朱恒鵬指出，醫療行業自身特征，決定了有效的製度安排應該是醫生群體，而非官僚集團，來主導醫療集團。更具體的解釋，就是在醫療服務供給以公立機構為主體，且醫生是國有事業編製的情況下，醫療機構很難透明地拉開醫生和行政人員之間的收入差距，同時也很難按照醫療水平、質量和工作量合理拉開醫生之間的規範收入差距，因此也就無法使醫療服務價格體現醫術水平差異，更不可能放開醫療服務價格，由市場自己根據醫生醫術水平定價。否則，消滅了“以藥養醫”，還會冒出來“以檢查補醫”之類，因為盡管醫生被放在一個道德製高點上，被稱為“白衣天使”，但他們終究也要麵對一日三餐，養活家人的經濟負擔。
“我們花錢就要買個好機製”
自亮出消除以藥養醫時間表，醫生的收入確實陽光化了，但實際收入遠低於其實際價值，也低於他們所承擔的風險、終身學習所付出的成本。經濟學家周其仁統計，1997—2005年間，全國的醫生數目減少了4.7萬人，隻占曆史最高水平（2001年）的97%，而刺醫案頻發，讓多數醫生再也不願讓自己的後代穿白大褂，醫學院報考人數直線下降。北京麥可思（MyCos）的教育顧問們去年的一項調查顯示，臨床醫學專業畢業生在畢業半年內的平均月薪為2339元人民幣（合382美元）。中國畢業生的平均月薪為3051元人民幣，醫生和護士兩種職業墊底。如果沒有人願意當醫生了，人們的生老病死又該托付給誰呢？
目前試點的醫藥分離的地方，都不同程度提高了醫療服務的價格，其中北京友誼醫院提高幅度最大，將普通掛號費由5元提高到42元。通過提高醫療服務價格來降低藥品費用的改革方向正確，但也並沒有觸及藥品返利和回扣，因此並沒有真正破除“以藥養醫”體製，顯然改革不能止步於此。
目前患者的藥費占診療費一半以上，而其他國家藥費一般占20%左右，所以進一步提高診療費，調整部分技術服務收費，繼續壓縮醫院的買藥收益，消除藥品返利和回扣，這樣不僅不會增加患者和醫保的投入，也能提高醫生的合理收入，體現他們的職業尊嚴。
這還意味著公立醫院要突破國有事業單位弊病，突破行政體製，建立專業人士主導醫療機構的體係，甚至突破國有事業單位的財務製度約束。這似乎是個不可能完成的任務。時任衛生部長陳竺在談到醫療衛生領域改革時說：“我們要花錢買個好機製”。陳竺說，以財補醫，以保補醫，實際兩者並不矛盾，“把它和支付製度改革結合在一起，應該是改革以藥補醫的一條主要渠道”。
而同時也有學者認為，推行醫藥分開一定要加大財政對公立醫院的補貼力度，如果補貼沒有及時到位，或用途沒有受到嚴格監督，花到了不該花地方，公立醫院就需要靠提高診療費用維持醫院正常運行。到時候，被置於烤架上的依然是患者和醫生。
作家六六在為小說《心術》臥底醫院半年後，如此寫道：“如果我們有非常完善的健保製度，藥品公平競爭進入市場，由病患自己選擇，醫生隻有處方權而沒有推銷權，國家提高醫生問診的待遇和專業技能的待遇，而藥物因渠道暢通價格低廉，醫保不是隻下撥醫院固定的數額，餘額讓醫院自己補齊解決；那麼，我們或許就能從醫生和病患的直接對抗中走出來，就不會再把原屬於製度的問題，直接推及到人與人之間的誠信上去。”
在討論醫患這個悲情話題時，似乎什麼樣的語言都略顯膚淺。但有一件事是不變的，醫生與患者間唯有一個永恒敵人，那就是疾病。