〇民國三十四年乙酉（1945年）二十九歲
2月，《中國史地圖表》社所屬大中國圖書局無端裁員，段畹蘭亦在其列。顧頡剛辭去《史地圖表》社社長一職，耕望隻得另謀他就。
春，武漢大學校友兼同鄉周君在北碚之北嘉陵江岸金剛碚創辦工藝班，為一初中程度學校，獲邀前往任教。其時，段畹蘭及其母已依耕望為生，故不擇職而任也。然課業繁多，無暇讀書研究，終感前途茫茫。
武漢大學校長王星拱來北碚，耕望攜出版未久之長篇論文《兩漢郡縣屬吏考》前往晉謁。王星拱很高興，告訴耕望，計劃下年度每係設立研究助理一名，屆時可回母校曆史係專心讀書。
金剛碚工藝班之校舍負山，春夏間，一夕暴雨山洪，耕望所居臥室牆壁為山洪所穿，隻得赤腳憑幾作《秦漢郎吏製度考》一文，頗體驗“山中一夜雨，樹杪百重泉”之意境。
抗戰八年，史語所在輾轉流徙過程中，有多位極有前途的研究員、編輯員、助理員相繼離職。因低階層研究人員缺額日多，遂欲在重慶、成都、昆明等地設法羅致，聞訊前往應征者甚多。
等候武大消息的同時，耕望亦目中研院史語所為理想的讀書環境之一，苦於無任何人事關係可以聯絡得上。有時異想天開，想扮演一次毛遂自薦，但又無勇氣。時段畹蘭之好友曾祥和（後為沈剛伯夫人）女士告訴耕望，史語所所長傅斯年脾氣特別，凡請有名人士介紹入所，未必能成功。不如自寄論文幾篇申請入所，他若果欣賞，可能成功。耕望急切希望有個讀書環境，遂決定一試。
6月28日，王星拱有致中研院曆史語言研究所所長傅斯年一函，內雲：
茲敬啟者，武大曆史學係畢業皖生嚴耕望，好學深思，精進不已，若得宿學名師如先生者為之指導，其造詣必有可觀。嚴生亦切思受教於先生之所，為此特函介紹，未知曆史語言研究所能否收錄？敬請惠予汲引，俾能遂其向學之誠。
並附耕望治學計劃，為其先前致王星拱信，不全：
……不自揆有撰《政通》之誌，欲以網羅今古，跡其變嬗，闡國史典製之革因，明先賢立政之精義。恒患撰述之業或失簡晦，或傷繁蕪，故此項計劃厘為四部：甲曰通義，所以褒舉大端，論創製之本意，運使之靈乖。人謀法意既因宜而更，輒世風道係遂逐類以旁。闡理亂興亡義，存乎此權衡時，此謀道斯鑒；乙曰通考，所以委曲政要，述其經構。考其流變，以補舊史近賢所未明；丙曰通表，所以歸綜群官，曲盡通考所未備；丁曰輯錄，所以存古今論政考事之文，以補生書所未逮。通義期其圓而通，通考期其詳而審，通表期其簡而賅，輯錄期其博而粹。綜貫四者，庶有以簡馭繁、以詳釋簡之效歟。然此實非易為，自揣魯鈍，不足語此。吾師得無哂生狂悖，欲以頑才方駕三通乎！雖然，生少長村僻之區，淡泊以為誌，一心無二慮，倘有四五十年之工夫，此心此誌亦未必不能申也。然竊聞學業根基須早植於青年時代，前在齊魯研所從賓四先生遊，進步實速。自研所瓦解，迄今行複二年，忙於生計，遂鮮進益。常念光陰寶貴，如此虛耗，以視賓四先生所雲僅見之二三子者，才固不如，境實有類。瞻望前途，能不淒然！飫聞中央研究院曆史語言研究所環境甚佳，研究生待遇當較一般學校研究生為高，或能維持簡樸生活。倘蒙不棄，鼎力作介，則幸甚矣。如彼處無望，亦希……7月1日，耕望寫了一封申請信，連同已出版與未出版之論文三篇，直接寄呈傅斯年：
孟公前輩先生道鑒：
曩讀宏篇，每驚創獲，欣羨無似。抗戰以來，學術陵夷，文史之學尤見頹落，而貴所師生獨能研索不倦，每有書刊問世，仍保持抗戰前之水準，是皆先生領袖群彥之功也。渴慕之情曷勝殷切！
後學幼而頑鈍，竊好學問。逮入高中，略涉近賢史學述作，遂頗有誌於國史之探索。民國二十六年，入武漢大學曆史係，常思卒業以後再入貴所從先生遊，困學十年，厚植根基，庶有微望。第與先生既乏一麵之緣，複以交遊甚狹，無人作介，宿誌不遂，時用慨歎！是以三數年來，雖偷暇述作，續成大學畢業論文《兩漢地方行政製度（附刺史守相表）》都三十餘萬言，然既乏師長之指導，複為材料所局限，用力頗勤，而未臻精審，乃益信讀書固須有師友與環境也！
伏思方今仍惟貴所具此二條件，為國內唯一讀書處，而無由自進一如往昔（聞貴所曾招生，未識確否）。瞻念前途，衷心甚苦。素仰先生提挈後學，惟力是視。爰不揣冒昧，為先生率陳，伏希鑒諒！倘能賜一讀書機會，誠銘骨之恩也！
外附拙作四篇，皆前書中之用力較勤者，尚祈鑒審是正。本學期以無書可讀，乃取往日搜集之材料，逐一整理已完成者，有《秦漢郎吏製度考》一篇，約近四萬字，現正謄錄中。先生若以孺子可教，允麵賜誨言，當攜此稿赴渝趨候。
餘容後陳，恭候示教。肅此，敬請道安。
後學嚴耕望謹拜上
七月一日
是日，傅斯年代表國民參政會訪問延安。5日返渝。
7日，武漢大學校長王星拱向教育部遞交辭呈，耕望回母校念書之希望破滅。是日至20日，傅斯年在重慶出席國民參政會四屆一次會議。傅在渝期間，董作賓代理史語所所務。
8月15日，日本宣布無條件投降。
20日，傅斯年致函李莊董作賓：
關於任用嚴耕望、趙文濤、張秉權、中大一人等四人之事及嚴耕望工作事，請兄召集所務會議討論，又逸夫兄介紹石鍾為助理員，弟同意提出，未知通過否，寅恪介紹之莊光沂三組可用否，請決定後直覆寅恪。
21日，耕望接傅斯年20日快信：
耕望先生左右：
撫五先生（王星拱）賜書及惠書先後敬悉，弟病多事多，未能早覆，至歉至歉！大著匆匆拜讀，甚佩。敝所近年亦甚凋零，辱承不棄，何幸如之！惟來書謂二十六年入武漢史學係，想非本年畢業。敝所章程，初在大學畢業者僅能任助理員，大學研究院畢業者，亦須看成績，可為助理研究員。以大著論，自當為助理研究員，然若畢業未滿兩年，亦隻可為助理員，此為本院組織法所限，無可如何也。此時各學術機關幾皆七零八落，入所以後，容感失望。此時人思東歸，必更無書可讀，此弟應言之在前者也。大著已寄李莊開會審查，當可通過。專頌著安！
弟傅斯年謹啟
22日，耕望至重慶中央研究院總辦事處見傅斯年。其時抗戰勝利，傅百務纏身，晚十時許始返辦事處，見麵後問了耕望不少話，並表示手頭事多，希望耕望暫留重慶，助其處理文書方麵的工作。耕望頗躊躇，自念平生最無辦事能力，筆下亦很凝滯，而傅才氣洋溢，文思敏捷，襄助其處理文書，絕不能副其所望。
因坦率表示，不能擔任此項任務。傅聞言不以為忤，當即表示：
可先赴李莊史語所，雖正式任命尚待所務會議通過，但應無問題，先去亦無妨。初次見麵，傅斯年予耕望的印象與外間所傳並不一樣。一般都說傅脾氣很大，很專製；但耕望覺其對人很溫和，很隨便，也不見得很固持己見。
是後，傅致函史語所代所長董作賓：
關於本年請求入所各人之文件早經寄上，未知已開過會否，嚴耕望君應可通過，因其不能久待，弟囑其即赴李莊，乞諒之！
史語所行政秘書那廉君致函耕望，請其填覆年歲、籍貫及畢業學校等各項，並示知過去曾在何機關作研究工作及其他經曆。
9月17日，董作賓致函傅斯年，報告所務會議通過任耕望、趙文濤、張秉權、石鍾四人為助理員。同日，史語所致函重慶中研院總辦事處，並附四人略曆請總辦轉呈院長朱家驊核準。史語所舊檔，1945年度第三次所務會議記錄中，存有傅斯年寫給代理所長董作賓的一封信，中雲：
今年請求入所之人甚多，凡無著作者，弟皆謝絕了。其有著作者，現有三人，其中嚴耕望一人似是一難得之人才，弟提議任其為助理員，並可在定薪水數目時參用初入所之助理研究員，因為他似乎在學校已經讀了十年書也。……18日，史語所函告耕望，業已通過任其為助理員，希能早日到所工作。
比耕望早到一年的助理研究員何茲全，日後回憶當年從重慶到李莊的途程：
重慶去李莊，是坐船去的。大約是三天的路程，白天行船，晚上靠岸住宿，這大約和過險灘有關係。從重慶到李莊，最怕人的險灘有小南海和筲箕背，據說小南海下麵河身有跌差，大水還好，枯水時期水麵跌差大，水流很急。下行船過灘有船頭跌入水中沉沒的危險，上行船過灘因水急而很吃力，也有危險。筲箕背，枯水時期，水道成S形，一轉兩轉船容易轉翻。我去李莊前不久，就在這裏翻過一條船，史語所一位同誌幸得不死。我第一次去李莊那條船，未到筲箕背，船夫就敲著鑼喊：“要過灘了，各位客官坐下莫動，免出危險。”景況可怕人。船過筲箕背，三轉兩轉我桌上的暖水瓶就差點倒了。
李莊沒有碼頭，船不靠岸。船到李莊後，停在江心，接客人的小船用鉤勾著輪船，靠緊，客人和行李由底層貨艙門下到小船。船夫一鬆鉤子，小船即離開大船撥轉船頭順流而下。
然後靠岸。大水時期或船夫技術不好，也都有危險。
耕望至四川南溪縣李莊之板栗坳史語所臨時所址報到，為第一組（史學及文籍考訂）之助理員。同組除研究魏晉南北朝經濟史的何茲全外，尚有副研究員王崇武（明史），研究員勞榦（秦漢史），研究員岑仲勉（唐史及突厥史），副研究員傅樂煥（宋遼金史），研究員陳槃（先秦史），助理員王叔岷（諸子研究），助理員逯欽立（詩史研究）等。
25日，史語所代所長董作賓致行政秘書那廉君一函：
請發嚴耕望、石鍾兩先生《六同別錄》各一冊，集刊最近出版者如尚多亦可酌給各一份。
29日，耕望收到史語所贈閱勞榦著《居延漢簡考釋（釋文）》一部，史語所集刊第十本三四分、第十一本一二分合刊共三冊，史語所集刊外編《六同別錄》一冊，《史料與史學》一冊。
入所之初，耕望的工作為訂補《秦漢地方行政製度》及附錄《兩漢太守刺史表》，有關魏晉南北朝時代地方行政的材料搜集工作亦未中輟。
10月15日，致函顧頡剛：
頡剛吾師函丈：
久未奉候，時以道躬康和為頌。生以上月離碚，行前曾趨府候謁，值駕出未晤。茲到所時逾兩旬，生活甚適，諸請釋念。生自離開齊魯，迄今兩年，生活不安，無緣常親書冊，誠恐一切理想均成幻影，今能重入書庫，殊為快慰。今後益當努力自勉，期不負吾師及賓四先生之殷望也。關於研究問題，已決定為《魏晉南北朝地方行政製度》，此為一過渡時代，擬提出數主要問題詳事檢討，不擬如前作《兩漢地方行政製度》之周密，不識吾師以為然否？有暇尚希示教為幸！
肅此，敬請道安。
師母統此致候。
學生嚴耕望謹上。十、十五。
20日，耕望領到中央研究院第609號工作證章一枚。
接顧頡剛26日信：
耕望兄：
接十五日惠書，欣悉安抵李莊，書林史庫，盡量享受，曷勝企羨。剛人事焦勞，絕難安定讀書，不知東歸後能摒絕他事，專任一職否。念兄得所，自呼負負。《魏晉南北朝地方行政製度》，想已開始工作。此一時代，史料有限，而中央研究院之工作並無結束時限，較之《兩漢製度》更能從容從事，鄙意似可先研究主要問題，再做周匝之敘述，以與前書相銜接。不知兄意以為然否。標點本《二十四史》之印行，剛奔走接洽已有端緒，約半月後可決定，屆時擬請中院同人共同相助，俾無訛文，無錯點，有暇乞代為計劃人選是荷。此一事成，剛明年不作他事矣。匆覆，即祝研祺。
所中諸同人均此奉候。
頡剛拜啟。
靜秋附筆問好。
卅四、十、廿六。
其時，史語所內高級研究人員，除極少數為錢穆的同輩學人，絕大多數為傅斯年的學生，都已晉升至副研究員、專任研究員，而耕望隻是助理員，地位懸殊，年齡也小十歲之譜。一般言之，應當以後輩自處。但耕望顧及錢穆與傅斯年為同輩學人，因而對這輩年長同事，雖極為客氣禮讓，但名份上仍隻以同輩看待，以免對錢穆有所失敬。雖不免顯得有些倨傲，好在耕望對人的態度始終如一，不因地位日高而有改變，時間久了大家也就了然，不以為忤。
〇民國三十五年丙戌（1946年）三十歲
元旦，覆信顧頡剛：
頡剛吾師函丈：
前奉手教，囑約此間同事共襄正史標點工作。彼時剛來，人事未熟，未便一一訪談奉覆。兩月來稍得與舊同事接觸（此間平日各自讀書，幾不相聞問），就中亦頗有重視此項工作者，然皆礙於某種原因不便相助，想吾師亦深悉也。惟生個人自當竭盡綿薄，《後漢書》標點匆忙中完成，錯漏必多，東歸以後仍由生負責覆校。《三國誌》、兩《唐書》如已有初稿，生亦可盡校正之責。其他諸史如擬請此間同事襄助，頂好由吾師與傅所長直接商談，則至少魏晉南北朝及明代諸史必無問題也（研究此二時代兩同事與生較接近）。生來此，第一步擬完成《魏晉南北朝地方行政製度》，現已讀完正史，秋後完成當無問題也。吾師東返計劃已定否？此間須俟夏秋水漲也。敬請年安。
師母統此致候。
學生嚴耕望。卅五年元旦。
1月30日，與段畹蘭完婚。
3月25日，論文《北魏尚書製度考》在李莊寫就。分“總說”、“都省”、“尚書分部”、“列曹職官上”、“列曹職官下”五節，並附“北魏初期之大人製度”。對北魏尚書製度的的組織和演變進行了全麵考察，並指出北魏前期尚書省中最重要的南、北二部尚書是由拓跋鮮卑的舊製（大人製）脫胎而來，直到孝文帝遷都改製後才革除。進而指出，北魏尚書製度的演變與其漢化的進程完全契合。孝文帝建製六部三十六曹，唐人已不知，而耕望考出三十四曹之多。是為耕望入史語所後所寫第一篇論文，傅斯年閱後甚為欣賞，未令修改，即送出發表。
春夏之交，嚴父裕榮公以八十整壽在故鄉桐城羅家嶺辭世。
未能見父親最後一麵，耕望深以為憾。
李莊時期，耕望曾聽國立中央博物館的李霖燦講玉龍雪山，峻拔雄麗，異花積雪，不禁神往。自謂平生聆講，感受之深，記憶之固，未有逾於此者，亦其好奇探勝之心情也。
夏，錢穆結束華西大學教職，乘飛機直達南京轉蘇州。
9月5日，錢穆有致錢樹棠一信：
樹棠吾弟：
無錫施之勉先生，乃穆卅載老友，其人湛深經籍，並精兩漢，行誼卓絕，不愧古之明德。最近自國立邊疆學校歸來，暫膺縣中校長之職。穆已推薦吾弟，盼即日攜行李徑赴無錫學前該校。其聘約任課等均待到後麵商，在弟得一長者，可以師友之間處之，必可有進益也。課務大致以國文為主。施先生任此事亦暫局，惟至少亦一年耳。穆俟有機會，當再為弟另謀位置。此事盼勿卻，且往以一年為期，決不至疏學業也。穆明日須去南京，秋節可歸蘇，弟駕何日能來？
盼徑函施先生，並便示及。匆此即頌近祺。
錢穆啟?九月五日
耕望複員到南京。去無錫看錢樹棠，聞錢穆已回蘇州，遂與樹棠聯袂至蘇州耦園晉謁，寓宿一宵。次日，得錢穆導遊蘇州名園而別，時間短促，未得多談。錢穆轉赴昆明五華書院任教。
時錢樹棠已放棄曆史地理研究，興趣轉移。耕望深為之可惜，不免又想重拾舊業，但感過去學人講沿革地理的已很多，軍事地理也無大發展，自己既對政治、經濟、社會、民俗、宗教、文化各方麵都有興趣，不如放寬眼界，擴及曆史上人文地理的各方麵，以期有較大發展。一部《全唐文》又複從頭看起，此時搜錄史料已兼顧政治製度與人文地理兩方麵。
10月4日，傅斯年致耕望手劄一封：
近人治石刻以之證史者，羅振玉為最精，此君實石家非金文家也，可看其《永豐鄉人稿》、《遼居雜著》等。
編簿錄者可看繆荃孫諸人之書。
耕望兄！
斯年十月四日
目下似全是機械工作，久則史學問題油然而生矣。
其時，史語所自後方搬回及由北平“東方文化研究所”、“東方文化事業總會”、“近代科學圖書館”接收來的善本圖書很多，內有三萬多份石刻拓本，為國內外圖書館所少有能及。原在李莊兼管善本圖書的張政烺、遊戒微已另有職就，故需另擇一人兼管，乃將此項任務交予耕望。傅斯年極重視善本書庫藏品，據說向來指派一位他認為極可信任的中下級人員保管，因為此批藏品無任何記錄。故同事馬學良開玩笑說，耕望是傅斯年麵前的紅人。
20日，中研院第二屆評議會第三次年會，議決籌辦院士選舉，隨即通知各大學、各獨立學院、各專門學會和各研究機關，就學術界有資望人士分科提名，被提名者共四百多人。
11月，史語所遷回南京雞鳴寺路原址。傅斯年在史語所大樓的演講廳請同仁聚餐，慶祝大家都能幸運歸來，同時也說過去的種種辛苦都已結束，從此大家可以安心工作，史語所八年的流離告一段落。依照中研院當時製定的宿舍分配辦法，耕望分得給低階層行政、技術人員及助理員的甲種眷舍。
15日，耕望道遇來寧出席國大的顧頡剛，顧隨耕望至其寓所，晤段畹蘭母女及其新生子。
其時，國家經濟狀況不佳，物價波動很大。文化機關的低級人員待遇頗低，耕望夫婦又不善理財，外加長子曉田出生，用度較大，常感周轉不靈。傅斯年不知如何了解了耕望的經濟狀況，將為教育部審查論文的審查費送予耕望。耕望本於長者賜不可違的心情，未堅辭的接受了。傅並囑耕望寫一張段畹蘭的履曆表，當即親自步行至左鄰的考試院，希望能安插一個職位，但未成功。隨即又寫信給國立編譯館，終於成功。其時，傅斯年事務極忙，來訪政要人客絡繹不絕，但仍記掛一個助理研究員的生活，令耕望銘感不能忘。
李則綱來信，謂仍在安徽省政府工作，邀耕望任文獻委員會秘書，協助其工作。耕望深惜史語所之環境，故未應召。
12月16日，耕望向傅斯年請假一月，返鄉省親。
〇民國三十六年丁亥（1947年）三十一歲
1月30日，返史語所銷假。耕望將家中所藏仿宋本《李太白集》帶至南京，經傅斯年鑒定可能為康熙年間某氏的精刻本，已屬很難得的善本書。
是年春，耕望始讀唐史。
史語所籌劃大量出版抗戰期間同人之積稿，《秦漢地方行政製度》亦在其列。耕望遂清繕為再稿，交所方付印。
4月23日，中午耕望與同組研究人員陳槃、勞榦、傅樂煥、王崇武在大華飯店宴請顧頡剛。
5月20日，耕望寫成《北朝地方政府屬佐製度考》一文，分“州屬佐”、“郡屬佐”、“州都與郡縣中正”、“地方學官”和“地方自治組織”六章，為其研治魏晉南北朝地方行政製度的第一篇論文。
史語所專刊編委勞榦以為，《秦漢地方行政製度》之附錄《兩漢太守刺史表》太長，可獨立成書，遂徑付商務印書館排版，耕望事前不知。其時又覺《秦漢地方行政製度》正文尚可做若幹改訂，因抽回作延緩出版計。
6月6日，史語所召開所務會議，推薦中央研究院院士候選人名單。議決耕望升為助理研究員，轉呈院長朱家驊於人事管理委員會中討論。
史語所所長傅斯年赴美醫療，由副研究員夏鼐代理所務。
暑期，錢樹棠來南京，耕望與之在中研院寓所午飯，同榻午休。是為二人最後一次見麵。
8月，耕望正式升任助理研究員。
《元魏北鎮製度、附略論元魏懷荒禦夷兩鎮之地望》發表於《現代學報》1卷8期。
錢穆轉赴無錫江南大學任文學院長。江南大學為無錫巨商榮家所創辦，時唐君毅亦在校，為兩人論交之始。
10月，中研院公告院士候選150人名單。
搜錄史料過程中，耕望注意到交通路線一問題，因發現文化、社會、經濟發展之基本前提在於交通，交通線所至，各種發展亦隨之而至。因知陳沅遠寫有一篇《唐代驛製考》（刊《史學年報》第五期），然時尚未得見，乃詢之勞榦。勞榦以為陳文寫得不夠好，還可再做一番功夫，若花半年或一年時間，相信可做一篇很好的文章。遂決定以交通問題為研究唐史中心目標之一。
獲悉《兩漢太守刺史表》將獨立於《秦漢地方行政製度》先行出版，耕望為之補撰序目。
12月，史語所所務會議決定隔周舉辦學術講論會一次。
〇民國三十七年戊子（1948年）三十二歲
1月15日，寫成《魏晉南朝地方政府屬佐考》一文，分“州佐吏與軍府佐”、“郡佐吏與軍府佐”（附《流沙墜簡》中所見之掾吏）、“縣屬吏”、“鄉裏吏”、“地方學官”五章，並附“梁州佐吏班品表”和“陳州郡職官階品表”。
2月，《兩漢太守刺史表》作為“史語所專刊”之三十在商務印書館出版。惟前無序文，亦無目錄，成為一本怪書。
3月，耕望請所方向商務印書館查問，始知補寄的《兩漢太守刺史表》序、目均被遺失。念此書乃病中消遣之作，隻就素材略加排比，未能深究，為此前述作中功力最弱、工作最懈之一部，故亦不甚重視。
中研院第二屆評議會第五次年會選舉第一屆院士81名。院士為終身名譽職，規定的職權是：議定國家學術方針；受政府之委托，辦理學術設計、調查、審查及研究事項；選舉評議員和以後的院士及名譽院士。史語所專任研究員陳寅恪、傅斯年、李方桂、趙元任、李濟、梁思永、董作賓，通信研究員胡適、湯用彤、陳垣、顧頡剛、梁思成，及曾任兼任研究員馮友蘭當選人文組院士。
尋繹唐史歲餘，耕望頗感南北士風之不同對於唐代政治有深切之影響，又中國南北人文之盛衰尤以有唐一代為關鍵，而政治人才之多寡尤為人文盛衰之表征。故欲考唐代南北人文之盛衰、政局之演變，推究牛李黨派之紛爭，最徹底之方法莫過於探求朝廷達宦之出身與籍居。唐世朝廷達宦莫過於宰相、翰林學士與尚書省諸長官，然宰相、翰學人數較少，惟尚書省之左右仆射、左右丞、六部尚書及侍郎，不但本官華貴，即凡朝廷顯達亦莫不曆此任，至於宰相、翰學尤多以此官兼充，故能盡括朝廷顯達之全部。因動手統計尚書省的所有長官。
6月，《魏晉南朝地方政府屬佐考》刊於《史語所集刊》第二十本《中央研究院成立二十周年專號》上冊，是為入所後首次於《集刊》上發表文章。
研究過程中，耕望發現唐人籍貫多不可靠，往往依附大郡著姓而非本人籍居，故“唐代政治人才之地理分布”一題實不易為。
轉而發見考定唐代尚書省職官人任之本身亦有價值。自宋以來，宰相有表，翰林有壁，郎官有柱，登科有記，獨仆、尚、丞、郎為都省六官之長，中央行政之中樞，竟當時不錄而後人忽諸，乃欲試為輯考而表列之。
7月5日，下午的史語所學術講演會，耕望講“漢代郎吏製度”。
9月，《北魏尚書製度考》刊於《史語所集刊》第十八本。
10月，《北朝地方政府屬佐製度考》刊於《史語所集刊》第十九本。
冬，在勞榦鼓勵下，開始動手搜錄《唐仆尚丞郎表》的材料。
淮海戰役（即所謂徐蚌會戰）後，中研院總辦事處開始規劃全院遷往台、粵、桂等省，及與當地大學合作事宜。
11月30日，院長朱家驊召開“在京人員談話會”，傅斯年、李濟、陶孟和、薑立夫、陳省身、張鈺哲、俞建章、羅宗洛、趙九章等七個研究所負責人及相關人員參加。會上商定了幾條應對措施：立即停止各所的基建工程；各所盡快征求同仁意見，作好遷台準備；眷屬可自行疏散，或於10日內遷往上海，可能出國者盡量助其成；文獻資料等集中於上海，伺機運台。傅斯年負責史語所和數學所的撤遷事宜。
12月，傅斯年通知耕望準備隨史語所遷往台灣，並特準耕望攜嶽母同行，旅費可由公家暫墊，因為非直係親屬不能由公家擔負也。而事實上，那次撤退根本無所中同人之直係長輩親屬同行。耕望事後聽一位比其資深的同事說，那時傅先生不允許同事帶老年家屬，因為他的責任感很重，對於到台灣以後的生活無把握，多一個人就多一分困難。大約知道耕望的嶽母別無依靠，所以傅斯年作出唯一例外的安排。
朱家驊以教育部部長名義，任命傅斯年為台灣大學校長，以便取得一個目的地的地利；同時，計劃利用海軍軍艦和招商局船隻運送故宮博物院文物之便，將史語所和數學所全部珍藏文物和儀器遷移到台灣。這批文物包括殷墟出土的甲骨文和銅器、漢代居延漢簡、宋代以來的善本書、明清內閣大庫檔案、拓片七萬紙、民間文學逾萬冊、中西文圖書約十五萬冊。
22日，史語所與數學所之第一批重要圖書、儀器、設備，由李濟督運，隨同故宮遷運文物，由海軍部派中鼎輪運往台灣，28日抵基隆。
〇民國三十八年己醜（1949年）三十三歲
1月6日，史語所與數學所第二批圖書、儀器、設備等文物起航運往台灣。
中研院遷台後，全部人員由遷台前約500人銳減為58人，靠政府每月撥給的32000多元新台幣度日，另有全年事業費72999元新台幣，以後稍有增加，始終也不超過10萬元。按當時的彙率計算，全部經費可折合為美金2000元（平均每人每月40美元）。就購買力來講，還不如抗戰前院長和總幹事兩個人的薪水和公費加起來。照顧58個編製員工以及18個技工和工友的柴米油鹽都已經不夠，根本沒有餘力資助研究。有些員工甚至每月20日以後，必須以南瓜加鹽煮稀飯度日。
遷台的史語所同人先住台北。傅斯年利用台灣大學校長的職權，特別聘請了一些能勝任教學的研究人員，並提供臨時住處。
惟傅當時的能力亦有限，即使率隊遷台的兩位院士級人物董作賓、李濟，也隻能合住在一間教室，用白色布幔隔成兩間。耕望與全漢昇兩家合住台大醫學院一間大教室，中間用帷幕隔開。生活上雖不很方便，但自感“逃難時期有處可住已很不錯了”。
待生活稍安定，耕望即往謁候傅斯年。傅問其生活境況，答曰還不錯。傅大為感慨，謂耕望乃真能安貧樂道，生活易滿足者。
2月，史語所文物、圖書遷至桃園縣楊梅鎮火車站附近的倉庫和附近的幾家民屋，所有人員擠在一座大倉庫中辦公。全部兩千多箱的書籍和文物，頂多打開一兩百箱上架。房屋破破爛爛，全不成樣子，而且經常一家人擠在一間房子裏。單身男人則擠在大倉庫裏麵，兩個木箱架上一個榻榻米，權充臥鋪；窗戶很小，而且位於高處；屋頂很高，幾盞昏黃的電燈，根本無法閱讀東西。其時，要找一部書極不易，唐人文章隻有一部《全唐文》，《文苑英華》也看不到。
4月25日，中研院代院長朱家驊、周鴻經等人，搭機自南京飛到台北；翌日，前往楊梅探視遷台同仁，但見倉庫破舊，辦公、住家條件極差。據1950年入台大隨李濟習考古人類學的張光直回憶：