1991年冬，又把《錢穆賓四先生與我》的書稿交給了王壽南，是書所談雖是與錢穆的師生情誼，但文中透露的卻是兩代史學大師的人生意境與為學旨趣，既是錢穆傳敘，也是嚴氏的治學回憶錄，和先前的《治史經驗談》、《治史答問》合在一起，被稱為嚴耕望的《治史三書》。在《治史經驗談》序言中，嚴耕望對寫作《治史三書》的心跡作過如下剖白：“近五六十年來，中國史學界人才輩出，朗若月星；爝火之光，何足自道！但念近代史學巨子多半天分極高，或且家學淵源，不是一般人所能企及；後來學子可能自歎不如，不免自棄。我的成就雖極有限，但天賦亦極微薄，一切遲鈍不敏，記憶力尤壞。……相信當今能入大學受教育的青年，論天分必大半在我之上，舉我小成之經驗與生活修養之蘄向以相告，或能有一點鼓勵作用。所以毅然違背我一向做人原則，不揣淺陋，不避自伐之嫌，將自己的工作經驗獻給青年史學工作者；是否有當，實際有用，在所不計。”多年後，已在唐史研究領域卓有成就的王壽南回憶起這段出版往事，不無感慨地說：“嚴老師是一個純學者，不爭名，不逐利，隻埋首在他的研究室裏，但他又絕對不是獨善其身、不傳秘法的人，嚴老師的《治史三書》足以看出他對年輕人的關愛和兼善天下的胸襟。嚴老師的治學精神和為人風範，都足以令後人敬仰不已。”
四、錢賓四之問
1984年9月23日，錢穆在素書樓對前來探望的嚴耕望發出意味深長的一問：“你到香港教書，現在想來，是得計抑或失計？”
嚴耕望回答：自覺得計。若不到香港，《唐代交通圖考》當已寫成，但可能無現今之精密，因能看到的新材料較少，地圖也較少。
至於整體學術規模更不會有現今這般大。因為史語所工作，無外界壓力與刺激，勢必愈做愈專；而教書不能專講自己研究的專題，必得擴大注意麵；且在授課時，往往刺激自己，湧現新意見。
所以若一直在史語所環境中，自身學術規模必然較小，境界亦可能較低。錢穆以為然。1964年8月，正是因為不忍心二度辜負錢穆著意延攬之苦心，嚴耕望告別了他曾視之為“做學問的最理想環境”、“天堂樂土”，曾因不得其門而入“衷心甚苦”、“渴慕之情曷勝殷切”的史語所，告別了他感念一生的史語所締造者傅斯年和曾與之論學相賞、傾心相交的前中研院院長胡適的歸骨之所，帶著對極為賞識厚愛他的時任中研院院長王世傑的愧憾之心，舉家來到香港——一座與其性格頗不相合的“煩囂城市”，進入草創未久、學風尚頗澆薄的香港中文大學。然而，令嚴耕望錯愕不及的是，他為之放棄一切而決然奔赴的老師錢穆，卻在他來港前夕翩然辭職了。向來奉行對人對事寧滯毋敏的嚴耕望，亦不免有些遲疑，但因不好兩頭反複，也隻能甘之若飴。此後十七年間，嚴耕望是如何以其“溫良恭儉、淡泊名利、待人淳厚、治學精勤”而在香港學界贏得“無人敢訾議”的口碑；為兼顧新亞研究所的發展，他在繁重的教學、著述之餘，承擔了多少絕無興趣卻又不得不勉力為之的事務性工作；所有這些在史語所環境中本可不必或甚少為之分神的幹擾肇基於何？對如嚴耕望這般有高度學術責任感的純學人來說，這種分神意味著什麼？一個像嚴耕望這樣的科學工作者，究竟擺在教學環境還是科研環境中更為得計？識力深透如錢穆者豈能不知？故而才有了這蓄積二十年、不吐不快的明知故問。至於嚴耕望的回答，怕也隻是為了讓遲暮之年的老師寬心釋懷而已。試問史語所能看到的新材料、地圖豈會比香港少？若想從教書授課中擴大注意麵，刺激自己湧現新意見，台灣亦不乏舞台。若論教學相長，彼時台灣學生的程度且當高出日後被嚴耕望稱為“史學沙漠”的香港。至於學術規模的大小和學術境界的高低，則其來港前的著作《中國地方行政製度》（四大冊）和《唐仆尚丞郎表》，實已奠定“規模浩大、籠罩全麵”、“能見其細，又能見其大”的基本風貌。正如嚴氏在新亞的弟子、時任東吳大學曆史係副教授的廖伯源在問答當晚說的那樣，“若非先在史語所專心工作二十年，不可能有深厚基礎，日後也就難以發揮”。惟有“若不到香港，《唐代交通圖考》當已寫成”一句才是切實的肺腑之言，參以嚴氏晚年對《圖考》撰述工作的重視程度，足見其已意識到赴港執教對自己學術生命造成的無可挽回的損失，這才是他當時當刻的真情流露。為人處世的至情至性與治學著述的盡善盡美，構成嚴耕望一生造次顛沛的兩條性格主線。二者有時無法並行，甚且反相悖離，決定了他學術人生中的某些悲劇性宿命。
五、舍命報師恩
青年嚴耕望在經曆了一次情變打擊後，曾深悟自己太重感情，做人做學問都不執著，隻有感情不免太癡執。觀其一生行事，這份癡執非僅限於男女之情，也包括那些曾對他有過重大幫助的前輩恩情。最典型的例子就是他終其一生對傅斯年的感戴，非但是永誌不忘，甚至是不惜以犧牲健康為代價的拚死回報。據嚴夫人段畹蘭回憶，先生自年輕時起即養成規律而有節製的生活習慣，平日早睡早起，從不開夜車趕工，自認為當可活到九十以上，蓋欲長壽以完成其規模龐大之研究計劃。然在其去世的前一年，偏有一次致命的破例。1995年初，台北《史語所集刊》“傅斯年百年紀念專號”征稿，嚴耕望認為其一生事業學問，皆受惠於傅斯年之識拔，所以不顧血壓高、中耳不平衡等疾病在身，“拚了老命也要趕出論文以紀念傅先生”。連續兩個多月趕寫文章，常過深夜十二點才就寢，完稿前幾天，甚至工作到淩晨兩點多。以近八十高齡而一改數十年之作息習慣，文章寫完後即大病一場，健康狀況大大受損，此後常走路不穩，站起會頭暈。兩個月後，香港中文大學新亞書院為紀念錢穆百齡誕辰舉辦學術研討會。為表示對老師的尊敬，嚴耕望仍強自振作，每天一早坐巴士去學校出席會議，但在準備講稿時已明顯力不從心，隻得對學生說，等過了錢先生的研討會後要好好休息，待養好精神再繼續做研究。當年暑假，醫生診斷出嚴耕望有輕微的帕金森症狀，腦部有微血管阻塞。多次醫療與檢查，都沒有明顯的效果，病情時好時壞。1996年6月赴台治療，期間曾一度轉好出院，然卒以突發腦溢血送救不治，於10月9日逝世，享年八十一歲。嚴氏晚年的弟子李啟文在整理老師的遺稿時發現，先生尚有很多尚未發表的文章其實早已寫就（屬《交通圖考》第六卷範疇），但他為傅斯年紀念論文集投寄文章時，竟沒有沿用這些成品，而就另一課題（唐代人口）重新撰寫，顯然是想在學術研究上再提供一己之心得，以此誠意報答傅先生當年的知遇之恩。