就當時江南的形勢而言，是相當嚴峻的。一方麵，南京雖然在五月間被清軍占領，但是到六月間，因剃發令的重申，促使民族矛盾進一步激化，江南各地掀起了更大的抗清鬥爭的浪潮。另外一方麵，明朝宗室藩王及其後裔，在明文臣武將及“遺民”的簇擁下稱王稱帝，並出兵與清軍作戰，企圖抗清複明，給清的統一戰爭帶來極大困難。作為故明漢族大臣的洪承疇，精通儒家“治國平天下”之道，深深懂得漢族人民的心理。他認為，江南人心未定的原因。主要是明朝宗室稱王稱帝，惑亂人心。因此要達到招撫江南各省的目的，必須采取剿撫並用的策略。所以洪承疇到達江南後，一方麵用“撫”的方法安定了寧國、徽州和江西南昌、南康、九江、瑞州、撫州、饒州、臨江、吉安、廣信、建昌、袁州諸府，又用“剿”的方法攻破績溪、婺源等地。
在績溪城破、南明福王朱由崧的左僉都金聲被俘後，洪承疇曾問金聲是否認識自己。金聲故意說不認識。洪承疇急忙說：“我就是洪亨九。”金聲聽罷，大聲怒斥道：“咄！洪亨九受先帝厚恩，官至閣部，英勇而死。先帝曾慟哭輟朝，禦製祝版，賜祭十六壇，予諡蔭子，是我大明忠臣。你是什麼人，敢冒亨九。”洪承疇被斥得無地自容。
順治三年（1646）正月，洪承疇查知江寧有人叛應朱誼石等反清複明勢力，便在距城五十裏的西溝池捕殺內應萬德華等五十餘人，又閉城搜捕五十餘人，並鞫實郭世彥、尤踞等三十一人殺之。不久，朱誼石等合眾兩萬來攻，為清兵所敗。
在這段時期，洪承疇以剿撫並用的策略，為清政府在江南地區的統治奠定了基礎。洪承疇亦以漢族軍民的鮮血，換來了清朝最高統治者對他的賞識和信任。這期問，洪承疇曾疏請還京，清統治者則“以江南未大定，不允”，同時“賜其妻白金百，貂皮二百”，以資獎勵。
在江南期間，也發生了幾起對洪承疇極為不利的事。明朝給事中陳子龍家居華亭，潛結太湖反清力量，遙附朱以海。洪承疇遣章京索布圖往捕，子龍投水死。四年四月，駐防江寧總管巴山等奏，柘林遊擊陳際可擒獲諜者謝堯文得魯王朱以海敕封洪承疇國公，江寧巡撫土國寶為侯；又得魯王將黃斌卿與承疇、國寶書，有伏為內應殺巴、張二將，則江南不足定語。順治帝獎巴山、張大猷等“嚴察亂萌”，命與洪承疇會鞫諜者。別敕慰諭承疇、國寶說：“朕益知賊計真同兒戲，因卿等皆我朝得力大臣，故反問以圖陰陷，朕豈墮此小人之計耶！”洪承疇免遭一次災難。
十月，又發生了一件事。當時有個僧人叫函可，是故明尚書韓日纘的兒子，出家已經多年了。韓日纘是洪承疇會試的房師，有師生之誼。南明弘光元年（1645），即順治二年春，函可從廣東來江寧印刷藏經，正趕上明清之際的江南戰亂，因而久住江寧未返。現在江南已基本平定了，道路也通了，函可便找洪承疇請授給印牌以便出城回廣東。但城門守衛在盤查函可時，卻從他攜帶的物品中發現有南明福王答其大臣阮大铖的書稿，書稿文字有觸犯避忌的地方；又有《變紀》一書，內容幹預時事。事發，洪承疇自知此事非同小可，便上書引咎自責，並說明事情原委，最後說：“臣與函可世誼，應避嫌，不敢參與此事的處理，謹將所查獲的書帖牌文封送內院。”順治皇帝下旨部議。諸大臣經過認真研究議定：洪承疇徇情，私給印牌，應予革職處分。但順治帝卻以“承疇奉使江南，功績可嘉”，而予以寬宥。
通過以上事件，洪承疇也知道了自己處境的艱險及個人對清的作用。他想暫時離開官場，靜心觀察。不久，洪承疇得到父親卒於福建的噩耗，洪承疇於是上書說“江南湖海諸寇俱已削平，又聞父喪，請解任守製”。順治帝同意了他的請求，同時命他假滿，即回內院任事。另調宣大總督馬國柱為江南、江西、河南總督。
從順治元年清兵入關，到四年江南基本安定，洪承疇以他的謀略和軍事才能，為清的統一和清政權的鞏固作出了貢獻。