話說康有為因恐清太後有礙自己，謀使清帝離去清太後，就繕寫一道封章，請林旭代遞。林旭竟不思疑，即行代奏上去。原來那折裏是真言太後有呂、武之誌，懷廢立之心的。清帝一看，心中大憤，但目下雖政權在自己手上，畢竟太後的黨羽還多，自不好擅行亂動。又忖起向來辦事，太後也與自己商議，自從變政之後，太後總不過問，料然是不大喜歡。況太後向來用人，凡軍機大權俱委自己心腹，看來康有為之語當是不虛。且當時新任直隸總督、北洋大臣、統領兵權的正是榮祿，那榮祿又是太後的內侄子。那清帝又是年輕識淺的，看了康有為奏折及想起清太後舉動，安得不疑？那日至軍機處，見了林旭，即諭道：“康有為昨日上的奏折，朕已知道了，倘太後真有廢立之事，你們盡該設法，但目下萬勿妄動才好。”林旭一聽，方知康有為的折子是說太後謀廢立的，不覺登時麵色變了。暗想這會辦理新政，正防太後阻撓，如何康有為不懂事，偏攪出這段風潮出來？林旭此時真不知如何對答。因與康有為同事，自不能說康某是妄言，又不好說康某之言是實，半晌方對道：“此不過是傳言，恐未必是實。若果有此事，臣等當以死報。”清帝聽罷，轉回上書房，恰翁同龢當值，清帝又把康有為折語對翁同龢說知。翁同龢大驚道：“康某究聽誰人說得來？隻怕是誤傳的。何故遽行入奏？”清帝道：“朕亦在半疑半信之間，但已諭林旭等叫他目下不必妄動了。”翁同龢無語而出。尋思康有為此舉，關係非輕，直是欲煽動宮闈，欲借清帝除去太後。但太後族黨眾多，根深蒂固，如何動搖得來？恐不至召禍不止，且要累自己。今康某正自得誌，料勸阻不來，惟自悔當時孟浪薦他而已。
且說林旭聽了清帝之言，即往尋康有為，問道：“你昨天奏的是言太後要廢立麼？”康有為答一聲“是”。林旭道：“你究從那裏聽得來？現今懼太後梗阻新政，你反撥草尋蛇，撩起太後那邊，好不誤事！”康有為道：“我正要乘皇上信任我們時，除去太後，才得心安呢。”林旭道：“足下真瘋了！太後如此勢力，皇上猶懼他九分，哪裏除得來？怕太後除你們還易如反掌。”康有為道：“縱不能除他，使皇上疑忌，不聽太後之言，亦未嚐不妙。”林旭道：“現太後並無分毫幹涉，若辦得好好，皇上又何苦聽他？你既與我同誌，所言的又不對我實說，你休陷了我罷！”康有為道：“足下如此懼禍，安能幹事？我自有法兒，你不必慌罷。”林旭道：“我哪有懼禍？便是死也不怕。隻事不該如此做去。”說罷，惟搖首歎息。即回至軍機衙門，遇著楊銳，把上項事說了一遍，楊銳道：“康某如此，某料其必有異謀，我們盡要仔細防範才好。他事事由我兩人出頭，其中必不懷好意。”林旭道：“事已至此，亦無得可說，悔當初誤與他同事耳，今日斷不能反唇參他。大丈夫寧置生死於度外，勉力幹自己的事便是。”楊銳聽罷，亦然搖首嗟歎。
隻是時康有為亦見林旭言語頗有不滿自己之意，即與梁啟超、康廣仁商議，要實行除太後之策。梁啟超道：“日前連發兩函，請唐才常及譚嗣同來京，於今未到。若得此二人到來，可諸事無憂矣。”康廣仁道：“現在光景，第一怕翁同龢及林旭、楊銳三人先行檢舉，反參我們，自是萬無生理。但他們既同事在當初，料不為出爾反爾之事。今日惟有更擴充同黨的勢力，是最緊要的。”康有為道：“岑炳元這人頗有氣魄，不如設計引他，其餘就結聯袁世凱，得一枝兵力，更為安穩。但欲薦岑炳元，究用何人出名為好？”梁啟超道：“請劉光第、楊深秀等薦他何如？”康有為以為然，即請劉、楊二人，並尋林旭力薦岑炳元，以增勢力。林旭此時亦以騎虎難下，多一人也有一人之力，遂在清帝麵前力保，竟以四品京堂補用，先任大理寺少卿，不久又轉升太常寺卿。那時依附康梁的，得林旭、楊銳之力，真是升官不難了。