（三）裁判尺度的不統一
對於知識產權民刑交叉案件的衝突解決，不論是“刑事附帶民事訴訟”抑或是適用“先刑後民”原則的審理模式都不能很好解決。盡管有的學者指出上述做法“確有一定積極意義，如在一些案件中能節約時間和費用，使民事原告人從刑事公訴人為證實被告有罪而進行的活動中得到便利”；而且，因為“已經有相當多的經驗，也不應簡單地否定。”但近年來對於“刑事附帶民事訴訟”以及“先刑後民”的司法處理原則還是不斷遭到來自各方的質疑聲音。尤其是具體到知識產權案件的審判領域，上述原則的適用幾乎不具備合理性。這是因為從訴訟理論上講，刑事訴訟與民事訴訟是性質截然不同的兩種訴訟，其訴訟規律、原理和原則本來就有所不同，而知識產權案件較之其他案件又具有極強的特殊性，無疑更加突出了民刑交叉案件審理中裁判尺度不統一的問題。比如在審理期限方麵，刑訴法規定一審刑事案件的審理期限為一個月到一個半月，民訴法規定一審民事案件的審理期限為六個月；又如在證明標準方麵，刑事案件的證明標準要求最高，為“案件事實清楚，證據確實、充分”，相當於英美法係的排除合理懷疑標準，而民事案件證明標準是相對優勢證明標準。根據知識產權這種無形財產權的特點，筆者認為在涉及知識產權案件的審理過程中應該遵循“確權――一般侵權――犯罪（嚴重侵權）”這樣順序的司法認知邏輯（原因下文詳述），所以在審理期限短，證明標準高的情況下強調刑事程序的優先性至少在知識產權審判領域是缺乏合理性的。
另一方麵知識產權民刑交叉案件審理中的裁判尺度不統一，還表現在對於案件民事或刑事定性和刑事案件的具體量刑方麵。知識產權侵權與知識產權犯罪的唯一界限是涉案標的的大小，通常表現為一定的金額或知識產權侵權產品的數量。而相當長一段時間以來，由於各地的經濟發展水平不同，相應的關於知識產權犯罪的起刑點金額規定也不盡一致。同一案件在經濟相對落後的西部地區定性為是犯罪而依據刑事法律審判的，如果在東部沿海發達地區的法院可能僅僅構成侵權而依據民事法律審判；同一案件被告人在一地審判可能會判處有期徒刑，而在另一地方可能會僅僅判處罰金。這種情況的可能存在說明目前知識產權刑事案件管轄製度存在嚴重問題，或者至少可以說與知識產權民事案件的管轄製度是不相協調的。