遭此欺騙，秦始皇對求藥成仙仍是深信不疑。始皇三十二年（前215），秦始皇巡幸到碣石，又派方術士燕人盧生等尋求仙人和不死之藥，依然一無所獲。盧生等也深知秦始皇的性格，為了保住自己的性命，不得不絞盡腦汁想出種種辦法，來討得秦始皇的歡心和信任。他們自然也十分明白，自己隻是以尋仙求藥來蒙騙秦始皇，並獲得信任、官爵和財富，但根本不可能完成這一無法完成的任務。他們自知犯了欺君罔上的死罪，久而久之，就不得不尋找一些借口來逃避罪責。一天，盧生與另一方術士侯生密謀：始皇為人，天性剛愎自用，他消滅了東方各國諸侯，吞並天下，洋洋自得，自以為天下沒有人超過他。而且，始皇專用刑法，寵幸獄吏，七十位博士隻是為備員而已，並沒有得到任何重用。丞相等大臣也不能盡到責任，隻是唯命是從，搞得天下隻他一人而已。他們已經從秦始皇的剛愎自用，意識到自己的末日亦將來臨，“於是乃亡去”。
秦始皇在得知盧生們誹謗政治的做法後大怒，認為他們“妖言以亂黔首”，罪不可赦，當殺。於是，下令追殺盧生、侯生等，同時，還令禦史大夫去查鹹陽參與誹謗朝廷的方術士和儒生。禦史大夫領旨後，立即傳訊一大批方術士和儒生，將之屈打成招，計有四百六十餘人。秦始皇看過供詞後，並不查證核實，下令在鹹陽挖一大坑，把這些儒生及方術士全部活埋了。
對於“坑儒”一事，還有另外一種說法。秦始皇在焚書之後，依然擔心天下人不聽從他所改之法，便宣告天下，凡是諸生能到鹹陽者皆拜為郎官，據說，前後到達者有七百人。與此同時，秦始皇命令手下在驪山陵穀中種瓜，等到瓜成熟，下詔向博士諸生講述這一事情，博士諸生聽到後說法不一，於是，秦始皇便令他們前去觀看。秦始皇下令在穀內布置機關，等諸生賢儒皆到達後，便打開機關，從上麵填之以土，“皆壓，終乃無聲”。最後把他們全部活埋在下麵，無一人生還。到了唐代天寶年間，唐玄宗下詔將此陵穀改為旌儒鄉，並修旌儒廟，命賈至撰寫碑文。但據今人考證，這一說法似無根據。
“焚書坑儒”事件容易給人留下一個印象，包括儒家在內的各家各派，在秦朝時期應是沒有任何地位可言，可事實如何呢？這是一個值得探討的問題。
秦代各家各派的思想，尤其是儒家思想一如戰國時那樣影響著當時的社會。秦統一之後，在這曆史的大轉折時期，其統治者也試圖建構起與統一大帝國相適應的思想體係。然而，為了穩定形勢，使國家機器正常運轉，秦始皇將主要的精力投到了官僚機構的建設方麵，在利用法家學說建立專製統治之時，在統治思想中也吸收了儒、墨、陰陽諸家的思想因素。
當然，這並不是說他已經有了固定的統治思想體係。事實上，很難說秦王朝的統治者已經認真思考過這一重大問題。秦前期，在施政方針上，基本上以法家思想為依據，也兼采了陰陽家等的思想，也就是說，在實施過程中，秦實際上也采用了一種拿來主義的策略。就儒家思想而言，秦實際上與儒的關係是十分密切的。如秦設置博士官，包括儒家在內的諸子百家均可以立為博士。秦始皇自己也曾“悉召文學方術士甚眾”，並“置酒鹹陽宮，博士七十人前為壽”。這些可以表明，秦始皇雖然不一定重視儒家學說，但至少開始時並不排斥除法家之外的其他各家各派。
終秦之世，儒生在曆史舞台上的活動史不絕書。如始皇二十八年“與魯諸儒生議刻石頌秦德，議封禪望祭山川之事”；公子扶蘇稱“諸生皆誦法孔子”；秦二世“召博士、諸儒生問”，博士諸儒生三十餘人引《春秋公羊》之義以對。這一切都表明，盡管秦以法家思想為主導，但是並沒有對其他各家各派進行控製。隻不過是秦始皇對其他各家各派控製得較嚴密，所采取的手段也比較殘酷而已。
秦始皇的“焚書坑儒”也不意味著儒學的被消滅，相反，它意味著儒學之盛影響到了秦的統治，秦的“焚書”和“坑儒”，其直接目的是限製儒生，使其就範，而非要消滅儒學。因為如果要消滅儒學，就應在焚書時隻燒儒家的經典，而不是“百家語”；在禁止民間收藏《詩》、《書》的同時，也不應允許政府收藏、博士掌握。而所謂的“坑儒”事件則是由於方術士求仙藥不成引起，坑殺的四百六十餘人不會全是儒生，而且其罪名是“為妖言以亂黔首”，並非針對儒家的思想主張。所以，後世學者也曾指出傳統的“坑儒”之說不確切，應該說是“坑術士”。
當然，焚書坑儒既然是秦始皇執行法家集權政治的必然結果，那麼儒家等各派的思想在一定程度上是遭到了禁錮。“焚書”、“坑儒”事件之後，許多學派的發展在一定程度上受到了限製，而以儒家為甚，他們失去了原來在政治舞台上的地位。據說秦始皇在“焚書”、“坑儒”之後，還想發掘儒家創始人孔子的墳墓，“欲取諸經傳”。孔子及儒家在當時的地位明顯下降，儒生的境遇也急轉直下，他們不敢公開傳道授學。這種文化高壓政策，激起了人們的極大怨憤。當陳勝吳廣起而反秦時，“魯諸儒持孔氏之禮器往歸之”，孔子的九世孫孔鮒甚至做了陳勝的“博士”，正是秦始皇對文化的破壞性鉗製，使得儒生們不能不加入到反秦的行列中去。