第二次是研究中國農業史。“1953年最令我興奮的是明嘉靖1563年版雲南《大理通誌》僅存第一、二卷，而卷二‘物產’中竟跳出望眼欲穿的‘玉麥’！這是我研究美洲作物傳華考的關鍵性實證之一。”（第二七八頁）結果是何先生的一代名文《美洲作物傳華考》的問世。
第三次是一九五八年春夏，哥大社會學係教授Bernard Barber在漫談中提到社會學界研究社會流動，近年來注意到“機緣結構”（opportunity structure）的重要。“我首先聽見這個專詞外語，馬上就感覺到它的重要性，並立即相信傳統中國之方麵的資料豐富多維，大有作頭。三直多年後回想，真是一、兩天內就個人憶知的製度及非製度的種種促進社會階層間流動的因素，建構了一個‘觀念的框架’。”（第三〇七頁）其研究成果是《明清社會史論》一書。
第四次是一九六四年關於北魏洛陽城的研究。當何先生正為如何“走出明清”而焦慮時，老同學徐高阮從台灣寄來經其精校的《重刊洛陽伽藍記》一書，何先生立刻發現該書包含著中古史的一個重大問題，深入研究後寫成《北魏洛陽城郭規劃》一文。
第五次是晚年的思想史研究，何先生一向無意進入此一領域，一九九一年無意中讀到杜維明有關孔子“禮”的論文，發現此文語境跳躍且曲解古書。“我第二次退休後遲遲進軍先秦思想就是忍無可忍，不得不嚴肅批評當代海外風頭最健、對儒學極端‘美化’、甚至‘宗教化’的杜維明教授。”（第四四八頁）十年求索，何先生用中文發表了十一篇思想史論文，其中最重要的一是考證《老子》的辯證思維源於《孫子兵法》，而《孫子兵法》成書早於孔子半個世紀，為最早的私家著述，其作者孫武不但是人類史上最徹底的行為主義者，而且通過墨子“道德化”的改裝、提升和廣泛應用，對戰國時期的政治思想和製度產生了深遠影響。這些結論如被認可，則先秦思想史就要改寫。二是確認中國文化，特別是儒家文化的宗法性質。從新石器時代華北自我延續的村落定居農業到因此而形成的祖宗崇拜，從西周建立宗法製度到秦漢時代對宗法機製和宗法意識的保留。“宗法是民主的悖反，其理至明。如果我的推論尚未無大誤，當代第二、三代新儒家及其海內外唱和者認為傳統儒家理論中有民主的源頭活水的看法，照理就很難成立了。治學方法上，極大多數的當代新儒家和我見解的主要差別是由於彼此專業性質的不同。前者便皆注重詮釋《西銘》詞語表麵普泛仁愛，甚至‘齊物’、‘平等’的一麵，而以考證曆史真實為已任的曆史學家，必須探索《西銘》冠冕堂皇詞語深層意識中，為專製帝王合法性的形上辯護。”（第四六七頁）這些論文打破了哲學家、哲學史家在思想史領域的壟斷地位，在當代新儒家之外提出了另一種敘述方式和評論標準，對當代中國有特別重要的意義。
偶然的因素之所以成為深入研究和重大成果的誘導，恰恰說明學思之道不在直接感興和一時靈感，而在於高度自覺的史學意識和長期積累的探索能力。史學中人多能接觸何先生看到的那些論著，但隻有何先生目光如炬，迅速由一兩點暗示舉一反三，擴大為專題研究，解決了許多重大問題。所以重要的不是那些偶然的、意外的因素，而是艱苦的學術訓練、緊張的問題意識、堅實的史料基礎等這些基本的治學訓練。宋代嚴羽的《滄浪詩話》有雲：“夫學詩者以識為主：入門須正，立誌須高；以漢魏晉盛唐為師，不作開元天寶以下人物。若自退屈，即有下劣詩魔入其肺腑之間；由其立誌之不高也。行有未至，可加工力；路頭一差，愈騖愈遠；由入門之不正也。”何先生學思研撰的曆程，具體而微地體現了“入門須正，立誌須高”之於學者的重要性。
所謂“立誌須高”，就是做第一流學問、成第一流學者。何先生幼承庭訓，整個家庭生活都給他以良好的影響。少年時代其父就激勵他的上進心：“狗洞裏做天王算得了什麼？有本事到外麵的大的世界做天王，先叫人家看看你。”“這種年頭，如不能出洋留學，就一輩子受氣。”何先生是幸運的，他的家庭供得起他上最好的小學、中學和大學，他受到了當時條件下最好的教育。獲得博士學位後，他抱定兩個願望：“首先是通過廣泛的閱讀與師友們的討論，盡力了解國際上哪幾位近現代史家代表研究的世界最高水平。緊接著博士後全部投入國史研究時必要跳出的‘漢學’圈子，以西方史最高水平為尺度，並以自己國史研究的部分心得盡快地嚐試著打進西方曆史及社會科學方麵第一流刊物——這才是國史研撰較高較難的試金石。”（第一〇～一一頁）讀史閱世六十年，始終縈繞於何先生心頭腦際的是“第一流”、“最高水平”、“大課題”、“第一等重要問題”這些概念。一九五〇年代末，每夜從國會圖書館讀書出來，他總會從心裏發出獅吼：“看誰的著作真配藏之名山。”（第三〇九頁）優秀的學者不少，用功的學者很多，但始終如一地以最高的標準要求自己並確實如其所願地成就自己的極少。學術的世界豐富廣大，不是每一個學者，事實上也不需要每一個學者都以第一流自期，讀者、社會也需要很多優秀的普及性論著，但隻是因為有了像何先生這樣第一流的學者和第一流的學問，學問的魅力和學者的價值才真正體現出來，知識和文化也才能得以精進發展。何先生經曆過考試的挫敗、博士論文計劃受創、論文出版受挫等等，他長期任教的加拿大哥倫比亞大學、芝加哥大學曆史係等也各有正常和不正常的競爭，支持他夙夜匪懈、走出困境的內在動力，主要就是其做第一流學問、成第一流學者的理想。
所謂“入門須正”，就是嚴格的史學訓練。史學首先靠材料說話。“個人生平不同階段的主要著述真正骨幹。幾乎無一不是對大量多樣史料的嚴肅考證與綜合。”（第四九一頁）何先生之所以選擇英國十九世紀的土地改革運動和土地政策為博士論文題目，重要原因之一是哥倫比亞大學收藏的有關此一問題的大量資料，從議會到地方政府的各種辯論記錄、報告、檔案等等相當完整。論文引用資料四百零七種，其中有相當多的“草根性”的最原始的資料。“初入哥大書庫，即深深感到作為華籍學人，切切不可再輕易地順口誇張中國史籍浩如煙海了。”（第四八七頁）轉入國史後，何先生選擇了廣義的人口史研究，也是因為美國的國會、哥大和哈佛燕京學社圖書館方誌類圖書收藏特別豐富，他感到：“傳統學人中以明末清初大儒顧炎武參閱方誌最多，據他《肇域誌》的序言和他的《天下郡國利病書》，他一生確曾閱讀過千種以上的各省地方誌。由於美國各大圖書館高效係統的收藏和使用上的便利，我以三個夏天基本上翻遍了三千種方誌和三四百本善本方誌膠片，較之古人，真是幸運得多了。”（第二七九頁）這些史料成為何先生源源不斷的學術成果的基礎。比如在中國會館起源問題上，楊聯陞曾認為會館最早創設於嘉靖三十九年（一五六〇年），在國際上幾成定論，但何先生從一九一九年版的《蕪湖縣誌》中找出兩條記錄，證明永樂遷都北京（一四二〇年）後，即有蕪湖會館的出現。何先生的主要論著無一不以史料堅實著稱，他發願要在史料上超過日本學者。一九六〇年代初，他曾有意研究滿人漢化，但考慮到這方麵的史料多在北京，海外決無優勢，因此放棄；有人邀請他在兩淮鹽商研究的基礎上寫一本十八世紀的揚州，他也覺得材料不夠而沒有寫。當然，占有史料隻是一個方麵，另一方麵是如何使用史料、分析史料。何先生在方法上特別注重考辨概念的曆史涵義，強調對於傳統概念不能望文生義，不能輕易接受今人的概括。比如他對清代的“丁”、“畝”兩個概念的革命性解釋過程是：“縮印本雍正1735年《浙江通誌》有關戶口田賦諸卷中，全省77縣縣名之下，四分之三以上有縣份都有小注‘隨糧起丁’或‘隨田起丁’。這類小注，加上平素獲得有關明清賦役第二性的知識，使我立即作出初步判斷：清初的‘丁’無論是各省府州縣的細數或是全國的整數，都已與成丁無關。前此所有中、日、西方根據清初的‘丁’數推測中國人口的專家學們，都是方法上根本錯誤的。”（第二七三頁）即使對於思想史這樣似乎討論抽象問題的領域，何先生也認為要真正回到曆史，“曆史學家絕不應允許哲學和哲學史家極力淨化儒學而置之不理儒學長期的政治社會實踐於不顧”（第四四八頁）。這一方法，發揚了傅斯年等人取資德國蘭克學派而又卓有成效地運用於中國史研究的曆史語言學。
應當說，對於一位成就卓著的史家來說，“入門須正，立誌須高”還隻是主觀願望和基礎條件，在此之上還得有融會貫通、縱橫解釋的綜合能力。史料龐雜，隻有全局在胸才能在曆史上下文中判斷其真偽和價值；往事朦朧，隻有具備很高的綜合能力才能從片言隻語中搞清線索、提出大問題，章學誠早就說過：“整輯排比，謂之史纂；參互搜討，謂之史考。皆非史學。”史學一定要有分析有綜合，一定要以社會人生而不是以若幹個別事實為中心。即以主張“史學便是史料學”的傅斯年而言，餘英時也發現：其“《性命古訓辯證》中許多觀點可以改變我們過去對傅斯年取向的誤會：即他並非胡適所謂‘一分證據說一分話’，其實大量運用想象力，最顯著的例證是他在書中講‘天’，頗多推測性質。但若非如此，傅斯年絕無法寫出這樣具有豐富想象力的書”（餘英時：《學術思想史的創建與流變——從胡適與傅斯年說起》，《文史傳統與文化重建》，第四二六頁，三聯書店二〇〇四年版）。何先生把自己對綜合的重視稱為向“大處”進軍：“在我鍛煉思維的關鍵歲月，清華曆史係已甩掉過於繁瑣考評的桎梏，供給我一個清新的文化環境去往‘大處’想，至少初步向‘大處’夢想。”（第七三頁）這一夢想終點站於在哥倫比亞大學得以實現。綜合何先生對“綜合”的理解，約有三義。第一，治史須兼治社會科學。前清華曆史係主任蔣廷黻主張先讀西洋史，采西洋史學觀點方法的長處，然後再分析綜合中國曆史上有意義的問題。受此影響，何先生在海外決心不走漢學之路而力求進入社會科學園地，他對明清社會流動的研究多采社會科學的概念和方法，而其有關美洲作物傳華考的論文就“已在植物學史上贏得了一個不算太小的永久地位”（第四八八頁）。第二，治史須進行文化比較。何先生在清華的導師是精於考據的陳寅恪先生，但他更為心儀且終生受其影響的卻是雷海宗先生驚人的綜合能力。回憶錄中兩次提到一件事，一九三七年曆史係的茶話會上，陳寅恪相當高聲地對一位同學說：“何以目前居然有人會開中國上古史這門課。”雷先生不過是在數步之外，絕不會聽不見這種諷刺的。何先生對此當然略有微詞。“回憶清華和聯大的歲月，我最受益於雷師的是他的想法之‘大’，了解傳統中國文化消極麵之‘深’。”雷先生的“大”就是其根據並修正德國哲學家斯賓格勒的“文化形態史觀”，比較各大文化的同異，把握中國文化的特征。“治中國通史不能僅憑傳統經史訓練，必須具有近現代世界眼光是無可否認的事實。”（第一一九頁）第三，治史須有多維平衡思考的能力。何先生的成果以考證堅實有力著稱，但即使是考證，他也認為：“突破性的考證有時固然要看研究者的洞察力和悟性與擴展考證視野的能力，但最根本的還是平素多維平衡思考的習慣。上世紀二三直年代《古史辨》設法中，老子年代始終是先秦思想史上最大的‘障礙’，主要是因為有些‘大師級’的學人們思考之單軌與見解之偏頗。”（第四八九頁）相應地，何先生在史學上的綜合大略也有三種類型。