章又問：“我之文字，或煽動人，或搖惑人，使生事端，害及地方，或可謂擾亂治安，若二三文人，假一題目，互相研究，滿紙空言，何以謂之擾亂治安？”廳長又無言。
辯護專家們連忙給廳長打圓場，欲以《民報》言論妨礙日本社會秩序之罪名來壓製章太炎的氣焰。章太炎反問道：“吾言革命，吾革中國之命，非革貴國之命；吾之文字，即煽動人，即煽惑人，煽惑中國人，非煽惑日本人，鼓動中國人，非鼓動日本人，於貴國之秩序何幹？於貴國之治安何幹？”眾位辯護專家無言以對。
章太炎越說越激動，怒吼道：“言論自由，出版自由，文明國法律皆然，貴國亦然，吾何罪？吾言革命，吾本國不諱革命，湯武革命，應乎天而順乎人，吾國聖人之言也。故吾國法律，造反有罪，革命無罪，吾何罪？”頓時間，整個裁判廳內鴉雀無聲。最後，裁判廳廳長強製地以危害社會秩序之名目查封《民報》，並罰款一百二十元。雖然《民報》半途夭折，但章之鬥爭為它塗上了最後的一抹輝煌。
孤身闖虎穴
民國伊始，袁世凱就任臨時大總統，其所言所行令擁戴者大失所望。他先派人刺殺宋教仁，後出兵鎮壓“二次革命”，其倒行逆施讓章太炎忍無可忍。章不顧親友勸說，毅然決定深入虎穴，挽救危局。他理直氣壯地說：“我決定要去麵質包藏禍心的袁世凱，明知是虎穴，可是不入虎穴，焉得虎子？”臨行前，他留詩一首，頗能反映當時之心境：
時危挺劍入長安，流血先爭五步看。
誰道江南徐騎省，不容臥榻有人鼾。
此詩內含兩個典故。前兩句出自《戰國策》，乃戰國掌故。謀士唐雎受安陵君所托，孤身赴秦，結果不辱使命，迫使秦王放棄侵犯野心；後兩句出自《類說》，是北宋舊事。趙匡胤派兵臨南唐都城，後主李煜派徐鉉赴汴京求和。趙匡胤拔劍厲聲道：“臥榻之側，豈容他人酣睡！”舉兵進攻，南唐遂亡。章作此詩，顯然是欲仿效唐雎，挺劍入京，不管他袁世凱是霸道之秦王還是強悍之趙匡胤，章皆決心以“伏屍二人，流血五步”之行動，來警醒世人，踐履自己民主共和之理想。
入京不久，章便上演大鬧總統府之好戲。一日，章身著油烘烘的破棉袍，手持折扇，故意將袁世凱頒發的二等勳章綴於扇柄，大搖大擺地來到總統府，打算與袁世凱好好理論一番。門衛借故阻止其見袁。此時，次長向瑞琨卻接到通知要進府麵見袁世凱，章太炎怒不可遏，身上那股“狂”勁兒頓時發作，“向瑞琨一個小孩子，可以見袁世凱，難道我見不得嗎？”從清晨至傍晚，章將總統府上上下下一幹人等悉數痛罵一通，並掄起手杖將府內器物砸了個稀裏嘩啦。袁世凱躲在內室，目睹章太炎之“胡鬧”，雖怒卻不敢言，隻得任其發泄。由此可見，章之狂士風采，較之禰衡，有過之而無不及也。最後，袁世凱實在沒法，派出軍政執法處處長陸建章（此人當時以抓捕和處決革命黨人的屠夫形象而聞名）出馬。陸謊稱總統在居仁堂見章，將其帶到軍隊營房，軟禁起來，後搬到北京南城陶然亭附近的龍泉寺。章太炎從此開始了一段頗為漫長的幽囚歲月。
剛開始，章太炎極不適應這種毫無自由的生活。他在屋裏大罵大鬧，曾狂書：“殺、殺、殺、殺、殺、殺、殺，瘋、瘋、瘋、瘋、瘋、瘋、瘋”的對聯。其友陳幹相當欣賞這“七殺七瘋”的對聯，請石匠刻成石碑立在家祠中。此碑現仍在陳的故鄉山東昌邑白塔村橋頭上。此外，章太炎時常與友人狂飲，以致酩酊大醉後出口怒罵，甚至在窗紙牆壁上遍書“袁賊”二字以泄憤，或用大篆、小楷、行草等字體寫滿“袁賊”二字，將紙焚而埋之，大呼：“袁賊燒死矣！”
更有趣的是，章太炎曾召集寓所裏的所有仆役，定下六條規矩：
第一，每日早晚必向我請安；
第二，在外麵見到我，必須垂手而立；
第三，稱我為“大人”，自稱曰“奴仆”；
第四，來客統統稱“老爺”；
第五，有人來訪，無論何事，必須回明定奪，不得徑行攔阻；
第六，每逢朔望，必須向我行一跪三叩大禮。
章太炎向仆役宣布這六條規則之後，說：“這六條，你們能遵守的，就留下來；不能遵守，就請離開。”仆役們無法，隻得順從照辦。章門弟子錢玄同覺得好奇，便問老師緣何要立此家規。章太炎的回答更是讓人忍俊不禁：
我弄這個名堂，沒別的緣故，隻因“大人”與“老爺”都是前清的稱謂。至於“先生”，是我輩革命黨人拚死獲得的替代品。如今北京仍是帝製餘孽盤踞的地方，豈配有“先生”的稱謂？這裏仍是“大人”“老爺”的世界，讓他們磕頭，不是合情合理嗎？
時間一長，章太炎感到單單靠嬉笑怒罵並不足以震懾袁世凱等人。於是，他決定絕食等死，以示抗議。在寄給夫人湯國梨的訣別信中，章寫道：
以吾憔悴，知君亦無生人之趣。幽居數日，隱憂少寐。吾生二十三歲而孤，憤疾東胡，絕意考試；故得精研學術，忝為人師。中間遭離亂，辛苦亦至矣。不死於清廷購捕之時，而死於民國告成之後，又何言哉！吾死之後，中夏文化亦亡矣。言盡於斯，臨穎悲憤。
信中既有其因民主共和理想尚未實現的不甘心之情，又不乏對自己國學水平的自信，實乃至情至真之言也！
章太炎絕食，身體一天比一天羸弱，精神一天比一天衰減。這不僅使袁世凱大傷腦筋，也令章太炎的諸位高足心焦不已，他們千方百計設法使章太炎改變死誌，立即進食。關於弟子舊友們苦勸章太炎放棄絕食念頭，重新進食的記載，曆來有兩個版本。
第一個是吳承仕版。得知章太炎絕食的消息後，章的舊友馬敘倫，弟子吳承仕、錢玄同等人急忙前去探望。從早到晚，弟子們一直勸先生進食。章太炎隻是躺在床上，兩眼翻白，一味搖頭。無可奈何之下，吳承仕忽想起三國裏的故事，便問：“先生，你比禰衡如何？”
章太炎兩眼一瞪，說：“禰衡怎能跟我比？”
吳承仕忙說：“劉表要殺禰衡，自己又不願背殺戮國士之惡名，而借黃祖之手殺之。現在袁世凱比劉表高明多了，他不用勞駕黃祖這樣的角色，叫先生自己殺自己！”
“什麼話！”
章太炎聽到此處，翻身跳下床來。弟子們趕緊端出早已做好的荷包蛋，請老師吃了下去。章太炎就此停止絕食。
第二個是馬敘倫版。馬去探望章太炎，好友相見，章太炎精神為之一振。除了談論眼下不堪收拾的人事與國事外，馬敘倫使出渾身解數，與章太炎忽而談孔孟，忽而談老莊，忽而談佛學，忽而談理學。二人天馬行空，談興極濃，自午及暮，意猶未盡。馬敘倫看看天色，起身告辭。他說：“我得走了，中午出來太急，沒有吃飯，現在已經饑腸轆轆。”章太炎說：“這事好辦，讓我的廚子給你準備飯菜。”馬敘倫連連搖頭，說：“使不得，使不得，你正在絕食期間，我在你麵前大吃大喝，有違仁道，怎能下咽？我真要吃下這頓飯，傳出去，豈不是為天下士人君子所不齒？”章太炎一心要挽留馬敘倫，遂當即答應與他一同進食。
吳承仕版中的章太炎與袁世凱不共戴天，自認比三國之禰衡更為清狂，在吳的激將法下顯得頗為可愛；而馬敘倫版的章太炎則究心於學術，因與馬暢談正酣而放棄絕食，其視學術為生命的精神十分可敬。兩個版本，實際上恰恰反映出章太炎身上兩種最為可貴的品質：胸懷蒼生，心係學術。故皆可信也。
袁世凱定年號為“洪憲”後，欲物色德高望重者為其撰寫元旦草詔。有人推薦章太炎，認為他是獨一無二之人選。袁世凱歎道：“何必強人所難呢？你們難道忘記了他絕食之舉？如果以此事逼迫他，是加速其死之誌啊！我不願意讓太炎為禰衡，我豈能成為變相之黃祖呢？要是他真的死了，最起碼也是方孝孺，我可不能成全其美名。等他日帝國勃興，再處置章太炎也不遲，現在不是動他的時候。”此話傳到章太炎耳中，他輕蔑地說：“人家大明的天子姓朱，洪憲天子姓袁，我既不是禰衡，也不是方孝孺；袁世凱更不是明成祖朱棣，僅僅是乘亂而起，過一把皇帝癮的袁術而已。”
1916年6月6日，袁世凱在全國上下的一片討伐聲中惶恐死去，章太炎因而重獲自由。回顧這一段刺刀威逼下的生活，章太炎雖幾度與死神擦肩而過，卻依然故我，不屈不撓。難怪魯迅在回憶文章《關於太炎先生二三事》中由衷地讚歎道：
考其生平，以大勳章作扇墜，臨總統府之門，大詬袁世凱的包藏禍心者，並世無第二人；七被追捕，三入牢獄。而革命之誌，終不屈撓者，並世亦無第二人；這才是先哲的精神，後生的楷範。