巴薩耶夫威脅說，他將繼續發動恐怖襲擊，有可能使用生物和化學武器，但他未透露對哪些居民點發動大規模恐怖襲擊。巴薩耶夫對9月初別斯蘭中學人質事件中大量兒童被劫持並死亡表示遺憾，但同時他又認為這完全是遭到了死難車臣兒童的報應。
10月31日，巴薩耶夫通過網站再次發出威脅，他說，他已做好同俄羅斯政府鬥爭10年的準備，而平民仍是其組織的襲擊對象。“如果普京不想要和平，那我們會一直等到他下台那一天，或者，如果可能的話，我們會直接把他送到地獄……轉眼間，戰爭已經進行了5年，下一個5年或10年之戰也將很快過去。”
2004年11月1日，俄羅斯聯邦安全局局長帕特魯舍夫在國家杜馬會議上稱，近期將有80多名在國外受訓的恐怖分子潛回俄羅斯，準備發動新一輪恐怖襲擊。
帕特魯舍夫指出，目前，俄軍方已抓獲若幹名恐怖分子，但尚未被捕的部分恐怖分子仍對俄羅斯的國家安全構成極大威脅。“為防止恐怖事件的發生，我們需要采取一係列措施，開展細致的工作。但國家在這方麵無有效運作體係。一些恐怖分子甚至擁有多達7本的護照。現在，我們還無法獲知這些人的真實姓名及其潛入俄羅斯的行動路線。”
車臣周邊地區，恐怖活動亦十分頻繁，從未停止。
針對一係列恐怖襲擊，俄聯邦部隊向沙托伊、烏魯斯—馬爾坦，諾紮尤塔和古德姆斯地區的車臣恐怖分子據點進行了炮擊，並在安全掃蕩行動中圍捕了150多名車臣恐怖分子。
為了應付山地掃蕩，俄國防部副部長兼陸軍總司令科爾米利采夫大將宣布，2004年俄武裝力量新的陸軍部隊戰鬥條令規定，在全軍中實施山地作戰義務培訓，這是借鑒阿富汗戰爭和兩次車臣戰爭中的戰鬥經驗製定的。車臣戰爭的經驗表明，所有兵種合成部隊、海軍陸戰隊、空降兵部隊，無論其駐守位置遠近，都必須演練在高山地區、山地森林地帶及人煙稀少的山村的作戰技能，士兵要掌握在這些地區晝夜作戰的技巧和方法。陸軍戰鬥訓練大綱的變化首先是因為車臣武裝分子的主力都隱藏在山區，陸軍作戰的重心已經轉移到南部山區，其次是要擴大各軍區和艦隊的訓練任務，使部隊盡快適應反恐戰爭的要求，以利於今後從中抽調部隊同在車臣作戰的部隊進行輪換。
與此同時，俄羅斯北高加索軍區為駐車臣的特種部隊“裝備”了150頭毛驢，它們將作為部隊的正式編製參加反恐作戰，一頭毛驢在高山地區可馱80公斤的輜重長途跋涉，部隊還為每10頭毛驢配一個獸醫，為每3—4頭毛驢配一名飼養員。
2004年12月23日，俄聯邦安全局工作人員在俄達吉斯坦共和國的葉先圖基鎮一次特別行動中，逮捕了一名車臣武裝分子戰地指揮官伊布拉基姆—伊斯拉比羅夫。安全局工作人員在他身上搜出20公斤炸藥、無線電遙控裝置、手榴彈和手槍。
伊斯拉比羅夫曾是車臣非法武裝組織頭目托基—烏馬羅夫的副手。2000年5月，他被任命為該武裝組織西南方麵指揮部指揮官，負責指揮在車臣境外的恐怖襲擊活動。伊斯拉比羅夫被懷疑組織了俄印古什共和國聯邦安全局大樓爆炸襲擊事件和俄火車爆炸襲擊事件。
被捕後，伊斯拉比羅夫供認，車臣匪首沙米爾·巴薩耶夫命令將恐怖襲擊事件轉移到車臣境外，他承認，他曾按照托基·烏馬羅夫的命令，將爆炸裝置從印古什共和國運到高加索地區的礦泉城，並將其交給自殺式襲擊者，從而製造了俄火車爆炸襲擊事件。
2004年12月28日晚22時53分，一夥不名武裝分子在格羅茲尼引爆了事先放置好的地雷，並向位於別爾沃馬伊和傑明大街路口的警備司令部射擊，車臣共和國內務部隊第四警備司令部司令安德列·布爾科夫斯基在地雷爆炸中受傷。
同一天，車臣庫傑爾緬斯克地區也發生一起無線電遙控炸彈爆炸事件，一名俄軍副連長茹基科夫受傷，並被送往醫院。
為了遏製恐怖活動，2005年9月12日，俄羅斯北奧塞梯共和國內務部長謝爾蓋·阿列寧中將提議，在北奧塞梯境內所有地區實行動員，組建民間武裝自衛隊，允許居民合法持有非戰鬥武器。但也有人對此提出批評，認為武器不應散落民間。
重要的是，俄聯邦政府采取了一係列強有力的措施，遏製恐怖活動。
主要內容包括：
其一，加大財政力度