關於黨的領導問題，葉劍英當麵質問康生、陳伯達等人：“革命，能沒有黨的領導嗎？能不要軍隊嗎？”“上海奪權，改名為上海公社，這樣大的問題，涉及國家體製，不經政治局討論，就擅自改變名稱，又是想幹什麼？”譚震林義憤填膺地說：“不要黨的領導，一天到晚，老是群眾自己解放自己，自己教育自己，自己搞革命，這是什麼東西？這是形而上學！”
關於對待老幹部的問題，陳毅說：“雖然沒有人選我當老幹部的代表，我也要為老幹部說話。如果說，我們的解放軍是在‘大軍閥’、‘大土匪’領導下打仗的，怎麼能解釋人民解放戰爭取得的偉大勝利！”李先念說：“我們黨一貫強調大多數幹部和群眾都是好的。現在這樣搞，團結兩個95％還要不要？老幹部都打倒了，革命靠什麼？現在是全國範圍的大逼供信！”譚震林痛斥張春橋說：“你們的目的，就是要整掉老幹部，你們把老幹部一個一個打光……40年的革命，落得家破人亡，妻離子散。”“這一次，是黨的曆史上鬥爭最殘酷的一次。”
關於要不要穩定軍隊的問題，徐向前說：“軍隊是無產階級專政的支柱。這樣讓軍隊亂下去，還要不要支柱啦？難道我們這些人都不行了，要蒯大富這類人來指揮軍隊嗎？”
老革命家義正詞嚴的批評，代表了黨和人民的意誌，表現了老一輩革命家無私無畏的凜然正氣。譚震林在給別人的信中，怒責江青“真比武則天還凶”，表示要“下定決心，準備犧牲，鬥下去，拚下去”。“決不允許他們再如此”。會後，張春橋、姚文元等秘密整理了會議記錄。毛澤東聽了中央“文革”小組的彙報後，對這些老同誌很不滿意，因為這種抗爭實際上是堅決反對“文化大革命”的“左”傾錯誤和做法。毛澤東召集部分政治局委員開會，錯誤地對這些老同誌進行了嚴厲的指責，說他們是搞翻案，搞複辟。之後，中央政治局多次召開會議，批判這些老革命家的抗爭是“二月逆流”。
老革命家的正義之舉遭到錯誤的打擊，林彪、江青一夥更加肆無忌憚。黨和國家大批領導幹部受到更大的誣陷和迫害。他們把鬥爭的矛頭直指劉少奇，誣陷他是叛徒。《人民日報》和《紅旗》雜誌先後發表攻擊劉少奇的重點文章《愛國主義還是賣國主義？》《“修養”的要害是背叛無產階級專政》。7月，江青、康生、陳伯達等趁毛澤東離京之際，在中南海組織批鬥劉少奇、鄧小平、陶鑄夫婦大會。劉少奇被隔離審查，剝奪人身自由及各種權利。1967年7月至9月間，全國局勢嚴重失控，造反派組織互相對立，山頭林立，江青以“文攻武衛”口號煽動武鬥，使全國武鬥升級。
為了控製混亂局麵，人民解放軍開始執行三支兩軍的任務（即支左、支工、支農和軍管、軍訓）。毛澤東於7月至9月視察大江南北，他一方麵說：“全國的無產階級文化大革命形勢大好”，“有些地方前一段好像很亂，其實那是亂了敵人，鍛煉了群眾”。另一方麵，他又強調絕大多數的幹部都是好的，“走資派”是“一小撮”，“要從教育著手，擴大教育麵”。
1968年10月13日至31日，中共八屆擴大的十二中全會在北京舉行。這次會議極不正常。在195名中共中央委員、候補中央委員中，52%的人被誣陷為“叛徒”“特務”“反黨分子”“裏通外國分子”等等，不準出席會議。97名中央委員中，除上次中央全會以來去世的10人外，隻有40人到會，不到總人數的一半。開會時從候補中央委員中將10人增補為中央委員，才勉強超過半數。98名候補中央委員中，除已去世的12人和增補為中央委員的10人外，能出席會議的隻有9人。而被擴大進來參加會議的中央“文革”小組、軍委辦事組成員和其他人員卻達74人，占與會人員總數133人的57%。這些都嚴重地背離了黨的組織原則。
這次全會的主要議題是討論中共九大的籌備工作和通過關於劉少奇的專案審查報告。《關於叛徒、內奸、工賊劉少奇罪行的審查報告》，是以“中央專案審查小組”的名義提交中共八屆十二中全會的。《審查報告》誣陷“劉少奇一九二五年、一九二七年、一九二九年被捕叛變，投降敵人，充當內奸、工賊”，最後提出處理意見說：“撤銷劉少奇黨內外一切職務，永遠開除黨籍，並繼續清算劉少奇及其同夥叛黨叛國的罪行。”
在強大的政治壓力和黨內生活極不正常的情況下，全會沒有也不可能對這個《審查報告》進行核實和認真討論。不少人對《審查報告》的內容及其形成過程感到懷疑，但無法表示出來。全會在最後一天批準了這個根據偽證寫成的《審查報告》，鑄成了中國共產黨曆史上最大的冤案。盡管如此，與會的中共中央委員、中華全國總工會副主席陳少敏在討論《審查報告》時始終不表示同意，為此受到康生的點名訓斥和組織圍攻。陳少敏不畏高壓，在全會表決通過《審查報告》時仍沒有舉手。
從對劉少奇立案審查到中共八屆十二中全會通過《審查報告》，一直對劉少奇本人嚴格保密。在對劉少奇專案審查的整個過程中，從沒有聽取過他本人的陳述和解釋，完全剝奪了他按照黨章規定申訴的權利。劉少奇主動作出的多次口頭爭辯和要求澄清事實的書麵報告，沒有得到任何回應。中共八屆十二中全會對劉少奇所作的政治結論和組織處理，從各方麵說，都是完全錯誤的。根據中華人民共和國最高人民法院1980年9月的統計，因劉少奇一案受株連而造成的冤假錯案達22000多起，有28000多人被判刑。劉少奇在遭受嚴重迫害之後，於1969年11月12日在河南開封含冤去世。
1969年4月1日至24日，中國共產黨第九次全國代表大會在北京舉行。林彪作政治報告，以“無產階級專政下繼續革命理論”分析“文化大革命”，把“文化大革命”的發生，說成是“社會主義社會中的兩大階級、兩條道路、兩條路線長期尖銳鬥爭的必然結果”，頌揚“文化大革命”是完全必要的，是非常及時的。大會通過了新的黨章，肯定了“文化大革命”及其錯誤理論，去掉了黨員權利的規定，把林彪作為“毛澤東同誌的親密戰友和接班人”寫進總綱。把黨的領袖的接班人的名字寫進黨章是自從世界上共產黨誕生以來從來沒有過的事。大會選舉了第九屆中央委員會，林彪、江青一夥的主要成員進入中央政治局，還有不少他們的骨幹和親信進入中央委員會。九大在思想上、政治上和組織上的指導方針都是錯誤的，沒有任何積極作用。
黨的九大以後，林彪的野心急劇膨脹起來，不滿足已取得的權勢，又擔心江青、張春橋等人勢力的發展超過自己，要毛澤東支持自己提前“接班”也是不可能的，於是開始進行一係列的搶班奪權的陰謀活動。1970年3月，毛澤東提出召開四屆人大和修改憲法的意見，同時提出不設國家主席的建議。林彪集團把召開四屆人大看成是奪取更多權力的機會。他們想利用召開四屆人大和修改憲法的時機，實現由林彪擔任國家主席的目的。林彪一反過去緊跟毛主席的常態，提出要設國家主席的意見，並建議毛澤東當國家主席。毛澤東批示：“我不能再做此事，此議不妥。”林彪建議毛澤東當國家主席是假，實際上是他自己想當國家主席。葉群露骨地說：“如果不設國家主席，林彪怎麼辦，往哪裏擺？”在審定憲法修改草案過程中，林彪集團與江青集團的矛盾開始表麵化。吳法憲堅持要在憲法中寫上毛澤東“天才地、全麵地、創造性地”發展了馬克思主義，而康生、張春橋則反對加上述三個副詞，雙方為此進行激烈的爭論。從表麵上看，是簡單的文字之爭，實際上是借題發揮，想利用這一問題進行互相攻擊。
1970年8月23日，中共九屆二中全會在廬山召開。毛澤東主持會議。林彪在會上搶先發表講話，仍然堅持設國家主席的主張，並利用宣傳“毛澤東是天才”的觀點把矛頭指向江青集團。隨後在小組會上，林彪集團的主要成員按照葉群的布置分別發言，鼓吹天才論，並造謠說：“有人反對毛主席當國家主席，反對稱毛主席是天才。”陳伯達在華北組講話，吹捧林彪，堅持設國家主席。這個發言記入華北組會議第二號簡報。設國家主席和“稱天才”成為林彪集團的兩個基本策略。毛澤東及時識破了林彪一夥的陰謀，決定停止討論林彪的講話，收回華北組會議第二號簡報，責令陳伯達檢討，並寫了《我的一點意見》一文，戳穿了“稱天才”的騙局，批判了他們的唯心史觀，指出了他們在廬山搞“突然襲擊，煽風點火，唯恐天下不亂”的陰謀和野心，挫敗了林彪集團妄圖篡權的陰謀。
以和平的方法搶班奪權的陰謀破產，林彪集團轉而陰謀策劃反革命武裝政變。9月5日，林彪決定對在旅途中的毛澤東采取謀殺行動，發動武裝政變。9月8日，林彪下達了發動武裝政變的手令。毛澤東由於事先對林彪集團的反常活動有所察覺，於11日機警地乘坐列車提前離開上海，林彪集團妄圖在旅途中謀殺毛澤東的陰謀破產。毛澤東安全抵達北京。周恩來根據有關方麵的報告，追查專機突然去山海關的行動。林彪、葉群、林立果等眼見陰謀敗露，於13日淩晨倉皇乘飛機外逃叛國，途經蒙古溫都爾汗墜落，機毀人亡。林彪集團的餘黨或自殺斃命，或束手就擒。一場反革命武裝政變被徹底粉碎。
“九一三”事件客觀上宣告了“文化大革命”的理論和實踐的失敗。它使全黨和全國人民感到震驚，身為黨中央的“副統帥”、毛澤東的“親密戰友和接班人”的林彪，卻是一個“語錄不離手，萬歲不離口，當麵說好話，背後下毒手”的陰謀家和野心家。它使人們開始冷靜地思考：“文化大革命”究竟有什麼意義？“九一三”事件是給那些虔誠地進行“反修”“防修”大革命人們的一副清醒劑，促使廣大的幹部和群眾在狂熱中覺醒。毛澤東也由此陷入極大的痛苦和失望之中。
“九一三”事件以後，周恩來在毛澤東的支持下主持中央日常工作，為糾正“左”傾錯誤做了極大的努力，使各方麵的工作出現了轉機。
在政治方麵，為一些黨和國家重要領導幹部的冤假錯案平反，“解放”了一批幹部。1971年11月，毛澤東為“二月逆流”平反，他說：“你們再不要講他（指葉劍英）‘二月逆流’了。‘二月逆流’是什麼性質？是他們對付林彪、陳伯達、王關戚。”1972年1月10日，毛澤東參加陳毅的追悼會。在他的談話中和周恩來所作的悼詞中，肯定了陳毅一生對革命事業作出的重大貢獻，為陳毅恢複名譽。1972年4月，《人民日報》發表經周恩來審批的社論《懲前毖後，治病救人》，社論強調要相信95％以上的幹部是好的和比較好的，經過長期革命鬥爭鍛煉的老幹部是黨的寶貴財富。此後，一些老革命家如陳雲、王震等獲得解放。1973年3月，中共中央根據毛澤東的批示，決定恢複鄧小平的組織生活和國務院副總理的職務。1974年9月，經周恩來提議，毛澤東批準，中共中央為含冤去世的賀龍恢複名譽。經過努力，一大批下放勞動或“靠邊站”的各級黨政軍負責幹部重新安置到領導崗位。一批專家、學者、教授重新回到工作崗位。這些都產生了積極的政治影響。