無論是“用法太過”還是“權勢太重”，商鞅之死都與法家思想有著密不可分的關係。在封建社會，法與權是一體的，因為當時的法是封建統治者所製定的，目的是為了維護封建統治階級的利益。權力越大，統治者所掌握的法越大，也就能夠控製整個國家和社會。“王子犯法，與民同罪”，隻不過是封建統治者做出的一種姿態罷了。“刑不上大夫”，這才是整個封建社會法的具體體現。從一個側麵也說明了商鞅之死是曆史的必然，是封建社會的產物。就算商鞅當時不被處以極刑的話，將來也有可能像其他改革者一樣，被剖棺戮屍。換言之，曆史上的任何一次進步，都要付出血的代價。
應該說相對於整個社會發展的大趨勢而言，商鞅的遭遇隻是一個小小的漩渦而已。商鞅變法具有全麵性、係統性和徹底性，它將春秋戰國以來各國相繼實行的各種具有革新意義的做法和政策係統化、製度化和法製化，為秦國的發展奠定了堅實的基礎。其身雖歿，但商鞅變法的各種措施仍在秦國繼續實行著，對當時曆史的發展起到了積極的作用。
即使是到了秦始皇之時，仍然是依法家思想來統治國家的。這種選擇有其深刻的社會原因。一方麵，加強中央集權，削弱封建割據，是當時形勢的需要。另一方麵秦始皇十分崇拜法家集大成的學者韓非，韓非認為：“明主之國，無書簡之文，以法為教；無先王之語，以吏為師。”意思是說賢明的國君治理國家，不用書簡之文，隻是以法製為教；同時也不用古代先王的遺訓，隻是以官吏為老師。韓非還斷言，這才是富國強兵超越五帝三王的唯一方法。也正是在這一思想的引導下才使得秦始皇走向另一極端，也就是“焚書坑儒”，製造了曆史上第一次文化浩劫。
焚燒諸家書
秦始皇實行法家的統治政策，以武力消滅了東方六國，統一了天下。隨著秦王朝的建立，統治者所麵臨的主要任務也應同時改變，然而秦始皇卻未能及時調整統治政策，仍是一味地迷信暴力和鎮壓手段。他領悟到要維持政治上的統一必須建立思想上的統一，而百家爭鳴是不符合這一發展趨勢的。因為各家各派的言論皆崇尚古代而批評當今，說一些不著邊際的話以惑亂事實，“人善其所私學，以非上所建立”，其行為嚴重地影響到當時的政治，必須堅決予以消除，應該說這確實是維護中央集權的君主專製製度的必要措施。然而，秦始皇卻采取了焚書禁學、坑殺儒生的粗暴做法。這一做法並沒有達到預期的效果，反而迅速地激化了社會矛盾，也最大限度地孤立了統治者自己。
前213年，秦始皇在鹹陽宮中擺下酒宴，以慶賀南征北戰的勝利。赴宴的人員中有博士七十餘人。酒過三巡，仆射周青臣為了討好秦始皇，對秦始皇舉杯祝賀道：秦開國之初，地不過千裏，都是依靠著陛下的聖明，才統一了海內。隨後，陛下您又廢除了分封製，實行郡縣製，消除了戰亂，使天下百姓過上了安定的生活，自古以來，沒有一個人能有陛下您這樣的威德。秦始皇聽罷，十分高興，稱周青臣是忠臣。這時，有個叫淳於越的博士站起來說道：陛下，商、周兩代王位傳承了一千多年，依臣看來，是由於實行了分封製，得到各諸侯輔佐的結果。如今陛下據有海內，而子弟沒有寸土之地，萬一將來臣屬起來篡奪皇位，又有誰來相救呢？治理國家而不學習古代的製度而能成功，那是不可能的。而周青臣當麵奉承陛下，這是不忠的表現，目的是增加陛下您的過失，希望陛下您還是考慮分封為宜。秦始皇聽後，十分掃興。此時，已經做了丞相的李斯站起來講道：時代不同了，情況也已經發生了很大的變化。治理天下要因時而異，不能再把古代的東西搬到今天來用，那是不合時宜的。但是，偏偏有一些死啃書本的讀書人，總是抱住古書不放，以古非今，實在可惡。李斯還建議秦始皇下令嚴厲製止這種行為。秦始皇聽了這番話後，怒氣稍抑，遂命散席。
事後，李斯又寫了一道奏章，建議焚書。秦始皇采納了李斯的建議，焚燒秦紀以外列國史籍，《詩》《書》百家語僅限博士官保有，唯醫學、卜筮、種樹等自然科學和神學迷信著作予以保留，其他一切書籍必須全部上交焚毀。如果有想學習的，就必須到政府部門去，以官吏為老師。凡是有藏匿不上交者，滿門抄斬。此令一出，全國各地掀起一場轟轟烈烈的焚書運動。據史料記載，僅鹹陽城所收之書，堆積若山，大火熊熊，一連幾十天未熄。在這種高壓政策之下，才出現了上麵所提及的“魯壁藏書”一事。
暴虐坑術士
秦始皇在焚書之後，又製造了“坑儒”事件。秦始皇三十五年（前212），方術士盧生等人向秦始皇建議：要想得到長生不老仙藥，必須避開眾人耳目才行。秦始皇求仙心切，於是依照盧生的建議去辦，命令將鹹陽周圍二百裏共二百七十座宮殿之間的道路嚴密遮蔽起來，嚴禁任何人透露他的行蹤。有一次，秦始皇臨幸梁山宮，從山上發現丞相車騎隨從甚眾，內心隱隱不快。丞相很快得到了消息，隨即減少了自己的隨從。秦始皇認為這件事肯定是自己身邊的人泄露給丞相的，因此大怒，下令追究此事，但是沒有一個隨從敢於站出來承認此事，於是，“詔捕諸時在旁者，皆殺之”。從此以後，再也沒有一個人膽敢泄露皇帝的行蹤，一切政令皆出鹹陽宮，秦始皇有了絕對的權威。這使得秦始皇更加迷信神仙方術。
秦始皇迷信神仙方術由來已久。在短短的十年時間裏，秦始皇先後五次出巡，其中有三次到達山東，這一方麵是為了穩定統一局勢，而另一方麵與他訪求神仙、尋找不死之藥有十分密切的關係。當時傳說在渤海中有三座神山——蓬萊、方丈、瀛洲，三神山中有仙人、不死之藥及金銀造就的宮闕。這些傳說通過方術士之口傳到秦始皇的耳中。始皇二十八年（前219），秦始皇巡幸至齊國琅琊時，就有齊地的方術士徐巿（徐福）等人上書，要求出海尋找三神山。於是秦始皇派徐福泛海求見神仙。徐福出海後，經過一段時間返回，謊報說自己已經見到了神仙。但神仙嫌大王的禮物太薄，一定要送上童男童女及百工等禮物，方可求得不死之藥。聽了徐福的謊報之後，秦始皇尤為高興，遂派遣三千童男童女，並配以五穀種子、各種工匠器具隨徐福入海求仙。結果是“徐福得平原廣澤，止王不來”。