洪秀全怒極，連夜下密召，將北王韋昌輝密秘調回天京，欲除楊秀清而後快。六月下旬，韋昌輝密秘帶領親信部隊三千餘回到天京，暗中接替天京重要防務，並密秘包圍了。
洪秀江假借要封楊秀清為萬歲的事情，表麵上對楊秀清畢恭畢敬，以此來麻痹楊秀清，當天洪秀全打著天子儀仗，裝模作樣的進入了楊秀清的府砥，加封楊秀清。楊秀清久經沙場，能力比之洪秀全強上不知道多少。自然知道自己如此招然若揭的逼迫洪秀全，洪秀全必不會乖乖就範。他同樣表麵上對於洪秀全的行動裝作不知道，同時自己私底下也密秘招集忠於自己的將領，暗中埋伏在東王府內。
隻等洪秀全一進入東王府，儀仗還未過完，突然東王府大門“砰”的一聲強行關閉，將洪秀全的人馬一分為二。同時府內埋兵四出，將洪秀圍在其中。洪秀全應之不急，進入府內的人手不過數十人之多，不向時便被楊秀清的伏兵盡皆誅除，洪秀全授首。可憐洪秀洪一介落弟秀才，辛苦創下太平天國大業，為抓人心，造出楊秀清這位“天父”，最終卻死於自己所創的神之下。
府外突然逢奇變，有洪秀全親信正待放出信號招集暗中包圍在東王府的北王韋昌輝準備強行攻打東王府時，隻見府內從圍牆上拋出一顆血血人頭，一見之下，不是天王洪秀全是誰。楊秀清殺了洪秀全，立於圍牆之後，大聲呼道：“洪秀全誤國誤，使天國陷於危難，今天父命東王代之，爾等眾將當盡心輔佐，不得造次。速速各歸其位，天父便不與追究！”
門外眾人皆啞然，一時怔在當場。那韋昌輝本就自有一套心思，助洪秀全本隻為能取信於洪秀全，好為自己的大業謀求機會。不想楊秀清盡然先下手為強，在府內埋伏數百刀斧手，將洪秀全當場格殺。當下眼珠一轉，便帶頭在門外下跪，山呼道：“臣等謹遵王命！”
當下帶著眾將退下去。楊秀清既得手，迅速便著手清理死忠於洪秀全的黨羽，許之以高官厚利以誘之，軟硬皆不吃的人更是被楊秀清毫不留情的剪除掉。天京城內更加動蕩不堪。
為了攏賂天國青年一輩的傑出將領陳玉誠與李秀成，楊秀清下旨封陳玉誠為英王，封李秀成為忠王。傳旨的人送到揚州卻被陳玉誠指頭大罵楊秀清叛國軾君，十惡不赦。憤怒下的陳玉誠將來使的耳朵割下一隻，誓與楊秀清勢不兩立，並與李秀成組織揚州天軍五萬大軍打算回天京平叛。
另一路楊秀清急欲拉攏的大軍自然是他心裏認為會與自己誌同道合的翼王石達開。而令楊秀清沒有想到的是，石達開比陳玉誠做得更絕，使都將楊秀清的召書說完便被石達開直接拉下去砍了腦袋，以此表示與楊秀清劃清界線。同時舉大軍十萬自水路出發，同樣作出一副回京平定叛亂的駕式。
楊秀清聞訊又氣又急，一麵再次派出使節安撫兩邊，一麵將天京周邊人馬集結於天京外圍準備與石達開等人決一死戰。他實在沒有想到這些人居然這麼不識時務，還想著為洪秀全，可是忌於石達開等人的勢力，他又無可奈何。
原本就打著小算盤的北王韋昌輝見狀，做出一副同仇敵愾的樣子，借口要起兵討伐不臣，溜回了江西九****。他原本以為楊秀清早已聯絡好了大部天軍勢力，有了底氣才敢跟洪秀全撕破臉，沒想到卻是這副場景。為未被楊秀清連累，他還是溜之大吉為妙。
他很慶幸自己回去的急時，因為湘軍一部與張宗禹部在知道天軍內部發生大規模動亂之後，開始對扼於長江要害的九江城發動猛烈攻擊。到他回去之時，九江幾欲被攻陷，韋昌輝到得九江整頓人馬，龜縮不出，曾經江西戰線上的十幾萬天軍被韋昌輝的私兵。為了穩住軍心，韋昌輝剛回到九東便轉頭與楊秀清決裂，聲言自己與楊秀清虛與委蛇全是為了保住實力好為天王報仇。
江西一部的天軍頓時士氣凝結，清軍攻勢被抑製住了。韋昌輝見狀便聲稱如今江西戰事緊急，待打退了清軍才能揮師天京為天王報仇。致使天軍各部奮勇當先，悍不畏死，與清軍幾經死戰各有傷亡，清軍卻不得寸進。