〇1965年乙巳四十九歲
時已執教芝加哥大學曆史係的何炳棣寄來論文《北魏洛陽城郭規劃》，由於中、日學人對此課題已有不少論著，外加文中涉及漢晉洛陽舊城、官署、製度、掌故之處甚多，特呈請耕望評正。
該文用考古資料與傳世文獻相比對的方法，解決了北魏洛陽城垣的尺度和麵積問題；考訂出洛陽內城外郭“裏”的總數，肯定了《洛陽伽藍記》記載的準確和可靠；進而指出，北魏洛陽的坊裏製決不僅是京都土地利用的製度，而是根據統治階級及被統治階級不同社會經濟性能的全盤都市設計；主要結論是，北魏帝國最後40年間劃出麵積約30方英裏的“大洛陽”全部城郭，即被隋、唐都城設計者采為城垣所圈的總麵積。耕望讀畢叫好，未與何商量即代投《慶祝李濟先生七十歲論文集》。
完成舊稿《唐代方鎮使府僚佐考》的改訂。
指導新亞研究生湯承業完成學位論文《隋文帝政治事功之研究》。
7月，錢穆正式離職，應邀赴馬來西亞講學。
暑期，耕望返史語所工作。
31日，晉謁院長王世傑，王又談及《中國通史》中古部分的編纂計劃。
9月，《唐代方鎮使府軍將考》一文收入《慶祝李濟先生七十歲論文集》上冊，是為《唐代方鎮使府僚佐考》下篇“軍將”之全文抽刊。
錢穆自馬來西亞來信：
耕望老弟大鑒：
七月卅日在台來信，中秋夜在港來信，均已到。曉田侄能進浸信書院亦是佳事。中文大學此後演變恐亦未能盡如人理想耳。穆之右目最近一月來殊不見有顯著之進步，隻能說較之離港前為佳，如此而已。
此間屢次表示盼穆能繼續留此，惟此間氣候長年炎熱，久居終感厭倦。穆此次之來，隻求暫時休息，此殊合適。預計再過四五月，應可照常工作。而留此一年僅可當別處半年工作，在穆桑榆晚景倍覺時光之可惜，因此遲疑不欲遽允。
然穆返港隻擬杜門作朱子研究，不擬參加學校任何工作。吾弟前在台時，學校來信欲穆在研究所擔任一名義，穆已覆函拒絕，並謄副本遍寄出席所務會議、校務會議諸人，茲附上一份，雖是明日之黃花，然弟試細讀一過，亦知穆縱有意仍與新亞保持一接觸，其事亦不易。故穆亦並無此想法也。
來書提及研究所未如理想，此亦無可奈何之事。穆自美歸後，學校行政雜務日益有增，即不再在研究所任課，亦少與研究所諸生有私人之接觸，雖心知其日趨下流，然竟少精力顧及，今則更所不論耳。
在此為節省目力，專看《朱子語類》，每日或看一小時，多則兩小時，極少至三小時者，並盡慢，細看一二條，即略作休息。雖每日所看不多，然頗有新得。以前未深切體會者，此次多所曉會，老來獲有此進境，亦大快事也。
此間氣候長年無變，惟三、四、五諸月較熱。今年中秋月色特佳，穆夫婦移桌椅在園中品茗賞月，直過十二時。方欲於十六晚繼續一晚，而是夜月色即為浮雲所掩矣。匆此，複頌儷祉。
穆啟
九月十八日
擔任研究所新生譚宗義的導師，譚以在《珠海學報》發表之《諸葛亮南征考》就教。耕望閱後批語：第一資料太少，間接又間接之資料太多。其中又夾以想當然之推論，某君之“中國人發現美洲”先作一肯定，然後濫用間接、附會之史料，夾以想像，逐步求證其所作之肯定，此一治學方法，最要不得。乃建議譚多讀錢穆、陳寅恪、陳垣、呂思勉四家的著作。
初至中大，就有朋友告訴耕望，來到新地方，環境比較複雜，“害人之心不可有，防人之心不可無”。然耕望自譬是座不設防的城市，不會有人來攻。縱有人攻，亦不在乎！繼而，又有朋友提醒，像耕望這樣也該有人嫉妒了，蓋有所聞有所指而言。耕望雖也有察覺，但也隻付之一笑，若無所知，不予計較。據時任新亞書院曆史係主任的孫國棟回憶：
當年，香港學術界的風氣有點澆薄，教授之間時互相訾議批評。惟獨嚴先生未受到一句閑言。他淡泊名利、待人淳厚、治學精勤，而溫良恭儉，實在無可訾議。大家都說：
“嚴先生是無人敢訾議的，因為誰批評嚴先生，誰便會被視為壞人。”能夠在眾人心中受如此尊敬的，恐怕除嚴先生之外更無他人。
秋，耕望應台灣政治大學政治研究所所長鄒文海之邀，擔任該所博士生王壽南的論文指導教授。其時，王準備以唐代藩鎮問題作博士論文，而導師王雲五卻非唐史專家，鄒文海認為應聘專研唐史的耕望共同指導。自是起，王每月將搜集資料的進度和草擬的論文綱目向耕望作書麵報告，耕望則覆信指點該閱讀哪些資料，該從哪些角度來思考問題。
11月，《談唐代地方行政區劃》一文刊於19日出版之《新亞生活雙周刊》第八卷第九期。
12月，《景雲十三道與開元十六道》刊於《史語所集刊》第三十六本《紀念董作賓、董同龢兩先生論文集》上冊。
〇1966年丙午五十歲
1月6日，耕望在新亞研究所第一〇四次學術講論會上主講“唐代方鎮使府幕僚組織”，講稿係就《唐代方鎮使府僚佐考》上篇“文職僚佐”之結論作成。
2月，錢穆返港，在哈佛燕京學社資助下開始撰述《朱子新學案》。
3月，《唐代方鎮使府幕僚組織》一文刊於4日出版之《新亞生活雙周刊》第八卷第十五期。
耕望為新亞研究所諸生講“史料”一題，連續數講，重在考古器物與石刻文字，並涉及佛藏、本草、方誌、族譜、小說各方麵，意欲諸生於一般史料外能擴大眼界於此等各方麵也。
4月，中研院幾位年長院士有所覺悟，擬提名錢穆為第六屆院士候選人，史語所同人函請耕望就近征詢錢穆意見。但錢穆拒絕提名，且相當憤慨地說：“民國三十七年第一次選舉院士，當選者多到八十餘人，我難道不該預其數！”耕望笑說，先生講學意趣與他們不同，門戶之見，自古而然。現時彼等既已幡然改圖，為表示學術界的團結，似亦不必計較。然終不得錢穆認可，隻好通知史語所撤銷提名。
5月，得嚴一萍信，雲石刻史料各書已搜集將備，即日付印。
書成，希耕望能為一序。乃就為新亞諸生所講“石刻文字”一節內容，約而述之以為《石刻史料叢書》序言。指出，石刻內容實極繁富，儒佛道經、公文、章約、盟誓、圖繪、界至、醫方、書目、詩文、行狀、題記、紀功，以及各種興建之紀事等等悉有之。秦漢以降，諸凡政治、經濟、宗教、學術各方麵之研求，亦莫不可取資於石刻，固不限於邊疆民族之文字與史事也。至若石刻本身亦為最寶貴最可信之藝術史料，研治中古繪畫、書法、雕刻之藝術，舍石刻外，可用之資料當無多矣！又此叢書之編纂重在石刻本文，不在昔賢研究之成績。故以文錄為甲編，而以目錄與跋尾為乙編，純粹研究石刻之著作不收。受材料與版式所限，不能將圖繪一並刊入。29日撰畢。
指導新亞研究生賴坤維完成學位論文《五代政治人物出身之分析》。
有關唐代交通問題的材料，至是已搜錄逾十萬件。諸凡正史、《通鑒》、政書、地書、類書、雜著、詩文、碑刻、佛藏、科技諸書所見及考古資料，凡涉中古交通，不論片紙巨篇，皆搜錄詳密，幾近陳援庵所謂“竭澤而漁”。乃將材料按地區及水運與交通製度分為十大類，即三都、關內、河隴磧西、秦嶺、山南劍南、河東河北、河南淮南、江南嶺南、河運海運及交通製度十類。擬分區撰寫，以路線為篇。每區為一卷，每卷包括若幹條路線。
7月，返史語所工作。就搜錄到的唐代交通史料，分區逐題開始撰述。首作秦嶺區《唐藍田武關道驛程考》。長安東南出武關，自古為秦、楚間之交通孔道。其在軍事上之重要性不言而喻。然唐代承平二百數十年，長安東南甚少軍事行動，此道在唐史上之重要性，不在軍事之形勢，而在政治經濟文化之溝通。中葉以後，因經濟文化中心之南移，加以汴河交通常為東方軍閥所困擾，此道之重要性益增，直為南北交通之大動脈。茲篇乃就唐人文史典籍中保存之豐富史料，對藍田武關道全線驛程、增修工程與丹水漕運、行旅之盛詳為考論之。因有兩年未事論文寫作，加之曆史地理問題與前此偏重製度或人事者性質有異，故寫來頗為吃力，浪費稿紙不少。赴港任教前，耕望每年至少寫一兩篇論文，總出版量已近三百萬字，寫作經驗不可謂不豐富。不意停了兩年，就顯得頗為生疏。乃感論文寫作亦當“拳不離手，曲不離口”，不能中斷。
24日，中研院第七次院士會議選出第六屆新院士8人。芝加哥大學曆史係教授何炳棣和史語所研究員高去尋當選人文組院士。
耕望與政治大學博士生王壽南通信已久，是年暑期始得見麵。王對耕望的第一印象是：溫文儒雅的謙謙君子，對人和顏悅色，談學問則認真嚴謹。據王壽南回憶：
暑假結束，嚴老師又返香港，我又恢複和嚴老師寫信。
我的博士論文寫了三年，最後把論文一章一章寫出來，當時沒有複印機，隻好用很薄的紙墊著複寫紙，每張複寫三份，一份寄給嚴老師，一份送給王老師，一份自己留底。嚴老師每次都是在我手寫的稿子上直接批改，有時會附一張便條加以說明。從嚴老師的批改中可以看出嚴老師治學的嚴謹，使我不得不更加謹慎小心。
8月，耕望完成《唐駱穀道考》、《唐上津道考》兩篇初稿。唐駱穀道，由盩厔縣南三十裏穀道北口之駱穀，至興道北三十裏穀道南口之儻穀（一名駱穀），凡四百四十裏，於長安通漢中諸道中最為逕捷，然險阻尤甚；上津道北通商州，西通洋（今洋縣）梁（漢中，今南鄭）。東晉、十六國時代，已為關中與江漢流域通商之重要孔道。唐安史亂後，中原多故，汴河運輸受阻，江淮物資輸貢上都，多由江漢水運至荊、襄，再溯漢水、取上津路西經洋、梁，北輸扶風，以濟國用。凡此二道，茲篇皆詳其沿線驛程與行次，並及道路興廢、行旅盛衰之考述。
《唐代方鎮使府之文職僚佐》刊於《新亞學報》第七卷第二期，是為《唐代方鎮使府僚佐考》上篇《文職僚佐》之全文。
中研院批假兩年行將到期，本擬如期回院供職，惟兒女赴港後，即無法回台升學。因來港不足五年，不夠僑生資格，但若回台參加聯考，又一定不能錄取，故隻得繼續留港。
9月，新亞研究所因不願隸屬新成立的香港中文大學研究院，致使所內部分人員的學位不被認可。助理研究員金中樞為求再獲一官方碩士學位，不得不加讀中文大學研究院課程，耕望任其論文《北宋科舉製度研究》的指導教授。
香港“難民潮”驟起，治安惡化。錢穆夫婦決計遷居台北，先於外雙溪東吳大學左近擇定一地築居。
《石刻史料叢書序》刊於30日出版之《新亞生活雙周刊》第九卷第六期。
新亞研究生譚宗義以“漢代交通”為論文題，欲仿耕望撰唐代交通諸文，采用綱目體。耕望告之，唐代交通材料豐富，且搜集又極細密，可考出各路之詳細行程，故可用亦必須用綱目體。
漢代材料太少，無法詳考行程，每條路僅能考得少數一二據點，則每節往往隻一兩條綱文，不成體式。因勸譚仍隻用一般常行體式。
10月25日，耕望完成《漢唐褒斜道考》初稿。漢唐時代，褒斜道為秦蜀交通幹線，以其險峻為全國諸道之冠，久為史家所稱述。此道之路線，在漢魏時代無可致疑，然考之唐史，往往不能通解。茲篇詳考史傳、誌書、政典、詩文、石刻、雜著，乃知唐世所謂褒斜道絕大多數指褒城至鳳州（今鳳縣）道而言，實為北魏所開之回車道，攘褒斜之古名耳。前人未察，因名同而誤為一道，致唐史典籍反多可疑，故為之辨，並詳其驛程。
12月7日，完成前作《唐上津道考》的再稿。
23日，《唐藍田武關道述略》刊於《新亞生活雙周刊》第九卷第十二期，約述《唐藍田武關道驛程考》一文之結論。
完成《唐子午道考》初稿。唐人誌書雲，自長安至洋州，六百三四十裏，蓋就子午道而言，實為長安、洋州間之最捷徑道。觀其路線，可分漢魏古道、梁開新道、今子午道，其中梁開新道即唐人所紀錄子午道之行程。唐初曾置驛，開元時代已不置驛，而天寶間又置驛，貢荔枝。安史亂後，此道在交通上之重要性不但不如褒斜道與藍田道，亦不如駱穀道。然行旅者亦頗多。茲篇乃分別考述之，兼及子午穀道之東，庫穀、義穀、錫穀三道之行程。
〇1967年丁未五十一歲
1月，完成前作《唐駱穀道考》的再稿。
2月，《漢唐褒斜道考》刊於《新亞學報》第八卷第一期。
3月18日，完成《通典所記漢中通秦川驛道考》初稿。《通典》一七五，漢中郡“去西京，取駱穀路六百五十二裏，斜穀路九百三十三裏，驛路一千二百二十三裏”，簡稱散關、鳳、興道，為唐末五代時期南北交通要道。茲篇詳其行程以次，考獲驛名凡十。
4月，《通典所記漢中通秦川驛道考述略》刊於14日出版之《新亞生活雙周刊》第九卷第十九期，約述《通典所記漢中通秦川驛道考》一文之結論。
指導新亞研究生譚宗義完成畢業論文《漢代國內陸路交通考》。
指導新亞研究生胡耀輝完成畢業論文《魏晉時代之洛陽鄴都與長安》。
7月，返史語所工作。
15日，完成山南劍南區《唐金牛成都道驛程考》初稿。唐世入蜀，或由漢中向西南，或由興州向東南，皆經金牛，為入蜀咽喉。茲篇自北而南考金牛成都道全線行程，計凡一千零七十裏，曆州治四，縣治一十三，驛名可考者一十七。就標準驛距而言，略得其半。
10月，錢穆遷居台北，先住市區金山街。外雙溪之新居由陽明山管理局公費建築，時尚未竣工。
11月9日，耕望完成《唐代岷山雪嶺地區輻射交通圖考》初稿。隴西地區逾岷山山脈南至岷江流域，戰國時已有通道。至南北朝時代，岷山雪嶺地區為西域、吐穀渾交通南朝之孔道。北周更極力經營，開置州縣。隋唐承之，乃能真正控製此一區域。
會吐蕃強盛，此地區遂成為重要戰略地帶，屯軍運糧，實為要政。
是則此地區雖極險阻，然交通運輸必仍相當發達。惟唐中葉以後，此地區什九陷蕃，史家記述遂多殘闕，後世學人自更模糊，且病疏誤。至於交通路線，更曆千載無複人知。茲篇乃綜合各方史料詳為考述之。
12月，《唐金牛成都道驛程考述略》刊於22日出版之《新亞生活雙周刊》第十卷第十一期，約述《唐金牛成都道驛程考》一文之結論。
28日，撰畢《責善半月刊再版書後》一文，係香港龍門書店約作。文中回憶齊魯研究所時期的學習生活，兼及當年為《責善》撰稿的一班師友。
是年，耕望所編《石刻史料叢書》正式由台北藝文印書館據原刻影印出版，計收文錄、目錄跋尾59種969卷，上等毛邊紙精印線裝420冊60函。
〇1968年戊申五十二歲
1月，《唐上津道考》刊於《史語所集刊》第三十八本。
春，完成山南劍南區《陰平道辨》初稿。陰平道因鄧艾伐蜀著稱於史，故凡涉陰平道，一若即鄧艾所行者，此觀念殊不正確。
考中古史乘，陰平道實分陰平正道、陰平偏道、陰平捷道三路線，茲篇分別詳其行程、辨其同異。
4月14日，中研院評議會審定第七屆院士候選人27位，錢穆再度被提名。
18日，中研院院長王世傑接錢穆來信，請辭院士候選人。王覆函勸其勿辭，並告以選舉結果乃依法產生，院長無權變更。錢穆未再堅持。
26日，耕望應《大陸雜誌》之約，綜合前撰《唐藍田武關道驛程考》、《唐駱穀道考》、《唐子午道考》、《漢唐褒斜道考》、《通典所記漢中通秦川驛道考》五篇之結論，作成《唐代長安南山諸穀道驛程述》。
5月，《責善半月刊再版書後》一文收入香港龍門書店影印《責善半月刊》。
6月，《唐代長安南山諸穀道驛程述》刊於15日出版之《大陸雜誌》第三十六卷第十一期。
24日，完成《唐代府州僚佐考》初稿。《唐六典》記府州僚佐組織至詳，然往往僅存形式；至於天寶以後之演化，更非《六典》所能限。大抵前期府州政府之僚佐皆中央任命之品官，宋人稱之曰“州院”。後期之製頗有衍革，中葉以後乃增置軍事僚佐，皆為使職非品官。此為另一係統，可與“州院”對稱為“軍院”。屬州軍院之職即方鎮使府之具體而微，惟屬州政事以民事為主，行政核心仍在“州院”。州、軍兩院諸職又各有佐史。茲篇分“上佐”、“綱紀”、“判司”、“參軍事以下諸州職”及“軍院”五節分而考述之。
吳俊升任期滿，唐君毅出任新亞研究所所長。
指導新亞研究生陳鬆齡完成學位論文《唐代廣州社會各階級的分析》。
指導台灣政治大學博士生王壽南完成學位論文《唐代藩鎮與中央關係之研究》。
7月，返史語所工作。會新亞研究所有刊印個人論文集之議，期各舉所業，俾相觀摩。擬以唐史為範圍，選錄舊作之可增訂者，參取新稿之未付刊行者，都為一集，名為《唐史研究叢稿》。
錢穆遷寓外雙溪新居，因幼居五世同堂大宅第三進素書堂側，故以“素書樓”名新居。庭園小樓，背山臨溪。
12日，耕望完成前作《陰平道辨》的改訂。
28日，中研院第八次院士會議選出第七屆新院士9位，錢穆以百分之九十之最高票當選人文組院士。
8月，《通典所記漢中通秦川驛道考》刊於《新亞學報》第八卷第二期。
8日，耕望訂正前作《唐子午道考》，收入《唐史研究叢稿》。
9月，《唐代鬆州驛道述》刊於9日出版之《新亞生活雙周刊》第十一卷第五期，係就《唐代岷山雪嶺地區輻射交通圖考》第一節“鬆州南通成都驛道”、第二節“鬆州東北通散關驛道”之結論作成。
《唐代茂州西通吐蕃兩道考》刊於《香港中文大學中國文化研究所學報》第一卷，是為《唐代岷山雪嶺地區輻射交通圖考》第六節“茂州西通吐蕃兩道”全文。
10日，完成《唐代成都清溪南詔道驛程考》初稿。唐代成都通南詔有兩道，就相對方位言，石門道為川滇東道，清溪道為川滇西道。二道之中，尤以清溪道最為重要。終唐之世，此道皆為西南入蠻之孔道，唐詔屢次用兵之主線，通使往還亦多取此道，故自始即置館驛。當時多有記其驛程者，如《蠻書》、《新唐書·地理誌》，又宋人《武經總要前集》等。唐代驛道中，以此道之史料記述為最豐富。前在台灣，中研院院士、台大曆史係教授姚從吾托人自日本購得向達著《蠻書校注》，以示耕望。讀之狂喜，以其大有助於唐代西南地理之研究也。及耕望來港，是書為首先搜購之對象。向氏於《蠻書》川滇西道驛程校注頗詳，初以為來日撰及此道時可逕錄其文，不必再費工夫。不意臨作前發篋檢視曆年累積之資料，大多為向注所未及，且《蠻書》本文亦有可增補處，爰複奮力為文，發前賢未發之覆。
18日，補訂前作《唐代成都清溪南詔道驛程考》，收入《唐史研究叢稿》。
23日，校訂舊作《唐人習業山林寺院之風尚》，收入《唐史研究叢稿》。補入該文再稿刊布後續獲之材料若幹條，並稍改引文體式。
27日，增訂《唐代方鎮使府僚佐考》再稿，收入《唐史研究叢稿》。下篇“軍將”增補最多。
10月17日，完成舊作《括地誌序略都督府管州考》之再稿。
增列府州治所，作地圖；並據地圖所示，對原稿作若幹訂正。舊稿原有近百州不知屬所，頗疑為失考者。經此訂正並作地圖觀之，除京畿中原地區及少數較遠地區外，各府管州比接無隙，亦無插花現象，自信置府管州已無大問題，其諸州之不屬府者，蓋當時製度本未置府，非失考也。收入《唐史研究叢稿》。
22日，訂正《唐駱穀道考》的再稿。