1903年，23歲的麥克阿瑟從西點軍校畢業了。他滿懷著遠大的抱負邁出了西點的大門，前往舊金山，等待分配工作。按照西點軍校例年的傳統，高才生一般都被送到升遷較快的工兵部隊服役。因此，年輕的麥克阿瑟也不例外來到工兵部隊服役，開始了他坎坷不平而又成績輝煌的初期軍旅生活。最初，他隨工兵第一營一起被派到菲律賓執行勘測任務。
此時的菲律賓已在美國的控製之下，而這種控製正是麥克阿瑟的父親——阿瑟第二征戰取得的。3年前，他的父親被任命為駐菲美軍司令和軍事總督，鎮壓了艾米利奧·阿奎納多等人領導的抗美戰爭，達到了阿瑟第二軍事生涯的頂峰。但菲律賓人民是頑強不屈的，各種遊擊抵抗力量分布廣泛，活動頻繁，美軍士兵經常受其襲擊。麥克阿瑟也遭受過襲擊。
那是一個細雨濛濛的晚上，麥克阿瑟和一個士兵執行任務後返回營地途中，他們背著沉重的勘測儀器，雨水和叢林裏的露水打濕了厚厚的軍裝，一絲絲的寒氣鑽入骨髓，那個士兵一邊費力地從泥濘的泥地裏拔出腳，一邊低聲地咒罵著這鬼天氣和鬼地方。
麥克阿瑟剛想也發發憤慨，但突然一絲陰影襲上心頭，常和父親打獵所培養成的機敏和長期軍事訓練所鍛煉出的警覺都告訴他；不對！有異常！但他鎮靜地繼續向前深一腳淺一腳地走，同時減慢了頻率，擺出一幅疲憊費力的樣子，耳朵也豎了起來，眼睛有意無意地掃過兩旁的樹叢，突然，一個黑影在右邊不遠處閃了一下，麥克阿瑟的心一下子提了起來，手不由自主地摸到了腰間的手槍，這可是有生以來頭一次遭遇到敵人並準備投入戰鬥，啊！冰冷的手槍把使他鎮靜了下來，而這一切對後麵的那個士兵就像發生在另一個世界一樣，他的咒罵此刻已換為家鄉的小曲哼了起來，還不時停頓一下，吐一口雨水和汗水的混合物。
麥克阿瑟很想提醒他一聲，可一是他畢竟比自己小兩歲是沒有經過長時間訓練的新兵，會嚇壞的；二是麥克阿瑟又不想錯過這個立功的機會，把敵人放跑。於是兩人仍若無其事地前行著。年輕的麥克阿瑟哪裏知道，路的另一邊還有一個黑影埋伏著。這時，一個黑洞洞的槍口已頂住他的腦袋。萬幸的是，隨著一聲清脆的槍聲，麥克阿瑟的軍帽代替他的腦袋飛了出去。同行的士兵嚇得趴在了地上，而麥克阿瑟一弓身鑽入了樹林裏，並甩掉身上的儀器，開槍的人也許以為得手了，從隱蔽處站起身來，但他這次卻被麥克阿瑟的子彈擊中了，倒在血泊裏。
這是麥克阿瑟第一次舉槍殺人，他也為之一呆，但時間已不容他多想，也許是天生的軍人素質告訴他，還有一個敵人！於是他又迅速向路邊轉移。這時一聲尖叫傳了過來，是美語，毫無疑問，同行的士兵與另一個敵人遭遇了，他的目光與槍口同時瞄向了小路，他發現敵人已俘虜了他的士兵。如果前麵站著的黑影是軍校的靶子，他有把握打倒，但這是個活人且腳下還有自己的同胞，他不由把槍身又緊握了幾下。子彈終於飛了出去，那黑影應聲倒地。那個嚇壞了的士兵走到麥克阿瑟身邊，眼前出現的美式軍用膠靴才使他回過神來，麥克阿瑟像當年父親拍他肩頭一樣拍了拍剛剛爬起來的士兵的肩膀，說道：“我們是軍人，而軍人沒有膽小鬼！記住這句話……”
這件事很快在軍營裏傳開，麥克阿瑟的地位一下子提高了，士兵們都願意和他同時執行任務，他似乎成了“保護神”。
1904年春，麥克阿瑟晉級成為一名中尉。這一年，他在馬尼拉有幸結識了兩位剛從聖托馬斯大學畢業的學生，並同他們結為朋友。這兩個人一位是曼努埃爾·奎鬆，一位是塞吉奧·奧斯梅納。奎鬆後來曾任塔亞巴斯省省長、菲駐美眾議院常駐專員、菲律賓參議院議長，國民黨黨魁，1935年11月當選為菲自治政府總統。奧斯梅納後來也成為政治家，曾任宿務省省長、眾議院議長、奎鬆政府的副總統，1944年奎鬆去世後繼任總統。這兩個人同麥克阿瑟始終有著很深的交情，特別是在第二次世界大戰期間，他們的命運曾經是連在一起的。
在菲律賓期間，麥克阿瑟得了瘧疾，因此，他10月份回國後在舊金山整整治了一年的病。
這期間，日本和沙俄正在為爭奪中國東北和朝鮮進行戰爭。美國在這場戰爭中偏袒日本，並指派老阿瑟以軍事觀察員身份前往日本搜集軍事情報。麥克阿瑟有幸在病愈後被派去給父親作隨從副官。在日本，他陪同父親會見過一些日軍要員，這些人給他留下了“殘酷無情、沉默寡言、冷若冰霜、性格倔強、目的不可動搖”的印象。父子倆分析後，估計日本的軍事目的是擴張，得出這樣的結論：日本在征服了朝鮮和台灣後，勢必要進一步控製太平洋，稱霸遠東。
不久，父子二人受命把情報搜集範圍擴大到亞洲其他國家和地區。他們於1905年11月出發，用了近9個月的時間先後巡察了香港、新加坡、緬甸、印度、爪哇、泰國、越南和中國。此行使麥克阿瑟大開眼界，大長見識，成為他一生中最重要的經曆之一。遠東的風光，遠東的物產，遠東悠久的曆史，遠東博大精深的文化，使麥克阿瑟讚歎不已。他後來回憶說，遠東對他有著不可思議的吸引力……使我一生的全部歲月增輝生色，對我的一生產生了深遠的影響。
這裏居住著世界人口的一半，維持以後各代人生存的原料、半加工產品有一半以上出自這裏……我看得十分清楚，美國的未來以及美國究竟能否生存都無法不同亞洲和其外圍島嶼聯係在一起。在以後的歲月裏，他的這一認識始終沒有淡化過，而且越來越強烈。在任西點軍校校長期間，他曾下令在校內懸掛亞洲地圖，供學員們學習。而他本人也的確與此有緣，從20年代起，他的個人命運便一直同美國和亞太地區存在的曆史緊密地聯係在一起，成為對這一區域產生了最為深遠影響的美國人。
回國後，在1906年10月，他被選派到華盛頓高級工兵學校進修一年，與他同班的還有後來曾在二戰期間任陸軍參謀長的喬治·馬歇爾和他手下的戰將之一、第6集團軍司令沃爾特·克魯格。由於這期間他沉溺於官場社交活動，從而影響了進修學業，使他的成績不很理想，排在名列第一的馬歇爾後麵。軍校校長埃弗勒斯·溫斯洛在鑒定報告中寫道：“我不得不遺憾地如實報告……麥克阿瑟中尉缺乏職業熱情，他的工作能力比在西點軍校的履曆表上記載的要差得多。”這份報告對麥克阿瑟產生了十分不利的影響。他先在密爾沃基任職，後又被派到萊文沃思，擔任駐地21個連隊中等級最低的一個連的連長。
阿瑟的母親為兒子的前途黯淡憂心忡忡，對他的職業似乎失去了信心，想在非軍界給他找一份工作。因此，她寫信給西部鐵路大王愛德華·亨利·哈裏曼，請求他雇用他的兒子。這件事麥克阿瑟事先並不知道，當哈裏曼的助手到萊文沃思找他談話時，他感到十分驚訝，並毫不猶豫地回絕了這件事。為了挽回他的聲譽，恢複母親的信心，他發奮工作，忠於職守，每天帶隊行軍25英裏，同時訓練士兵的騎馬、爆破和架橋技術。他的這番努力沒有白費，扭轉了連隊的落後局麵。他的上司又開始把他視為出眾的人才了，並把他調到“第一流的”連隊。他後來得意地回憶說：“即使他們讓我當將軍，我也不會比這更高興。”1911年2月，31歲的麥克阿瑟被提升為上尉。
此時，家中的不幸接踵而來。先是母親身染重病，第二年，他的父親又猝然死去。為了照顧母親，他請求調到密爾沃基母親身邊工作，但被拒絕。1912年，麥克阿瑟被調往華盛頓，在陸軍部任職。對麥克阿瑟來說，這是個不可多得的機會，施展他才華的時候來臨了。
來到陸軍部的第二年，即1913年9月，倫納德·伍德任命麥克阿瑟為參謀部的正式成員。
陸軍參謀部成立於1903年，當時任陸軍部長的伊萊休·魯特力排眾議，說服國會通過了參謀部法，以陸軍參謀長一職取代原來的陸軍總司令。參謀部在成立之初是個很小的、作用有限的機構，隻有3個處和45名成員。魯特建立參謀部的本意是使其像德國的總參謀部一樣成為“軍隊的大腦”，主要負責計劃和指導，而不應陷入軍隊的日常事務。但這樣做的結果卻無意中提高了負責行政工作的陸軍部副官署的地位，而參謀部則不知不覺地陷入了一種無人問津的地步，成了高高在上又毫無權力的空架子。最初幾任參謀長在履行職責時都感到困難重重，束手無策，直到倫納德·伍德1910年上任後，情形才有所好轉。
伍德1884年畢業於哈佛醫學院，後在陸軍中當醫生。美西戰爭期間，曾與西奧多·羅斯福招募誌願軍第1騎兵團並任團長，不久即升為準將。戰爭結束後，他當了1年的古巴總督，接著又去菲律賓任職。他在接任陸軍參謀長後即決心改變參謀部的地位，把它從沉睡中喚醒。1912年他和陸軍部長亨利·史汀生一起向副官署署長安斯沃思將軍的權力發起挑戰，並以抗上罪名迫使安斯沃思退休，從而在名義上確立了參謀部對其他機關所具有的上級地位。但敵視參謀部的國會卻馬上回敬以具有約束力的立法來遏製伍德統治下的參謀部，把它的成員減少到36名，麥克阿瑟便是這36名成員之一，並很快受到伍德的青睞。能否直接參與製定國家的動員和戰爭計劃，這對他來說無疑是一次大開眼界、增長知識和才幹的極好機會，對他後來成為運籌帷幄的三軍統帥產生了重要影響。