（二）受理
呈詞接受之後。在嘉慶朝之前，基本都是由受理衙門將呈詞附上，專折呈報皇帝。嘉慶四年（1799）皇帝諭令都察院與步軍統領衙門，“遇有各省呈控之案，俱不準駁斥。其案情較重者應即行具奏。谘回本省審辦之案，在一月或兩月內視控案之多寡彙奏一次，並將各案情節於折內分晰注明，等待皇帝披閱。倘有案情較重，不即具奏，僅谘回本省辦理者，被皇帝發覺，必將堂官交部議處”。此後，京控案件分為奏件與谘件，受理京控案件之後的處理方式分為（1）專折奏聞；（2）谘回各省督撫或將軍審辦。一天中，都察院與步軍統領衙門分別最多隻能專折奏報兩件案件。
奏件有由都察院與步軍統領衙門直接奏交者，亦有由其他衙門轉谘奏交者。谘件則多由都察院與步軍統領衙門受理後，轉谘直省督撫將軍。從軍機處檔案，可以發現都察院與步軍統領衙門替京控者所奏報的奏折多附有原來的呈詞抄件（多為抄件，原來的呈詞很少被附錄到奏折裏），有時包括呈控者說明案件的相關文件。至於谘案，通常是定期寫成清單彙奏。皇帝對於奏件通常沒有過多的批示，這隻不過受理衙門先讓皇帝了解有這樣的控案存在，能讓皇帝在奏件上親自作出其他裁斷的，通常是牽涉地方吏治或是民族問題的重大案件。奏報始終是例行公事，真正作出判決的是地方，不是中央。
（三）提審與發審
乾、嘉之際，審理京控者的身份逐漸由中央轉向地方，由中央欽差部員轉向地方督撫，繼由督撫轉向屬員道府。
京控案件在嘉慶朝前，多半采取由皇帝派遣欽差大臣前往地方親提人犯審理的方式。主要派委的部院官員，經常是侍郎、寺員品級，視案情與涉案人員嚴重程度，有時候尚書也會被派遣地方讞獄。這跟乾隆皇帝晚年對地方督撫審理案件心存疑慮，認為督撫是民間詞訟紛紛上控的淵藪之一有關。但是派委中央大員至地方，耽誤部院原有的公事之外，還格外耗費國家公帑。大臣們亦多有“假欽差聲勢騷擾驛站，隨行官員亦複不知斂戢，以致家奴跟役、訛索多端者”。基於成本的考量與案件數量的增加，屢次派遣中央部院大臣前往地方審理案件勢不可行。
即使乾隆皇帝對督撫審案並不完全信任，但由皇帝對督撫與欽差的批評，可以看出乾隆朝中後期，由地方督撫負責審理京控案件的程序基本上已有雛形。至嘉慶朝初期時，派委欽差至地方審案與直接委交督撫審案兩種方式雖然並存，發交督撫審理已經漸成常態。
京控案件關係到重大弊案時，朝廷仍然會派遣欽差前往。例如道光七年（1827）山西運城知縣張珍臬在地方審訊問案時，放任屬下門丁、差役詐騙，衙門典史收受贓款，向受審民人藉修理書院的名義，勒索罰款一千二百兩，並令皂役向百姓索催，致使被勒索者情急之下，投井自殺。知縣張珍臬及教諭典史等因此遭人赴京指控。由於知縣的頂頭大上司是地方的督撫，為求回避，道光皇帝派遣都察院都禦史湯金釗等人前往山西提訊，最後涉案人等均革職發往軍台，山西巡撫福綿議處。道光皇帝還氣憤地寫下朱批：“不恤民隱，有玷封疆大吏。朕早鑒及，即親行提訊，亦無非被人朦混而已。”無論如何，嘉、道朝後，動用朝廷大員的案件，除了理藩院的司員在麵對民族糾紛時經常需要親審之外，派遣中央大臣到地方審案的事件，多是問題已經積累相當嚴重的地方大案。
無論是奏交案件還是谘交案件，皇帝要求地方的督撫必須親自審理。這樣的要求，當時在實踐上已經被認為是難以做到的。督撫的駐地通常多在一省的首府，案件事關的人證、物證散在各地，光是要調閱初審的卷宗與人證就必須花費時日，而人證的出庭情形也很難控製，按官方經常使用的術語，涉案人證多有“出外”生理不在當地居住者。乾隆皇帝曾提出建議，各直省督撫審理案件，盡量“親提人證卷宗至省，發交藩臬秉公審辦。若道路遙遠、人證較多，可遴委公正明幹、熟諳刑名之道府大員前往審理”。如此既可免於督撫奔波，亦可避免發交原州縣審理。
督撫在審理京控案件時，最初是會同藩、臬兩司一起審理，藩、臬平日職責亦重，在同省能夠協助審理是道府官員，其間最主要者又為知府。是以嘉道之後，各省設立專局，處理發審案件的情形越來越普遍。此一專局稱為發審局，又稱讞局。雖然京控案件隻是發審局要辦理的任務之一，到清中葉之後，發審局在京控製度的流程中，已成為真正的重審機關。
乾隆四十九年（1784），皇帝對各直省督撫審理案件應親提人證卷宗至省，發交藩臬秉公審辦的建議，就意味著督撫在省內成立發審局的雛形已然出現。但目前對設局最為明晰的證據，還是嘉慶十二年（1807），江西巡撫金光悌奏請在省城設立總局，由督撫會同藩臬兩司，遴派明白幹練的委員，徹底清查積案，此局當為發審局。金光悌的建議經朝臣商議，有官員認為將積案提至總局審辦，“道途遠近不一，紛紛遞解，致滋繁擾。而每一案中，原、被、中證，牽涉多人，即聽審人等盤費食用、守候經時，亦已重受其困”。此議雖遭到否決，並未能阻止地方各局的形成。嘉、道兩朝為各省設立、規劃讞局的主要時期，各省詳定發審局編製規章。發審局設置的地點，多設在一省首府或是其他重要府縣，局內成員，包括委任、候補官員與幕友。督撫審案，本率多委任道府協助審訊，為了避免影響現任道府公務，亦多有援用候補道員者。清中期後，發審局負責審理中央發交的京控、省控、奏交、谘交各案，以及一省命盜案件。
（四）審判
奏交案件與谘交案件在公文流程上最大的差別在於皇帝是否能看見案情的細微經過以及審判時限要求，這些完全影響了官員的態度。京控案件的審限是二個月，以人犯到省之日起算，如遇官員交接，則以官員到任之日起扣算日期。官員承審案件審理逾限，皆須交部議處，京控案件的議處略重於其餘審限，隻不過懲罰則多半是由發審的地方官來承受。《欽定六部處分則例》規定處理案件時，督撫關提人證，地方官在除去路途日程例限外尚未將人犯解到督撫處，督撫即將該地方官先行奏參，遲延不及一月者，罰俸一年；一月以上者，降一級調用；半年以上者，降三級調用，俱為公罪。如果正犯潛逃或是要證外出，地方官仍需查明，取得族鄰具結，詳報上司備案，總不得逾半年之限。處分則例又規定，督撫若將情節較輕的部院衙門谘交案件，遴委屬員審辦者，應給予分限兩個月。“儻該委員審理，遲延逾限不及一月者，罰俸三個月，一月以上者，罰俸一年”。
谘交案件遠不如奏交案件有急迫性，這在都察院與步軍統領衙門作分類時便已決定了。奏交案件，督撫需要在審判結束後，為此案專折具奏，皇帝這時候才會在奏折上批示自己對於督撫重審結果的意見，並且交給刑部去審視督撫的判決，最後刑部再奏請皇帝，請求裁示意見。皇帝依議，便可結案。若是刑部覺得判決有失出失入、情罪不協之處，會將意見駁回，由督撫處重新更改。谘交案件隻需要每半年按期整理清單，向都察院谘報谘交案件，再谘回刑部複核，不用專折向皇帝稟報審判詳情。嘉慶十五年（1810）時更規定，都察院與步軍統領衙門必須谘文催促各省督撫彙報審判逾限或未結案件，一年兩次，二月一次，七月一次，並奏明皇帝，隨時掌控。但無論是奏交或是谘交案件，最後負責書麵審查判決結果的，還是刑部。
督撫隻需要定期彙報谘交案件提審情況，拖延提審是常見的事，大部分時候，督撫也不需要特別為難屬下，注明“要證未到”就能解決許多難題。隻有審判谘交案件麵臨難決問題時，必須奏請皇帝定奪，如“堅不承招，眾證確鑿”案件。清朝定例，京控谘交案件如已審明，眾供確鑿，原告堅不承招，循例取具眾證情狀，請旨定奪。如道光朝時，河南巡撫鄂順安負責審理河南睢州已被褫奪功名的武生潘金太的呈控，經官員訪查後，得知原告本身犯案累累，“屢次生事擾害良人，雖然眾證一致，仍不肯承認誣告”，巡撫遂依例奏請皇帝裁斷。
奏谘案件公文的分開辦理，確實讓督撫對谘交案件遠不如奏交細心，增加了積案產生的可能性。對審案效率的片麵要求與發審局委員的素質，更讓京控重新審理的公平性與正義受到了極大的挑戰。根據一些史料記載，他們在審案上的刁難有時候比原審時遇到的州縣官員更甚。道光十八年（1838），山西五台縣民人邊藩南到都察院呈控，控訴自己已經是第二次到北京，當時第一次京控被受理，發回地方審理後，不料承審京控的委員竟然回護原審官，導致原告屍親被羈押班館多時，不得釋放，迄今因被關押而殞命者已有七人。同時，湖北省的民人鄧旺銀也到京控告，聲稱自己原先控告的京控案件發回省內，交讞局委員審理後，審案委員馬元驤，反倒濫用嚴刑拷打，勒令人證具結完案。
發審局的成立對於督撫的承審工作有極大減負，但對於平反京控案件、實現公正的作用有限。有學者認為發審局隸屬於按察司，並受到知府的直接監督。事實上，首府發審局跟按察司的關係很微妙，曾國藩稱發審局“雖為首府之專司，而實總督衙門之分局”。按察使雖可監督局員，有時對局內大事卻無法直接決定，仍需上報督撫，是以讞局並非隸屬於按察司，而是權歸督撫。到了同治初年，禦史裘德俊奏請將京控案件，專歸直省按察司審理，並抱怨地方督撫：
以民間京控為多事，視交審諭旨為具文，名為親提，實則發交承審委員設法消弭，甚至仍令承審州縣參預其間。該委員瞻徇情麵，無論是非曲直，必偪令原告之供，與原案適相符合。而又以懷疑妄控等情，開脫原告。兩造既無重大罪名。該州縣亦遂免審斷不平處分。
雖然禦史奏告的內容屬實，地方處理案件的積習已牢不可破，當時的清廷亦不能有所權宜製衡。朝廷的申斥與官員的回奏，充其量隻是虛與委蛇。整體而言，清代京控製度發展是有曆史時期的劃分的，它並非是一成不變。相反的，製度的成形，直至清中葉才完成。若將公文書的發展與製度發展結合在一起，最重要的分水嶺是嘉慶朝。
首先，順康雍三朝，京控製度與叩閽製度劃分尚不明確，也沒有明確都察院與步軍統領衙門受理並專折奏報的規定。再者，乾隆朝是京控製度的奠基期。這個時期確立了軍機處的功能，乾隆的父親雍正皇帝將奏折製度的發揚推廣，奏折成為清朝最重要的公文書。部院之間往來公文大增，奏折的便利性與速度，使得通政司的地位與功能下降並衰退，也便於將地方諸事更直接、快速地呈到皇帝麵前，讓其知曉裁斷。京控案件更加容易被皇帝關注，並且迅速地派遣中央官吏前往審理，或是透過地方的總督巡撫審理。
第三個階段是嘉慶朝，乾隆朝逐漸增多的案件，讓皇帝與地方大吏共同地想要建立更多的章程去完善京控的受理發審製度，審理的流程也是從嘉慶朝後穩固確立下來。第四個階段則是鹹豐朝以後，經過了太平天國事變，清廷花費十數年光陰才重新控製南方地區，但中央明顯對於各省督撫駕馭不如以往，督撫的奏折有些已經流於虛應故事。“走過場”式的審訊，深深地影響了京控案件重審中的實質意義。
三 京控原告主要的實際效益
京控案件之所以在清乾隆朝後大量增加，地方吏治影響到司法審判之外，人口的流動與增長也是一個關鍵問題。地方基層政府能否維持良好的行政運作，與能否處理大量的司法案件成正比。先不論清乾隆朝疆域擴張，人口滋生，因開發新增設的行政區，大多數的基層政府州縣還在勉勵支撐著舊有的行政區域。百姓的上控增加原因頗多，單就行政效率部分而論，基層受理案件、審案效率的降低是原因之一。有許多呈控者在地方的省府控告，但尚未等到審理結果，就一鼓作氣直接到北京京控。這樣的情形，離北京越近的地區越是普遍。比若清代順天府的府衙在北京城內，順天府轄地旗民若要到府上控，等於進京上控，不等順天府受理或審理結束轉投京控的情形時有聞見。