甚至，把明顯是無神論的材料，硬解釋成有神論，如認為“鬼神是氣！這可以說是王充鬼神觀念的基礎。”王充以陰陽之氣來解釋鬼神，顯然是在當時自然科學知識條件下一種無神論的解釋，與《易傳》“陰陽不測之謂神”意思一樣，說的是事物變化莫測的性質，即常言的“神妙不測”。而李申先生也承認“用陰陽之氣說鬼神，是董仲舒以後漢代儒者的新創造。”但是他馬上筆鋒一轉，說“當人們不因大地是無知之塊而否定地神存在的時候，也當理解古人把那視為體、或視為氣的蒼蒼之天作為神靈來崇拜”。這樣，因為天上盡是“氣”，天就是“神”了。這裏又有一個公式：鬼神=氣=天，這就是李申先生的“邏輯”。
在本書中，李申先生對王充的天道自然用的筆墨很少，大概因為這是一個哲學問題，在這裏不宜多討論，而是談了許多王充對祭祀製度的認同和接受，以及如何提高儒教的祭祀思想“到了超越時代的高度”，這就是“王充隻承認祭祀的報功、報恩意義，不承認祭祀的祈福意義”，這就把王充的無神論命題變成了對儒教教義的貢獻，“王充對宗教實踐的深刻體察。這個體察，是王充對儒教教義的重要貢獻。”至此，李申先生便完成了把王充從一個唯物主義的無神論的哲學家變成一個唯心主義的有神論的宗教家的“創造性”工作，正象張榮明先生所說的：“這樣一來，被哲學史家作為唯物主義哲學重要人物的王充，在《中國儒教史》中卻成了儒教教會的教徒”（不過我要補充一點，前半句話中的“哲學史家”應該包括李申先生），他在研究理路上也實現了從無神論向有神論的騰空跳躍。
（三）幾點反思
1.由以上分析可以看出，從《中國古代哲學和自然科學》到《中國儒教史》不是一個曆史的進步，而是一個“昨日之我與今日之我”的自相矛盾，在學術理路上是從無神論向有神論的騰空跳躍。為什麼這樣說？因為這中間缺乏中介，缺乏邏輯的貫通，所以說“騰空跳躍”。所以，如果說西方的“哥白尼革命”是從有神論向無神論的曆史性突破，那麼被稱為中國“哥白尼革命”的《中國儒教史》就是從無神論向有神論的非曆史性跳躍。
2.之所以會產生這種結果，深層原因還是他的二元對抗思維模式在起作用。這自然不能說是李申先生一個人的問題，而是我們學術界長期流行和不斷衍變的一種思維定勢，是我們對馬克思主義理論教條化、凝固化的結果。這些雖然在70年代末80年代初進行過批判和清算，但那時注重於政治上的撥亂反正，沒有從思想深處，特別是思維方式上進行自我在反思。後來，到了80年代中期，西方各種思潮紛紛湧入，由尋根（傳統文化之根）而引發的“文化熱”興起，中西文化在新時期的衝突、交融，這方麵又被忽視了。90年代“國學熱”興起，學術研究多元化，為數不多的幾位老學者成為“國學大師”，受到國家的極端重視和學術界的尊崇，社會的仰慕，特別是新的學術體製的建立，給他們以“英雄用武之地”，他們珍惜這寶貴的時光和優越的條件，為繁榮中國的學術文化，培養人文科學的人才，做出了重大貢獻。但是，後來的人們都急於“生產”更多的學術成果，有一種“大幹快上”的勁頭，除了產生一些其他問題以外，對思維方式上進行自我在反思也就沒有機會進行了，並且自覺不自覺的由老師影響到學生。
3.對中國傳統文化進行無神論和有神論的劃分，也是對馬克思主義理論教條化，並以之為條條框框照搬的結果。由於西方曆史發展的實際情況，決定了對西方文化進行這樣的劃分是有理由的，是可以理解的，也是馬克思主義理論體係的應有之義。馬克思主義“是最徹底的無神論，它第一次對宗教和鬼神迷信的產生和存在的社會曆史根源作了科學的闡述，指出宗教和鬼神迷信是自然壓迫和社會壓迫的產物，指出自從有階級的社會存在以來，階級的剝削和壓迫是宗教和鬼神迷信存在和發展的主要根源，揭示了它們的反動作用和必然消亡的途徑。”過去，用這樣的思想指導我們對傳統文化的研究，取得了很大成就。但是，也出現了簡單化的情況，這就是非要在中國傳統文化中劃出無神論和有神論兩個係列來，對某一段曆史，某一個思想家都進行這樣的“切割”，認為中國自“春秋戰國時代就已有了無神論和有神論的鬥爭，截止‘五四’運動時期，經曆了大約兩千六百多年的曆史。”“無神論與有神論相互對立，水火不容，並在鬥爭發展的過程中……”這樣，就免不了出現簡單比附的思路。正如馬克思主義所預言的資本主義（帝國主義）沒有如期“滅亡”一樣，有神論也由於宗教現象的繼續存在和發展而至今還沒有“消亡”，所以新時期以來許多學者轉向宗教研究，肯定宗教及其社會存在的合理性、長期性，肯定其正麵價值，都是可以理解的，是很有意義的。但是，對中國傳統文化進行宗教一元論的簡單化、絕對化的做法顯然是不可取的，特別是違背曆史邏輯的排列組合是不可能得出令人信服的結論的。