與此同時，更細密深入的實證研究也越來越多地出現。新古典主義經濟學將亞當·斯密的“經濟人假說”為基礎的研究範式明確地表述為各自追求個人利益最大化而形成的均衡博弈論，將其定義為非合作博弈下的納什均衡（Nash equilibrium）。新製度經濟學承襲了這一傳統，並擴展“交易”這一概念的內涵，把企業、團隊、組織和製度等合作問題視為追求交易費用最小的合作方式，同時強調產權明晰對合作的重要性，仍然堅持以“經濟人假說”為基礎進行合作研究。合作經濟學側重研究生產關係方麵的合作。博弈論中的合作研究以“經濟人假說”為基礎，采用個體的、抽象的研究方法，將合作看作以個人理性為基礎的、沒有曆史的博弈的結果，並以抽象的博弈模型來研究合作的發展，至於社會生產方式的曆史發展對合作所起的決定作用則被束之腦後。以“經濟人假說”為基礎的研究方法僅考慮交易費用對合作的影響，沒有同時考慮合作收益和交易費用的共同作用，割斷了人的發展與合作的聯係，反映了新製度經濟學合作研究中存在的局限性。
1999年諾貝爾經濟學獎獲得者威廉·夏普（William F.Sharpe）提出了合作理論研究中的重要概念——夏普裏值，實際描述了一個參與者對合作影響的程度，夏普裏值越大，一方麵表明他與其他參與者形成合作的可能性越大；另一方麵也表明，他一旦退出，合作無法形成的可能性就越大。獲得諾貝爾經濟學獎的羅伯特·奧曼（Robert John Aumann）和托馬斯·謝林（Thomas C.Schelling）在非合作博弈理論基礎上進一步發展了對合作的研究。他們以抽象的博弈模型來研究合作的發展，沒有考慮到社會生產方式的曆史發展對合作的決定作用。雖然注意到重複博弈聚集效應、誠信、信息等對合作的形成所起的作用，但他們仍將“經濟人假說”看作亙古不變的，由此割斷了人的發展與合作的聯係。
由於傳統自由主義觀念對西方主流政治理論的影響，獨立存在的個人被抽象性地理解為具有相同的需求、情緒與欲望的人，而社會曆史文化則被理解為對普遍人性進行操縱或者蒙蔽的工具。越來越多的研究證明，人類群體的社會文化曆史及觀念對於群體成員具有不可忽視的塑造作用，直接影響其對合理性本身與社會合作的標準判斷。在自由主義看來，社會僅僅是個人的機械集合，他們的任何特性在社會中都不會發生變化。在對社會現象的研究中，霍布斯、洛克以及亞當·斯密都忽視了文化、曆史和傳統的因素，而這些正是社會共同體的重要組成部分。他們把社會與社會過程簡單地還原為對利益的追逐、交換與爭奪。這種傾向讓他們看不到社會曆史文化傳統對社會結構與過程的影響。
互利是合作的基礎，但是合作不僅僅來源於唯一的、單向的推力。社會普遍的道德水平和倫理共識會影響社會成員間的信任感，文化的連續性和認同程度決定了社會普遍的倫理共識和信任程度，進而影響合作性預期。市場經濟是在自願的條件下實現互利的資源再配置，存在共同經濟利益前提的合作仍然會受到許多因素的影響。製度性因素通過強製性的方式來保證合作的順利進行，文化性的因素通過道德共識的隱性力量來實現。不論是經濟活動，還是製度安排，都不能脫離特定的社會曆史文化傳統，都必須符合其發生環境的文化共識。但眾多的學說流派對於社會曆史文化背景在合作中的重要地位鮮有關注，這種情況直到新製度主義的出現才有所改變。
新製度主義是在舊製度學派基礎上產生的。一方麵，它繼承了製度學派的傳統，以製度分析、結構分析為標榜，並主張在資本主義現存生產資料所有製基礎上進行改革；另一方麵，它又根據第二次世界大戰結束以後新的政治經濟條件，廣泛涉獵政策目標和價值準則問題，尤其更加注意資本主義的現實問題，批判資本主義的缺陷，並提出更為具體的政策建議。這樣的研究範圍比過去的製度學派廣泛得多。新製度主義發現，社會曆史文化傳統本身具有一種製度的作用。雖然新製度主義內部存在諸多分支，各自強調的重點也各不相同，但這種重視社會文化曆史傳統的研究路徑有可能得出與傳統自由主義不同的理解。