康氏明了中國向為多神之俗，“祈子則奉張仙，求財則供財神，工匠則奉魯班，甚至士人通學，乃拜跳舞之鬼，號為魁星，所在學宮巍樓，高高坐鎮，胄子士夫，齊祈膜拜，不知羞恥，幾忘其所學為何學”。康氏的觀察既準確又傳神，卻未嚐道出“孔子之祀”乃國家祀典，非百姓得以覬覦。時人便指證：
（外人）鄙我為無教之國，良由我國政府體製太嚴。其崇祀孔子也，除各直省府州縣勒建文廟而外，其餘民間所尊崇者，惟釋迦牟尼、老子道君；梵宮道觀，棋布星羅。即讀書種子，日誦孔孟之書，肩擔孔孟之道，亦且崇祀文昌魁星諸神，而置孔子於不顧。
康氏複把孔廟與百姓的隔閡，歸罪於康熙時期的禦史吳培。吳氏始奏禁婦女入孔廟燒香，自是禁民間廟祀孔子，以為尊崇先聖。豈知聖教自此不及於民，其罪可誅。其實如前所述，宋代有位儒臣，即因辟雍始成，請開學殿，使都人士女縱觀，然而卻大為士論所貶，可見孔廟的封閉性自古已然。
其次，值得注意的，康氏既然抱怨中國“淫祠遍地”，為何又聲稱中國人係“無教之國民”呢？此即牽涉康氏心目中所持“宗教”的理想形態（ideal type）。一旦掌握了康氏係以一神教的西教為參照，即不難理解此中緣故。這又說明康氏必須立孔子為教主的根本原由。他取該時基督教的形式改造儒教，以孔子比附耶穌，塑模出他所謂的孔教，甚至達到亦步亦趨的地步，遂有“教主”（耶穌）、“教部”（羅馬教廷）、“教會”（地方教堂）、“孔子紀年”（耶穌紀元）之議。
尤其令人難以理解的是：迥異於曆來祭孔的祀典，康氏竟然提議以“孔子配天”。按“祭天”本為天子的專擅之禮，非臣民所得而行，然而“民間歲時向空，無不祀天”，官方向來難以禁絕。是故，康氏擬以“孔子配天”，不隻可滿足了百姓的信仰需求，複可借力使力將祭孔普遍化。惟其底蘊猶不出耶教的原始模型，蓋康氏以“天”比擬為“上帝”，“孔子配天”則仿若耶教之膜拜上帝。
另外，康氏在光緒二十四年奏折中尚有一項處理涉外教案的提議值得一提，即令地方遍立“孔教會”，其上則以衍聖公為“會長”，總司其成。該組織仿效西方教皇國，聽天下人入會，並令天主、耶穌教各立會長，與議定教律。凡有教案，一律歸教會，按照教律商辦，國家不與聞。凡有涉外教案，則由衍聖公代表處理，如此則可避免中外國力直接涉入，造成難以收拾的衝突，確不失為“以教製教”的權宜辦法。
諸如種種，均難逃時人的法眼。例如：維新支持者陳寶箴（1831—1900）即道出：
（逮）康有為當海禁大開之時，見歐洲各國尊崇教皇，執持國政，以為外國強盛之效，實由於此。……而孔子之教散漫無紀，以視歐洲教皇之權力，其徒所至，皆足以持其國權者不可同語。是以憤懣鬱積，援素王之號，執以元統天之說，推崇孔子以為教主，欲與天主耶穌比權量力，以開民智，行其政教。
“推崇孔子以為教主，欲與天主耶穌比權量力，以開民智，行其政教”，不啻宣泄康氏重塑孔教的底蘊。惟必須稍加提示地，康有為所了解的基督教係啟蒙運動以降的樣態，基督教在曆史上自有其繁複的麵貌。
康氏的孔教運動最後雖然不了了之，但其時亦不乏附和者。民初孔教會遍布數百縣，康氏到地方講演，紳商學界聽眾曾經動輒上萬，尚且還分布海外。民國肇建之後，他四處為“孔教會”奔走，蓋深憂辛亥革命推翻帝製、成立共和，孔子之祀遂亦“際亙古未有之變，俎豆廢祀，弦誦絕聲”。的確，儒教的聖地——孔廟，在民初遭受到空前但非絕後的破壞；況且蔡元培（1867—1940）甫上任教育總長，即廢止學校讀經；凡此均不利於孔教的傳布，故康氏亟與新成立的共和政體掛鉤。他深悉祀孔乃帝製不可分割的一環，而帝製解體，必將導致祀孔無所依托。因此不難理解甫創立的“孔教會”，立即將“定孔教為國教”的議題提升至憲法的層次。居間雖然得到守舊分子與地方軍閥的奧援，曇花一現，惟入憲之事最終仍功敗垂成，惹得一身惡名。“孔教”運動的落幕，適意味傳統儒教由國家宗教轉型徹底的挫敗。
關於此點，魯迅（1881—1936）複有一段頗為傳神的敘述。他說：
種種的權勢者使用種種的白粉給他（孔子）來化妝，一直抬到嚇人的高度。但比起後來輸入釋迦牟尼來，卻實在可憐得很。誠然，每一縣固然都有聖廟即文廟，可是一副寂寞的冷落的樣子，一般的庶民，是決不去參拜的，要去，則是佛寺，或者是神廟。若向老百姓們問孔夫子是什麼人，他們自然回答是聖人，然而這不過是權勢者的留聲機。
魯迅之所以說權勢者一直把孔子抬到嚇人的高度，無非著眼曆史上的王朝往往以儒教作為治國的依據。
職是之故，為了彌補儒教與庶民的隔閡，康有為、陳煥章（1880—1933）於改革孔教中，必得效法西式教堂，開放孔廟以廣納一般的老百姓；並且必須打破儒家“禮聞來學，不聞往教”的成規，“發憤傳教”。
總而言之，康有為“孔教”改革的失敗，在不同曆史情境，分別涵蘊兩種截然不同的意義。首先在晚清，由於帝製猶存，孔教改革的中輟僅代表儒教由國家宗教（state religion）普及為個人宗教（personal religion）、由公共宗教（public religion）轉型為私人宗教（private religion）的頓挫；然而民初康氏再次的叩關，卻弄巧成拙，加速儒教作為國家宗教全麵的崩解。從此，作為宗教的儒教在民國體製無所掛搭，驟成文化的遊魂。這應該是顧頡剛（1893—1980）所說“孔教是一個沒有完工的宗教”的正解。而影響所及，迄今兩岸猶將“儒教”排除於“宗教”的範疇之外。
三、反孔教的聲浪
“孔教”最初的敵對者，當然是反維新分子，這裏難免攙雜了相異的政治立場。舉葉德輝為例：他相信“孔教為天理人心之至公”，卻認為“孔不必悲，教不必保”，尤其反對立“孔子為教主”。
其次，則是與今文學派站在對立麵的古文學家，例如：章太炎與劉師培（1884—1919）。章氏徹頭徹尾不屑康、梁倡言孔教；劉師培亦反對孔子托古改製之說，以為孔子所立六經，皆周史所藏“舊典”，並稱：“孔子者，中國之學術家也，非中國之宗教家。”凡此均是針對康有為取法耶教，刻意將孔子塑造成“創儒教，為大地教主”而發。
但說來反諷，影響最巨的反孔教的樞紐人物，卻係原本支持其師孔教運動不遺餘力的梁啟超。梁氏緣受嚴複、黃遵憲（1848—1905）的影響，驟然陣前倒戈，高舉“保教非所以尊孔”的大纛，極大削弱了孔教運動的聲勢。
梁啟超早先追踵康有為，鼓吹“孔教”。逮嚴複於光緒二十二年（1896）通函曉示“教不可保，而亦不必保”、“保教而進，則又非所保之本教”的道理，信心始受動搖。惟其時梁氏猶“依違未定”，汲汲於成立“保教公會”，視“保國”、“保教”為連體嬰，互為憑靠。他言道：
居今日而不以保國保教為事者，必其人於危亡之故，講之未瑩，念之未熟也。
此一主張，日後納入其師始倡的“保國會”，該會講求“保國、保種、保教”之事，以為議論宗旨，梁氏出力尤多。
然而梁在流亡日本的第三年（1902），卻公開放棄早先立孔教為國教的主張。所有關於這一轉變的理由，都可以歸之於他對整體中國利益的考量。對他來說，宗教的重要性與其說是信仰本身，毋寧說是可以振興中國。這也說明他日後之所以讚同佛教，原寄望所有中國人都可以經由佛教信仰而培養一體感，在必要的時候為國家利益，犧牲小我。事實上，梁所關心的，不是任何特別的宗教或者它們的原始形式，而是宗教信仰所能為現代國家扮演的功能。換言之，梁把宗教當作一種精神動員的方法，用來誘導、催引潛在的政治能量。析言之，終其一生，“國”方為梁氏的終極關懷。
回溯光緒二十四年，梁與其師康有為鹹認為，西方興起的動力實肇自基督教對於西方國家的影響。所以，當康有為熱烈的主張立孔教為國教，作為康的門徒，梁起初毫無保留地支持此一運動，並把它與保國聯在一起。《複友人論保教書》（1897）與滯日所撰的《論支那宗教改革》（1899）均為此一階段的護教之作。
然而，梁為此運動的奮鬥並不很久。嚴複與黃遵憲的勸告，終令梁思緒為之改觀，轉而認定“宗教者，專指迷信宗仰而言”，立孔教於一尊必將束縛國民思想，妨礙中國的進步與改革，尤其西方基督教的沒落，更堅定了他“教不必保”的看法。
黃遵憲的規勸足為代表，他致函梁說道：
（康）南海見二百年前天主教之盛，以為泰西富強由於行教，遂欲尊我孔子以敵之，不知崇教之說久成糟粕，近日歐洲，如德、如意、如法，於教徒侵政之權，皆力加裁抑。居今日而襲人之唾餘以張吾教，此實誤矣！
梁氏遂亦雲道：“有心醉西風者流，睹歐美人之以信仰而致強也，欲舍而從之以自代，此尤不達體要之言。”暗諷其師不言而喻。
黃氏複主“政教分離”有益於時局，他說：
泰西諸國，政與教分，彼政之善，由於學之盛。我國則政與教合。分則可藉教以補政之所不及，合則舍政學以外無所謂教。今日但當采西人之政、西人之學，以彌縫我國政學之敝，不必複張吾教，與人爭是非、校短長也。
“彼政之善，由於學之盛”，黃氏毅然地切斷了泰西之盛與教的關聯。而他的“政教分離”說，影響尤為深邃，在日後形成主流意見。
擱此不論，其實對梁啟超而言，“保國”比“保教”、“保種”更為重要。他直截了當地表示：“我輩自今以往，所當努力者，惟保國而已。若種與教，非所亟亟也。”在《新民說》，梁啟超的態度尤其斬決。他直言不諱：
吾不敢怨孔教，而不得不深惡痛絕夫緣飾孔教、利用孔教、誣罔孔教者之自賊而賊國民也。
梁氏以《論語》中曾記載孔子曰：“未能事人，焉能事鬼？”、“未知生，焉知死？”以及“子不語，怪力亂神”，遂定位孔子為“哲學家、經世家、教育家”而非“宗教家”。而此一論點遂成此後儒教非宗教的基調。他又說“西人常以孔子與梭格拉底並稱，而不見釋迦、耶穌、摩訶末並稱，誠得其真。”梁氏等的看法，適見證孔子意象的蛻化，正逐步邁向其師所極力撻伐的“謬論”：
近人（遂）妄稱孔子為哲學、政治、教育家，妄言誕稱，皆緣是起，遂令中國誕育大教主而失之。
惟觀諸日後的發展，梁氏的說詞“孔教者，教育之教，非宗教之教”，反而占了絕對的優勢。
信手拈來二例以證成：民初的馮友蘭（1895—1990）便判說“孔子頗似蘇格拉底”，是個“智者”；馮氏甚至說：“孔子為中國蘇格拉底之一端，即已占甚高之地位。”又說，他“本來是一位（偉大的）教師”。經學史家周予同（1898—1981）更斷言，孔子“並不是一位宗教家”，而是“一位中國古代人格完滿發展的聖人”、“一位實際的教育家”、“一位不得意的政治思想家”、“一位專研道德問題的倫理學家”。毋管孔子實情真否如此，康有為的“教主說”終成絕響的《廣陵散》。
尤其民國初年，康氏再次鼓吹以孔子配天、定孔教為國教；而後更涉及張勳（1854—1923）複辟兵變（1917），令他形象狼藉，尊孔愈形政治化，連帶殃及孔廟，秋丁吉時竟需調兵“武裝祭孔”。孔廟何辜，淪落至此！ 諸如種種，康氏飽受共和人士的抨擊。與康氏政治、學術立場均相左的章太炎，不隻非議“孔教會”的設立，且直謂：“孔子於中國，為保民開化之宗，不為教主”，“以宗教，則為孔子所棄。”故尊奉孔教者“適足以玷闕裏之堂，汙泰山之跡耳！”惟細繹其理據，尚不出梁氏之域。
民國的新貴——袁世凱的態度亦令人玩味。一方麵，他尊孔不落人後，於1913年六月頒布“尊崇孔聖令”；另方麵，他在《大總統致孔社祝詞》卻明白反對立孔教為國教。他說：
孔子初非宗教家，而淺人不察，必欲以形式尊崇，強儕諸釋、道、回、耶各教之列，既失尊孔本意，反使人得執約法以相繩。
從原先國會擬提議在憲法之中“規定孔教為國教”，最終敷衍成“國民教育以孔子之道為修身之大本”，已可嗅出時代風向的轉變。