指控罪行的證言代表了那些最重要的能夠允許適用肉刑的線索，但是證言的數量和證人的品質對證言的價值有影響。例如，在1565年，在一個有關偷盜的審判程序中法學家對證人的品質提出質疑，並且認為有關的推斷並不足以用來決定使用肉刑：
傭人和女仆做出的涉及犯罪線索的證言並不全麵。由於二者都受到偷竊的指控，因此，在本案中對被告實施肉刑缺乏充分的證據。
此外，當有關的線索被認為並不充分而不能實施肉刑時，這些線索同樣也不能被用來判決被告人有罪。這種情形存在於涉及巫術的多個審判程序中：
本案中似乎並不存在、也沒有找到充分的證據來判處被告人刑罰。這種情形也不會讓被告人被實施肉刑。
當做出了實施肉刑的決定以後，法學家們還會表明對肉刑的實施方式。
2.肉刑的實施方式
關進監獄、旁觀肉刑現場、吊刑、火刑，等等。這些都是針對人身實施的肉刑，它們標誌著各種不同嚴苛程度的肉刑。
（1）戴鐐銬
當法學家們在法律谘詢意見中提到將被告人戴鐐銬或禁閉時，他們將這種措施視為某種強製的手段，用它來獲得被告人的供述。不過，這種措施也可以是在追訴犯罪的過程結束之前能夠采取的唯一審訊技術。這是因為，根據1568年的法令，戴鐐銬代表著城市審判官或鄉村司法官在不需要市政會議事先作出決定的前提下能夠利用的唯一肉刑方式。由此，監禁的決定可以在谘詢法學家之前就被作出。如果當法學家編寫谘詢意見時，戴鐐銬的措施已經被執行，那麼法學家就會在谘詢意見中簡單地提到它，把它視為已經完成的審訊過程的第一個環節。戴鐐銬可以同時包括或者不包括禁閉的措施，它也可以被指定為審訊的一個初始步驟：
追訴被告人阿爾尚堡（Archambaud）的最佳和最合理的措施是借助羈押和戴鐐銬的［威脅］，然後再根據他的年齡適用較緩和的肉刑。
（2）旁觀肉刑現場
旁觀肉刑現場是為了讓被告人看到肉刑工具而引起恐怖和懼怕的感受。這是當罪行的“線索”看上去並不充分，還不足以適用“完整”的肉刑時所采取的審訊步驟：
證據並不充分，不能判決被告人有罪的，同時也不能據此向被告人實施完整的肉刑。……但是，有一些證人證明犯罪的行為，［而且］有理由對被告人實施更加嚴格的約束，然後讓其旁觀肉刑現場但並不對其實施肉刑，目的是為了試探其是否會進一步承認自己的罪行。
不過，旁觀肉刑現場也可以被視為部分地實施肉刑，以獲取已經承認了自己罪行的被告人對同案犯的指控：
由於被告人已經根據法律的規定承認了自己犯下的罪行，所以再對他實施［某些］肉刑以獲知他人犯罪的情形就是非常錯誤的做法了。但是，［由於並不十分明確被告人］是否就是該欺詐案件中放火的凶手，我的谘詢意見是讓被告人旁觀肉刑現場，但並不對他實施肉刑。
按照這些法律谘詢意見，有時很難將旁觀肉刑現場與將被告人置於吊刑架上“而不實際拉扯其身體”的做法相區分。當法學家具體指出“讓被告人旁觀肉刑現場但不得對其身體實施任何拉扯”的時候，被告究竟僅僅麵對刑具抑或已被綁在刑具上，此處未作任何說明。
（3）吊刑
在日內瓦，吊刑代表了刑事訴訟程序中最常見的肉刑方式。這種肉刑將被告人的手臂束縛於後背，其中所用的繩索穿過一個事先固定好的滑輪。在肉刑適用的最終階段是將被告人從地麵提起，然後突然將其放下，從而使他的肩膀受到劇烈的拉伸。在被告人腳上還會綁上大小不同的重物，這就會在完整地實施該肉刑時進一步增加對被告人肩部和上半身關節的拉力。吊刑實際上是指對已經被綁好和吊起來的被告人突然放下來的做法。在1566年，有一個曾多次受到指控的被告人“隻是在吊起來以後但並未被突然墜落就被釋放”，在此後的同一訴訟程序中，則“有充分的理由讓該被告人再接受吊刑的折磨”。將被告人“綁上繩索並將其僅僅吊起然後使其身體懸空”代表吊刑的一個步驟，這與讓被告人旁觀肉刑現場相似。我們在麵對不同強度的吊刑時會產生這樣的疑問，即，經常訴諸吊刑的原因是否在於這種肉刑技術本身提供了調整肉刑實施程度的可能性：吊刑的不同步驟將肉刑的逐步強化與細密化由此展現出來。
（4）火刑
火刑是將燒熱的金屬腕帶銬在犯人的手腕上，它似乎很少被使用，而且實際上隻適用於女性，以表明對肉刑某種形式的克製。
（5）肉刑的重複與強度
肉刑的每次重新適用均由於在證人的陳述或對質中發現了新的線索。在重複肉刑時，法學家們會具體指出肉刑的適用方式或者強度。
鑒於證人們的陳述與對質對被告人克勞德形成了嚴重的指控。因此毫無疑問應當對她重複進行審訊。同時還應當用另一種方式的肉刑來促使她承認所犯下的罪行。
法學家曾經在1546年指出，使用肉刑不超過三次：
我認為根據法律的精神和解釋，根據同一線索實施超過三次以上的肉刑將是過分的，否則肉刑將永遠不會結束。
但是，在例外的情形下，當罪行“嚴重”或“隱蔽”時，使用肉刑的次數可以增加：
有理由警告被告人，［他們並不一定］能夠忍受三次吊刑的折磨而僥幸逃脫，因為考慮到對他們的指控和重大懷疑，肉刑的次數可以不受限製，直至他們如實招供。
正如前麵所提到的那樣，審訊實施的嚴苛程度根據不同情形有所差異。不完整的供述或者出現新的疑點均可以使肉刑被強化或者被重複適用。被告人的“道德品質”，換句話說，他以前曾經犯下的罪行或者撒的謊話都屬於加重肉刑的理由
［考慮到］前述犯人的個人狀況與品行，足以表明他撒謊，證人也提供了證明。
反過來，如果罪行的線索不充分或者供述不嚴謹，則會建議減輕肉刑程度。影響肉刑程度的考慮因素還包括被告人的性別、年齡或者身體狀況：如果女性被告人聲稱自己已經懷孕，那麼就會決定施行肉刑的審問程序延遲至妊娠情況被核實之後再進行。另一方麵，法學家們在某些情形下會建議由醫生來檢查被告人聲稱自己所患的疾病或者身體上的缺陷是否真實。
被告人的年齡是調整肉刑嚴苛程度的標準之一，這對於男性或女性被告人而言都是一樣的。年輕人——低於18周歲——與老年人一樣都會使肉刑被緩和。例如，在1570年，在審判紀堯瑪·德呂克（Guillauma Deluc）的巫術案時，當時作出的決定是：
但是由於被告人在接受審判時已年近八十，難以承受［這種］肉刑。
3.通過肉刑獲得的供述的有效性
麵對那些已經供認或拒絕供認的被告人，法學家們會判斷他們的供述有什麼樣的價值，以及當沒有供述時又會如何處理呢？
在1556年，法學家紀葉塔（Guilletat）對此時的法律情形做了很好的概括：
對罪行作出的一次供認就足以用來判處被告人有罪：隻要這種供認是出於被告人的自願。但是，假如供述由於懼怕或遭受暴力折磨而被扭曲時，那麼在被告人被迫作出首次［供認］之後，還應當有出於被告人本意的供述能夠證實他的第一次供述。對此，法學博士們表示支持。
當被告人因肉刑而被迫作出供述時，存在著兩種可能性。如果被告人在肉刑之外重複自己的供述，那麼他就不會再重新經受審訊，這時有關他罪行的證據就變為確鑿，由此導致被判處死刑。如果被告人否認自己的供述，那麼他就會再次接受審訊。例如，一個叫做蒙內蓋特的被告人曾經被控犯有巫術行為但她一再聲稱並抗議，說她的全部供述都是在被迫和經受繩索折磨的情況下作出的。
法學家們提醒法官們注意被告人有可能否認供述，尤其是，倘若法官們認為肉刑本身並不嚴苛的時候：
［被告人］不應當借助翻供和開口說話來逃脫製裁，因為［正如情況所表明的那樣］她並沒有遭受肉刑折磨而僅僅是被幫上繩索然後被拉高離地一尺而已。
因此，法律家們注重詳細分析審訊的嚴苛程度。在沒有被告人供述的情形下，法學家們應當接受的是，根據法律，被告人不得被判處罪行，因為：