對仗工整，平仄協調，是一字一音的中文語言獨特的藝術形式。對聯相傳起於五代後蜀主孟昶，是我們中華民族的文化瑰寶。
戴大賓 （1489年～1509年），字賓仲、寅仲。福建莆田人。出身宦官之家。他從小勤奮好學，聰明過人，尤善聯詩作對，被稱為神童。1500年中秀才。1501年中舉人。1508年會試第二，殿試第三，授翰林院編修，被稱為“少年進士”。他的殿試策卷一經刊出便流播海內。
施琅 （1621年～1696年），字尊候，號琢公，明末清初軍事家。原為鄭芝龍和鄭成功的部將，降清後被任命為清軍同安副將，不久又被提升為同安總兵，福建水師提督，先後率師駐守同安，海澄，廈門， 1683年率軍渡海統一台灣。
侍女 即婢女、女仆。指古代宮中侍奉君王後妃的女子，也指舊時從事服務工作的女子。另外在宗教信仰文化中，對於神靈也有侍女。
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媽祖金身又稱“巡天媽祖”，1997年在巡遊台灣100天，巡遊了19個縣市，駐蹕35個宮廟，行程萬裏，掀起了兩岸民間信仰交流的最高潮。
媽祖金身在台灣每巡遊一處，當地便萬人空巷。人們稱湄洲媽祖巡台是“千年走一回”，是“世界之最”的“世紀之旅”。
湄洲媽祖廟作為祖廟，每天來朝拜的香客非常多。為了香客們在媽祖金身出巡時也能朝拜，所以在媽祖金身背後，還供奉著一尊鎮殿媽祖。
重建後的祖廟如海上龍宮
1683年，清朝閩浙總督姚啟聖奉旨赴台灣頒布第一道朝廷詔書，但是因為風不順，他估計無法按時到達台灣，這樣就是欺君大罪了啊！
煩惱的姚啟聖親自來到媽祖廟祈禱，希望媽祖能夠幫助他順利到達台灣。果然，姚啟聖起航之後非常順利，按時到達了台灣。
姚啟聖還朝複命後，為了答謝媽祖，就重修了媽祖廟，並把重修後的朝天閣改名為正殿。
自從姚啟聖重建了湄洲媽祖廟以後，便屢建奇功，後來便晉升為太子太保和兵部尚書，人稱“太子公”。所以，後來人們又將姚啟聖重修的正殿稱為“太子殿”。
媽祖廟重修完成後，還剩下許多杉木和石料，於是姚姚啟聖又在山門旁蓋了一座廟宇，但一時又不知道這廟宇該叫什麼名字。
姚啟聖想，媽祖貴為天後，雖然手下有“千裏眼”和“順風耳”兩將軍，但還少個手下總指揮。這座新蓋的廟就叫中軍廟吧！可是這位中軍的像該怎麼塑呢？
姚啟聖一時想不出，便先回去了，臨走時向媽祖禱告道：“殿已蓋好，少個中軍，媽祖有靈，請自選。”
沒想到姚啟聖回家後不久便病死了。這時中軍殿的塑像剛好完成，於是廟主便請姚夫人到殿祭祀。姚夫人來到祖廟燒香祭祀以後，就來到中軍殿。她對著塑像，想起當時跟丈夫一起來許願的事，一下子眼淚止不住地流。
在場的隨從看到這情景，也流下了眼淚。忽然，有個人抬起頭，看到泥雕像也是滿臉淚痕。大家都非常吃驚。
這時，有個隨從昏倒了，口裏喃喃地說道：“我就是姚啟聖，因為去年在媽祖麵前說過中軍殿裏無中軍，所以被媽祖請來鎮殿了。今天見夫人哭得傷心，所以不覺得也流淚了。”
原來是姚啟聖的魂魄在隨從身上附體了。姚夫人聽後“啊”的一聲大叫，立即撲向塑像，想要自盡，想跟隨夫君而去。塑像趕忙往後退了一步，塑像的臉也變成了紅色，而且看上去是滿臉愁容。