崇禎十二年六月，總督薊遼洪承疇在經過對遼事的認真思考、研究後，上書朝廷說：“建州女真采取明暗兩種手段，屢次向我大明討要賞賜，今後他們如果不再向西侵犯我朝，就賞賜如故，否則就不給賞賜，並要進行圍剿。”朝廷對這一針對性極強的務實主張表示同意。
崇禎十二年十月，清兵攻寧遠。總兵官金國鳳因憤於將士怯戰，便親自率親丁數十人，在寧遠城北山岡抵禦清兵。鏖戰多時，矢盡力竭，金國鳳同他的兩個兒子都戰死了。洪承疇得報後，上疏朝廷說：“國鳳懷忠勇，前守鬆山，兵不滿三千，乃能力保孤城，此非其才力優也，而是能因事權專，號令出一，而人心齊肅。迨擢任大將，兵近萬人，反致殞命，非其才力短也，由營伍紛紜，號令難施，而人心不一所致。請從今往後，設連營節製之法，凡遇警守城即出，唯總兵官之令是聽，方可軍心齊肅，這對於守衛疆土關係甚大。”崇禎帝接受了這個建議。
崇禎十三年（1640）三月，清兵至義州，謀犯錦州。總督洪承疇同遼東巡撫方一藻，以及前鋒祖大壽、團練吳三桂、分練劉肇基先屯兵錦州鬆山以待敵，並調山海關總兵官馬科率萬人前往增援。五月，總督洪承疇出山海關，駐兵寧遠。吳三桂、劉肇基出杏山。前鋒祖大壽以及副總兵祖澤遠在鬆、杏間遭遇清軍，吳三桂被圍，劉肇基率部將他救出，損失千人，而所殺傷的清軍亦相當。副總兵程繼儒臨陣膽怯，洪承疇將其斬首，從此軍士俱聽命效力。
十二月，征宣府總兵楊國柱、大同總兵王樸、密雲總兵唐通以及東協總兵曹變蛟、援剿總兵白廣恩、山海關總兵馬科、遼東總兵吳三桂、王廷臣，凡八總兵，總計兵十三萬，馬四萬，騾一萬，皆出關，隸屬於洪承疇。當時清兵已下大淩河。祖大壽入錦州拒守，鬆山、杏山、塔山三城相與為犄角。
崇禎十四年（1641）三月，總督洪承疇、總兵曹變蛟、白廣恩及吳三桂、王廷臣等至寧遠。洪承疇至鬆山，見明軍將少，兵力不足，難以防禦，遂調宣府總兵楊國柱等兵。祖大壽會合諸軍擊清軍於錦州，斬殺清兵三十六人。次日再戰，清軍被擊退。
六月，明軍與清兵戰於鬆山石門，雙方皆有傷亡，清兵雖未退，但已受挫。這時，在北京的兵部尚書陳新甲屢陳敵情，想分兵幾路出戰：一路出兵塔山，趨大勝堡，攻清營之西北；一路出兵杏山，抄錦昌而攻其北；一路出兵鬆山，渡小淩河而攻其東；又正兵出鬆山而攻其南。朝廷命行營將帥討論陳新甲的意見。當時洪承疇雖然統率八鎮兵馬，但隻有白廣恩、馬科、吳三桂三鎮敢戰，而其他可以合力；若分數路出兵，恐怕寡不敵眾。因此洪承疇提出“且戰且守”的戰略。他說：“長久堅守鬆、杏，可借以作為軍需物資轉運之地，況且錦州守禦堅固，清兵不易動搖。如果清軍過了今秋還不能拿下錦州，就勢窮了。這便是可守而後可戰的策略。現在兵部討‘議出戰，我怎敢遷延時日？隻怕到時轉輸糧草物資艱難，鞭長莫及。戰爭的勝敗與國體攸關，不如稍稍等待，使清軍自困，再進行攻擊，才是可行之策。”崇禎帝也認為洪承疇的意見是正確的。
而陳新甲頑固堅持前議。職方郎中張若麒則浮躁而好事，見我軍有幾次小勝，就說錦州等地之圍可以立解，崇禎帝也就命令他留在關外料理。陳新甲又寫信給洪承疇說：“近接二協報告，說清兵又想入犯，如果真是這樣，則關內外均會受困，勢將不可支。督師出關用兵已經有一年多，花費餉銀數十萬兩，而錦州之圍未解，內地又受困。此時督師不進山海，則三協虛單，若往遼西，則寶山空虛，這怎能對得起聖上及朝中文武群臣的希望？聖上憂慮，臣僚受辱，督師清夜思之，恐怕也會不安的吧！”洪承疇既被陳新甲所激，又奉密敕恪期進兵。當時，兵部尚書陳新甲又薦前綏德知縣馬紹愉為兵部職方主事，出關協助謀劃；張若麒、馬紹愉又都說我軍可戰。於是洪承疇的策略被否定了。