（一）審判疏於對司法鑒定的實質審查
司法鑒定與專家輔助人均是查明案件事實的途徑。法官在審理案件期間，因對技術問題的判斷缺乏必要的能力，一般將專門性問題即難以判定的事實委托鑒定機構鑒別、判定。但實踐中存在的主要問題是法院對鑒定結論不予審查或審查流於形式，如僅針對鑒定結論的形式要件的合法性進行審查，而對於鑒定結論的核心內容，也即鑒定結論及其推理過程的科學性、公正性不予實質審查，導致鑒定結論實際上失於司法審查。
法院對司法鑒定及鑒定結論疏於實質審查導致的嚴重後果是審判權的讓渡，對案件所涉法律事實的認定本屬法官審判權的組成部分，但法官卻將審判權事實上交由鑒定機構行使。究其原因，法官欠缺對鑒定結論的實質審查能力固然是其客觀原因，但其利用鑒定結論規避審判風險的心理是其主要因素。為避免判決將來因“認定事實不清”而受到質疑甚至被撤銷，防止錯案追究，法官往往利用鑒定結論代替事實認定。法官在此心態下對鑒定結論的審查必然流於形式，造成的嚴重後果是法官自覺或不自覺地限製甚至剝奪當事人對鑒定結論充分質證的權利，進而可能導致案件認定事實錯誤。
為解決上述問題，從加強對鑒定結論實質審查入手，可以考慮從以下兩個方麵完善司法鑒定作為證據的審查製度：首先，法官應正確認識鑒定結論的證據性質，正確行使自己的審判職責。基於法院行使司法審判權這一基本原則，根據民事訴訟法及《證據規則》的規定，一方當事人在訴訟前自行委托有關部門作出的鑒定結論，不論由何等權威的人作出，仍是證據的一種形式，必須經過庭審的舉證、質證及法庭的認證方能成為確定案件事實的證據。質證不能僅限於鑒定結論形式要件的合法性質證，而應圍繞鑒定結論及其推理過程的科學性及客觀性進行實質質證，質證是查明案件事實的決定性步驟，目的在於幫助法官判斷鑒定結論有無證據能力及證明力的大小，進而形成內心確信。專家輔助人製度對鑒定結論的質證發揮著十分重要的作用，如前所述，這也是最高法院確立該項製度的初衷之一。在質證中，應由法官、當事人及當事人聘請的專家輔助人對鑒定結論的證據能力和證明力進行質詢，由鑒定人解釋和說明，由法官對案件所涉法律事實作出認定。對證據材料的證明力進行審查、形成內心確信進而據此對案件所涉法律事實作出認定是法官行使審判權的核心內容，該項權力應該也隻能由法官行使。法官尤其是審理知識產權案件的法官應認識到，對案件的技術問題和鑒定結論進行審查乃是履行審判職責的必然要求。對此《證據規則》規定：審判人員對單一證據應審核證據的內容是否真實。最高法院也表明：鑒定結論不過是認定案件事實的證據之一，而不是唯一的證據，必須與本案其他證據相印證，綜合分析，才能作出正確的判斷。
其次，加強法官對技術問題的審查能力無疑是充分實現對案件事實實質審查的重要措施。各地法院在知識產權案件審理中普遍采取了技術谘詢的方式。如北京高院通過規範性文件確定了審理知識產權案件聘請的專家名單，谘詢人數應在5-7人，專家意見應入卷保存等。專家谘詢製度對法院在審理知識產權案件過程中解決實質審查技術問題及作出鑒定結論起到了重要作用。但技術谘詢的方式也存在明顯的缺陷，如技術專家不參加庭審，谘詢意見亦不向雙方當事人出示並接受質證。技術專家未親曆案件審理，卻對可能直接影響案件審理結果的技術問題出具意見，當事人對谘詢意見進行質證的基本訴訟權利遭到剝奪，此做法不僅違反基於司法親曆性的直接審理原則，亦與民事訴訟法所遵循的質證原則相悖。在目前的審判製度框架內解決此問題的辦法是完善並利用人民陪審員製度，結合知識產權案件的特點探索專家陪審員製度，即嚐試將人民陪審員分為普通陪審員及專家陪審員兩類，並根據不同案件的審理需要分別選任。法官聘請相關技術領域內的專家作為人民陪審員參加案件審理，並在宣布合議庭組成時就此向當事人說明。由此就行使審判權而言，法院具備了審查技術問題及鑒定結論的技術能力；就專家而言，其親曆案件的全部審理過程，對案件事實、各方主張及證據有充分的了解，可使其出具的意見更加趨於客觀公正；就當事人而言，也更易接受判決書對案件技術問題以及據此對法律問題所作的判斷。
（二）委托司法鑒定事項時“事實問題”與“法律問題”的混淆
認定事實和適用法律是知識產權案件審判的兩個基本環節，但在審判中應注意區別對待，解決法律適用問題是法官的職責，不能把法律適用問題交給法官以外的任何人去判斷。知識產權案件涉及的專門性問題多，經常需要通過鑒定或其他專門人員輔助的方式進行事實認定，但法官首先應當盡可能自行對事實問題作出判斷，隻有遇到采取其他方式難以作出認定的專業技術性問題時，才可以委托鑒定；其次，對鑒定事項應予明確，在委托鑒定之前應當組織當事人對提交鑒定的材料進行質證；再次，在委托鑒定時，防止委托鑒定事項中“事實問題”與“法律問題”的混淆，這是我國司法鑒定實踐中存在的嚴重問題之一。
司法鑒定應僅限於解決案件審理過程中的“事實問題”，不應涉及法律適用的判斷，這是大陸法係國家司法鑒定的傳統規則。對此，我國的學者及法律實踐工作者均予普遍接受，並在有關論述中反複闡述，但在知識產權案件中對於“事實問題”的界定，實踐中卻存在不同的認識。究其原因，在於明確“司法鑒定應僅限於事實問題”的同時，未對“事實問題”和“法律問題”予以清晰界定，導致實踐中有的法院甚至將“權利是否存在”、“是否侵權”等法律問題也作為鑒定事項予以委托。正如有些學者所述，法院將弄不清楚的問題都進行委托，其直接後果是法院審判職權的缺失。即便是級別較高的法院，也存在著對鑒定事項中“事實問題”與“法律問題”的混淆，如某高院曾將“原告技術是否構成技術秘密”作為委托事項進行鑒定，後被最高法院糾正；在同樣涉及知識產權的案件中，有關法院曾將“被告產品質量侵權導致原告的可得利益損失”作為委托事項進行鑒定。將法律問題委托鑒定的根本錯誤或者說導致的嚴重後果是司法審判權的讓渡，而且是徹底的讓渡。筆者認為，對證據材料進行審查、形成內心確認、確定法律事實（小前提）、確定適用的法律規範（大前提），並得出判斷是法官行使司法審判權的完整邏輯過程。若在委托鑒定中混淆“事實問題”與“法律問題”，將本應由法院完成的事實認定和法律適用作為委托事項，等於將從事實認定到法律適用的整個司法審判推理過程交由鑒定機構完成。加之法官對鑒定結論的過度依賴，勢必導致法院的判決從事實認定到法律析理均為鑒定結論的翻版，從而導致審判權的徹底讓渡。