到了明中葉，這兩種文化思想的結合開始向縱深發展。嘉靖七年（1528）山東濟南清真南大寺掌教陳思撰寫的《來複銘》，是這種結合的一篇代表作。《來複銘》全文僅155個字，共分兩大段：第一段從開始至“有心之名”，主要綜述中國古代哲學關於天、道、心、性、理、器等基本概念；第二段著重介紹伊斯蘭教認主學和道德修養的方法。其基本思想，是“以認主為宗旨，以敬事為功夫，以複命為究竟”。這樣一套伊斯蘭教教義，卻披上一襲張載的“理”服，使伊斯蘭教義與張載理學相溝通。顯然，它比定州《重建禮拜寺記》簡單比附儒家的內容又前進了一步。
明末清初，是中國伊斯蘭教發展史上是一個重要的曆史階段，也是伊斯蘭教文化與儒家思想深層次融會的重要曆史時期。當時，東南沿海南京、蘇州等地的回族伊斯蘭教學者，從維護伊斯蘭教以及自己民族生存的實際出發，相繼開展了漢文譯著伊斯蘭教經籍的活動。他們群起著書立說，闡述和宣傳伊斯蘭教義，“以儒詮回”，通過吸收、改造儒家傳統中的思想資料來闡釋伊斯蘭教的內涵。這一運動一直持續到清代鹹豐、同治年間，其間出現了一大批代表人物和代表作品。如：張中的《歸真總義》，王岱輿的《清真大學》、《正教真詮》、《希真正答》，伍遵契的《歸真要道》、《修真蒙引》，劉智的《天方性理》、《天方典禮》、《天方至聖實錄》，馬注的《清真指南》，藍煦的《天方正學》，馬德新的《寶命真經直解》、《四典要會》、《大化總歸》、《性命宗旨》、《天理命運說》等。這些伊斯蘭教學者大多通曉儒、佛、道學說，被稱為“中阿兼通”，“懷西方（指伊斯蘭教）之學問，習東土之儒書”的“回儒”，甚至是儒、釋、道、伊斯蘭“四教兼通”的宗教學者。他們將“天方經語略以漢字譯之，並注釋其義焉，證集儒書所雲，俾得互相理會，知回、儒兩教道本同源，初無二理。”這一運動的意義不僅僅使伊斯蘭學者在學術思想上成果斐然，豐富了伊斯蘭教的理論寶庫，更有助於消除民族隔閡與民族偏見，中國封建官僚和士大夫對伊斯蘭教有了一定了解，促進了伊斯蘭文化與中國傳統文化的深層次融合。
穆斯林學者的這些貢獻，得到了中國主流文化界在一定程度上的認可和讚賞，不少人以極其興奮的心請，歡迎這一文化舉措的進展。乾隆後期、鹹、同年間的幾次“回變”，在官僚和儒士們的心目中投下了陰影。對於中國伊斯蘭教，他們大都有一種先人為主的成見。漢文譯著及其對伊斯蘭文化的傳播，改變了或者部分地改變了清代知識界的思想認識。儒士何漢敬在《正教真詮?敘》中說：“獨清真一教，其說本於天，而理宗於一，與吾儒大相表裏”，“其教（伊斯蘭教）亦不廢君臣、父子、夫婦、昆弟、朋友之序，而潔己好施，更廣吾儒所不足……吾今服其教矣。”內閣學士兼吏部侍郎徐元正在《天方性理?序》中說：“天方聖人創之於前，群賢宿學傳之於後，白門劉於漢譯以授中國，中國將於是書複見堯舜禹湯文武周孔之道，則是書之作也，雖以闡發天方，實以光大吾儒。”以上序文寫於清代前期。在清代後期，例如馬複初著作作序的雲貴總督潘鋒，為《清真釋疑補輯》作序的候補知縣冷春晨等人，都從不同角度對伊斯蘭教進行了友好的理解和客觀的評價。而劉智的《天方典禮》、《天方性理》、《天方至聖實錄》三部著作，於乾隆四十七年（1782年）進呈，被收入四庫全書之中，成為中國文化典籍。這樣，伊斯蘭教就在思想深層與以儒學為主的中國傳統文化實現了融合，成為中國文化的一個有機組成部分。