到次日不見動靜，早聽人說道：“聞榮祿昨夜乘單車入京，不知報告何事？聞說是報機密的。”這風聲別人聽了猶自可，康有為聽得，自然料袁世凱必泄露了事情了，急打一張電報往上海，報知梁啟超，著他逃走。正欲通康廣仁，忽又報稱要拿變政的，康有為到此時把親弟及同誌的人就統通陷了，也不暇通報，即獨自走出京門去了。原來榮祿報告了清太後之後，次早清太後即傳光緒帝責道：“你親政沒多時，幹得好事，要來殺我。”光緒帝驚得手足無措，自稱並無此事。清太後道：“你把密旨給康有為，要謀圍頤和園劫我，你還說不知？”光緒帝道：“哪有此事？不知太後從哪裏聽得來？”當下清太後不便說是榮祿報告的。隻說：“多人說得來，你若沒有密旨給他，你肯拿康有為不肯？”光緒帝道：“他若有罪，哪有不肯？”清太後道：“他謀圍頤和園，力請袁世凱舉兵，若不是袁世凱首告，我喪在他手了。”光緒帝這時才知道是袁世凱說將來的，便道：“既有此事，定當急切拿他。”說罷，清太後怒猶未息。急密令步軍統領衙門先捉拿康有為、梁啟超、楊銳、林旭、楊深秀等。更電令即停火車，並閉城門搜拿。步軍統領衙門得令，即起兵分頭拿捕。先往圍南海館，早拿住了譚嗣同、康廣仁及楊深秀、劉光第。繼又分頭拿著林旭、楊銳到來。單不見了康有為、梁啟超、王照、宋伯魯諸人。清太後大怒，疑是清帝先通消息，別責問清帝，清帝道：“我並未知有袁世凱首告之事，從哪裏通消息於他？他胡說承朕密詔。還陷了朕躬，朕若見他，當生吃他肉，哪肯把消息報他呢？”清帝說罷，大怒，立揮了一道諭旨，要拿康有為的，那諭旨道：
前因工部主事康有為好談時事，特令在總理各國事務衙門章京行走，並其徒舉人梁啟超賞給六品銜，辦理上海譯書局事務。乃忘恩負國，首倡邪說，誣世惑民。更包藏禍心，圖謀不軌。日前竟欲謀圍頤和園，謀劫太後及朕躬等事。似此罪大惡極，實神人所共憤，斷不能稍事姑容。現康有為、梁啟超在逃，著各省督撫飭關卡嚴密查拿，就地正法，毋任漏網，以肅綱紀而正人心。
這道諭旨一出，京裏凡與康、梁一麵的，無不驚惶。時戶部侍郎張蔭桓本與康有為有書信來往，那時自然慮到株連自己，還虧他侄子機警，早把他與康有為來往的書信統通焚燒去了。隻有翁同龢、李端芬、徐致靖是專函奏保康有為的，都因濫保匪人，先行革職。徐致靖更聽候查辦。更一麵構辦王照、宋伯魯等，整整京城鬧了一日一夜，方開城門。那時直隸總督榮祿更搜辦得緊，那些屬下文武官員更不敢怠慢，幾於沿街挨戶查搜，弄得風聲鶴唳。惟康有為自走出了京城，回忖道：“若早聽譚嗣同之言，當不至有今日，因此且行且慌，且慌且悔。慢說康有為自己悔恨。且說康有為自當嗣同麵前通信孫文之後，孫文接了他的函，這時不免以他為真有意革命，但天天看日本報紙，見康某如此行動，就料他必要取禍。因當時北京裏頭官員沒一個是開通的，聞得新政兩字，早已反對，況康有為又如此操切，那有不取禍的道理？繼想他既認自己是同誌氣的，若因此取禍，損了性命，不免可惜。