2、改進審計工作方法，不斷提高內部審計的工作質量
高校內部審計工作必須把定位點確立在為單位領導的決策當好參謀助手，促進加強單位內部管理，規範其各項財務收支行為，提高社會效益和經濟效益上。根據這種定位，衡量內部審計工作成效的標準，也主要應看其在定位點上的作用發揮得如何，而不能單純地看查出了多少違紀違規問題和多少違紀違規金額。高校要搞好內部審計工作，必須堅持解放思想、實事求是、一切從實際出發，把思想從傳統計劃經濟的束縛下解放出來，用市場經濟的觀點去觀察、分析和處理審計工作中所檢查出來的問題。及時向本單位的領導提出決策依據和可行性建議，為領導的決策服務，把服務寓於監督之中。在具體的審計工作中，對審計發現的問題要在弄清事實的基礎上，分析問題產生的原因和後果。立足於幫助，使之改正或找出妥善的解決辦法，恰當作出處理和給出建議。要正確地處理好監督與服務的關係，不能隻講監督不講服務，也不能隻講服務不講監督，不能把二者對立起來，而是要把二者統一起來。
3、強化審計規範，促進審計服務職能
作為對高校內部管理服務的內部審計工作，其內部審計的行為也必須更加規範。為更好地服務學校管理，促進廉政建設，要求其審計質量更加有保證，其所提供的審計信息要真正詳實、可靠。同時也要求通過高質量的審計，提高高校內部審計對內對外的信用。
為適應新形勢的要求，高校內部審計部門必須加強、加快內審的規範化建設，除了嚴格按照《審計法》和審計準則實施審計外，還應根據高校管理的特點建立起符合高校管理的內審規範，讓高校內審人員對內的各項審計都能實現審之有據。改變過去那種憑審計人員的良心和決心決定查多查少、查深查淺的現象，而是嚴格按規範進行操作，減少內審工作的隨意性。
實現內部審計工作的科學化、程序化、規範化，可以保證審計工作的質量和效率，降低審計成本；可以作為審計人員的工作規範，有利於明確審計人員的權利和義務，規避審計風險；可以增加審計工作的權威性，以贏得審計單位的尊重和認可，從而提高審計的服務水平。在審計實踐中，從審計方案的製定到實施審計和審計處理都力求嚴格按審計規範去辦，避免工作中的隨意性，進一步增強審計人員貫徹落實審計規範的自覺性，提高審計工作質量。
4、轉變內審工作重點，為提高單位效益服務
內部審計要緊緊圍繞高校經營管理的中心工作，注意選擇單位領導重視、員工關心和對單位效益影響較大的熱點、難點問題進行審計，不斷提高審計成果的效用和影響，使內審作用得到更好的發揮。除了傳統的財務收支審計和經濟責任審計外，可以從以下幾個方麵開展審計項目。
（1）內部控製審計。主要包括檢查和評價單位內部控製係統是否健全、運行是否有效，並通過科學的測評方法找出內控製度的薄弱環節。提出改進建議，堵塞製度漏洞，為完善內控製度服務，防患於未然。
（2）績效審計。主要指在對財務收支及其經濟活動的真實性、合法性進行審計的基礎上，審查其在履行職責時資金使用所達到的經濟、效率和效果程度，並進行分析、評價和提出改進意見的專項審計行為。與一般審計指向錢是怎麼花的不同，績效審計重點是考量花錢的效果，擴展來講就是對經營行為全方位的效果評價和分析。