根據筆者考察，當前知識產權審判中存在的民刑衝突主要表現為以下三個方麵，其他諸多問題皆由此產生。
（一）司法管轄權的衝突
鑒於知識產權案件的特殊性和審判工作要求的高度專業性，在民事訴訟領域確立了中級人民法院管轄的原則，迄今全國隻有17個基層法院經過最高人民法院批準才可以受理和審判普通知識產權案件。知識產權案件的這種特殊性在刑事訴訟領域卻沒有引起足夠的重視而在級別管轄上加以區別對待，而是依然遵循著一般刑事案件的級別管轄原則，即按我國現行刑事訴訟法規定由基層人民法院管轄第一審包括知識產權犯罪在內的普通刑事案件。知識產權案件的特殊性沒有在刑事管轄製度中表現出來，存在如下問題：
一是導致了兩大訴訟法在知識產權審判領域的價值衝突。在刑事領域知識產權犯罪作為較晚納入刑法體係的罪名，由於人們對其認識不夠，較之侵害人身和侵害其他一般財產的犯罪並不具有典型性，因而一段時間以來重視程度不夠，刑訴法作為刑法的程序法自然也沒有體現出更多的關注。但是刑事領域的知識產權犯罪無疑是民事領域知識產權侵權的高級形式，從某種意義上可以說，隻因為對知識產權更加嚴重的侵害行為被認為具有了對全社會的危害性，民事領域的知識產權侵權才走入了刑法保護的領域，轉化成為知識產權犯罪，可以說刑法保護是知識產權保護的高級模態，或者說知識產權犯罪是知識產權侵權的高級模態。由於可能會對侵害知識產權人科以刑罰，所以在審判中較之民事審判要求更高、更複雜，理應處理起來更為審慎。在此種情況下知識產權民事訴訟以中級法院管轄為原則，而刑事訴訟卻以低一級的基層法院管轄為原則不僅沒有道理，而且使得在民事領域對知識產權審判的諸多加強措施大打折扣。二是直接影響到知識產權的整體審判質量。知識產權刑事案件往往涉及學科專業性、綜合性都較強的專利、著作權、商業秘密等領域，而絕大多數基層法院的刑事審判庭由於缺乏全麵的知識產權案件資源，因而造成了比較缺乏知識產權專業知識的積累，更談不上知識產權刑事審判的專業化法官培養，極可能造成不同法院不同法官對同一案件的定性不一致，導致審判結果的不統一，從而影響到司法的公信力。而這種狀況與當前通過刑事司法解釋加強知識產權刑事保護力度並進而加強知識產權司法保護水平的要求是不相適應的。
（二）審判程序的不協調
由於在管轄權方麵兩大訴訟法關於知識產權案件規範的不協調，可能導致在審理知識產權民刑交叉案件即針對同一知識產權侵權行為既追究知識產權犯罪刑事責任又追究知識產權侵權民事責任的案件的審理中發生衝突。對於基層法院審理的知識產權刑事案件，如果涉及對被害人的損害賠償問題還需要進行民事訴訟時，由於絕大多數基層法院沒有知識產權民事案件的管轄權就須要求被害人到有管轄權的中級人民法院另行起訴。在這種情況下可能出現前文舉例出現的司法尷尬局麵，即在基層法院的刑事判決中認定被告人構成犯罪，而上級法院的民事判決中卻認為被告的行為不構成侵權。即便是在有知識產權民事案件管轄權的基層法院這類問題依然不能避免，如果刑事訴訟和民事訴訟針對的是同一知識產權侵害行為，法院在審理中往往采取刑事附帶民事的訴訟製度。顧名思義，“刑事附帶民事訴訟”，其中“民事訴訟”是附帶的，處於從屬地位，而刑事訴訟則處於主導地位、優先地位。在某些情況下刑事訴訟的優先性更加明顯，如當人民法院在民事訴訟中發現了犯罪嫌疑的案件，即在已經開始民事程序後發現刑事案情，這時通常的做法是遵循“先刑後民”原則即民事訴訟暫時中止審理，待刑事案件結案後才能審理。所以即使是同一法院內由於“先刑後民”原則的適用也有可能“導致在先的刑事判決認定被告人侵權並構成犯罪，而在後的民事審判中卻認為被告的行為不構成侵權，民事判決如果要和已經生效的刑事判決保持一致就必然會導致兩起錯案，而如果直接認定不構成侵權又會和生效刑事判決相矛盾。”