崇禎十七年（1644），即清世祖順治元年三月，李自成率起義軍進入北京，崇禎帝自縊於煤山，宣告了明朝的滅亡。這一消息到了四月清睿親王多爾袞才得知。這一突如其來的變化，引起清領導集團的極大重視。多爾袞立即召集會議，征詢意見，以便采取相應對策。洪承疇因陳進兵策，其內容為：“我大清兵力十分強大，是天下無敵之師。首先應該遣官宣布號令，明確此次行動的目的在於掃除亂逆。清兵所到之處，不殺人民，不焚廬舍，不掠財物。並宣告各府州縣及其官吏，凡開門迎降或為內應，而立大功者，破格封賞，法立令行，此是最緊要的事。”接著，他又根據多年圍剿農民軍的經曆進一步分析說：“從以往的情況來看，李自成軍的戰術是，遇弱則攻，遇強則走。現在他聽說我軍趕到，必然向西逃遁。因而我軍應從薊州、密雲一路疾行，趕在李自成軍的前麵。李自成軍若退跑，我軍就以輕騎追殺；如果他們仍舊占據京城進行抗拒，那麼更容易為我軍所破。關於入山海關的路線，我認為山海關一帶道路險隘，我大清兵不便走北道，恐李自成埋伏有精兵強將以待我軍。”他還獻計說：“我軍應該改騎兵為步兵，使兵行於前而馬跟在後，等到進入邊境，道路寬暢，步兵就又成了騎兵。兵到北京後，應該連營城外，以阻斷西麵各路援兵的到來。城中守兵孤立，便可一戰而勝。”洪承疇的意見，深受清軍統帥多爾袞讚許。
清軍入關攻明，洪承疇時刻不離多爾袞左右，他所獻種種謀策，大抵為多爾袞采用。此後，洪承疇的地位便漸趨重要。
山海關大戰，清軍取得勝利。多爾袞在此期間向明朝軍民發布的出師告示，就是根據洪承疇的上述主張起草的。在這個告示裏，不僅把清軍說成是救國救民的仁義之師，而且號召漢族地主階級與滿族貴族聯合起來共同鎮壓農民軍。這個告示，在促進北方漢族地主階級和明朝官僚與滿族貴族聯合方麵起了十分重要的作用。
清朝定鼎北京後，洪承疇奉旨仍以太子太保、兵部尚書兼都察院右副都禦史原銜，同內院官佐理機務，不久便成為秘書院大學士。為了健全政府機構和完善各項製度，洪承疇曾與馮銓等共同上書睿親王多爾袞，要求恢複明朝內閣製，題奏皆下內閣擬旨，下分六科，抄發各部院。這樣做，如有什麼問題，大學士們就可以有所指陳，六科也可據此摘參，從而起到防微杜漸的作用。九月，順治帝由盛京到達北京，洪承疇與馮銓、謝陞等奏請皇上，製定郊廟樂章，把漢族王朝的一些禮樂製度，介紹給新王朝。
在用人製度方麵，洪承疇一方麵利用自己與明朝官員的舊關係，向新朝推薦了很多人才；另一方麵，他還建議由九卿科道會推督、撫、提鎮官員，並實行“保薦連坐法”，要求薦舉人對所保舉的官員負責，以便造成官僚集團的清正廉潔。
由於滿族入關後，形勢發生了巨大的變化，洪承疇從滿族皇帝的利益出發，建議順治皇帝像金世宗完顏雍和元世祖忽必烈那樣，“習漢文，曉漢語”。“博綜典籍，勤於文學”，以儒學為師，學習漢族地主階級豐富的統治經驗。洪承疇在順治皇帝麵前表現的忠心，使得他先後兩次在京佐理機務，“應詔，條奏甚多，鹹蒙諭允。又特疏薦舉人才，皆蒙錄用。”順治帝對洪承疇所奏，可行即行，即使不可行，從來也不責備，這樣也就使洪承疇敢於大膽直言。
順治二年（16145），豫親王多鐸率師南下。五月，南明福王政權忻城伯趙之龍、大學士王鐸、禮部尚書錢謙益等三十一人以城迎降。這時江南人民的反清鬥爭也如火如荼地發展起來。清廷為了鎮壓江南人民的抗清鬥爭，爭取得到江南地主階級對清政權的支持，決定派洪承疇去江南“安撫”。多爾袞說：“我見他做得來，諸王亦薦他好，故令他南去。”閏六月癸巳，即“命洪承疇以原官總督軍務，招撫江南各省，鑄‘招撫南方總督軍務大學士’印，賜敕便宜行事”，駐江寧。洪承疇到任後，首先疏列降順之明朝南京翰林、科道卿寺部屬等一百四十九人，請令赴部錄用，安定了部分前朝官員的思想。