第一次到中研院曆史語言研究所，所址還在楊梅。辦公室與同仁宿舍各占一個很大的房間，用白被單隔成一間間的小房間。在一間大廳裏麵，那一間一間的小間就當辦公室用。在另一個大廳裏，那些小間就是給研究人員和事務人員，還有他們的家眷的宿舍了。
6月18日，女兒曉鬆出生。段畹蘭體弱，嬰兒的食眠洗沐，乃至叢瑣家務，耕望均須分操其勞。然片刻之暇，仍匆匆就案，投入《唐仆尚丞郎表》的材料搜錄。
傅斯年和其時主政台灣的陳誠關係良好，尤能通融借貸而使遷台人員勉強度日。但傅此時亦感精疲力竭，他認為事情分成兩頭辦，不如幹脆把中研院並入台灣大學，容易處理，且可一勞永逸。8月前後，傅斯年將此一想法寫信告知朱家驊，時朱家驊已隨國民政府撤至廣州，接到傅的來信，內心異常沉痛，回信時一再強調蔡元培院長創業唯艱，請求傅斯年無論如何都要把中研院維持下去，否則將無顏見先人於地下了。
秋，耕望由報章藉悉錢穆已至香港，主持亞洲文商專科夜校。去信探候被退回，因無詳細地址也。
12月18日，中研院代院長朱家驊從成都飛抵台灣。統計撤遷台灣之各所人員，除史語、數學兩所人員較完整（數學所人員後來多與台灣大學合作任教職，或出國進修）外，餘僅地質所研究員陳愷一人（後辭職）；植物所研究員李先聞，係於1947年應台灣糖業公司之聘來台。
〇1950年庚寅?三十四歲
年初，朱家驊以總統府資政名義，繼續代理中研院院長。朱家驊雖有心在台重建中研院，但因其時已遠離政治核心，無論如何爭取預算和經費，總難得到所希望的回應。老朋友總統府秘書長王世傑一度建議他，把楊梅火車站倉庫的文物悉數移往台中縣北溝，與故宮博物院的文物集中在一地，並增建同仁宿舍，以為安身之地。朱家驊想到要遠離政治中心，又不便同仁研究工作的開展，乃予委婉拒絕。
2月，中研院遷台後辦理首次年度考成。當時在台人員共56名參加考成，其中總辦事處6人、會計室6人、史語所40人、數學所4人。
春，錢穆在港結識上海商人王嶽峰。王對錢艱苦辦學之事甚為欣賞，遂在香港英皇道租賃校舍，安插亞洲文商夜校自台來港的新生，由錢穆等日間來為其授課。
7月，《史語所集刊》第二十二本出版，為史語所遷台後出版的第一本集刊。收錄耕望的《漢代地方官吏之籍貫限製》一文，為其《秦漢地方行政製度》稿中“籍貫限製”一章之抽刊。分“引言”、“監官長吏”、“地方屬吏”、“末際變例”、“論評”五節。根據二千餘任地方官吏之籍貫統計，歸納出籍貫限製規律四條。
秋，王嶽峰斥資在九龍桂林街頂得新樓三楹，供亞洲文商夜校作新校舍。錢穆商之亞洲文商校董劉尚義，擬改學校為日校，不得。乃向香港教育司申請立案，於桂林街之新址別創辦一日校，名“新亞書院”。新亞初設文史、哲學、經濟、商學、新聞、社會、農學六係。錢穆任校長兼文史係主任，唐君毅任教務長兼哲學係主任，旋有吳俊升、劉百閔、羅香林等亦來任教，或純盡義務，為當時國內來港學人之一薈萃地。學生多為大陸流亡青年，約近百人，多得免費。學校課程之外，又設公開學術講座，每周末晚七時舉行，校外來聽講者，常七八十人，故亦特為香港教育司所重視。
冬，《唐仆尚丞郎表》的材料搜錄略備，耕望乃開始撰述。
王嶽峰經營陷入困頓，無法繼續供給新亞書院。錢穆赴台募款，得蔣介石應承，自總統府辦公經費中節省，每月支持新亞書院港幣三千圓。
耕望專程自楊梅前往台北謁候錢穆，並借寓其下榻之勵誌社。時，錢穆應酬、開會、演講及媒體追逐，無片刻之暇。耕望見老師健康良好，私心欣慰，更不暇詳談。
12月20日，史語所所長傅斯年出席台灣省議會備詢時，中風猝逝。
〇1951年辛卯三十五歲
1月，中研院聘董作賓為曆史語言研究所所長。
抗美援朝開始，台北總統府下達緊急疏散令，朱家驊以保護史語所珍貴文物為名，先在台北近郊的木柵租地，然後以疏散需要經費為借口，促請行政院撥款80萬元新台幣，興建宿舍和倉庫。行政院院長陳誠已經同意，不料正式公文送出時，台北方麵下達命令，疏散不準增加任何經費。
2月，耕望寫《唐人多讀書山寺》短劄一則，刊於28日出版之《大陸雜誌》第二卷第四期。
4月底，完成《唐仆尚丞郎表》輯考部分之“尚書左仆射”、“尚書右仆射”、“尚書左丞”、“尚書右丞”、“吏部尚書”、“吏部侍郎”、“戶部尚書”、“戶部侍郎”諸卷的撰寫。
負責清點史語所遷台圖書中的金石拓本部分。
6月，論文《唐代六部與九寺諸監之關係》刊於15日出版之《大陸雜誌》第二卷第十一期。
23日，中研院代院長朱家驊為爭取經費新建庫房，以保存史語所遷台文物、書籍等，致函“行政院長”陳誠：
中央研究院曆史語言研究所之圖書設備，關係重要，現置楊梅車站倉庫，甚不相宜，亟需設法建庫另遷。……本院為國家學術最高機關、專家學者研究之所，尤以曆史語言研究所之圖書設備與古物為孟真（按：傅斯年）兄畢生心血所收集，名貴精博，……其關係中國文化，較諸故宮古物之文化曆史價值者，尤為钜大。
彼時與孟真兄等數度會商，僉以為……對此項攸關民族文化之寶貴資料，在職責上，在良心上，均應設法保全；至於研究人員，自亦係國家至寶，並須顧及研究學術之環境，尤須有配合工作之設備。孟真兄因此二者之重要，慨允就當年違反港府規定。
台灣大學校長，藉以衛護此項資料，繼續工作，並準備遷台研究人員工作合作。
本院經費月不過台幣三萬餘元，本年度事業費不過四萬元，尚不敷整理費用，而研究結果、創作著述，均無法付梓公表，遑論建庫遷書。
8月，耕望取未刊稿《秦漢郎吏製度考》刪正補罅，複請陳槃、勞榦兩位審閱一過，交付史語所“紀念傅斯年專號”刊行。
月末，續撰《唐仆尚丞郎表》輯考部分之度支使以下諸卷。
冬，錢穆為籌辦新亞分校事再赴台北，滯留數月，耕望亦往晉謁。錢穆見耕望每來訪談總是衣衫簡陋，所穿之鞋亦多為木屐，卻澹泊自如。
《秦漢郎吏製度考》刊於《史語所集刊》第二十三本《傅斯年先生紀念論文集》上冊，分“約論”、“名稱與組織”、“職任之轉變”、“除郎與補吏”、“瑣征”五節，附“兩漢書列傳人除郎補吏表”和“東漢諸碑碑主除郎補吏表”。
朱家驊寫信給在美國的胡適問計。胡適在了解美國洛氏基金會願意資助1萬元美金以後，要求朱家驊把中研院興建計劃的工程壓縮十倍，從新台幣200多萬元壓縮到20萬元左右，並同意由其主持的中華教育文化基金董事會提供5000元美金。
〇1952年壬辰三十六歲
1月，耕望續撰《唐仆尚丞郎表》輯考部分。
錢穆就在台創辦新亞分校一事向行政院長陳誠報告，卻未得其明白應允，擬即歸港。適何應欽來邀為總統府戰略顧問委員會作講演，乃擇“中國曆代政治得失”為題，分漢、唐、宋、明、清五代，略述各項製度，共講五次。
4月3日，耕望完成《唐仆尚丞郎表》的輯考部分。在上年基礎上增加“度支使”、“諸道鹽鐵轉運等使”、“禮部尚書”、“禮部侍郎”、“兵部尚書”、“兵部侍郎”、“刑部尚書”、“刑部侍郎”、“工部尚書”、“工部侍郎”十卷，共計十八卷。
複根據輯考，編製通表。
16日，錢穆應朱家驊之邀，借淡江文理學院新落成之“驚聲堂”為聯合國同誌會作例行講演。講詞方畢，屋頂水泥大塊墜落，擊中錢穆頭部，幸未深入腦部，得以康複。
30日出版之《大陸雜誌》第四卷第八期，收有耕望《唐代文化約論》一文。分“引論”、“製度規模之宏遠”、“宗教哲學之光大”、“文學藝術之鼎盛”、“史學與地學”、“科學與工藝”、“生活樂舞之胡化”、“文化之普及與傳播”、“交通與文化”九節。
5月5日，《唐仆尚丞郎表》通表部分之“左右仆射左右丞年表”、“吏戶禮三部尚書及侍郎年表（度支鹽運使附）”和“兵刑工三部尚書及侍郎年表”完成。
朱家驊擇定台北縣南港鎮舊莊環山幽隱之地為中研院新址之所。當時尋找新址的要求有幾項：一是離台北不遠，二是有山可以挖山洞儲存圖書文物。據時任史語所考古組研究員的石璋如回憶：
曾有人說南港現址是朱家驊先生跟馬先生釣魚時碰巧發現，可以自成單位，在附近的廟就有現成的山洞；過去傅先生安置研究院所考慮的是遠離市區，南京的研究成果不佳，就與研究人員晚上多跑出去活動有關。李莊則遠離市區，沒有外界誘惑，研究成績就好得多。南港離台北不算遠，但還有一段距離，綜合的條件便相當不錯，成為新的院址。
6月，耕望完成《唐仆尚丞郎表·序言》初稿的撰寫。
7月，自《秦漢地方行政製度》稿中抽出“郡都尉”一章，發表於《大陸雜誌》特刊第一輯下冊，題為《漢代郡都尉製度》。
8月，耕望正式升任副研究員。撰寫論文《漢書地誌縣名首書者即郡國治所辨》，認為《漢書·地理誌》首書之縣即為郡國治所絕無問題。
11月，撰寫論文《論唐代尚書省之職權與地位》，分“約論”、“前期尚書省之職權及其在行政係統中所居之地位”、“後期尚書省地位職權之轉變與墜落”三章。運用現代政治學中政務官、事務官之概念劃分，對唐代政府內部組織進行細密分析，厘清曆來對於尚書六部與九寺諸監在行政係統中地位與職權之混淆。
在《論唐代尚書省之職權與地位》一文基礎上，為《唐仆尚丞郎表》撰寫述製，分“尚書省之職權及其在行政係統中所居之地位”、“仆尚丞郎地位職權之消長”、“仆尚丞郎官名員秩之演變與六部之位次”。全書初稿至此全部完成，都凡一百六七十萬字。計共考出一千一百一十六人，二千六百八十餘任。惟念征輯材料太詳，篇幅過巨，讀者雖便，而梓行不易。
12月，撰寫論文《略論唐六典之性質與施行問題》。指出《唐六典》之性質為一部開元時代現行職官誌。元和之製與《唐六典》不同，但不足以否定其為開元時代之現行製度。
〇1953年癸巳三十七歲
1月，耕望著手對《唐仆尚丞郎表》初稿進行改訂，改變輯考之體式，凡不待考辯者，隻注出處，材料原文概從刪落。
《漢代郡府之功曹與督郵》刊於15日出版之《大陸雜誌》第六卷第一期。
《通鑒作者誤句舊唐書之一例》刊於31日出版之的《大陸雜誌》第六卷第二期。
2月，耕望偶檢《東洋史論叢（羽田博士頌壽紀念）》，刊有日比野丈夫《西漢郡國治所考》一文，在“漢書地誌縣名首書者即郡國治所”的問題上，對閻若璩以下諸學者所采取之批評態度與耕望略同，惟批評多而建設少，論證與耕望前文亦多有出入，結論亦複不同。遂就論證相同處，日比野氏之材料有多於己者，錄附各條之後，俾相參證。並呈史語所同人陳槃詳閱一過，改正數字。
初夏，美國耶魯大學曆史係主任盧定赴港，與錢穆晤談雅禮協會補助新亞書院事，囑錢穆分擬年得美金一萬、一萬五、兩萬之三項預算。錢穆定年得一萬則另租一校舍，一萬五則頂一校舍，兩萬則謀買一校舍。盧定大表詫異雲：聞君校諸教授受薪微薄，生活艱窘，今得協款何不措意及此。君亦與學校同人商之否？錢穆雲：餘等辦此學校，惟盼學校得有發展，儻為私人生活打算，可不在此苦守。盧定乃益敬重之，惟告以補助款仍當作學校日常開支用，至於校舍事，容再另商。
5月，耕望所撰《漢代郡縣學校製度》刊於31日出版之《大陸雜誌》第六卷第十期。
6月，《論唐代尚書省之職權與地位》刊於《史語所集刊》第二十四本第一篇。
《略論唐六典之性質與施行問題》刊於《史語所集刊》第二十四本第二篇。
台北行政院同意撥款新台幣180萬元以供中研院興建之用。
7月5日，耕望完成論文《中國地方行政製度》的撰寫，分“春秋戰國”、“秦漢”、“魏晉南北朝”、“隋唐五代”、“宋遼金”、“元”、“明”、“清”、“約論”九節。
8月，中研院得行政院撥給第一期建築費新台幣80萬元，在南港舊莊購買第一批五十畝土地，首先興建一座倉庫，以解決史語所文物存放問題。
秋，新亞書院得美國亞洲協會資助，於九龍太子道租一層樓創辦研究所，供新亞及外校大學畢業有誌繼續深造者進修之用，新亞諸教授則隨宜作指導，是為新亞研究所最先之籌辦。
11月，耕望為中華文化出版事業委員會編《中國曆史地理》一書撰寫《隋唐五代人文地理》章節。
12日，《唐代人文地理》脫稿。分“約論”、“疆域與邊防”、“行政區劃”、“戶口分布”、“產業一（農林）”、“產業二（漁牧）”、“產業三（工礦）”、“交通”、“都市與商業”、“民風區域與人才分布”、“佛教分布（附道教與其他宗教）”、“邊疆民族”、“地理圖誌”十三節。
26日，《隋代人文地理》脫稿。分“行政區劃”、“四疆與長城”、“戶口分布”、“產業”、“交通與都市”、“國計與民生”、“民風（附佛教）”、“四裔民族與國外經營”、“地理圖誌之編纂”九節。
12月，論文《唐代佛教的地理分布》刊於香港《民主評論》第四卷第二十四期，即《唐代人文地理》稿中“佛教分布”一節。
16日，《五代十國人文地理》脫稿。分“列國割據之情勢”、“戶口”、“產業”、“水患與水利”、“交通都市與商業”、“南北人文”、“近裔概略”七節。
耕望自感《秦漢地方行政製度》一書征引不厭詳盡，篇幅多至二十五萬餘字。時值史語所經費極度困難之際，付印絲毫沒有希望，而個人興趣亦已轉至別的方麵。遂就原稿改變體式，刪繁就簡，務使篇幅減至最小限度發表。
〇1954年甲午三十八歲
2月，耕望完成《秦漢地方行政製度》稿之縮編，又刪去“封建政策之演變”及“特種管守”、“王莽製度”、“政風述要”諸章，除已抽刊於集刊第二十二本之《漢代地方官吏之籍貫限製》及抽刊於《大陸雜誌》特刊第一輯之《漢代郡都尉製度》外，不過十萬字。交付史語所集刊發表，名之《漢代地方行政製度》。當時的本意，此事就此作罷，不擬再印了。
12日，為《漢代地方行政製度》一文作後記。
論文《唐代國內交通與都市》刊於28日出版之《大陸雜誌》第八卷第四期，此即《唐代人文地理》稿中“交通”與“都市與商業”兩節相關內容。
3月21日，返台出席“總統”選舉的胡適在董作賓等人陪同下，來南港參觀正在建造中的史語所文物倉庫。胡適帶來了先前承諾的洛氏基金會10000美元和中華教育文化基金會5000美元的兩張支票，當時能兌換新台幣20萬元。不久，台北行政院承諾的第二期工程款項71萬9千元也撥到，中研院用以興建史語所單身宿舍和眷屬宿舍。
5月，新亞書院接受美國雅禮協會每年兩萬五千美元的補助，較原定最高額多出5000美元。至此，乃具函辭謝台北總統府每月三千港幣的資助。
《北朝中央中正與地方中正》刊於31日出版之《大陸雜誌》第八卷第十期。
6月，《漢代地方行政製度》刊於《史語所集刊》第二十五本。
《漢書地誌縣名首書者即郡國治所辨》刊於《中央研究院院刊》第一輯《慶祝朱家驊先生六十歲論文集》。
《隋唐時代戰史》一文收入中華文化出版事業委員會之《中國戰爭史論》第一冊。隋唐時代凡三百餘年，幾乎無年無月無戰事。茲篇撰述皆采內關政局，與外揚國威者，而於戰略運用，尤所致意。準此原則，凡得十目：一、隋文平陳；二、唐平群雄；三、高麗之戰；四、鐵山之役；五、突倫川之役；六、雙河之役；七、小勃律之役；八、安史之亂；九、雪夜襲蔡；十、迂道滅梁。
7月，陳誠出任副總統，俞鴻鈞繼任行政院院長，中研院代院長朱家驊又申請到157萬元的第三期工程經費，決定再建一棟隻有兩層的長條型樓房，供史語所辦公研究之用。是月，中研院南港院區第一期工程史語所倉庫（兼圖書室）完工。
《隋唐人文地理》、《唐代人文地理》及《五代十國人文地理》收入中華文化出版事業委員會編《中國曆史地理》第二冊，可視為耕望“唐代人文地理”研究計劃之綱目。
暑期，錢穆赴台物色師資，力邀台大教授牟潤孫往新亞任教，獲其同意。進而又囑牟至楊梅鄉間邀約耕望。其時，耕望一家五口生活尚極困難，每餐隻一兩碗蔬菜佐膳，於情於理自當遵從師命赴港工作。然自感學業尚未穩固，平素連零星兼課亦不願往（妻亦未曾敦促多賺錢貼補家用，亦屬難能）。一旦至新亞，勢必為錢穆所重用，而無暇再埋首研究，故未接受邀約。時錢穆聞訊有些不快。
9月，新亞書院在嘉林邊道租一新校舍，較桂林街舊校舍為大，學生分於新舊兩處上課。
耕望在舊作《唐人多讀書山寺》基礎上，補充兩年來續獲十倍於前之新材料，於24日撰竟《唐人讀書山林寺院之風尚》一文。先舉較概括性、可據以推想一般盛況的材料八條，征知唐代學子多讀書山林寺院，學成而後出而應試以取仕宦。繼則以名山為中心，分區列舉具體例證以見唐人讀書山林寺院之盛（借寓道觀讀書者亦取錄），歸納得四點認識。進而指出，唐中葉以後，士子讀書山林寺院之風所以如斯之甚的五個原故。最後略論唐人讀書山林寺院之風尚與宋代書院製度之淵源。
10月，《中國地方行政製度史略》一文刊於31日出版之《大陸雜誌》第九卷第八期。
11月，《中國地方行政製度》一文收入中華文化出版事業委員會之《中國政治思想與製度史論集》一書。另有《陳蕃、李膺》一文收入《國史上的偉大人物》第2冊（台北：中華文化出版事業委員會）。
是月，中研院南港院區第二期工程（宿舍）完工。史語所在楊梅的工作人員陸續遷至舊莊。據石璋如回憶：
宿舍分兩批蓋，采平房雙拚式，第一批一棟兩家，經費較充足，有三房一廳、坐式抽水馬桶。第二批蓋了七棟十四家，隻有兩房、一廳、蹲式抽水馬桶。我沒有參加分配會議，不過分配原則滿公平的，就是按年齡、資曆、工作性質分配。年長、資深者就排西邊鄰近辦公房，年輕、資淺的就排東邊，要看倉庫、圖書館、庫房與監工的管理的也需要宿舍。陳槃在籌備期間最先來，其次是我、李光濤、高去尋等，北邊的房子因為已經讓監工者住過算舊屋，就分給陳槃（靠東）跟我（靠西），西邊房子就給看倉庫、圖書館的李光宇（靠西）、王誌維（靠東），再往南邊給資深的高去尋（靠西）、楊希枚（靠東），北邊給管明清檔案的李光濤（靠西）、管事務的汪和宗，東邊八家由南而北就給嚴耕望、楊時逢、王寶先、黃慶樂、張秉權、潘愨、黃彰健、徐高阮。當時並未宣布什麼條件，就接受指定的分配，後來也沒聽到不滿的反應。
耕望的女兒嚴曉鬆日後回憶：
我依稀還記得當時由楊梅搬到南港宿舍時的興奮之情。那時的研究院被一片片的稻田和叢山包圍著，環境幽雅極了，確是鑽研學問的絕佳地方。記憶中，大部分時間，我都可在研究室找到父親。
12月1日，《唐人讀書山林寺院之風尚》刊於香港《民主評論》第五卷第二十三期“錢賓四先生還曆紀念專號”。
15日，史語所正式在南港舊莊路四十六號新建院區辦公。
其時，因南港第三期工程史語所研究大樓尚未竣工，研究人員大都是在先前落成的史語所倉庫（兼圖書館）中工作。
《北魏地方行政製度》一文刊於台北《學術季刊》第三卷第二期。
〇1955年乙未三十九歲
1月6日，耕望完成《唐仆尚丞郎表》輯考部分的改訂工作。
耕望將《唐仆尚丞郎表》的再稿送史語所同人陳槃審閱，得其指正數處。
撰書既竟，耕望深感兩《唐書》各有優劣：新書體製完備，而事傷簡略，倘無舊書，則事製多湮。舊書敘事詳盡，而比次多誤，即撰《唐仆尚丞郎表》所考，決然可判其為謬誤或奪訛者已逾六百條，除此而外，更不知凡幾。沈東甫合鈔兩書為一編，殊有卓識。唯詳者鈔之未盡，誤者摘發殊少。因頗有意本沈氏《合鈔》，鈔之益審，糾之益精，又廣征他籍為之注補，俾政事製度朗然賅備，學者研尋，取給為便。惟唐籍浩繁，必投入畢生精力與時間始克有成。又自1946、1947年起已開始搜錄“唐代人文地理”材料，意欲從地理觀點研究隋唐五代人文各方麵之發展情況。此項計劃亦工程浩大，非投入畢生精力與時間不得成。故此兩項工作勢難兼顧，取舍之間，甚為躊躇。
春，哈佛大學教授賴肖爾訪問新亞書院嘉林邊道校區，與錢穆協定：哈佛燕京學社為規模初創之新亞研究所提供獎學金、圖書費，並出版一份學報。先前，新亞已得亞洲協會之助，在九龍太子道租樓以作辦研究所之用。惟促成其事者不久即離任，事遂再無進展。自獲哈燕社協款，始為新亞創辦研究所之正式開始。在先入所不經考試，隻由麵談，即許參加。或則暫留一年或兩年即離去，或則長留在所。至是，始正式聘港大劉百閔、羅香林、饒宗頤三人為所外考試委員，又請香港教育司派員監考。錄取後修業兩年，仍須所外考試委員閱卷口試，始獲畢業。擇優留所作研究員，有至十年以上者。
是年，新亞書院擇定第一屆畢業、時已留為研究生的餘英時，以助教名義赴哈佛燕京學社訪問研究，是為新亞研究所派赴國外留學之第一人。
6月，《杜黃裳拜相前之官曆》刊於《史語所集刊》第二十六本，為耕望唐尚書省職官製度研究的一個個案延續。
1949年後，香港私立大學一時崛興不止七八所之多。港府既不禁止，亦不輔助。惟新亞書院能獨得雅禮協會、亞洲協會、哈佛燕京學社三項美方協款，一時甚受矚目。在香港教育司高詩雅及香港大學教授林仰山建議下，港督葛量洪乃於港大1955年畢業典禮上授錢穆名譽博士學位。前此，港大僅對胡適及其他一兩位中國人有此贈予。
7月，論文《北魏孝文帝尚書三十六曹考》刊於15日出版之《大陸雜誌》第十一卷第一期。
26日，耕望完成論文《從南北朝地方政治論隋之致富》的撰寫。茲篇以為隋之致富，殆由三端：銷兵器，廢軍府，兵革不興，節省財富不可勝計；全國統一後，中央政府之組織並未擴大甚多，而兼有原解歸其他兩個中央政府之賦稅，即此一端已遠較分裂時代為富裕；精省地方機構，整飭地方吏治，上裕國庫，下舒齊民。是亦國家致富之一重大原因。
8月，史語所兩層研究大樓完工（後拆除改建為歐美所研究大樓），是為中研院南港院區第一棟研究大樓，植物所、近史所、民族所籌備處借用其二樓辦公。據石璋如回憶：
有關研究大樓的空間規劃，還有個故事可說。朱家驊院長年齡較長，考慮較周詳，主張在每層樓設立洗手間，他也知道年輕人會有意見。果然，王寶先就說房子的空間有限，底下留兩間洗手間就夠了，省一間空間就可以多一間研究室。總辦事處也同意修改設計，反正要方便的時候就曉得了。後來大家使用後才知道，每一層樓都有洗手間是方便很多的。這也是因為大家過慣苦日子，凡事都很節儉，也是一種美德，隻是對自己很不便就是了。
史語所所長董作賓赴香港大學講學，辭職。李濟繼任所長。
又耕望所在的史語所第一組的主任陳寅恪1948年未隨所遷台，然為尊崇其創建與領導之功，名義上仍以其為該組主任，組務則由研究員陳槃代理。
《新亞學報》第一卷第一期出版。
22日，耕望寫成《魏晉南朝都督與都督區》一文。茲篇以為，唐代節度方鎮之製脫胎於隋及唐初之總管都督之製，而隋及唐初之總管都督則本之於魏晉南北朝之都督軍事製度。惟北朝督區除關中之外，其固定性皆較小，故此文所論以魏晉南朝為限。分“都督”、“都督與屬州刺史之關係”、“都督區”三章論述。
9月，新亞研究所正式成立，錢穆兼任所長，旋應張其昀之邀赴台北，擔任教育部訪日代表團團長。
耕望赴台北謁候錢穆，就“兩唐書合鈔”與“唐代人文地理”之取舍問題向其請教。錢穆稍加思索，謂之曰：
你已花去數年的時間完成這部精審的大著作（《唐仆尚丞郎表》）。以你的精勤，再追下去，將兩部《唐書》徹底整理一番，必將是一部不朽的著作，其功將過於王先謙之於兩《漢書》。但把一生精力專注於史籍的補罅考訂，工作實太枯燥，心靈也將僵滯，失去活潑生機；不如講人文地理，可從多方麵看問題，發揮自己心得，這樣較為靈活有意義。
耕望深感錢穆這番話極有意義，遂決計放棄整理兩《唐書》之計劃，專心於唐代人文地理研究。
完成《唐仆尚丞郎表·序言》的再稿，文末雲：
沈氏合鈔已逾四百萬字，若加以撥正注補必當逾倍；故此事體大，實非一人之力所能奏功，方今公私財力俱困，實亦無可如何。河清可望，待之而已。
其時，耕望構想中之“唐代人文地理”以經濟地理為重心，學術宗教文化地理次之，而將交通問題作為唐代經濟地理卷之首要環節。
10月，論文《魏晉南朝都督與刺史之關係》刊於15日出版之《大陸雜誌》第十一卷第七期，係前撰《魏晉南朝都督與都督區》中之一章。
史語所於經費極度困難中力謀出版《唐仆尚丞郎表》。耕望又複有所修訂。
11月，應中華文化出版事業委員會之邀撰寫的《新羅留唐學生與僧徒》一文，刊於《中韓文化論集》第一冊。唐世，四鄰諸國與中國邦交最睦者莫過新羅，而接受華化之徹底，傾慕華風之熱忱，尤以新羅為最，至於正朔衣冠皆遵唐製，他可知矣。在此親睦氣氛中，最足表現新羅傾慕華風銳意華化者，莫過於青年學子犯駭浪泛滄海留學中華之蔚為風尚。茲篇就此一事實，略征史料，分“一般文士”與“佛教信徒”兩節考述之。唐初高句麗、百濟及後高麗之初期所有少數材料亦附及。
12月，《從南北朝地方政治論隋之致富（上）》刊於香港《民主評論》第六卷第二十四期。
《從南北朝地方政治論隋之致富（下）》刊於香港《民主評論》第六卷第二十五期。
《北魏尚書分部之演變》刊於台北《學術季刊》第四卷第二期。
〇1956年丙申四十歲
1月28日，耕望校畢《魏晉南朝都督與都督區》一文。
3月5日，完成《舊唐書本紀拾誤》的撰寫，共拾誤一百三十八條。