史語所所長李濟暫代中研院院長一職。
3月2日下午四時，胡適靈櫬於當日公祭結束後回到中研院，停放於史語所對麵的會議室，史語所同人輪流支援守靈。
4日，耕望和汪和宗負責後半夜的守靈。時耕望非常悲痛，乃至認為自己亦當對胡適之去世負一分責任。據耕望的學生譚宗義日後回憶：
先生不止一次在與我私下談話中露出其對胡先生內疚之意。……曾言胡先生想不到在台灣竟然還有這樣的學人（指耕望）跟他討論學問，而在美這許多年，最大痛苦就是沒有人與他論學，後來決意應聘回台主持中研院，此恐亦原因之一。先生嚐言，果若因此而打動先生（指胡適）之心，則胡先生後來因主持院務過勞而心髒病發去世，自己亦應負一間接責任，所以每想及此，常有疚意。
耕望深感一個真正的學人辦行政，實在不合適。因想到錢穆亦已高齡，應當放下行政工作。自信師生間當無不可談，遂於三月中旬毅然致信錢穆，大意為：
新亞書院雖然辦得有聲有色，成績卓著。但總感先生天才橫溢，境界亦高，是學術界一位不世出的奇才，五十歲前後迭出幾部極有分量的著作，如《先秦諸子係年》、《近三百年學術史》、《國史大綱》、《莊子纂箋》，皆為不朽之作。
五十歲稍後，正是學養成熟而精力未衰的階段，正當更有高度發揮，但時局不安，被迫到香港辦學，十餘年間，耗盡心力，雖有述作，但多講錄散論之類，視前期諸書遠有遜色。
興學育才雖有功教育文化於一時，但隻要中人之資即可勝任，先生奇才浪擲，對於今後學術界是一項不可彌補的損失，此所以深為惋惜也。新亞既已辦上軌道，有了基礎，宜可擺脫，仍回到教研工作的老崗位，期能有更好的成就。
3月21日，接錢穆19日覆信：
耕望老弟大鑒：
即日奉來書，相念之意溢於紙外，頌之感慰。惟儒家處世必求有一本末終始之道，穆在此辦學，亦是一時之不得已，惟既已作始，應有一終，此刻尚非其時。弟緘雲雲，穆實無時不在籌慮中也。此刻隻有力求護攝之道，不使精力過於浪擲，人事應酬已省無可省，內部隻問大體，此外分層負責，亦不多操心。自問多已做到。隻是年歲日邁，精力有限，即複擺棄百事，亦恐不足副相知如吾弟者之深望耳。回顧廿六年後，此二十五年全在亂離窘迫中過去，豈能無慨於中。匆複，順頌近祉。
穆啟
三月十九
4月29日，完成《北朝地方行政製度》第十一章“北魏軍鎮”初稿。分上篇“軍鎮名稱及其分布”，下篇“鎮之種類、地位與鎮府組織”。
5月15日，王世傑就任中研院院長。
論文《北周東南道四總管區》刊於《大陸雜誌》特刊第二輯，是為《北朝地方行政製度》第二章“州郡縣與都督總管區”第三節“北周總管區”中，徐州、仁州、揚州、吳州四總管府的相關內容。
王世傑接長中研院不久，看到耕望剛出版的《中國地方行政製度史》第一、二冊（秦漢之部），頗為欣賞，約耕望談話，詢及出身院校，方知就是自己一手創建的武漢大學的學生。當即微笑，似頗感快慰。後又屢次約耕望談話，備極關懷。耕望在中研院，有些主管雖對其成績也相當了解，但主張“權利要自己爭”；而耕望的稟性，隻要生活可過，有書可讀，一切聽其自然，絕不願積極的為自己爭取什麼。王世傑則每當關鍵時機，論成績應有耕望一分的時候，總不忘記耕望。但似又因為有師生關係，不便直接處理，往往兜著圈子，間接的達成自己意見。
6月，史語所所長李濟在所務會議上提出，要檢討本所傳統是否還能維持，以及究竟是何標準。作為虔誠的曆史實證主義者，李濟從來便強調原始資料的整理、考訂和出版。早在北海靜心齋時期，傅斯年有一次說起史語所整理午門檔案的成績，認為沒有什麼重要發現，李濟大不以為然，反問什麼叫重要發現，難道要找到滿清不曾入關的證據才算重要嗎？傅斯年聽後，哈哈大笑，沒有再說一句話。李濟認為，傅斯年當時的一笑，表示他也同意“史料的價值完全在他本身的可靠性；可靠的程度愈高，價值愈高”。顯然，李濟是把史料學等同為曆史學，且比前任傅斯年更走極端。因此，李濟領導史語所期間，曆史組、考古組一如既往以全部精力整理、考訂和出版殷墟甲骨、居延漢簡、敦煌殘卷以及明清史料，卻很少以這些資料為基礎寫出綜合性曆史著作，發掘資料背後的曆史意義，在重大問題的認識上取得突破。同樣，語言學方麵也累積了大量調查資料，卻始終未發展出新的研究方法。基本上仍是西方的一套和傳統的一套兩不相涉，且與社會相距甚遠。何炳棣評價史語所的研究時，就認為他們的出版品考證精詳，但是論點零細瑣碎，缺乏綜合，尤其沒有西方社會科學的視野。所內一位年長耕望十歲的朋友曾很坦白的說，他很佩服耕望能不斷寫出大書，而自己卻苦於無問題可作。耕望認為，實際差別隻在於自己來史語所前有過一段通識性的訓練，看問題總從大處、廣闊處著眼，這一方麵得益於高中曆史老師李則綱在社會科學理論方麵的引導，而受錢穆通識觀的影響則尤大。同事黃彰健也說，耕望雖在史語所，而所寫論文實與所內一般同人大異其趣。
7月5日，耕望向東亞學術研究計劃委員會報告《北朝地方行政製度》撰述進程，除第三章“都督總管與刺史”、第八章“州郡察舉”、第十五章“任用雜考”、第十六章“官佐品階表”及第二章“州郡縣與都督總管區”之“司州”節外，大體完成。計劃分十六章，首述永嘉亂後五胡諸國之地方行政製度，旨在粗略說明五胡諸國之製度已胡漢並行，為北魏胡漢製度參合運用之淵源所自。第二章至第六章，考北朝州郡縣與都督總管製，此皆承襲或模仿漢人製度而建置者。第七章至第十章，考地方中正、州郡察舉、學官、僧官，以及三長之製。此中除察舉與學官外，皆為魏晉南朝所未有，然實亦師仿漢人製度之法意而增置者。第十一章，考北魏軍鎮製度，此則適應軍事需要，參合胡漢屯營製度而創置者。第十二章至第十四章，考魏齊行台、護軍與領民酋長之製。
行台者，因魏晉之故事以符鮮卑之舊俗；護軍者，統治漢人以外被征服民族之製度也；至於領民酋長則全屬鮮卑舊俗矣。第十五、十六兩章，亦考任用，表官品，而內容與南朝無大差異者。
最後就全卷二十五章考論所獲綜合述之為約論，並附組織係統圖。
院長王世傑約談，希望耕望編撰一部《中國政治製度史》，經費由其全力籌措。耕望考慮之下，未敢應承。因其時雖在寫《地方行政製度史》，而實際興趣已轉至曆史地理方麵，如欲兩者兼顧實無可能。外加平時寫作，縱隻一篇論文，立意至少也在三五年前，慢慢搜集史料，然後一氣寫完。編撰一部大書且需限期完成，實在毫無把握。
斷續補寫《北朝地方行政製度》所缺章節，及《魏晉南朝地方行政製度》第八章“任用雜考”、第九章“官佐品班表”、第七章“州郡察舉與地方學官”上篇“州郡察舉”，並補繪《劉宋都督區略圖》。間或對已成諸章作修訂。
10月6日，第二屆亞洲曆史學家會議在台北省立博物館舉行。
9日，上午耕望於亞洲曆史學家會議上宣讀論文《北魏六鎮考》，是為《北朝地方行政製度》第十一章“北魏軍鎮”上篇“軍鎮名稱及其分布”第一節“六鎮及其以南以東諸鎮”的相關內容。
後收入《第二屆亞洲曆史學家會議論文集》。
11月6日，上午九時半，耕望與史語所同人屈萬裏、陳槃、黃彰健等出席在傅斯年圖書館舉行的“胡適遺著整理委員會編輯委員會第一次會議”。
12月，自《北朝地方行政製度》中抽出第十一章“北魏軍鎮”全文，付《史語所集刊》第三十四本《故院長胡適先生紀念論文集》上冊刊發，名為《北魏軍鎮製度考》。以考論煩瑣，篇幅遂多，故作約論冠諸篇首，俾閱者能先得其要旨。
年終考績，耕再獲全所第一。
〇1963年癸卯四十七歲
1月8日，再對《北魏軍鎮製度考》一文作修訂。
2月，《魏晉南北朝地方行政製度》全書初稿完成，原擬請史語所於1964年度印刷費項下撥款印行，後所方改請“國科會”補助付印，可提前一年出書，遂於月底開始排印。因出版時間提前，而該年度耕望撰述隋代地方行政製度之工作又必須進行，同時亦要準備下年度撰述工作之材料，遂不及再將原稿全部仔細改訂一過，隻能約略檢查一遍稍加修改，再利用校稿機會作若幹修訂。《北朝地方行政製度》第十五章“任用雜考”第八節“韓信傳‘推擇為吏’解”因牽涉先秦、漢初史事，商請史語所同人陳槃看過。陳槃提出補充材料，並作短劄《“推擇為吏”補義》一則，耕望附之於原文之後。
22日，下午四時出席“胡適遺著整理委員會編輯委員會第二次會議”。
4月5日，完成《隋代總管府考》初稿。茲篇取《隋書·地理誌》及楊守敬著《隋書地理誌考證》、岑仲勉著《隋書求是》與《舊唐書·地理誌》，參以《北朝地方行政製度》第二章第三節《北周總管區考》，以及若幹列傳、碑刻史料，考定州之曾置總管府者，凡六十四。述其建置及各府管區。各府所管之州，雖不能如周製及唐初製度之可詳考，然可考定者亦得半數，取與周、唐製度參校，尤能得其仿佛。此則楊、岑兩家所未措意者。更就所考結果表列於後。是為耕望關於“隋代地方行政製度”研究的第一篇專題論文。
中研院院長王世傑與史語所所長李濟商定，仿英國《劍橋曆史叢書》之體例（專家寫專題，集體著作），由史語所著手編撰一部《中國通史》，分上古、中古和近古三卷。
5月，李濟承擔《中國通史》上古卷的編撰領導工作，期於四年內完成。院長王世傑屬意耕望領導中古史卷的編撰工作，蓋其論著範圍不出秦漢至隋唐也。耕望退而思之再三，雖感難辭其責，而又實難從命。其一，是項工作需邀集海內外眾多學人共同努力，自度在學術研究上是“強兵”而非“良將”，毫無行政領導能力；其二，集體撰述工作本身即有缺陷。縱能勉強湊成篇幅，而內容勢必不能連貫一氣，必將各持所見，矛盾重重，隻能算作一部中古史論文集，而不能算是一部中古史，難以如期取得滿意的成果；其三，自己的工作實已太繁重，照多年來已定的計劃，非再寫三四百萬字不能解決。若再承擔另一重大項目的領導責任，實非能力與精力所能負荷。
6月18日，清晨得老同事董同龢病逝的噩耗。耕望入史語所近二十年，同輩友朋的不幸事件，此為第一次。哭死傷生，不禁悵然悲愴不能釋。下午自台北吊唁歸來，振筆寫完《魏晉南北朝地方行政製度·引言》，聊當紀念。《引言》指出，中國中古政治製度有秦漢與隋唐兩大典型，其組織與運用截然不同，然秦漢型如何一變為隋唐型，則由魏晉南北朝三百數十年間政治社會情勢之積漸演變有以致之，非出某一人物之特意革創者。故就曆史觀點而言，其重要性實不在漢唐製度之下。而在此製度演化之大潮流中，地方行政製度如何由秦漢型演化為隋唐型，其軌跡步驟尤屬彰著，可視為兩型製度交替演化之顯明例證。
19日，完成《魏晉南北朝地方行政製度·成書後記》初稿，中謂：
我寫《引言》，常常記個日期，代表一部書或一篇論文的完成。一翻案頭日曆，是六月十八日，卻正是曉鬆的生日。
這樣一來，這卷書無意中又作了她十五虛歲的生日紀念品了。回憶十四年前，此女剛生時，畹蘭體弱，嬰兒的食眠洗沐，都由我分操其勞，所以當時情景記憶尤為真切。十四年的時光已匆匆過去了，繈褓小兒已茁壯長大，而我的身體卻已有日衰之感。畹蘭常常勸我多散步，多出遊，不要伏案過度，以免傷害身體。然年近知命，而平生誌業所就十才一二，若不及時努力，再過十年，恐更徒喚奈何了。思念至此，豈不更當奮發耶！
據嚴曉鬆回憶：
雖然父親醉心於曆史研究工作，可絕對不是個書呆子。
他心思細膩，手腳靈巧，不但是個標準的丈夫、慈祥的父親、合意的女婿，更是位萬能的師傅。舉凡縫紉、烹調、木工，以至打雜，真是件件皆能，雖不精通，倒是非常實用。他曾為我釘造小木床，又為他的書架做設計，並親手縫製窗簾；粉蒸肉排更是父親得意的拿手菜，每次回港省親，他總會燒好這道菜來讓我品嚐。
一般人常說“嚴父慈母”，這話並不適用於我的身上。
父親對我一向寵愛有加，在這情形下，我就順理成章的被寵壞了。自我有記憶以來，父親就時常為我梳辮子，或整理書包，或幫我溫習課本。更甚的，有時為我背書包，送我上學，直到高中畢業。我小時候每有病痛，就蠻橫地要父親陪伴在身旁，我覺得唯有如此，我的痛苦才可以減輕。現在回想起來，我真是耽誤了他許多做研究的寶貴時間，他卻從無怨言。許多人都尊敬父親的學問與為人，但對我來說，他真是一位了不起的模範父親。
28日，製成《魏晉南北朝地方行政組織係統圖》，分“魏及西晉”、“東晉南朝”、“北魏前期”、“北魏後期”、“北齊”、“北周”六圖。
7月14日，寫完《魏晉南北朝地方行政製度》卷末“約論”，對魏晉南北朝時代地方行政製度顯異於秦漢時代之重要現象作一羅列。
16日，複就《魏晉南北朝地方行政製度·成書後記》作修訂。
是月，《魏晉南北朝地方行政製度》（《中國地方行政製度史》乙部）作為《史語所專刊》之四十五B出版。
8月，中研院院長王世傑拔擢耕望為“國科會”研究講座。
照章可請兩人協助工作，此前李濟和陳槃已為耕望配有書記一名，幫其抄錄材料。此時，乃在書記之外，另加請一位助理研究員，代為節譯幾篇日本學人論文。至於材料搜集、論著撰寫則從未假手他人。
好友李定一赴香港聯合書院任教，勸耕望也去。然耕望對史語所之研究環境極為留戀，以其為做學問之天堂樂土。外加已兩次婉辭院長王世傑之授命，此種情勢下離開，未免太傷感情，故對李定一之建議未予考慮。
《魏晉南北朝地方行政製度約論》一文刊於31日出版的《大陸雜誌》第二十七卷第四期。
10月17日，香港中文大學正式成立，旅美學者李卓敏出任校長。新亞書院、崇基學院和聯合書院為其成員書院，錢穆仍任新亞書院校長。
年終考績耕望又獲第一，乃推予他人，以免顯得太突出。
〇1964年甲辰四十八歲
春節前，李定一前議重提，力邀耕望赴港任教。耕望表示，正在撰述《隋唐地方行政製度》，待完成後再考慮。一則《地方行政製度史》計劃可告一段落，再則時間推後，亦好向院方有個交代。
2月中旬，李定一與牟潤孫談起此事，意謂耕望於來港任教一事心意已動，旋複告知錢穆。
19日，“胡適遺著整理委員會編輯委員會第三次會議”決定，原則上由耕望同屈萬裏、徐高阮負責胡適遺著中《水經注》和思想史以外部分的編校工作。
24日，完成《括地誌序略都督府管州考》初稿，考得唐初屬府之州二百六十餘。
25日，得錢穆21日手書：
弟駕有來港之意，驚喜交並。……研究所本欲增一導師名額，久欲延弟來任此職，而所請經費，至今尚未決定。
26日，複得錢穆24日手書：
已加緊再與港府商量研究所增一導師事，如獲通過，則務望弟決心前來，因穆即以延聘吾弟為理由，要求港府從早增此名額。如弟不來，使穆出言失信，此後遇其他交涉，將受影響。
得此信後，耕望深為惶恐。因一旦應聘，非但院長王世傑、所長李濟將深惜其決然離去，且長子曉田亦已將滿十八周歲，接近兵役年齡，出境亦有困難。故立即去函並發一電報，請錢穆勿為其特向港府要求增加導師名額。
27日再上錢穆一函，詳細說明不能即時赴港的理由。
29日複得錢穆函告：
來電已悉。惟此間為申請研究所導師增名額事，獲得意外快速之成功。……務盼弟就此職名，千萬千萬（最後兩句並打了三個圈）。
同時得李定一兩信，一雲：
賓師此次大費周章，始有此一缺；若兄不就，則賓師頗難過。
一雲：
此事賓師係硬向中文大學特要之導師，並鄭重申明，已有極佳人選。……若兄不來，則賓師不能下台。
不數日，即收到新亞研究所導師聘書。事已至此，再無回環餘地，若仍堅持不去，自感有負二十餘年心神俱契之恩師，赴港一事乃不得不就此決定。
是時亦傳來消息，史語所研究員、時在耶魯任客座教授的周法高，已應聘香港中文大學中文係講座教授。耕望決計盡早向所方提出申請，以免事實已傳開，而自己尚未坦白說出，反而被動，但又總想取一既能獲批準而又不傷感情的方式，大費心思。
3月中旬，耕望至李濟寓所請假，並聲明幾點：第一，事非得已，並非自己應征要去。第二，隻是請假，將來一定會回所。第三，請假期間，暑假中仍回所工作。第四，重要著作仍帶回史語所出版。李濟雖感惋惜，但亦不好不讓其請假。惟表示，別人請假自可直接答覆，而耕望為院長王世傑極欣賞之人，須先征得其同意。
耕望又晉謁王世傑，說明不得已之情形，王世傑說：我們老一輩人總希望培植幾個年輕有為的人才，你與周法高都走了，令我們一班老輩人感到喪氣！最後希望耕望考慮，是否可緩一年。
言辭之懇切，神情之沮喪，令耕望亦覺黯然，深感有負老人一片為公為私之美意。隻得暫告段落，以俟其情緒平複。
然事態發展至此，赴港幾成定論，故過後耕望為此再度晉謁王世傑。
期間，撰成《唐代行政製度論略》一篇，主要論旨本自《論唐代尚書省之職權與地位》一文，係為第三屆亞洲史學會議而準備。
一日，偶與藝文印書館創辦人嚴一萍語及石刻史料之重要，嚴一萍囑耕望擬目，由其試搜求底本編為叢刊。耕望乃擇史料價值較高者，擬一目予之。計有文錄33種666卷，目錄跋尾26種303卷，傳世重要之石刻史料已十得七八。
4月底，終獲王世傑之同意，準假兩年，並為耕望辦理出境手續。
5月，《唐代方鎮使府僚佐考》初稿撰就，是為研究唐代後期地方行政製度一篇力作。唐代方鎮使府之組織有文武兩係統，《通典》與《新唐書·百官誌》皆僅記文職僚佐，而於武職軍將之組織皆不觸及。茲篇則分別考論之，以見唐代方鎮使府僚佐組織之全貌。
論文《魏晉南朝郡府組織考》收入《香港大學五十周年紀念論文集》，為《魏晉南朝地方行政製度》第四章“郡府組織”之全文抽刊。
長子曉田將滿十八歲，接近兵役年齡，一般已難出境。幸好距兵役年齡尚有四五個月，在法令上尚有可為。經錢穆懇托相關人士協助，順利獲得批準。
7月，錢穆向新亞董事會正式提出辭職，並於2日致信耕望：
穆已決意辭職，惟仍留港，當仍在研究所作名義之導師，弟來正可多獲從容商討之機會。
突聞此變，耕望雖頗有遲疑，但亦不便兩頭反複。
11日，上午九時，出席“胡適遺著整理委員會編輯委員會第二次會議”。
8月，史語所第一組主任陳槃請耕望擔任新入所之助理研究員毛漢光的導師。
16日，重訂先前所作《景雲十三道與開元十六道》一文，為關於唐代前期地方行政區劃設置之研究。史家敘事例雲，唐太宗貞觀元年分天下為十道，至玄宗開元中分天下為十五道。貞觀十道事，史無異說。然耕望以為彼時之十道僅為地理名稱，對於施政無大關係。而玄宗時代之道則為監察區域，對於施政頗具影響。惟開元時代之道，其建置之年份與道名、道數，頗有歧異，茲篇乃略考論之。
月尾，舉家赴港。自1945年8月入史語所，至是恰19年整。
期間，每年至少寫一兩篇論文，外加專著四部，總出版量已近三百萬字。又來台16年間（含哈佛訪問研究兩年），大部分時間皆潛心研究，僅赴港前在台大兼課（唐史）兩周，因該課由數位教授合授，每人兩三星期，屢辭不得，始破不兼課之戒。
其時，香港中文大學給高級講師的舉家旅費標準為坐飛機，而耕望一家則改坐輪船赴港，節省下旅費以貼補家用。船至上環碼頭，有新亞研究生湯承業、助理研究員金中樞等奉研究所導師牟宗三之命迎候，並留合影一張以為紀念。
9月1日，中研院第六次院士會議選出第五屆新院士6位，史語所研究員周法高當選人文組院士。
3日，耕望至港大參加第三屆亞洲史學會議，宣讀論文《唐代行政製度論略》。中研院派出張貴永、石璋如、李亦園、許倬雲四人為與會代表。耕望雖還是中研院的人，但因其時已去了新亞，故不能領院方的公費補助。
4日，下午的亞洲史學會議，耕望擔任主席，牟潤孫等數位香港學者發表論文，由於論文數不多而提早結束會議。
新學期，耕望在新亞研究所任導師，同時亦在香港中文大學新亞書院曆史係開授“中國政治製度史”及“中國曆史地理”等課。曆史係主任孫國棟為新亞研究所首屆畢業生，此前曾受耕望書信指導，見麵尚屬首次。對耕望的印象是：話不多，但有一種親切真摯之情，使人親近。走路的姿態莊重穩健，總待前一步踏穩後，邁出後一步，一如其治學的態度——穩健而踏實。
耕望講課時鄉音頗重，學生初聽時很難明白，但經兩三星期之後，都非常喜歡他的課，敬佩他運用資料的豐富，更為他循循善誘的態度所感動。在台期間，耕望不曾正式教過書，且一向不大說話，口才顯得較差。來港後講授幾門課程，須事先作充分準備。故不得不暫時擱置論文寫作，全力準備講稿。
《括地誌序略都督府管州考略》刊於《史語所集刊》第三十五本《故院長朱家驊先生紀念論文集》。
其時，吳俊升接替錢穆出掌新亞研究所，仍仿齊魯研究所舊規，每月舉行學術講論會一次，由研究生、助理研究員輪流講演。
錢穆雖已辭職，然經新亞董事會決議，任其休假一年後始得真正離任，故仍常出席論評。
12月3日，耕望在新亞研究所第八十一次學術講論會上主講“談唐代地方行政區劃”，認為曆代講唐代地方行政區劃，都據《新唐書·地理誌》為說，其實不很妥當。因《新誌》體例，以開元天寶盛世為輪廓，而州府條目與縣的隸屬，又常以唐代末年為定，故前後往往參差矛盾。況唐代近三百年，前後疆域變化極大，既不能以開、天盛世為代表，亦不可以唐季為代表。故耕望所講唐代地方行政區劃不采《新唐書·地理誌》，而別據《括地誌·序略》、《唐六典》戶部卷、《通典·州郡典》、《元和郡縣圖誌》和《舊唐書·地理誌》敘文，分述初唐、盛唐、中唐和晚唐的政區。